genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8325163--8325393	96	2.5	93	89	3	354	63	0	11	24	1.30
8325747--8325796	20	2.6	19	84	12	66	64	0	12	24	1.27
8325970--8326021	5	9.6	5	80	12	50	57	0	21	21	1.41
8325970--8326021	11	4.8	10	77	15	50	57	0	21	21	1.41
8325970--8326021	22	2.4	22	83	0	68	57	0	21	21	1.41
8329534--8329583	20	2.5	20	96	0	91	30	12	0	58	1.34
8331881--8331917	18	2.1	18	100	0	74	40	0	27	32	1.57
8331913--8331973	30	2.0	30	93	0	104	26	13	8	52	1.67
8337664--8337696	17	1.9	17	93	0	57	18	3	0	78	0.87
8337669--8337697	13	2.2	13	100	0	58	20	0	0	79	0.74
8337701--8337733	14	2.3	15	94	5	59	42	0	0	57	0.98
8338154--8338196	17	2.5	17	80	0	59	74	6	9	9	1.22
8348221--8348288	27	2.6	25	76	13	66	55	2	2	38	1.30
8365040--8365312	46	5.9	46	89	1	368	41	15	22	20	1.89
8370372--8370555	62	3.0	62	95	0	323	41	20	4	33	1.74
8371798--8371847	11	4.5	11	80	14	50	80	12	4	4	1.00
8372267--8372317	6	7.8	6	83	16	50	80	0	13	5	0.89
8372267--8372316	13	3.8	13	79	12	57	82	0	12	6	0.85
8373352--8373809	44	10.4	45	72	10	219	28	16	25	29	1.97
8373379--8373777	88	4.5	89	77	4	396	27	15	26	30	1.96
8373322--8373761	132	3.3	132	92	0	711	28	15	26	29	1.96
8373776--8374096	46	7.2	46	63	8	167	27	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8373737--8374165	134	3.2	134	94	1	738	28	20	22	28	1.99
8374067--8374260	95	2.0	95	92	3	320	30	19	21	28	1.97
8373933--8374363	229	1.9	229	92	0	720	29	20	21	29	1.98
8374373--8374815	44	10.1	44	77	6	436	28	16	25	29	1.96
8374373--8374819	132	3.4	132	93	1	711	28	16	25	29	1.96
8374972--8375123	40	3.8	40	78	10	173	30	23	21	24	1.99
8374967--8375119	82	1.9	82	90	0	243	31	23	20	24	1.98
8382970--8383161	104	1.8	105	86	4	278	23	18	11	46	1.81
8383982--8384294	40	7.7	40	77	10	294	31	24	20	23	1.98
8383983--8384314	82	4.0	82	85	4	427	33	24	19	23	1.97
8383983--8384282	164	1.8	164	89	2	478	31	25	19	23	1.98
8386052--8386076	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
8389107--8389183	9	8.6	9	87	5	95	46	16	10	25	1.79
8389200--8389240	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
8389267--8389301	18	1.9	18	94	0	61	8	2	54	34	1.46
8397155--8397186	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
8397347--8397517	43	4.0	43	80	13	210	30	28	18	22	1.97
8397347--8397504	84	1.9	84	87	7	232	29	29	19	21	1.98
8399837--8399885	24	2.0	24	96	0	89	28	22	16	32	1.95
8405745--8405782	19	2.0	19	94	0	67	47	23	5	23	1.72
8405800--8406077	136	2.0	136	95	0	502	39	17	20	21	1.92
8408433--8408479	24	2.0	24	83	8	60	57	27	6	8	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8414676--8414903	48	4.7	47	74	4	195	29	18	25	25	1.98
8414617--8414898	96	2.9	96	89	1	413	29	18	25	25	1.98
8417511--8417738	48	4.7	47	74	4	195	29	18	25	25	1.98
8417452--8417733	96	2.9	96	89	1	413	29	18	25	25	1.98
8419866--8419900	17	2.1	17	89	10	54	25	14	0	60	1.35
8419935--8419970	11	3.2	11	92	4	54	33	0	0	66	0.92
8429505--8429551	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
8445858--8446018	42	3.8	41	76	8	153	28	17	23	30	1.97
8446974--8447064	42	2.2	43	84	6	123	28	25	14	31	1.94
8454834--8454877	15	3.1	14	81	9	54	29	6	4	59	1.44
8457812--8457877	30	2.2	30	89	5	98	21	43	13	21	1.86
8458493--8458574	12	6.8	12	81	5	103	37	31	1	29	1.65
8458710--8458739	6	5.0	6	95	0	51	20	80	0	0	0.72
8471089--8471128	21	1.9	21	84	0	53	30	30	7	32	1.85
8471505--8471557	16	3.4	16	82	12	65	50	1	1	45	1.23
8477443--8477467	8	3.1	8	100	0	50	12	24	24	40	1.88
