genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24289467--24289789	81	4.0	81	83	7	399	29	10	21	39	1.86
24289493--24289793	27	11.1	27	82	9	332	29	9	21	38	1.86
24291470--24291641	46	3.7	46	76	13	181	30	28	19	22	1.98
24293189--24293307	59	2.0	59	98	0	229	39	26	12	21	1.89
24293809--24293833	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
24297757--24297932	92	1.9	92	83	4	228	26	28	16	27	1.97
24299973--24300143	86	2.0	86	82	4	211	39	20	7	33	1.80
24300164--24300210	19	2.4	19	89	3	67	48	2	2	46	1.25
24300201--24300236	17	2.1	18	89	5	56	52	0	0	47	1.00
24300267--24300305	10	3.9	10	83	10	53	61	0	0	38	0.96
24300505--24300590	9	9.2	10	74	14	60	32	2	1	63	1.14
24300496--24300590	19	5.1	18	75	16	77	34	2	1	62	1.14
24300496--24300564	27	2.5	27	79	9	86	33	1	1	63	1.12
24300566--24300618	26	2.0	28	85	7	74	41	0	1	56	1.10
24300548--24300648	46	2.2	46	81	8	109	37	1	1	58	1.21
24300675--24300962	90	3.1	95	81	11	335	31	10	21	37	1.86
24300789--24300996	90	2.3	88	88	3	301	31	9	21	37	1.86
24310739--24311557	63	13.0	63	100	0	1638	25	30	14	30	1.95
24314477--24314538	31	2.0	31	87	3	90	41	3	1	53	1.27
24314119--24314549	139	3.0	143	80	10	504	44	3	9	42	1.54
24320299--24320445	76	1.9	77	91	4	242	30	14	14	40	1.86
24322248--24322309	31	2.0	31	87	3	90	41	3	1	53	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24321890--24322320	139	3.0	143	80	10	504	44	3	9	42	1.54
24323485--24323590	53	2.0	53	98	0	203	33	8	16	40	1.79
24323503--24323589	27	3.3	27	64	15	72	34	9	13	42	1.77
24324392--24324430	14	2.8	14	96	0	69	38	0	28	33	1.57
24325931--24326028	40	2.5	40	90	5	146	24	24	29	21	1.99
24328745--24328983	120	2.0	120	96	0	442	29	17	27	25	1.97
24328892--24329076	67	2.9	64	75	11	180	29	17	29	23	1.97
24330302--24330587	147	1.9	147	96	0	527	38	6	21	33	1.79
24335339--24335505	39	4.3	39	91	0	244	21	25	19	32	1.97
24345377--24345522	40	3.7	40	81	7	145	26	28	21	23	1.99
24346652--24346771	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
24352172--24352439	146	1.8	146	99	0	527	28	20	16	35	1.94
24353391--24353536	40	3.7	40	81	7	145	26	28	21	23	1.99
24354664--24354783	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
24362254--24362373	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
24364880--24364949	30	2.3	30	87	0	104	21	25	32	20	1.97
24366032--24366078	10	4.6	10	85	12	51	34	0	4	61	1.15
24368459--24368511	29	1.9	28	85	11	74	39	3	24	32	1.73
24369063--24369217	43	3.6	42	80	6	134	22	18	27	30	1.97
24369061--24369211	42	3.5	43	74	11	132	23	19	26	30	1.98
24370481--24370598	55	2.1	54	80	7	130	22	22	32	22	1.98
24370629--24370725	42	2.3	42	94	0	176	16	26	34	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24375914--24376023	44	2.6	42	82	4	130	21	18	29	30	1.97
24380538--24380568	12	2.6	12	89	0	53	90	0	9	0	0.46
24381722--24381746	11	2.3	11	100	0	50	36	0	20	44	1.52
24382861--24382974	45	2.5	45	92	0	183	14	35	7	42	1.74
24382861--24383010	45	3.3	45	84	3	140	13	35	8	43	1.73
24383826--24383927	37	2.8	37	92	0	168	26	29	18	25	1.98
24384044--24384213	47	3.6	47	89	3	259	28	30	7	32	1.85
24391830--24391868	19	2.1	18	90	9	69	43	10	28	15	1.79
24394476--24394588	45	2.5	45	92	1	192	13	33	9	43	1.77
24397157--24397212	27	2.1	27	100	0	112	41	17	10	30	1.84
24398230--24398363	67	2.0	67	98	0	259	29	30	17	22	1.97
24400761--24400875	49	2.4	49	85	5	146	27	22	27	21	1.99
24400628--24400886	140	1.9	138	80	9	303	26	20	28	24	1.99
24412764--24412855	20	4.6	20	90	0	139	46	1	28	23	1.59
24416441--24416505	11	6.1	11	75	5	62	36	13	16	32	1.89
24416441--24416491	21	2.4	21	90	0	75	37	11	19	31	1.88
24416443--24416503	32	1.9	31	83	3	77	36	11	18	34	1.86
