genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57276702--57276884	48	3.9	48	72	9	142	21	28	20	30	1.98
57276748--57276921	94	1.9	94	87	4	262	22	26	20	29	1.99
57276757--57276924	47	3.6	45	75	11	151	23	26	20	29	1.99
57278727--57278797	35	2.0	35	83	5	90	25	22	22	29	1.99
57284179--57284205	14	1.9	14	100	0	54	85	7	0	7	0.75
57292782--57293094	39	8.0	39	89	2	425	30	30	20	17	1.96
57296045--57296203	27	5.9	27	80	11	173	37	22	23	16	1.94
57296038--57296203	54	3.1	54	88	1	235	37	22	22	16	1.94
57297746--57297881	26	5.2	26	99	0	254	36	26	5	31	1.80
57299378--57299494	59	2.0	58	89	1	180	21	29	15	33	1.94
57302460--57302615	80	2.0	80	97	0	294	36	23	17	21	1.95
57302839--57302981	73	2.0	73	91	0	232	30	36	18	14	1.91
57302990--57303182	27	7.1	27	82	9	198	38	23	20	17	1.93
57303014--57303182	54	3.1	54	87	3	241	37	24	20	17	1.93
57302990--57303182	81	2.4	83	83	6	225	38	23	20	17	1.93
57303150--57303269	60	2.0	60	96	0	222	31	32	14	21	1.93
57303411--57303598	94	2.0	94	94	0	331	28	19	14	37	1.91
57303923--57304069	73	2.0	73	95	0	267	44	23	9	22	1.82
57309181--57309265	43	2.0	43	100	0	170	35	15	18	30	1.92
57312335--57312492	48	3.3	48	90	0	235	31	23	20	25	1.98
57312335--57312514	48	3.8	48	90	0	234	30	22	21	26	1.99
57321423--57321644	46	4.9	44	75	13	157	26	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57323499--57323679	46	3.9	45	76	9	143	21	29	19	28	1.98
57323508--57323679	94	1.8	92	81	7	213	22	29	19	29	1.98
57325910--57325943	17	1.9	18	88	5	52	50	38	2	8	1.49
57327809--57327867	28	2.1	29	87	3	84	47	1	22	28	1.61
57328405--57328486	43	1.9	43	84	0	110	23	17	25	34	1.96
57336604--57336644	4	10.2	4	82	15	50	73	0	2	24	0.96
57350409--57350571	84	1.9	84	98	0	317	34	14	11	40	1.81
57350979--57351155	93	1.9	93	95	0	318	29	25	10	33	1.89
57351217--57351326	53	2.1	54	92	1	186	54	13	9	22	1.67
57351368--57351820	227	2.0	227	90	2	723	30	20	18	30	1.96
57361466--57361491	13	2.0	13	100	0	52	23	38	15	23	1.92
57365410--57365592	47	3.9	48	70	11	164	22	29	18	29	1.97
57391332--57391372	22	1.9	22	90	5	66	14	29	43	12	1.82
57392875--57392912	19	2.0	19	100	0	76	26	21	15	36	1.93
57395421--57395690	47	5.8	47	75	8	205	24	29	17	28	1.98
57395477--57395686	46	4.5	45	76	9	165	25	28	17	28	1.98
57400205--57400375	3	57.0	3	100	0	342	33	0	0	66	0.92
57400715--57400748	3	11.3	3	93	0	59	0	64	0	35	0.94
57401250--57401274	8	3.1	8	100	0	50	72	0	0	28	0.86
57413003--57413045	20	2.2	20	100	0	86	41	18	4	34	1.71
57418512--57418560	26	1.9	25	84	12	64	44	8	12	34	1.71
57428975--57429016	21	2.0	21	95	0	75	38	0	16	45	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57429488--57429559	34	2.1	34	100	0	144	18	16	23	41	1.89
57429644--57429732	23	3.8	22	73	15	72	24	21	19	34	1.96
57429653--57429745	24	3.9	24	76	10	93	25	20	17	36	1.94
57434858--57435163	40	7.6	40	90	0	459	24	27	22	25	2.00
57436442--57436550	37	2.9	37	93	0	182	27	31	18	22	1.97
57436756--57437181	47	9.1	47	90	0	663	27	28	11	33	1.91
57436756--57437178	94	4.5	94	95	0	738	27	28	11	33	1.91
57436846--57436920	23	3.3	22	64	29	57	25	32	13	29	1.93
57439830--57439963	69	1.9	70	92	1	225	31	13	18	36	1.90
57441023--57441241	45	4.9	45	87	5	304	23	21	29	25	1.99
57445637--57445677	16	2.5	17	80	7	50	46	0	4	48	1.23
57446583--57446694	55	2.0	55	81	3	127	43	3	3	49	1.37
57449097--57449480	193	2.0	193	91	4	623	25	14	18	41	1.88
57451377--57451452	40	1.9	40	86	5	109	31	18	17	32	1.94
57472601--57472652	24	2.1	25	82	10	63	17	3	11	67	1.36
57473089--57473122	10	3.4	10	91	0	50	61	0	17	20	1.34
57473095--57473124	10	3.0	10	95	0	51	66	0	13	20	1.24
