genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.303.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100596733--100596783	25	2.0	24	85	11	66	52	3	1	41	1.31
100602952--100603171	113	2.0	112	81	4	264	33	10	20	35	1.88
100614009--100614107	46	2.1	48	86	3	139	35	15	22	27	1.94
100621579--100621621	18	2.4	18	88	0	59	30	4	37	27	1.77
100621810--100621872	32	2.0	32	100	0	126	44	7	19	28	1.78
100624534--100624578	18	2.5	19	78	10	58	57	2	24	15	1.49
100628047--100628083	5	7.4	5	100	0	74	21	0	0	78	0.75
100639554--100639607	23	2.2	24	83	6	65	27	25	14	31	1.95
100642752--100642791	18	2.2	19	86	4	55	7	10	27	55	1.60
100644422--100644464	22	2.0	21	82	13	52	76	4	6	11	1.13
100645959--100645987	7	4.1	7	100	0	58	58	0	0	41	0.98
100646160--100646189	15	1.9	16	93	6	53	43	0	3	53	1.17
100646423--100646452	7	4.3	7	91	0	51	20	0	0	80	0.72
100648217--100648242	7	3.7	7	100	0	52	26	57	0	15	1.38
100657463--100658447	408	2.4	408	93	0	1675	33	15	14	35	1.89
100660630--100660693	31	2.1	31	93	0	110	31	21	21	25	1.98
100673999--100674062	30	2.2	29	94	2	110	25	18	23	32	1.97
100675361--100675688	164	2.0	163	88	4	484	32	17	7	42	1.78
100675899--100676074	50	3.5	48	84	6	217	31	27	16	25	1.96
100686401--100686759	27	13.6	26	79	10	153	37	20	8	33	1.82
100686497--100686625	54	2.4	54	96	0	240	29	23	7	39	1.82
100686497--100686695	54	3.7	53	82	2	218	34	21	7	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100686497--100686697	81	2.5	81	85	1	251	34	21	6	36	1.80
100686512--100686759	54	4.6	54	85	1	201	35	22	7	34	1.83
100686547--100686759	81	2.6	81	79	0	210	37	21	7	34	1.80
100686568--100686761	27	7.1	27	82	3	158	37	22	7	33	1.81
100686717--100686886	27	6.3	27	85	2	164	37	20	17	25	1.93
100686663--100686840	54	3.3	52	79	7	151	40	20	12	26	1.88
100686634--100686884	81	3.1	81	77	7	226	39	19	14	27	1.90
100690450--100690513	27	2.2	29	89	8	96	15	25	31	28	1.96
100691003--100691047	18	2.4	18	85	7	54	40	8	17	33	1.81
100696306--100696345	20	2.0	20	100	0	80	45	10	10	35	1.71
100699883--100699919	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
100716548--100716618	35	2.0	36	94	2	126	36	12	14	36	1.84
100716540--100716630	19	4.9	19	88	8	143	36	13	15	35	1.86
100716912--100716947	18	2.1	17	89	5	54	33	0	0	66	0.92
100720875--100721013	75	1.9	75	98	0	269	33	11	17	38	1.85
100725433--100725594	89	1.8	87	82	2	207	30	18	22	27	1.97
100725354--100725934	219	2.7	220	93	1	990	33	19	21	26	1.97
100726335--100726432	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
100726335--100726425	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
100726335--100726448	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
100726713--100726749	18	2.1	17	90	5	56	32	0	0	67	0.91
100738350--100738475	41	3.0	44	78	13	147	30	26	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100740723--100741550	414	2.0	414	100	0	1656	34	12	18	34	1.89
100744321--100744361	20	2.0	21	85	4	57	43	12	7	36	1.70
100746445--100746484	21	2.0	20	90	5	62	42	22	0	35	1.54
100749808--100749966	46	3.2	47	79	8	149	29	28	16	25	1.97
100750003--100750096	31	3.0	31	90	6	154	23	24	22	29	1.99
100754206--100754263	26	2.2	27	84	3	73	20	22	20	36	1.95
100760739--100760797	20	2.9	19	85	5	73	37	20	28	13	1.91
100760718--100760797	40	2.0	40	85	0	106	35	20	31	13	1.91
100767079--100767237	35	4.5	35	79	0	174	30	8	18	42	1.80
100772367--100772471	53	2.0	53	90	0	165	36	14	25	23	1.93
100802208--100802268	13	4.6	13	75	16	63	21	3	1	73	1.06
100802178--100802271	48	2.0	48	85	4	127	21	6	1	71	1.15
100803786--100803839	24	2.2	25	87	9	76	25	5	3	64	1.32
100803786--100803839	25	2.2	24	83	9	65	25	5	3	64	1.32
100814459--100814627	46	3.6	45	80	10	155	27	17	30	24	1.97
100822266--100822469	53	3.8	53	76	3	194	37	18	23	20	1.94
100823270--100823369	50	2.0	50	100	0	200	38	12	22	28	1.89
