genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63148004--63148061	26	2.2	26	93	0	98	36	24	5	34	1.78
63153889--63154005	61	1.9	61	82	0	144	23	31	22	22	1.98
63155780--63155820	20	2.0	20	100	0	82	39	14	4	41	1.67
63155991--63156089	24	4.2	24	69	13	71	33	20	25	21	1.97
63157837--63157886	24	2.1	24	96	0	91	32	26	12	30	1.92
63159762--63160213	226	2.0	226	99	0	895	43	17	11	27	1.84
63163242--63163279	20	1.9	20	94	0	67	39	5	18	36	1.73
63166396--63166472	40	1.9	40	94	0	136	37	6	11	44	1.67
63169335--63169383	24	2.0	24	85	14	66	34	0	6	59	1.22
63169766--63169873	26	4.2	26	89	0	171	32	7	24	36	1.83
63171486--63171572	27	3.2	27	88	6	124	17	24	24	34	1.96
63177726--63177833	26	4.2	25	88	7	162	33	8	23	35	1.85
63177726--63177833	52	2.1	52	92	0	180	33	8	23	35	1.85
63178123--63178605	242	2.0	242	99	0	948	36	8	21	33	1.84
63179263--63179340	39	2.0	39	87	7	113	30	16	26	25	1.97
63179737--63179876	27	5.2	26	82	6	172	17	22	23	35	1.95
63179737--63179876	54	2.6	53	90	2	217	17	22	23	35	1.95
63179737--63179895	27	5.9	26	82	8	140	18	22	22	36	1.95
63190762--63190882	48	2.5	48	80	0	152	31	25	16	26	1.96
63190844--63190944	37	2.7	37	83	3	105	24	26	19	28	1.99
63196271--63196419	44	3.5	42	78	14	144	30	26	18	24	1.98
63204668--63204796	47	2.7	47	83	2	161	31	9	31	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63206915--63206989	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
63207047--63207443	40	9.9	40	83	2	483	26	22	24	25	2.00
63208697--63209045	85	4.1	85	99	0	680	37	8	26	26	1.85
63217692--63217779	45	2.0	45	93	0	149	37	27	11	23	1.89
63223035--63223298	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
63223035--63223331	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
63230743--63231006	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
63230743--63231039	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
63234011--63234054	23	1.9	23	86	9	63	40	20	6	31	1.79
63244055--63245060	47	21.4	47	98	0	1904	32	8	29	29	1.87
63245179--63245257	37	2.1	37	88	4	115	25	20	29	25	1.99
63251520--63251593	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
63254070--63254172	27	3.8	27	86	0	107	30	24	9	35	1.87
63254097--63254227	27	4.9	27	90	0	190	27	22	9	41	1.84
63254070--63254254	54	3.4	54	84	0	199	30	22	9	37	1.85
63254097--63254253	81	1.9	81	81	0	188	29	21	8	39	1.84
63254221--63254423	80	2.5	81	84	4	259	41	21	8	28	1.82
63254271--63254451	54	3.4	54	86	5	226	41	20	9	28	1.83
63254246--63254423	81	2.2	81	85	5	227	42	21	8	27	1.81
63254221--63254479	27	9.6	26	77	10	200	42	20	7	28	1.80
63254212--63254509	54	5.5	53	78	6	215	41	20	8	29	1.80
63254214--63254529	27	11.7	27	76	5	127	41	19	8	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63254555--63254632	27	2.9	27	75	11	79	35	20	20	23	1.96
63256749--63256920	46	3.7	46	78	10	206	28	27	21	22	1.99
63256754--63256924	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
63258186--63258242	24	2.3	24	87	3	78	24	31	17	26	1.97
63258199--63258255	24	2.4	24	85	5	80	28	22	22	26	1.99
63258461--63258601	31	4.5	31	91	0	219	29	17	23	29	1.97
63260893--63261077	54	3.4	54	83	0	208	34	21	8	36	1.83
63260876--63261317	27	16.3	27	77	7	189	38	20	8	32	1.82
63261028--63261260	27	8.7	27	80	4	222	42	20	8	29	1.81
63261028--63261259	81	2.9	81	83	5	256	42	20	8	29	1.81
63261364--63261437	27	2.7	27	76	12	71	39	18	17	24	1.92
63262485--63262594	31	3.5	31	92	4	186	27	18	26	28	1.98
63267381--63267494	43	2.7	43	82	6	126	26	17	26	29	1.97
63273657--63273787	49	2.6	50	75	4	140	19	28	22	29	1.98
63277357--63277775	39	10.7	39	85	1	505	21	23	27	28	1.99
63277357--63277766	157	2.6	157	90	0	624	21	23	27	28	1.99