57473223--57473275	13	3.9	13	82	5	61	60	1	0	37	1.08
57474895--57474936	20	2.0	21	86	4	59	40	2	0	57	1.12
57475661--57475718	9	7.0	8	77	14	64	53	1	0	44	1.10
57475659--57475728	17	4.0	18	76	12	65	55	1	0	42	1.08
57475816--57475858	17	2.4	18	81	14	54	72	0	4	23	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57478856--57478890	18	1.9	18	88	0	52	68	0	5	25	1.11
57486116--57486273	43	3.7	42	78	7	158	34	27	16	22	1.95
57488486--57488511	11	2.4	11	100	0	52	7	0	7	84	0.77
57490947--57490992	23	2.0	23	100	0	92	30	4	13	52	1.59
57492196--57492269	21	3.5	21	67	18	64	36	6	14	41	1.73
57492201--57492282	41	2.0	41	100	0	164	39	7	14	39	1.74
57492555--57492598	13	3.4	13	84	12	63	47	0	22	29	1.51
57492565--57492659	13	7.4	13	68	11	52	45	4	17	32	1.68
57496093--57496211	48	2.6	47	86	4	152	24	21	31	23	1.98
57496127--57496347	48	4.6	48	72	13	150	26	19	30	24	1.98
57497091--57497130	21	2.0	21	95	5	73	10	40	30	20	1.85
57500236--57500269	16	2.1	16	94	0	59	11	0	8	79	0.94
57504541--57504566	11	2.4	11	100	0	52	7	50	0	42	1.31
57504544--57504580	11	3.2	12	85	11	51	10	45	0	43	1.39
57506223--57506261	6	6.5	6	93	0	60	10	5	0	84	0.76
57506221--57506267	24	2.0	24	86	0	67	10	10	0	78	0.96
57512607--57512721	48	2.5	45	83	9	135	26	18	30	25	1.98
57513607--57513696	41	2.2	41	93	0	153	12	28	33	25	1.92
57522417--57522617	69	3.2	60	74	15	156	49	4	4	40	1.44
57538293--57538348	21	2.5	22	85	5	69	51	1	17	28	1.56
57541626--57541659	14	2.4	14	90	9	52	64	0	35	0	0.94
57545522--57545567	9	4.9	9	84	7	56	54	19	0	26	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57545620--57545802	54	3.4	54	93	0	294	41	14	13	30	1.84
57546661--57546692	16	2.0	16	100	0	64	50	31	0	18	1.48
57555065--57555119	23	2.3	26	77	22	68	49	1	3	45	1.30
57555250--57555285	19	1.9	19	88	5	56	52	0	0	47	1.00
57555402--57555460	27	2.2	27	82	14	70	42	0	1	55	1.09
57556485--57556515	6	5.3	6	96	3	55	54	0	12	32	1.38
57563833--57563863	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
57567988--57568026	2	19.5	2	100	0	78	0	51	0	48	1.00
57568753--57568826	2	38.0	2	80	10	82	0	43	1	55	1.08
57572799--57572920	61	2.0	61	100	0	244	32	22	13	31	1.92
57573818--57573862	22	2.0	22	95	0	81	35	15	8	40	1.79
57574276--57576106	919	2.0	920	97	0	3486	21	23	21	33	1.97
57580602--57580724	47	2.7	46	87	2	165	29	26	16	27	1.97
57580742--57580859	31	3.8	31	89	0	173	26	27	18	27	1.98
57580842--57580963	50	2.4	51	93	2	210	26	22	14	36	1.93
57582019--57582053	16	2.1	18	89	10	56	37	14	2	45	1.59
57582407--57583122	357	2.0	357	99	0	1414	30	18	10	41	1.83
57619050--57619127	31	2.6	31	79	4	79	37	15	12	34	1.86
57621334--57621380	22	2.1	22	84	7	60	44	19	25	10	1.82
57622674--57622712	17	2.2	17	90	4	60	15	28	43	12	1.83
57623834--57623866	16	2.1	16	88	5	50	21	0	24	54	1.45
57624972--57625004	16	2.1	16	88	5	50	21	0	24	54	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57631430--57631455	10	2.6	10	100	0	52	84	0	0	15	0.62
57632039--57632086	25	2.0	24	84	11	64	29	6	2	62	1.31
57632264--57632301	15	2.5	15	76	16	51	31	0	2	65	1.06
57632286--57632398	24	4.5	24	70	22	90	33	5	2	58	1.35
57632345--57632406	29	2.1	29	91	5	99	33	4	3	58	1.36
57632429--57632489	25	2.4	25	94	0	104	32	13	8	45	1.72
57632444--57632499	25	2.2	25	90	0	85	32	16	7	44	1.74
57632296--57632544	25	9.6	26	70	18	80	33	8	4	53	1.53
57632602--57632651	21	2.5	19	84	12	64	34	4	2	60	1.27
57632746--57632789	21	2.1	21	91	0	70	36	2	0	61	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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