genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26166826--26167134	40	7.7	40	90	0	474	30	20	27	22	1.98
26166827--26167134	80	3.8	80	98	0	580	30	20	27	22	1.98
26168436--26168526	28	3.2	28	65	17	80	36	10	17	35	1.85
26168421--26168534	56	2.0	56	96	0	210	39	12	18	29	1.87
26174311--26174426	43	2.7	42	77	6	126	28	23	16	31	1.96
26176000--26176177	27	6.6	27	82	3	178	29	28	15	26	1.96
26176026--26176176	82	1.9	81	88	4	232	28	27	16	27	1.97
26176000--26176202	27	7.4	26	76	14	135	29	28	15	26	1.96
26180853--26180881	11	2.6	11	100	0	58	72	6	6	13	1.26
26182975--26183060	15	5.9	14	71	14	57	79	3	15	2	0.98
26186109--26186167	14	4.2	14	78	8	57	20	33	6	38	1.79
26191497--26191634	56	2.5	56	95	0	240	34	22	13	29	1.93
26192454--26192497	21	2.1	21	100	0	88	13	9	4	72	1.24
26194766--26194848	27	3.1	27	75	16	75	33	19	22	24	1.97
26194984--26195291	27	11.4	27	82	1	366	23	21	19	35	1.96
26197069--26197236	47	3.6	45	76	13	169	25	19	30	24	1.98
26197068--26197330	94	2.8	92	80	7	307	25	17	30	26	1.98
26197116--26197277	47	3.5	44	71	12	130	23	16	32	27	1.95
26204557--26204871	94	3.4	94	75	10	243	27	21	28	22	1.99
26205744--26205860	55	2.1	54	80	11	132	23	26	25	23	2.00
26208981--26209201	40	5.6	39	86	3	264	25	28	22	23	1.99
26208981--26209165	79	2.3	80	88	0	273	25	27	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26211300--26211522	119	1.9	120	83	6	292	25	27	22	25	2.00
26211298--26211522	40	5.7	40	84	6	278	25	27	22	24	2.00
26215124--26215183	26	2.4	25	78	10	61	50	13	10	26	1.73
26216275--26216504	27	8.5	27	76	0	208	25	22	16	34	1.95
26216377--26216523	27	5.5	27	75	11	106	26	23	15	34	1.94
26234767--26234952	80	2.3	82	87	3	272	25	27	22	24	2.00
26234748--26234952	40	5.1	40	81	7	220	25	27	21	25	2.00
26242435--26242559	63	2.0	63	98	0	241	26	27	17	28	1.98
26242546--26242675	40	3.2	40	86	6	174	25	28	20	26	1.99
26242546--26242731	80	2.3	82	85	3	245	25	27	21	25	1.99
26242546--26242731	40	4.6	41	79	9	163	25	27	21	25	1.99
26245482--26245734	129	2.0	129	92	1	427	33	21	20	24	1.97
26245683--26245787	53	2.0	53	92	3	176	32	17	25	24	1.97
26258119--26258149	15	2.1	15	93	0	53	38	19	9	32	1.84
26261236--26261286	21	2.4	21	90	0	84	54	0	11	33	1.37
26270068--26270201	39	3.4	39	76	3	99	33	26	19	20	1.97
26270116--26270851	39	18.7	39	87	2	855	28	27	22	21	1.99
26270149--26270833	275	2.5	274	88	2	998	28	27	22	21	1.99
26275327--26275361	13	2.7	13	95	0	61	11	25	42	20	1.85
26284753--26284865	38	2.9	38	86	2	136	22	23	27	27	1.99
26284769--26284876	38	2.8	38	87	0	144	20	22	27	29	1.98
26287425--26287799	48	7.8	48	75	6	305	29	17	26	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26287425--26287803	96	3.9	97	87	4	527	28	17	26	26	1.98
26287425--26287806	144	2.6	142	79	4	399	28	17	26	26	1.98
26290785--26290823	21	1.9	20	89	5	60	10	41	30	17	1.83
26296044--26296251	47	4.2	47	81	7	168	33	28	13	24	1.94
26296057--26296305	54	4.9	51	80	9	194	32	27	14	25	1.95
26296204--26296330	54	2.5	49	78	8	123	29	26	16	26	1.97
26300908--26300952	21	2.1	21	95	0	81	33	31	0	35	1.58
26303248--26303317	27	2.6	26	88	8	104	37	17	17	28	1.92
26303471--26303724	127	2.0	127	85	1	348	20	21	23	34	1.96
26305444--26305495	27	1.9	27	92	0	86	36	15	15	32	1.89
26305654--26305891	127	1.9	127	84	3	327	21	23	18	36	1.95
26305887--26305934	22	2.2	22	92	0	78	16	25	22	35	1.95
26311871--26312088	40	5.5	40	87	2	280	24	23	27	24	2.00
26321212--26321250	14	2.8	14	100	0	78	58	12	7	20	1.58
26321463--26321501	14	2.8	14	100	0	78	58	12	7	20	1.58
26321196--26321697	251	2.0	251	100	0	1004	45	13	14	25	1.82
26326905--26326974	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
