genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62834447--62834568	37	3.5	37	74	13	121	50	10	17	21	1.75
62835070--62835343	27	10.2	27	81	5	241	40	7	21	29	1.80
62835070--62835343	81	3.4	81	81	1	318	40	7	21	29	1.80
62835294--62835355	27	2.3	27	80	0	70	30	6	22	40	1.79
62837468--62837598	6	21.3	6	70	16	81	49	12	19	18	1.79
62837477--62837598	37	3.5	37	72	17	123	50	12	19	18	1.78
62837519--62837598	31	2.6	31	79	0	88	50	12	17	20	1.78
62838107--62838181	39	1.9	39	86	0	105	38	5	26	29	1.78
62838146--62838445	27	11.1	27	82	5	356	41	6	22	30	1.78
62840591--62840721	6	21.3	6	68	13	79	50	13	17	18	1.78
62840615--62840699	37	2.3	37	89	0	125	48	14	18	18	1.81
62840840--62840899	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
62841158--62841510	27	13.1	27	83	3	406	40	5	20	32	1.77
62842080--62842104	12	2.1	12	100	0	50	40	24	16	20	1.91
62842278--62842335	25	2.3	25	93	0	107	12	39	22	25	1.89
62843717--62843835	6	19.3	6	67	17	66	49	12	17	20	1.79
62843749--62843796	13	3.8	13	73	15	55	45	10	22	20	1.81
62843738--62843800	25	2.5	25	94	0	108	47	11	20	20	1.80
62843762--62843835	31	2.4	31	81	0	94	48	13	17	20	1.80
62843954--62844013	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
62844345--62844695	27	13.0	27	83	4	431	41	5	21	31	1.76
62844647--62844734	27	3.3	26	87	3	86	29	5	22	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62845447--62845499	25	2.1	25	96	0	97	13	32	22	32	1.92
62857803--62857894	35	2.6	35	79	3	105	45	22	6	25	1.76
62866378--62866417	21	1.9	21	89	0	62	35	15	17	32	1.91
62872891--62872921	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
62872888--62872927	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
62873113--62873367	55	4.8	54	80	8	249	21	25	17	35	1.95
62873160--62873357	108	1.8	110	85	4	285	23	25	17	34	1.96
62880690--62880881	53	3.7	53	81	6	180	21	23	17	36	1.94
62880863--62880918	29	1.9	29	82	7	69	17	25	17	39	1.92
62882539--62882667	42	3.0	42	78	2	132	30	16	24	29	1.96
62884218--62884390	27	6.4	26	80	7	152	36	16	19	27	1.93
62884219--62884378	81	2.0	81	83	0	203	36	17	19	26	1.94
62884218--62884386	54	3.1	54	82	0	196	37	16	19	26	1.93
62885130--62885189	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
62891217--62891362	27	5.4	27	88	0	211	34	19	21	23	1.96
62892817--62892904	40	2.2	40	79	2	97	25	28	22	23	1.99
62892840--62892984	40	3.6	40	85	4	184	22	26	24	26	2.00
62897820--62898028	38	5.0	38	72	18	157	29	24	15	30	1.95
62897865--62897998	48	2.8	48	87	1	189	30	23	14	31	1.95
62899586--62899624	20	2.0	20	84	0	51	33	23	2	41	1.68
62899809--62900007	49	3.8	52	80	7	219	21	26	17	34	1.95
62901638--62901810	46	3.7	46	76	7	188	21	20	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62909168--62909340	46	3.7	46	73	13	174	23	21	26	28	1.99
62909165--62909335	93	1.8	93	91	0	279	23	21	26	28	1.99
62919896--62919922	12	2.2	12	100	0	54	14	29	25	29	1.95
62923782--62923823	19	2.3	19	87	4	59	52	2	16	28	1.56
62924707--62924789	34	2.4	34	83	0	103	32	33	15	18	1.92
62929205--62929312	55	2.0	53	94	5	191	42	12	14	29	1.83
62934135--62934291	43	3.7	43	76	5	149	26	16	22	34	1.95
62941985--62942018	17	2.0	17	88	0	50	55	14	0	29	1.40
62948217--62948276	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
62957468--62957663	98	2.0	96	91	3	313	37	6	25	31	1.80
62957464--62957660	48	4.1	48	87	5	306	37	6	24	31	1.80
62957810--62957918	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
62960227--62961345	572	2.0	570	90	1	1792	32	17	16	33	1.93
62974414--62974563	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
62974386--62974563	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
62974387--62974542	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
