genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  202  of  322  ( 38559 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66236560--66236628	24	2.9	22	72	21	59	42	7	1	49	1.39
66241554--66241608	4	13.2	4	85	14	76	49	25	1	23	1.60
66252705--66252770	33	2.0	33	100	0	132	27	3	30	39	1.72
66252783--66252829	17	2.8	16	76	20	51	14	19	29	36	1.92
66260489--66260532	6	7.2	6	92	2	61	15	22	0	61	1.34
66260489--66260531	18	2.3	19	92	4	70	16	23	0	60	1.35
66263970--66264034	31	2.1	31	85	0	85	44	16	13	24	1.85
66265805--66265835	16	1.9	16	100	0	62	77	0	3	19	0.90
66271261--66271294	6	5.5	6	86	6	50	85	0	0	14	0.60
66272430--66272509	31	2.6	31	89	0	124	38	5	3	52	1.41
66273312--66273454	70	2.0	70	81	2	162	33	20	18	27	1.96
66273617--66273644	14	2.0	14	100	0	56	35	21	0	42	1.53
66277059--66277103	23	2.0	23	100	0	90	22	28	13	35	1.92
66281955--66282181	27	8.6	27	82	5	203	29	16	27	26	1.97
66281955--66282207	54	4.8	53	81	8	230	29	15	27	27	1.96
66281980--66282126	76	1.9	75	87	5	215	32	16	26	24	1.96
66281955--66282207	27	9.5	26	82	6	192	29	15	27	27	1.96
66282496--66282637	74	1.9	74	95	0	257	31	5	30	31	1.81
66282736--66282862	63	2.0	63	93	0	218	13	24	25	37	1.92
66287146--66287413	46	5.8	46	77	15	282	28	30	20	20	1.98
66287154--66287417	93	2.8	93	97	0	483	28	30	20	20	1.98
66287200--66287368	47	3.6	47	78	13	213	28	30	20	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66288225--66288278	22	2.5	22	96	0	99	24	16	29	29	1.97
66302970--66303289	159	2.0	159	93	1	552	32	20	16	30	1.95
66308271--66308345	37	2.0	37	94	0	132	32	6	21	40	1.79
66308428--66308606	48	3.7	48	90	0	286	18	16	28	35	1.93
66317053--66317090	15	2.6	15	95	4	69	34	5	10	50	1.59
66329811--66329842	15	2.1	15	94	0	55	28	3	18	50	1.62
66336681--66336785	35	3.0	35	78	0	129	25	9	21	42	1.83
66336681--66336866	70	2.6	71	80	6	175	30	10	18	40	1.84
66342864--66342912	24	2.0	24	100	0	98	40	24	12	22	1.88
66346136--66346167	15	2.1	15	94	0	55	28	3	18	50	1.62
66353049--66353199	28	5.4	28	92	1	223	33	28	11	25	1.92
66365619--66365660	20	2.1	20	90	0	66	50	14	4	30	1.63
66366390--66366446	2	28.5	2	100	0	114	0	0	49	50	1.00
66367914--66367963	6	8.2	6	86	4	73	46	16	20	18	1.85
66367943--66368050	45	2.4	45	87	3	155	42	18	18	20	1.89
66368674--66368727	14	3.7	14	78	9	54	11	12	0	75	1.04
66368986--66369046	24	2.5	23	80	15	61	49	4	0	45	1.23
66368994--66369073	35	2.3	35	85	8	103	50	5	0	45	1.23
66370525--66370632	26	4.2	26	86	2	155	34	8	22	35	1.84
66370526--66370628	52	2.0	52	92	3	172	34	8	22	33	1.85
66377229--66377267	20	1.9	20	85	15	53	35	0	15	48	1.45
66377210--66377275	28	2.4	26	74	18	62	33	1	16	48	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66377428--66377478	25	2.1	25	88	3	77	13	17	21	47	1.82
66383960--66383993	17	1.9	18	94	5	61	11	41	35	11	1.78
66383960--66383999	18	2.2	18	86	8	55	12	42	32	12	1.80
66398617--66398724	21	5.0	23	83	7	111	40	25	19	14	1.90
66399095--66399152	15	3.8	15	86	2	80	50	12	1	36	1.50
66400422--66400463	5	8.2	5	97	2	75	57	0	0	42	0.99
66413216--66413250	1	35.0	1	94	0	61	97	0	0	2	0.19
66419645--66420170	263	2.0	263	97	0	989	43	16	19	20	1.88
66424246--66424383	53	2.6	53	86	5	174	27	15	26	31	1.96
66425437--66425475	20	2.0	20	89	0	60	15	33	25	25	1.95
66431578--66431634	20	2.8	19	84	7	60	12	12	7	68	1.39
66433392--66433677	127	2.2	128	82	6	330	27	18	18	35	1.94
66435778--66435887	55	2.0	53	96	3	202	26	23	18	31	1.97
66439321--66439364	21	2.1	21	87	4	63	43	0	0	56	0.99
66450321--66450347	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
66466116--66466230	58	2.0	58	86	3	160	49	8	3	38	1.51