26334445--26334514	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
26352346--26352397	25	2.1	25	100	0	104	30	7	15	46	1.74
26358403--26358628	40	5.7	39	84	6	226	23	21	28	26	1.99
26358442--26358625	79	2.3	80	88	0	262	23	21	27	27	1.99
26358442--26358648	79	2.6	78	79	8	220	24	21	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26363100--26363923	412	2.0	412	93	0	1427	29	17	23	29	1.97
26366887--26367132	40	6.2	40	77	12	224	23	21	28	26	1.99
26366928--26367109	79	2.3	80	89	0	267	23	21	28	26	1.99
26366928--26367132	79	2.6	79	85	3	261	23	21	28	26	1.99
26370649--26370673	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
26371822--26371995	47	3.7	46	67	9	127	24	14	24	35	1.94
26371794--26371976	94	1.9	94	88	2	278	25	14	24	36	1.93
26372260--26372291	16	1.9	17	93	6	57	40	18	9	31	1.83
26373043--26373095	25	2.1	25	85	0	70	26	32	26	15	1.95
26376345--26376460	36	3.2	36	78	7	135	18	16	27	37	1.92
26376329--26376509	73	2.5	73	87	1	238	17	13	30	37	1.89
26376329--26376437	36	3.0	36	78	8	139	17	15	29	37	1.91
26376807--26376852	24	1.9	24	82	8	58	13	2	10	73	1.17
26381320--26381428	49	2.2	49	83	3	139	22	30	19	27	1.98
26382902--26383094	38	5.1	38	89	4	302	25	22	18	34	1.96
26382902--26383094	76	2.6	76	94	2	336	25	22	18	34	1.96
26389460--26389646	38	4.9	38	90	1	277	24	24	19	32	1.98
26394015--26394183	41	4.1	41	77	8	139	26	28	21	23	1.99
26394037--26394184	41	3.7	40	78	10	158	27	27	21	23	1.99
26398752--26399021	49	5.6	48	92	2	402	28	29	7	34	1.85
26406457--26406624	41	4.1	41	73	10	119	27	29	21	22	1.99
26406471--26406616	41	3.6	41	81	7	156	27	28	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26412081--26412129	15	3.3	15	80	5	55	59	14	10	16	1.61
26422414--26422717	40	7.7	40	90	4	431	25	21	27	25	1.99
26433716--26433837	43	2.8	43	81	10	135	34	25	14	25	1.94
26436150--26436175	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
26437914--26438084	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
26437906--26438081	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
26440477--26440554	15	5.2	15	69	17	54	53	15	19	11	1.71
26440458--26440554	30	3.2	31	78	12	94	55	14	19	10	1.67
26447016--26447067	27	1.9	27	92	0	86	26	21	19	32	1.97
26447113--26447180	16	4.3	15	81	7	82	42	5	23	27	1.77
26447109--26447180	32	2.3	32	85	7	94	43	5	23	27	1.76
26447334--26447388	26	2.1	26	86	0	74	61	0	0	38	0.96
26447341--26447396	26	2.2	26	80	6	60	64	0	0	35	0.94
26450912--26451160	27	9.4	27	79	9	253	30	11	19	38	1.87
26451477--26451541	28	2.3	28	83	0	85	26	36	16	20	1.93
26454353--26454495	27	5.3	27	83	3	112	32	13	16	37	1.87
26454391--26454714	27	12.0	27	81	2	294	33	10	18	38	1.84
26454394--26454733	81	4.2	81	81	3	339	32	9	18	39	1.83
26457721--26457763	7	6.1	7	100	0	86	27	13	0	58	1.37
26463259--26463307	24	2.0	24	100	0	98	32	4	8	55	1.48
26463769--26463820	25	2.1	25	100	0	104	23	11	7	57	1.59
26476913--26477043	42	3.1	42	75	12	124	32	25	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26481563--26481603	20	2.1	20	86	4	57	68	12	4	14	1.36
26483581--26483974	54	7.3	54	89	0	601	39	21	9	30	1.84
26483581--26483977	27	14.7	27	85	0	517	39	20	9	30	1.85
26483905--26484370	27	17.3	27	83	2	481	34	19	18	26	1.95
26483581--26484324	54	13.8	54	85	2	384	37	20	14	28	1.91
26483581--26484324	81	9.2	80	84	4	420	37	20	14	28	1.91
26483959--26484341	81	4.7	81	90	0	543	34	19	19	26	1.95
26484795--26484858	22	2.9	22	77	9	58	18	21	23	35	1.95
26484910--26484969	6	9.8	6	72	16	52	18	18	15	48	1.81
26486916--26487389	54	8.8	53	85	3	597	39	19	9	31	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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