24416801--24416883	31	2.7	31	88	3	125	28	18	25	27	1.98
24419490--24419611	22	5.3	22	62	21	61	25	28	11	34	1.91
24419462--24419718	47	5.4	47	88	3	356	26	29	9	33	1.88
24428654--24428718	11	6.1	11	75	5	62	36	13	16	32	1.89
24428654--24428704	21	2.4	21	90	0	75	37	11	19	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24428656--24428716	32	1.9	31	83	3	77	36	11	18	34	1.86
24429015--24429097	31	2.7	31	87	3	116	28	16	25	28	1.97
24431564--24431615	20	2.6	20	84	9	70	21	26	21	30	1.98
24433212--24433303	46	2.0	46	95	0	166	33	9	27	29	1.89
24441196--24441292	50	2.0	49	93	2	167	36	11	24	26	1.89
24453560--24453716	43	3.7	41	81	8	154	26	19	22	31	1.98
24454859--24454957	38	2.6	38	90	3	146	35	27	18	19	1.95
24454897--24455022	65	1.9	65	88	0	189	33	26	19	20	1.96
24454962--24455035	38	1.9	38	91	0	121	25	25	24	24	2.00
24457463--24457680	40	5.5	40	90	2	325	23	23	27	24	2.00
24463844--24463868	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
24464972--24465140	43	3.9	43	80	3	196	26	15	26	31	1.96
24467692--24467854	42	3.7	42	84	8	193	28	26	14	30	1.95
24467777--24467945	47	3.6	46	86	3	203	29	27	15	27	1.96
24467736--24467945	95	2.3	94	83	8	245	29	27	15	28	1.96
24467954--24467982	7	4.1	7	100	0	58	13	27	13	44	1.82
24467981--24468222	31	7.8	31	91	3	398	26	27	19	27	1.99
24468198--24468324	50	2.5	51	87	2	175	27	22	14	35	1.93
24471689--24471738	16	3.1	16	78	21	68	38	0	26	36	1.57
24471714--24471888	49	3.6	47	87	4	233	30	9	31	28	1.88
24479803--24479835	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
24492712--24492754	16	2.7	16	81	0	59	9	16	18	55	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24505482--24505738	40	6.6	40	88	8	370	22	27	20	28	1.99
24505513--24505576	32	2.0	32	93	0	110	18	31	23	26	1.98
24514303--24514344	18	2.3	19	87	4	59	42	2	7	47	1.43
24516808--24516980	46	3.7	46	78	14	203	21	20	27	29	1.98
24516805--24516975	93	1.8	93	93	2	299	21	21	28	28	1.98
24517846--24517889	21	2.2	20	83	4	52	52	0	4	43	1.22
24520816--24521278	233	2.0	233	99	0	917	31	23	11	32	1.91
24521803--24521863	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
24523966--24524053	27	3.3	26	78	9	79	39	25	7	27	1.83
24524034--24524186	27	5.7	27	91	0	234	28	22	9	39	1.86
24524004--24524186	81	2.3	81	84	0	231	30	22	9	37	1.86
24524180--24524482	161	1.9	161	90	2	493	34	17	21	26	1.95
24524189--24524492	81	3.8	81	88	2	450	33	18	21	25	1.96
24524189--24524492	27	11.3	27	88	0	403	33	18	21	25	1.96
24525153--24525254	27	3.8	27	79	14	104	18	22	21	37	1.94
24525153--24525254	54	1.9	53	84	6	134	18	22	21	37	1.94
24525391--24525499	31	3.5	31	87	1	146	19	13	15	51	1.76
24529192--24529252	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
24533761--24533873	27	4.1	27	79	10	106	36	21	23	19	1.95
24533763--24533870	55	2.0	54	85	5	146	37	19	23	20	1.95
24533761--24533873	28	4.1	28	75	6	99	36	21	23	19	1.95
24538019--24538100	41	2.0	41	97	0	155	50	17	12	20	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24538466--24538533	27	2.5	28	83	6	79	39	22	20	17	1.92
24538484--24538551	28	2.4	28	87	4	93	33	25	23	17	1.96
24541637--24541672	17	2.1	18	89	5	56	41	5	5	47	1.50
24548611--24548679	19	3.5	19	69	7	57	46	1	39	11	1.49
24548615--24548679	21	3.2	20	66	16	53	46	1	38	12	1.51
24548615--24548684	14	5.1	14	72	27	62	44	1	38	14	1.54
24548608--24548688	40	2.1	39	95	2	144	45	1	38	13	1.52
24556008--24556084	28	2.7	30	80	15	99	45	32	3	18	1.67
24558178--24558306	65	2.0	65	98	0	249	41	20	6	31	1.78
24561931--24562056	42	2.9	43	76	5	130	28	18	21	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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