Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  158  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
51937103--51937146
23
1.9
23
86
9
63
47
0
2
50
1.13
51937128--51937188
23
2.9
21
80
11
63
60
0
0
39
0.97
51937127--51937173
15
3.1
16
78
9
62
57
0
0
42
0.98
51938163--51938249
43
2.0
43
100
0
174
37
16
4
41
1.69
51945796--51945866
35
2.0
36
97
2
135
38
11
14
36
1.81
51945788--51945878
19
4.9
19
90
8
152
38
10
15
35
1.83
51946168--51946202
18
2.0
17
88
5
52
31
0
0
68
0.90
51955610--51955770
89
1.8
87
81
5
198
31
19
21
27
1.97
51955803--51956190
78
4.8
78
88
8
587
30
20
25
24
1.98
51955943--51956256
92
3.6
88
85
13
450
30
19
25
24
1.98
51955865--51956268
170
2.4
170
94
2
712
31
19
25
24
1.98
51955959--51956402
45
10.1
44
71
18
318
30
17
27
25
1.97
51956129--51956402
89
3.0
90
83
6
306
29
16
28
25
1.96
51956129--51956379
134
1.9
136
84
7
341
28
16
28
26
1.97
51958211--51958241
15
2.1
15
93
0
53
64
6
0
29
1.18
51960121--51960743
176
3.5
177
86
3
823
30
24
15
29
1.96
51960340--51960615
88
3.2
86
67
10
234
30
22
17
29
1.97
51960678--51960783
41
2.5
40
86
11
151
27
28
12
32
1.92
51961055--51961181
64
2.0
63
85
1
173
39
11
15
33
1.84
51967420--51967486
33
2.0
33
100
0
134
25
26
8
38
1.85
51968966--51969005
21
1.9
21
90
10
64
15
27
12
45
1.82
51973473--51973504
16
2.0
16
93
0
55
65
6
0
28
1.16
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
51977267--51977314
5
9.6
5
86
0
69
16
6
0
77
0.97
51980785--51980844
28
2.1
28
87
6
86
51
3
0
45
1.17
51983543--51983572
5
6.0
5
92
0
51
0
16
0
83
0.65
51984412--51984454
23
1.9
23
85
4
61
55
2
4
37
1.33
51986985--51987068
31
3.1
25
71
23
64
66
5
2
25
1.26
52000080--52000126
20
2.3
20
92
7
78
12
31
36
19
1.89
52002092--52002229
54
2.6
54
98
0
267
25
19
25
29
1.98
52004612--52004677
14
4.9
13
75
15
55
33
4
0
62
1.16
52004612--52004669
30
2.0
29
86
3
80
34
5
0
60
1.19
52019386--52019420
18
1.9
18
100
0
70
34
17
20
28
1.95
52019342--52019462
62
2.0
62
88
0
179
30
15
25
28
1.96
52019404--52019616
44
4.8
44
84
2
241
31
13
28
26
1.93
52021294--52021372
17
5.1
15
72
23
58
34
3
0
62
1.14
52021295--52021352
30
2.0
29
86
3
80
34
5
0
60
1.19
52023087--52023178
37
2.4
38
75
14
91
33
30
20
15
1.93
52024926--52025225
135
2.3
132
79
8
315
35
19
18
27
1.95
52025612--52026064
238
1.9
238
98
0
870
47
15
13
22
1.81
52028378--52028403
3
8.7
3
100
0
52
69
0
0
30
0.89
52046595--52046658
31
2.1
30
88
2
92
46
6
10
35
1.64
52053259--52053420
50
3.2
50
68
16
154
33
9
14
42
1.78
52053203--52053502
100
3.0
100
99
0
591
32
11
12
44
1.77
52054132--52054171
21
1.9
20
85
10
53
67
2
2
27
1.16
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
52055601--52055667
33
2.0
33
100
0
134
35
11
11
40
1.79
52056760--52056836
29
2.5
30
75
12
68
51
10
11
25
1.70
52060044--52060082
20
2.0
20
84
0
51
23
17
10
48
1.78
52062249--52062334
43
2.0
43
100
0
172
30
16
23
30
1.96
52062577--52062625
25
2.0
25
91
0
80
4
36
4
55
1.38
52062845--52062872
8
3.5
8
100
0
56
25
0
39
35
1.56
52065529--52065585
30
1.9
30
92
0
96
43
10
14
31
1.79
52065595--52065640
19
2.5
18
82
3
56
34
2
4
58
1.30
52065752--52065803
21
2.5
21
84
6
70
28
32
7
30
1.85
52081267--52081323
15
3.9
14
78
15
55
56
0
10
33
1.34
52086342--52086456
54
2.1
54
96
0
212
37
22
6
33
1.81
52089861--52089891
10
3.1
10
95
0
53
45
0
6
48
1.28
52090812--52090848
14
2.4
16
86
8
51
29
0
0
70
0.88
52091140--52091167
13
2.2
13
100
0
56
32
21
7
39
1.80
52093159--52093215
28
2.0
28
100
0
114
33
10
21
35
1.87
52099233--52099257
3
8.3