100823779--100823898	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
100825354--100825429	25	3.2	25	65	24	72	30	10	31	27	1.90
100825342--100825442	47	2.1	48	94	5	188	28	9	31	29	1.89
100825225--100825625	220	1.8	220	98	0	775	31	6	26	34	1.83
100825562--100825758	47	4.1	47	82	7	241	30	10	30	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100825732--100825822	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
100825967--100826148	37	4.9	37	96	0	319	24	19	30	25	1.98
100827404--100828595	40	29.8	40	97	0	2177	20	22	31	25	1.98
100828807--100828915	57	1.9	57	86	1	155	24	19	28	27	1.98
100832277--100832567	47	6.1	47	87	4	393	31	11	30	26	1.92
100832377--100832451	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
100832541--100832631	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
100832288--100832616	141	2.3	140	83	7	369	32	11	30	25	1.92
100832774--100832881	37	2.9	37	91	2	173	25	18	30	25	1.98
100836963--100837965	39	25.6	39	97	1	1811	25	22	28	23	2.00
100839342--100839393	23	2.3	23	83	6	61	32	21	23	23	1.98
100864911--100864984	38	1.9	38	94	0	130	29	12	16	41	1.84
100866963--100867006	18	2.4	18	84	0	52	59	9	4	27	1.48
100867903--100867978	29	2.6	29	85	0	98	26	28	19	25	1.99
100867868--100867978	58	1.9	57	83	1	141	25	30	17	27	1.97
100868206--100868252	16	3.0	16	78	3	51	10	12	21	55	1.67
100868201--100868251	24	2.1	24	88	0	75	7	13	21	56	1.62
100868826--100868926	52	2.0	51	82	5	123	44	10	25	18	1.83
100872542--100872760	40	5.5	40	91	2	327	23	21	27	26	1.99
100880704--100880882	40	4.5	40	88	2	256	22	24	26	26	2.00
100888336--100888554	40	5.5	40	91	2	336	23	22	27	26	1.99
100899837--100899867	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100900482--100900671	56	3.4	55	90	1	281	28	14	22	34	1.94
100900479--100900700	56	4.0	55	83	13	228	27	14	23	33	1.94
100900494--100900700	112	1.8	112	85	8	296	27	15	24	32	1.95
100909014--100909092	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
100909211--100909698	49	10.1	48	95	1	786	29	29	9	32	1.88
100915784--100915823	19	2.1	19	100	0	80	42	0	10	47	1.37
100917717--100917741	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
100927866--100927923	28	2.2	26	84	6	71	51	3	1	43	1.28
100930411--100930582	46	3.7	46	76	11	172	20	19	29	29	1.97
100930405--100930575	92	1.9	92	88	0	261	21	20	29	29	1.98
100933521--100933570	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
100935960--100936127	46	3.6	46	76	10	180	22	22	26	28	1.99
100935957--100936128	93	1.8	93	92	0	290	22	22	27	27	1.99
100939774--100939829	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
100939763--100939829	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
100939880--100940019	23	6.0	23	85	3	165	26	19	23	30	1.98
100940212--100940275	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
100945368--100945476	37	2.9	37	94	0	182	27	31	18	22	1.97
100945623--100945807	48	3.8	48	89	4	273	30	26	6	36	1.82
100945623--100945806	98	1.9	96	89	4	289	29	26	6	36	1.82
100949892--100950163	40	6.8	40	86	0	382	26	27	20	25	1.99
100950274--100950349	38	2.0	38	97	0	143	42	25	6	26	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100951463--100951577	37	3.1	37	88	0	158	28	28	18	24	1.98
100951724--100951907	98	1.9	96	88	4	280	29	26	8	35	1.86
100951724--100951908	48	3.8	48	88	4	273	29	25	8	35	1.86
100955017--100955056	19	2.1	19	86	9	55	27	35	15	22	1.94
100956953--100957105	77	2.0	77	97	0	288	39	14	26	19	1.90
100962061--100962100	19	2.1	19	86	9	55	27	35	15	22	1.94
100963386--100963428	14	3.1	14	83	3	52	11	41	6	39	1.68
100964216--100964529	46	6.8	46	87	5	418	20	19	29	29	1.97
100967460--100967528	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
100967451--100967538	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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