genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68062548--68062618	25	2.8	25	89	0	106	46	15	19	18	1.84
68062576--68062639	31	2.1	31	96	0	119	50	17	14	18	1.79
68062784--68062856	27	2.7	27	87	2	94	36	19	24	19	1.94
68062835--68062884	25	1.9	26	84	15	68	42	18	20	20	1.90
68063016--68063079	22	3.0	22	81	4	76	34	23	21	20	1.97
68063533--68063692	27	5.9	27	88	0	221	25	20	19	35	1.95
68063533--68063691	81	2.0	81	89	2	248	25	20	19	35	1.96
68063704--68063878	27	6.5	27	88	0	233	40	6	22	30	1.79
68063886--68063989	27	3.9	27	83	2	111	31	8	19	40	1.82
68063955--68064133	27	6.6	26	84	5	198	32	8	18	39	1.82
68066025--68066109	6	13.8	6	73	18	68	44	15	20	20	1.86
68066034--68066109	31	2.5	31	91	0	116	44	14	21	19	1.86
68066076--68066119	19	2.3	19	100	0	88	43	15	20	20	1.88
68066269--68066343	27	2.8	27	87	2	98	36	20	24	20	1.95
68066295--68066360	26	2.6	26	83	7	64	37	19	24	18	1.93
68066510--68066565	22	2.5	22	75	11	60	35	19	23	21	1.96
68066991--68067238	27	9.2	27	83	0	273	22	20	20	36	1.95
68067234--68067376	27	5.3	27	84	0	178	39	4	23	32	1.74
68067340--68067699	27	13.3	27	76	5	244	30	7	22	39	1.81
68067384--68067699	54	5.9	54	87	5	388	29	8	22	39	1.83
68067385--68067699	27	11.7	27	80	2	285	29	8	22	39	1.83
68069572--68069659	6	14.3	6	73	13	72	46	13	19	20	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68069572--68069671	31	3.2	31	89	0	146	47	15	18	20	1.83
68069819--68069892	27	2.8	27	87	2	96	33	20	25	20	1.97
68070051--68070114	22	3.0	22	81	4	76	34	23	21	20	1.97
68070541--68070789	27	9.3	27	84	2	295	23	20	19	36	1.95
68070793--68070940	27	5.5	27	89	3	199	41	8	21	28	1.81
68070784--68070954	54	3.2	53	81	5	191	39	7	21	32	1.81
68070774--68070953	81	2.2	80	79	7	218	37	7	21	32	1.82
68070918--68071167	27	9.3	27	75	7	170	30	9	20	40	1.84
68070785--68070940	81	1.9	81	89	0	240	41	7	21	30	1.81
68070810--68071061	81	3.1	81	79	2	213	35	7	21	35	1.82
68071008--68071167	54	3.0	54	90	0	241	31	8	20	40	1.83
68071008--68071167	27	6.0	27	84	4	207	31	8	20	40	1.83
68073116--68073243	6	20.8	6	71	16	75	47	16	17	18	1.83
68073125--68073266	31	4.5	31	89	0	185	48	16	16	18	1.81
68073403--68073477	27	2.8	27	87	2	98	36	20	24	20	1.95
68073429--68073494	26	2.6	26	83	7	64	37	19	24	18	1.93
68073635--68073699	22	3.0	22	77	8	69	33	24	21	20	1.97
68074126--68074367	27	9.0	27	83	2	281	22	21	20	35	1.96
68074376--68074597	27	8.3	27	86	1	275	39	8	22	28	1.84
68074373--68074597	107	2.1	108	84	0	299	39	8	22	29	1.84
68074611--68074695	27	3.1	27	89	0	125	29	9	22	38	1.85
68074628--68074806	81	2.2	81	80	4	191	30	10	20	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68074684--68074806	27	4.6	27	84	2	149	32	9	17	39	1.83
68076732--68076851	6	19.3	6	72	19	77	48	13	17	20	1.81
68076741--68076851	31	3.5	31	91	1	150	48	12	18	20	1.80
68076783--68076840	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
68077194--68077255	22	2.8	23	82	7	74	33	22	22	20	1.97
68077710--68077796	27	3.2	26	88	3	120	25	16	18	40	1.90
68077781--68078140	27	13.3	27	81	4	181	34	6	20	38	1.80
68077791--68077947	54	2.9	53	85	2	224	39	5	22	33	1.76
68077791--68077941	81	1.9	80	92	0	248	40	5	20	33	1.75
68077781--68077960	81	2.2	80	80	3	234	36	5	21	36	1.76
68077791--68077974	54	3.4	53	81	3	206	37	5	22	34	1.77
68079505--68079549	20	2.2	20	96	0	81	24	4	15	55	1.59
68085591--68085633	16	2.8	15	75	6	50	41	0	18	39	1.51
68086903--68086968	33	2.0	33	100	0	132	21	3	21	54	1.58
68091140--68091236	40	2.4	40	91	3	151	26	16	26	29	1.97
68093636--68093757	43	2.9	42	80	11	149	27	27	14	29	1.95
68097191--68097361	93	1.8	93	89	2	272	28	28	20	22	1.99
68097186--68097369	46	4.0	45	71	15	117	29	27	19	23	1.98