62989911--62989963	27	2.0	27	88	7	81	16	24	26	32	1.97
62990762--62990794	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
62991863--62991927	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
62992042--62992121	27	2.9	27	79	5	88	20	22	22	35	1.96
63003028--63003097	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
63003028--63003125	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63003572--63003602	14	2.2	14	100	0	62	41	0	6	51	1.27
63007266--63007566	40	7.6	40	85	6	373	25	27	21	25	1.99
63010977--63011105	51	2.5	52	90	6	201	27	26	14	31	1.95
63013153--63013625	237	2.0	237	98	0	919	37	20	16	25	1.93
63013995--63014171	40	4.4	40	85	4	234	25	27	22	23	2.00
63021954--63022130	40	4.4	40	85	4	234	25	27	22	23	2.00
63024498--63024603	41	2.5	42	82	10	119	27	18	27	26	1.98
63024498--63024609	43	2.7	40	83	8	118	26	18	27	26	1.98
63029555--63029632	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
63029585--63029912	174	1.9	174	94	0	584	29	14	24	30	1.95
63032985--63033107	48	2.6	47	88	5	167	26	17	29	27	1.97
63041471--63041654	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
63041471--63041654	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
63052315--63052357	21	2.0	21	100	0	86	48	0	27	23	1.51
63053225--63053388	48	3.4	48	85	1	222	24	14	32	28	1.95
63053210--63053383	96	1.8	96	89	2	278	24	14	32	28	1.95
63053210--63053404	96	2.0	96	85	2	257	24	15	31	28	1.95
63057410--63057466	30	1.9	30	82	7	71	28	22	7	42	1.80
63058390--63058501	24	4.3	27	77	13	110	21	22	16	39	1.92
63058402--63058502	24	4.0	24	81	9	121	21	20	17	39	1.92
63058390--63058501	52	2.2	52	88	0	161	21	22	16	39	1.92
63060634--63060703	23	2.9	23	80	6	77	34	20	24	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63060635--63060709	24	3.1	23	75	12	71	34	20	25	20	1.96
63063497--63063744	47	5.3	45	73	16	193	29	19	28	22	1.98
63063446--63063744	47	6.4	46	73	13	191	28	19	29	22	1.98
63063446--63063761	94	3.4	92	77	10	320	28	19	29	22	1.98
63063446--63063761	141	2.2	141	78	9	324	28	19	29	22	1.98
63068975--63069138	40	4.1	41	80	9	180	26	27	21	23	1.99
63076974--63077122	40	3.7	40	82	7	194	28	27	21	22	1.99
63082246--63082508	47	5.7	46	74	12	168	28	19	31	20	1.97
63082246--63082499	94	2.7	94	81	7	263	28	19	30	21	1.97
63088235--63088459	40	5.6	40	84	2	281	22	28	24	24	2.00
63096738--63096766	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
63100535--63100603	34	2.0	34	97	0	129	34	17	20	27	1.95
63101865--63102466	9	69.1	9	67	10	180	37	1	16	44	1.56
63101974--63102036	33	1.9	33	86	0	90	33	3	14	49	1.59
63102113--63102175	33	1.9	33	86	0	90	33	3	14	49	1.59
63102252--63102314	33	1.9	33	86	0	90	33	3	14	49	1.59
63102389--63102456	33	2.1	33	91	0	109	33	1	11	52	1.47
63102318--63102482	85	1.9	88	86	3	237	37	1	15	46	1.54
63101885--63102482	139	4.3	139	96	0	1047	37	1	16	44	1.56
63106263--63106434	46	3.7	45	77	13	179	29	26	20	23	1.99
63106270--63106438	93	1.8	93	90	0	275	28	27	20	23	1.99
63106265--63106454	46	4.1	45	71	16	138	29	26	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63113360--63113452	29	3.2	30	77	7	86	26	29	12	31	1.93
63120029--63120073	22	2.0	23	82	4	56	62	6	4	26	1.39
63121103--63121165	29	2.2	29	85	2	83	25	30	15	28	1.96
63121115--63121199	29	3.0	28	81	10	91	28	29	15	27	1.96
63121842--63121905	32	2.0	32	87	0	92	37	18	15	28	1.92
63128097--63128189	43	2.2	43	88	0	132	25	22	29	22	1.99
63132404--63132520	61	1.9	61	83	0	153	23	29	23	23	1.99
63134443--63134714	39	7.0	39	91	0	436	24	29	24	21	1.99
63138185--63138209	12	2.1	12	100	0	50	24	32	8	36	1.84
63140619--63140694	39	1.9	39	100	0	152	34	13	25	27	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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