3
100
0
50
68
0
0
32
0.90
52099322--52099438
9
12.4
9
71
10
74
36
0
4
58
1.24
52099383--52099436
27
1.9
29
88
7
85
38
0
5
55
1.23
52099307--52099424
56
2.1
56
87
4
168
43
0
3
52
1.23
52099581--52099732
24
6.3
24
100
0
304
25
21
20
32
1.97
52099861--52099920
29
2.0
30
84
9
79
31
8
6
53
1.57
52121740--52121785
3
15.3
3
90
0
74
0
32
2
65
1.05
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
52122170--52122199
3
10.3
3
92
7
53
70
0
30
0
0.88
52123747--52123992
41
6.0
41
88
2
318
31
21
25
21
1.98
52123749--52123991
81
3.0
81
87
4
321
31
20
25
22
1.98
52124039--52124100
7
8.1
7
74
15
52
45
35
0
19
1.51
52124051--52124099
16
3.1
15
88
8
71
46
32
0
20
1.51
52124042--52124129
23
3.9
23
75
13
83
46
30
0
22
1.52
52124252--52124302
15
3.5
15
75
2
50
23
1
27
47
1.63
52131001--52131034
14
2.3
15
90
5
52
50
0
2
47
1.16
52144843--52145072
43
5.3
43
91
0
334
30
14
20
34
1.92
52145240--52145353
45
2.6
45
86
10
148
21
21
29
26
1.99
52146582--52146630
15
3.1
16
80
14
57
65
8
2
24
1.31
52148876--52148908
5
7.0
5
96
3
52
42
15
0
42
1.46
52155490--52155523
14
2.4
14
85
14
52
50
0
0
50
1.00
52156183--52156229
17
2.8
17
75
15
53
42
2
0
55
1.12
52158931--52158959
14
2.1
14
100
0
58
51
6
6
34
1.55
52159539--52159605
31
2.1
32
91
2
109
19
4
7
68
1.31
52182662--52182702
2
21.0
2
95
5
75
51
0
48
0
1.00
52201330--52201359
12
2.5
12
88
0
51
73
10
0
16
1.09
52202915--52202966
25
2.1
25
85
7
70
55
3
0
40
1.18
52204027--52204066
8
5.1
8
90
6
64
0
15
0
85
0.61
52204027--52204066
15
2.6
15
92
4
62
0
15
0
85
0.61
52204029--52204069
4
10.5
4
84
5
57
0
17
0
82
0.66
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
52204197--52204229
12
2.6
13
85
9
50
18
6
12
63
1.48
52206782--52206894
43
2.6
43
81
2
120
50
10
9
29
1.69
52206797--52206918
43
2.8
43
84
2
145
50
10
7
31
1.64
52206888--52206929
22
1.9
22
85
9
59
50
9
4
35
1.56
52208454--52208563
23
5.0
23
78
11
104
38
23
22
15
1.92
52208935--52208991
15
3.9
15
90
2
89
50
12
0
36
1.40
52210120--52210246
42
3.0
42
87
4
168
29
27
14
28
1.96
52210164--52210328
47
3.7
46
86
6
169
29
27
16
27
1.97
52210353--52210450
31
3.2
31
88
0
142
25
26
21
26
1.99
52219906--52219930
11
2.3
11
100
0
50
24
0
0
76
0.80
52220383--52220407
3
8.3
3
100
0
50
32
0
0
68
0.90
52229512--52229575
31
2.1
31
84
0
83
40
10
15
32
1.82
52234142--52234192
23
2.3
22
89
3
75
37
1
7
52
1.42
52239292--52239324
16
2.0
17
88
5
50
81
0
18
0
0.68
52244500--52244561
30
2.1
30
90
0
97
14
29
14
41
1.85
52246862--52246925
33
1.9
34
84
9
87
28
1
4
65
1.21
52247573--52247623
25
2.0
25
100
0
102
15
11
7
64
1.48
52249515--52249553
18
2.2
18
90
4
62
48
2
0
48
1.15
52251039--52251124
41
2.1
42
95
2
156
32
10
15
41
1.81
52259210--52259667
90
5.1
90
91
0
718
26
22
22
27
2.00
52262812--52262855
21
2.1
21
91
0
70
29
20
29
20
1.98
52265382--52265782
51
7.9
51
90
0
523
26
31
17
24
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
52265393--52265782
153
2.5
153
89
0
584
26
31
16
24
1.97
52265831--52265878
21
2.3
21
96
0
87
47
12
35
4
1.60
52272212--52272253
17
2.4
18
80
11
52
42
4
4
47
1.45
52272675--52272715
21
1.9
22
85
5
57
51
0
14
34
1.43
52282104--52282131
14
2.0
14
100
0
56
35
14
14
35
1.86
52286245--52286269
12
2.1
12
100
0
50
32
8
8
52
1.60
52289006--52289377
82
4.5
81
75
11
274
31
17
21
29
1.96
52289312--52289498
84
2.2
84
81
1
214
29
19
18
33
1.95
52299559--52299598
21
1.9
21
85
10
55
70
5
2
22
1.19
52306708--52306916
43
4.9
44
80
6
216
25
16
25
32
1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322