68104414--68104584	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	22	1.99
68104409--68104581	46	3.7	46	75	13	183	28	27	20	23	1.99
68109204--68109291	27	3.3	26	84	4	113	18	20	22	38	1.93
68132533--68132558	13	2.0	13	100	0	52	38	30	7	23	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68138489--68138624	43	3.2	42	77	12	143	26	16	25	31	1.97
68144568--68144608	18	2.3	18	95	0	73	29	12	29	29	1.93
68149381--68149504	40	3.1	40	80	7	155	27	28	20	23	1.99
68173274--68173451	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
68173295--68173450	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
68186002--68186303	40	7.6	40	97	1	545	26	27	22	22	1.99
68189415--68189789	48	7.9	46	73	13	255	28	19	28	23	1.98
68189415--68189789	94	3.9	95	77	12	335	28	19	28	23	1.98
68189459--68189791	95	3.5	95	78	14	307	28	18	29	23	1.98
68218655--68218686	16	2.0	16	93	0	55	31	31	3	34	1.73
68219983--68220051	16	4.2	16	88	3	111	24	2	36	36	1.71
68219983--68220051	33	2.1	32	91	2	111	24	2	36	36	1.71
68224594--68224662	16	4.2	16	88	3	111	24	2	36	36	1.71
68224594--68224662	33	2.1	32	91	2	111	24	2	36	36	1.71
68224898--68224932	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
68225018--68225052	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
68225138--68225172	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
68224881--68225279	120	3.3	120	98	0	773	49	5	2	43	1.35
68228372--68228397	13	2.0	13	100	0	52	61	7	30	0	1.24
68228362--68228440	36	2.2	36	93	0	131	54	13	24	7	1.65
68235383--68235687	48	6.4	47	79	6	326	36	26	11	25	1.91
68235384--68235686	96	3.2	96	97	0	561	35	26	11	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68235355--68235687	24	13.9	24	74	11	263	35	26	12	25	1.91
68236114--68236145	16	2.0	16	93	0	55	56	15	0	28	1.40
68254117--68254204	44	2.0	44	100	0	176	31	18	13	36	1.90
68269620--68269644	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
68272110--68272150	21	1.9	22	90	5	66	41	7	4	46	1.53
68275847--68275879	12	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
68275847--68275879	10	3.0	11	91	8	50	33	0	0	66	0.92
68282951--68283804	28	30.5	28	98	0	1604	35	28	11	25	1.90
68290265--68290418	28	5.5	28	94	0	247	33	27	11	26	1.91
68299073--68299175	28	3.6	29	78	3	93	25	32	12	30	1.93
68299104--68299195	29	3.2	28	86	6	123	27	30	13	29	1.94
68300083--68300127	23	1.9	23	81	4	54	40	4	26	28	1.75
68302688--68302795	43	2.5	43	82	5	146	33	14	23	28	1.94
68305272--68305343	25	2.9	25	83	6	92	26	19	22	31	1.97
68305389--68305428	21	1.9	21	89	0	62	35	17	10	37	1.83
68305404--68305434	16	1.9	16	93	0	53	35	19	9	35	1.85
68313341--68313413	25	2.9	25	89	0	110	23	23	26	27	2.00
68313315--68313413	50	2.0	50	82	7	121	23	23	24	29	1.99
68315801--68315927	63	2.0	63	95	0	227	40	11	19	27	1.87
68319398--68319493	27	3.6	27	72	10	81	32	17	13	36	1.89
68325013--68325047	16	2.3	15	90	5	52	45	5	20	28	1.73
68328030--68328074	22	2.0	22	86	8	63	33	17	6	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68329909--68330221	122	2.6	120	87	2	430	24	29	21	24	1.99
68329909--68330221	40	7.8	40	89	2	430	24	29	21	24	1.99
68340630--68340804	35	5.0	35	79	0	152	26	10	20	42	1.84
68358534--68358692	35	4.5	35	80	0	174	29	9	18	42	1.82
68358534--68358692	70	2.3	70	83	0	192	29	9	18	42	1.82
68362537--68362716	68	2.6	67	77	13	181	32	15	29	22	1.95
68366458--68366635	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
68366459--68366614	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
68366455--68366635	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
68370129--68370308	68	2.6	67	77	13	181	32	15	29	22	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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