8479297--8479327	14	2.2	14	94	0	53	54	0	0	45	0.99
8481849--8481905	20	3.0	20	82	14	75	63	1	0	35	1.05
8486581--8486614	18	1.9	18	88	5	52	35	2	17	44	1.64
8489660--8489684	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
8492515--8492540	12	2.2	12	100	0	52	23	0	11	65	1.25
8492623--8492682	12	4.8	12	78	13	59	25	1	8	65	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8499996--8500167	86	2.0	86	100	0	344	29	13	19	37	1.91
8505862--8505923	28	2.1	32	82	11	78	32	1	3	62	1.20
8505893--8505932	20	2.1	18	86	9	53	40	0	0	60	0.97
8510551--8510595	23	1.9	24	90	4	74	42	11	13	33	1.79
8511270--8511314	17	2.6	17	89	0	63	20	42	20	17	1.90
8512546--8512597	23	2.3	23	87	6	81	55	11	0	32	1.36
8514092--8514155	29	2.2	29	94	0	110	37	1	29	31	1.67
8516186--8516277	36	2.5	37	96	0	152	17	10	25	46	1.80
8516189--8516251	20	3.3	20	67	24	64	17	7	26	47	1.75
8517381--8517440	20	2.9	20	72	13	59	53	5	8	33	1.53
8517381--8517443	22	3.0	21	79	9	74	52	4	9	33	1.55
8517391--8517476	25	3.6	24	73	14	79	52	5	9	32	1.57
8517549--8517612	25	2.6	25	75	18	71	59	4	4	31	1.38
8517679--8517744	22	3.0	23	78	12	68	53	9	1	36	1.42
8517694--8517743	21	2.5	20	81	9	59	56	6	2	36	1.36
8517670--8517740	22	3.2	23	74	18	62	53	9	1	35	1.43
8517765--8517856	24	3.9	23	78	12	80	58	4	4	32	1.37
8517765--8517857	48	1.9	48	80	8	109	58	4	4	33	1.37
8517993--8518156	3	52.3	3	66	14	57	59	3	9	28	1.44
8518602--8518834	119	2.0	117	94	1	412	26	21	11	40	1.87
8520076--8520246	90	1.9	89	86	5	247	38	19	16	25	1.93
8519934--8520633	165	4.2	163	81	7	720	34	19	18	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8520234--8520402	90	1.9	91	86	3	243	34	20	18	26	1.95
8520467--8520502	14	2.6	14	90	0	54	58	2	11	27	1.46
8532822--8532881	20	2.9	20	72	13	59	53	5	8	33	1.53
8532822--8532884	22	3.0	21	79	9	74	52	4	9	33	1.55
8532832--8532919	25	3.7	24	73	14	83	52	5	9	32	1.57
8532959--8533037	37	2.1	39	81	9	92	56	6	5	31	1.46
8532994--8533052	24	2.4	25	80	2	66	61	3	3	32	1.29
8532980--8533044	22	3.3	20	70	21	57	61	4	3	30	1.31
8532989--8533054	24	2.7	24	72	19	64	60	4	3	31	1.32
8533119--8533184	22	3.0	23	78	12	68	53	9	1	36	1.42
8533134--8533183	21	2.5	20	81	9	59	56	6	2	36	1.36
8533110--8533180	22	3.2	23	74	18	62	53	9	1	35	1.43
8533266--8533290	13	1.9	13	100	0	50	48	4	8	40	1.51
8533311--8533389	34	2.3	34	95	2	140	56	1	8	32	1.38
8533576--8533602	12	2.2	12	100	0	54	59	7	7	25	1.51
8535959--8536015	27	2.2	27	87	9	84	52	15	5	26	1.64
8535994--8536095	40	2.5	40	90	0	159	47	20	9	22	1.79
8537718--8537756	20	2.0	20	100	0	78	30	28	5	35	1.79
8537922--8538062	62	2.2	64	81	12	171	46	22	8	21	1.78
8537940--8538062	62	2.0	62	88	3	185	45	21	9	23	1.81
8538231--8538272	16	2.6	16	92	0	66	50	19	7	23	1.72
8538262--8538321	24	2.5	23	81	5	57	53	15	6	25	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8538874--8538934	31	2.0	31	84	9	81	21	9	19	49	1.77
8538924--8538962	20	2.0	20	94	0	69	46	2	20	30	1.64
8540632--8540664	17	1.9	17	88	11	50	30	6	6	57	1.47
8542889--8542964	23	3.1	23	78	15	82	60	0	0	39	0.97
8542887--8542929	10	4.1	10	81	18	52	67	0	0	32	0.91
8547466--8547511	20	2.3	21	82	14	62	21	10	2	65	1.35
8552975--8553000	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8563526--8563582	27	2.1	27	90	0	87	14	24	40	21	1.90
8563615--8563783	72	2.3	72	94	1	293	53	15	1	29	1.49
8563793--8563911	60	2.0	60	91	0	193	52	10	0	36	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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