63277357--63277775	118	3.6	117	83	2	507	21	23	27	28	1.99
63286285--63286495	56	3.8	56	92	0	350	28	16	22	31	1.96
63293006--63293214	56	3.7	55	87	2	283	29	16	22	31	1.96
63293011--63293214	112	1.8	112	89	0	318	29	16	22	31	1.96
63297792--63297838	24	2.0	24	83	8	60	25	25	19	29	1.98
63297812--63297863	25	2.1	25	82	3	61	25	21	21	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63297911--63297951	21	2.0	21	85	0	55	41	14	4	39	1.67
63309559--63309619	21	2.9	21	85	4	88	32	19	11	36	1.88
63309559--63309619	10	5.9	10	77	11	61	32	19	11	36	1.88
63315851--63315929	31	2.5	31	93	0	131	29	27	17	25	1.98
63315953--63316044	42	2.2	42	90	0	148	38	21	11	28	1.89
63316185--63316242	25	2.4	24	77	11	64	36	17	15	31	1.91
63316179--63316248	24	2.9	23	73	12	59	32	18	18	30	1.95
63317185--63317292	27	3.9	27	74	13	85	32	5	17	44	1.72
63317248--63317404	27	5.8	27	78	5	147	29	8	20	41	1.82
63317165--63317371	110	1.9	108	80	4	236	30	7	19	41	1.80
63317249--63317404	81	1.9	81	84	2	206	29	8	19	41	1.82
63317407--63317478	27	2.7	27	88	0	108	37	4	27	30	1.76
63317435--63317494	27	2.2	27	81	0	66	41	5	23	30	1.75
63321781--63322042	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
63329106--63329217	56	2.0	56	98	0	215	25	24	10	40	1.87
63330363--63330662	47	6.4	47	95	0	519	29	31	8	31	1.87
63333612--63333719	48	2.2	48	83	3	146	29	25	8	36	1.85
63334989--63335041	27	2.0	27	85	3	72	39	20	11	28	1.87
63345814--63345976	81	2.0	80	91	4	265	26	14	21	37	1.92
63349438--63349653	39	5.5	39	84	1	245	31	25	15	27	1.95
63349438--63349658	78	2.8	78	87	2	302	32	24	14	28	1.95
63350618--63350646	11	2.5	12	88	11	51	41	0	13	44	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63357190--63357324	39	3.4	38	86	5	180	27	25	18	28	1.98
63357161--63357322	79	2.1	78	85	3	218	28	24	17	29	1.97
63367030--63367066	19	1.9	19	100	0	74	40	10	10	37	1.75
63369905--63369976	36	2.0	36	97	0	135	29	8	16	45	1.76
63371906--63371995	44	2.0	45	86	2	128	40	22	13	24	1.90
63379866--63379899	18	1.9	18	88	5	52	29	8	20	41	1.82
63382262--63382445	79	2.3	81	82	9	218	26	27	22	24	2.00
63382260--63382444	40	4.7	40	80	9	200	25	27	22	24	2.00
63395272--63395570	75	4.0	75	99	0	589	30	17	21	30	1.96
63405222--63406339	559	2.0	558	88	2	1640	34	18	15	32	1.92
63409971--63410023	6	8.3	6	88	12	79	15	1	1	81	0.87
63409959--63410023	18	3.4	18	81	8	76	13	4	3	78	1.03
63412827--63413312	47	10.4	47	93	3	759	33	8	30	27	1.86
63415742--63415816	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
63415874--63416153	40	7.0	40	87	0	380	24	21	27	26	1.99
63417594--63417769	46	3.8	45	76	12	187	22	21	27	28	1.99
63431497--63431728	27	8.6	27	87	2	304	26	15	28	29	1.96
63431497--63431728	109	2.1	108	86	2	313	26	15	28	29	1.96
63437900--63437993	48	2.0	48	85	8	129	20	12	26	40	1.88
63438451--63438623	46	3.7	46	73	13	165	20	22	28	28	1.98
63438443--63438615	93	1.9	93	90	0	274	20	23	28	27	1.99
63446091--63446219	46	2.8	46	93	0	213	17	21	31	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63456884--63456925	21	2.0	21	100	0	84	33	19	33	14	1.91
63459292--63459411	51	2.4	51	91	0	186	38	12	22	26	1.90
63468061--63468109	24	2.0	24	100	0	98	51	12	12	24	1.73
63473354--63473388	17	2.1	17	100	0	70	31	28	5	34	1.81
63474058--63474118	27	2.2	28	75	13	65	24	13	13	49	1.77
63474289--63474325	19	1.9	19	88	0	56	21	5	2	70	1.20
63476360--63476588	48	4.8	48	84	1	262	30	24	17	27	1.97
63482269--63482323	27	2.0	27	93	6	94	40	10	7	41	1.68
63484240--63484292	20	2.8	18	77	11	52	67	1	22	7	1.25
63485401--63485445	22	2.0	23	91	8	74	20	17	11	51	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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