genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16506172--16506210	17	2.3	17	86	8	53	61	12	2	23	1.43
16510319--16510616	40	7.5	40	90	1	440	27	28	21	22	1.99
16514145--16514208	26	2.4	26	78	5	65	32	23	12	31	1.92
16514313--16514398	27	3.2	27	86	4	104	17	23	22	37	1.94
16514949--16515124	56	3.1	56	100	0	352	46	9	22	22	1.80
16523946--16524090	40	3.6	41	89	3	206	25	22	27	24	2.00
16523946--16524117	80	2.2	80	82	3	204	24	20	27	27	1.99
16532637--16532669	8	4.1	8	85	14	50	51	24	21	3	1.62
16540669--16540704	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
16540716--16540742	7	3.9	7	100	0	54	59	14	11	14	1.62
16541652--16541696	18	2.5	18	77	0	54	48	11	13	26	1.75
16541770--16541832	17	3.7	16	81	12	72	42	23	1	31	1.64
16541753--16541832	34	2.4	34	84	0	106	41	25	3	30	1.73
16541771--16541843	34	2.1	34	82	5	85	45	24	1	28	1.62
16542459--16542546	36	2.4	36	84	0	104	40	21	9	28	1.84
16542582--16542624	17	2.5	17	84	0	59	32	11	23	32	1.90
16559226--16559299	37	2.0	37	82	15	91	41	22	8	27	1.82
16561456--16561542	27	3.3	26	75	9	68	40	24	8	27	1.83
16561584--16561713	27	4.8	27	83	5	138	42	20	7	30	1.80
16561589--16561770	54	3.3	54	80	8	165	42	19	7	30	1.78
16561643--16561771	27	4.7	27	77	11	118	43	19	6	31	1.75
16561817--16561894	27	2.9	27	75	11	79	37	21	20	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16562705--16562774	25	2.8	25	91	0	104	28	25	21	24	1.99
16562994--16563076	31	2.7	31	90	3	134	30	18	24	27	1.98
16566182--16566207	12	2.2	12	100	0	52	23	7	15	53	1.67
16569498--16569535	15	2.5	15	95	0	67	52	0	18	28	1.45
16573120--16573208	46	1.9	46	86	0	124	30	30	20	19	1.97
16583034--16583059	12	2.2	12	100	0	52	7	0	26	65	1.20
16616208--16616495	48	6.0	48	95	1	504	35	6	27	31	1.82
16616208--16616492	98	2.9	98	95	1	502	35	6	27	31	1.82
16616208--16616495	146	2.0	144	95	1	513	35	6	27	31	1.82
16619823--16619889	33	2.0	33	100	0	134	58	8	11	20	1.60
16626274--16626300	14	1.9	14	100	0	54	40	22	0	37	1.54
16645055--16645132	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
16645085--16645412	174	1.9	174	97	0	620	29	14	24	30	1.95
16653193--16653415	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
16653193--16653415	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
16653193--16653448	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
16656217--16656279	25	2.4	26	80	17	76	63	0	3	33	1.10
16665445--16665622	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
16665466--16665621	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
16673508--16673685	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
16673529--16673684	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
16678187--16678229	21	2.0	21	82	8	52	55	6	13	23	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16684620--16684656	2	18.5	2	94	0	65	0	45	0	54	1.00
16699892--16700116	40	5.6	40	94	1	301	24	21	28	25	1.99
16699892--16700143	80	3.2	80	86	3	330	23	21	27	27	1.99
16699892--16700143	120	2.1	120	83	3	312	23	21	27	27	1.99
16714987--16715130	48	3.0	48	89	0	216	27	16	26	29	1.97
16714988--16715150	48	3.4	48	87	1	175	28	17	25	28	1.97
16718771--16718817	22	2.1	22	85	14	62	25	8	17	48	1.74
16718941--16719015	21	3.5	21	66	20	55	21	13	29	36	1.91
16720473--16720539	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
16720589--16720719	26	5.2	26	80	2	144	30	20	21	27	1.98
16720589--16720701	52	2.2	51	88	1	172	30	20	21	28	1.98
16734540--16734569	15	1.9	16	93	6	53	36	10	0	53	1.35
16744337--16744361	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
16748799--16748823	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
16776758--16776807	28	1.9	26	84	15	68	24	24	12	40	1.88
16778859--16778913	20	2.7	19	83	5	56	21	34	0	43	1.53