66467689--66467768	21	3.5	21	73	20	72	73	5	3	17	1.16
66467826--66467865	15	2.7	15	96	3	73	70	0	5	25	1.08
66467839--66467894	23	2.4	23	82	5	69	66	0	3	30	1.09
66467839--66467903	22	2.8	23	79	9	62	66	0	4	29	1.12
66469396--66469434	20	2.0	20	84	0	51	56	10	0	33	1.33
66470935--66470985	17	3.2	17	68	21	56	15	11	17	54	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66472372--66472398	13	2.1	13	100	0	54	44	7	7	40	1.60
66482431--66482625	97	2.0	97	98	0	381	29	11	22	36	1.89
66483775--66483919	40	3.6	40	85	4	184	25	24	26	24	2.00
66484245--66484361	59	2.0	59	98	0	225	27	18	10	43	1.82
66491166--66491310	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
66494072--66494256	40	4.7	40	81	6	207	24	22	27	25	2.00
66494073--66494254	79	2.3	81	80	7	203	25	22	26	25	2.00
66494125--66494289	79	2.1	79	80	6	183	26	20	26	26	1.99
66495761--66495844	32	2.6	32	79	5	98	27	3	19	50	1.64
66497262--66497306	19	2.3	19	84	3	63	53	8	11	26	1.65
66511066--66511132	30	2.2	31	80	17	79	41	4	14	38	1.67
66515388--66515450	31	2.0	31	90	0	99	33	9	9	47	1.68
66521621--66521676	21	2.7	21	94	0	94	28	8	33	28	1.87
66523677--66523836	32	5.0	32	91	0	266	45	10	12	32	1.75
66523677--66523836	64	2.5	64	95	0	293	45	10	12	32	1.75
66529027--66529064	19	2.1	19	90	5	60	28	23	18	28	1.98
66530647--66530707	16	3.6	17	76	23	67	67	0	4	27	1.11
66530733--66530795	27	2.2	29	78	18	71	55	0	3	41	1.16
66532464--66532555	40	2.3	40	81	3	105	21	28	16	33	1.95
66545225--66545447	39	5.7	38	87	5	277	30	29	21	19	1.97
66545520--66545584	28	2.3	28	89	0	103	30	20	9	40	1.83
66551697--66551936	39	6.1	38	85	4	273	30	30	20	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66551724--66551936	78	2.7	78	88	1	302	30	30	20	18	1.96
66551725--66551936	117	1.8	117	86	2	309	30	30	20	18	1.96
66552009--66552090	28	2.9	28	81	3	94	29	24	9	36	1.87
66556614--66556874	90	3.0	83	84	7	208	33	19	12	34	1.89
66556642--66556874	90	2.6	90	88	0	333	35	19	12	32	1.89
66556935--66556992	27	2.1	28	87	9	84	60	0	1	37	1.07
66557206--66557250	21	2.1	22	84	8	58	24	11	6	57	1.57
66557246--66557358	10	12.2	9	77	16	81	32	2	1	62	1.19
66557246--66557320	19	3.9	19	80	13	73	37	1	2	58	1.20
66557316--66557349	18	1.9	18	94	5	61	23	5	0	70	1.09
66559478--66559653	46	3.8	46	78	12	198	20	19	29	30	1.97
66559475--66559645	93	1.8	93	92	0	288	20	20	29	29	1.98
66561826--66561982	40	4.0	39	90	4	235	29	19	3	47	1.65
66563079--66563103	13	1.9	13	100	0	50	8	28	16	48	1.74
66563086--66563171	44	2.0	43	88	6	129	27	27	13	30	1.95
66563269--66563850	205	2.8	205	94	1	990	28	22	18	30	1.97
66571770--66571800	15	2.1	15	100	0	62	6	38	0	54	1.26
66571844--66571893	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
66576277--66576432	39	3.9	39	90	2	231	30	17	3	48	1.63
66576292--66576432	40	3.6	39	92	2	237	31	14	2	51	1.57
66576279--66576432	79	1.9	79	93	2	265	29	17	3	49	1.62
66576591--66576623	12	2.8	12	95	0	57	15	39	30	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66578947--66579061	18	6.3	18	74	4	97	40	15	8	34	1.78
66578957--66579064	36	3.0	36	80	1	110	39	14	8	37	1.77
66579070--66579141	18	3.9	18	70	10	56	44	13	9	31	1.77
66579087--66579136	18	2.7	19	75	6	57	50	10	8	32	1.65
66583673--66583726	24	2.2	24	83	0	63	20	24	7	48	1.75
66583895--66584064	40	4.3	40	74	10	154	36	20	19	23	1.95
66583847--66584064	116	1.9	116	84	7	300	34	21	19	24	1.96
66583928--66584106	76	2.4	76	83	1	225	37	22	18	21	1.94
66585751--66585814	20	3.2	20	68	12	60	14	18	25	42	1.88
66585761--66585824	19	3.3	19	66	12	58	18	23	21	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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