Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  25  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7281166--7281214
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2.2
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6
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37.7
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2.1
86
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0
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2.0
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2.2
39
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0
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2
40
1.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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3.1
53
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15
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7411035--7411080
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2.7
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6.2
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1.87
7411702--7411756
18
3.1
17
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25
10
23
40
1.87
7415941--7416037
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2.3
42
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20
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155
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2.0
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2.4
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2.0
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26
26
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3.0
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3.1
74
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16
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7460765--7460999
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3.2
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33
20
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2.0
717
100
0
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3.3
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8
100
0
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0
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0.63
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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2.0
21
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11
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21
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1.8
126
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27
21
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15
124
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12
12
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1.79
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18
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13
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0
0
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0
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41
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5
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0
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144
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0
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0
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18
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8
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88
0
0
11
0.53
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7508001--7508432
18
25.0
18
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11
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1.79
7508014--7508155
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1.9
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8
173
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14
11
42
1.81
7508245--7508433
34
5.4
34
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10
168
30
12
12
44
1.79
7508245--7508432
17
10.8
17
77
12
150
29
12
12
45
1.79
7508411--7508458
21
2.3
20
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16
62
47
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8
35
1.64
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2.8
64
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10
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31
8
17
42
1.79
7514975--7515255
41
6.9
41
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5
327
22
17
27
33
1.96
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123
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123
97
0
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22
17
27
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15
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25
0
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1.48
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4.5
91
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16
251
33
20
18
26
1.96
7529814--7530188
176
2.1
175
90
2
583
33
19
20
26
1.97
7545969--7546019
20
2.7
18
80
14
57
50
0
0
49
1.00
7548956--7549001
22
2.1
22
84
8
58
56
0
4
39
1.19
7550564--7550605
21
2.0
21
100
0
84
23
33
14
28
1.94
7550944--7550989
23
2.0
22
84
12
58
52
2
2
43
1.25
7551042--7551083
12
3.2
13
83
10
59
76
0
23
0
0.79
7559505--7559558
20
2.8
19
75
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1
1
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1.16
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15
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15
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2
0
55
1.15
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15
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11
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1.77
7566028--7566114
31
2.9
31
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3
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36
10
11
41
1.75
7577346--7577397
23
2.3
23
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6
70
34
11
9
44
1.73
7581725--7581756
9
3.6
9
100
0
64
12
0
9
78
0.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7581807--7581858
23
2.3
23
86
6
70
34
11
9
44
1.73
7586771--7586809
5
7.6
5
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5
51
41
0
17
41
1.50
7587172--7587219
25
2.0
25
83
4
62
14
29
20
35
1.93
7587402--7587465
24
2.6
24
80
7
67
21
23
17
37
1.94
7589802--7590120
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6.7
48
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13
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25
29
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26
1.98
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14
2.1
14
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0
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1.9
21
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0
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10
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1.92
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11
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29
1.92
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2.8
46
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33
16
21
27
1.95
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2.3
20
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0
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1.73
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2.9
15
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67
0
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0
5
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1.17
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2.0
44
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13
108
65
0
8
26
1.20
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15
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14
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64
1
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1.29
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35
2.0
35
100
0
140
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25
1.96
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44
2.2
45
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3
148
29
20
21
29
1.98
7623732--7624007
44
6.3
44
69
12
199
22
22
22
33
1.97
7623738--7623838
43
2.3
44
89
1
150
24
15
24
34
1.95
7623780--7624475
88
8.1
88
81
11
759
21
23
22
32
1.98
7623823--7624058
44
5.4
44
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15
200
20
23
23
31
1.98
7624028--7624088
30
2.0
30
84
6
79
24
22
24
27
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7623987--7624137
74
2.1
73
92
1
248
21
25
22
30
1.99
7624061--7624436
87
4.4
87
92
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557
22
24
20
32
1.98
7624156--7624298
43
3.3
43
70
16
150
23
26
20
30
1.98
7623782--7624436
174
3.8
171
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784
21
23
21
32
1.98
7624061--7624488
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5.0
85
87
5
476
21
23
20
33
1.97
7624485--7624850
178
2.1
178
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21
17
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1.96
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89
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1.96
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49
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2
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29
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1.99
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0
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0
0
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0.92
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2.4
45
92
6
175
27
15
18
39
1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          321   322