16779429--16779602	87	2.0	87	94	0	303	25	22	11	40	1.88
16782155--16782205	19	2.7	18	75	24	52	41	0	1	56	1.10
16782165--16782203	20	2.0	20	85	10	53	41	0	2	56	1.13
16782509--16782556	20	2.5	20	76	10	55	52	6	0	41	1.27
16783905--16784131	48	4.9	48	76	10	236	27	18	25	28	1.98
16783910--16784117	90	2.2	92	79	9	219	28	18	25	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16787599--16787776	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
16787620--16787775	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
16795791--16795968	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
16795812--16795967	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
16803210--16803342	48	2.8	48	82	2	151	27	17	25	30	1.97
16805494--16805544	23	2.3	22	82	3	57	43	7	17	31	1.78
16805912--16805969	29	2.0	29	82	0	71	34	1	17	46	1.58
16806467--16806507	16	2.6	16	81	11	57	26	0	0	73	0.84
16806473--16806514	22	2.0	20	90	9	66	28	0	0	71	0.86
16806584--16806906	142	2.3	138	80	8	361	54	9	10	25	1.64
16818827--16818996	89	1.9	89	84	4	227	20	21	21	36	1.95
16825387--16825649	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
16829681--16829710	9	3.4	9	95	4	53	33	13	30	23	1.93
16835773--16835815	20	2.2	20	100	0	86	58	11	9	20	1.61
16835925--16835967	22	2.0	22	85	0	59	46	6	9	37	1.63
16838777--16838824	19	2.5	19	86	6	62	37	4	6	52	1.46
16848071--16848179	28	3.9	28	75	4	94	22	14	7	55	1.64
16848805--16848841	18	2.1	18	89	0	56	27	18	21	32	1.97
16852769--16852809	17	2.4	17	87	4	55	21	19	34	24	1.97
16854305--16854342	13	2.9	14	84	11	53	55	15	5	23	1.61
16860356--16860476	40	3.0	40	77	4	127	14	18	28	38	1.90
16867490--16867555	28	2.4	28	89	2	98	24	16	19	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16868913--16868939	11	2.5	11	100	0	54	40	25	14	18	1.89
16875616--16875838	40	5.6	39	81	8	218	26	21	27	24	2.00
16875696--16875873	79	2.2	80	82	3	200	25	22	28	23	1.99
16883580--16883789	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
16883527--16883789	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
16883528--16883824	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
16886111--16886166	25	2.2	25	96	0	103	35	26	23	14	1.93
16888393--16888447	24	2.3	24	96	0	101	27	27	18	27	1.98
16890531--16890691	80	2.0	80	93	0	277	32	21	18	27	1.96
16890572--16890691	40	3.0	41	68	22	126	32	22	18	26	1.97
16891352--16891394	15	2.9	15	79	6	52	27	0	34	37	1.57
16891478--16891613	7	18.7	7	73	8	67	20	0	30	49	1.49
16891850--16891924	26	2.9	27	88	4	109	44	6	4	45	1.48
16892039--16892073	17	2.0	17	88	5	52	34	0	0	65	0.93
16896287--16896364	9	8.3	9	77	8	84	44	21	1	32	1.60
16896287--16896349	27	2.3	27	88	0	99	44	22	1	31	1.62
16901903--16901948	21	2.2	21	84	0	56	23	21	52	2	1.58
16905127--16905981	425	2.0	426	93	0	1460	27	17	11	43	1.83
16908299--16908431	50	2.7	50	82	3	153	28	27	16	27	1.97
16916969--16917101	50	2.7	50	88	3	180	27	27	17	27	1.98
16922951--16923021	37	1.9	37	97	0	133	23	11	36	28	1.89
16932686--16933909	611	2.0	611	96	0	2250	39	22	11	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16934064--16934164	41	2.5	41	100	0	202	30	30	16	21	1.96
16935851--16935938	25	3.5	25	83	6	115	36	25	14	23	1.93
16938319--16938349	16	1.9	16	93	0	53	74	9	6	9	1.23
16938971--16939096	67	1.9	67	93	0	216	23	30	12	32	1.92
16943227--16943259	17	2.0	16	94	5	57	18	0	3	78	0.87
16943693--16943781	38	2.3	38	94	0	151	15	20	40	23	1.91
16943709--16943774	21	3.3	21	61	16	50	13	16	42	27	1.86
16946995--16947127	47	2.8	49	81	9	157	21	30	19	28	1.98
16955221--16955549	112	2.9	112	98	0	622	24	29	21	25	1.99
16957247--16957416	46	3.7	46	74	16	154	31	30	17	20	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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