genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87270361--87270440	25	3.3	25	66	16	69	32	26	6	35	1.81
87273125--87273235	58	1.9	57	85	1	150	25	17	31	26	1.97
87273112--87273226	29	4.0	29	82	6	128	26	16	30	26	1.97
87283584--87283616	15	2.2	15	94	0	57	48	9	6	36	1.60
87294075--87294130	28	2.0	28	85	0	76	5	32	32	30	1.80
87294710--87294856	42	3.4	41	74	12	116	34	23	17	25	1.96
87299288--87299367	38	2.1	38	93	4	135	15	33	5	46	1.67
87300653--87300699	10	4.7	10	94	5	78	38	10	19	31	1.86
87300653--87300719	21	3.3	21	87	4	84	38	10	19	31	1.85
87300764--87300836	25	2.9	25	89	0	110	28	24	21	24	1.99
87300766--87300848	25	3.4	23	85	8	94	30	22	22	24	1.99
87307344--87307423	38	2.1	38	95	0	142	15	38	2	43	1.60
87308700--87308746	10	4.7	10	94	5	78	38	10	19	31	1.86
87308700--87308766	21	3.3	21	87	4	84	38	10	19	31	1.85
87308812--87308884	25	2.9	25	87	0	110	30	24	20	24	1.99
87314455--87315456	47	21.3	47	98	0	1853	29	31	8	30	1.87
87320926--87321100	43	4.1	43	76	8	167	34	26	15	24	1.95
87326308--87326378	35	2.0	35	97	0	133	30	21	26	21	1.98
87326308--87326366	19	3.3	19	62	13	52	33	18	22	25	1.96
87344172--87344198	11	2.5	11	100	0	54	33	7	14	44	1.73
87346828--87346875	19	2.5	19	86	0	60	29	10	33	27	1.90
87346975--87347036	26	2.3	27	81	10	83	37	25	8	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87347141--87347227	27	3.2	27	88	3	122	17	22	21	37	1.93
87350236--87350462	48	4.7	48	79	3	199	25	30	17	25	1.97
87356654--87356697	19	2.4	19	85	7	56	50	2	9	38	1.47
87364098--87364545	222	2.0	222	98	0	869	37	8	16	37	1.79
87378789--87378933	40	3.6	40	89	1	193	25	22	27	24	2.00
87378789--87378960	80	2.2	80	82	3	204	24	20	27	27	1.99
87386902--87387033	40	3.3	39	80	5	149	23	21	27	28	1.99
87386989--87387161	86	2.0	86	98	0	337	23	15	30	30	1.95
87388783--87388825	18	2.6	16	82	13	59	48	0	2	48	1.14
87388788--87388830	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
87392775--87392831	20	2.8	20	81	0	60	49	0	29	21	1.50
87400063--87400400	48	7.0	48	92	0	559	36	6	26	31	1.81
87400063--87400400	144	2.3	144	96	0	622	36	6	26	31	1.81
87400541--87400643	37	2.8	37	92	0	170	23	18	32	26	1.97
87403884--87403965	34	2.4	34	89	0	119	26	23	25	24	2.00
87406460--87406513	27	2.0	27	96	0	99	33	20	3	42	1.70
87412722--87412842	18	6.7	18	89	0	170	39	11	22	26	1.88
87412743--87412806	12	5.3	13	68	22	50	39	12	23	25	1.90
87412725--87412842	36	3.3	36	91	0	191	40	11	22	25	1.88
87413160--87413441	27	10.6	26	82	6	291	38	21	15	24	1.92
87413154--87413441	54	5.4	53	83	5	339	38	21	14	25	1.92
87422216--87422326	58	1.9	58	85	1	152	26	30	16	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87422219--87422326	29	3.8	29	79	6	112	25	29	16	27	1.97
87422550--87422581	16	2.0	16	93	0	55	15	25	15	43	1.86
87422554--87422592	16	2.4	16	86	0	51	12	25	20	41	1.88
87428473--87428664	40	4.8	40	91	1	235	27	27	21	23	1.99
87438125--87438248	46	2.7	46	93	0	203	28	27	21	22	1.99
87443611--87443779	93	1.8	93	90	0	275	28	27	21	21	1.99
87443604--87443776	46	3.8	45	76	13	172	29	26	21	22	1.99
87445616--87445697	27	3.1	27	82	1	103	28	17	24	30	1.97
87447396--87447578	48	3.9	48	73	12	166	27	25	19	27	1.98
87455361--87455698	48	7.0	48	92	0	559	31	27	6	35	1.82
87459577--87459658	27	3.1	26	82	5	101	36	21	21	19	1.95
87462866--87462914	25	2.0	25	100	0	98	24	32	10	32	1.89
87464884--87465012	46	2.8	46	92	0	204	32	29	19	18	1.96
87465695--87465985	146	2.0	146	98	0	564	39	17	12	29	1.87
87474216--87474265	26	1.9	26	91	0	82	18	24	16	42	1.89
87479418--87479609	40	4.8	40	88	3	255	23	23	27	25	2.00
87479418--87479635	80	2.7	80	86	6	266	24	23	27	24	2.00
87479421--87479635	40	5.4	39	86	7	231	24	23	26	25	2.00
87499678--87500342	40	16.6	40	96	1	1158	24	20	27	27	1.99
87500431--87500602	40	4.3	40	95	1	301	24	20	27	27	1.99
87500171--87500690	260	2.0	260	99	0	1031	26	18	25	28	1.98
87504872--87504909	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87507969--87508012	16	2.7	17	82	10	56	50	20	20	9	1.75
87507962--87508012	8	6.4	8	75	8	50	50	19	19	9	1.75
87508228--87508299	29	2.5	29	83	0	90	29	13	30	26	1.94
87508228--87508328	29	3.5	28	78	9	89	28	14	30	25	1.95
87521771--87521860	42	2.2	43	82	6	114	31	25	13	30	1.94
87522596--87522670	36	2.1	36	100	0	150	45	5	13	36	1.66
87526066--87526099	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
87527318--87527414	28	3.5	28	83	5	115	26	35	17	20	1.95
87535068--87535154	28	3.1	28	81	0	93	28	33	13	24	1.93
87535662--87535700	20	1.9	21	84	5	53	33	23	10	33	1.88
87540615--87540731	58	2.0	58	93	0	198	32	16	12	38	1.86
87541557--87541780	39	5.6	39	85	6	247	25	28	21	23	1.99
87541559--87541780	118	1.9	120	81	9	276	25	28	22	23	1.99
87543753--87543930	27	6.6	26	79	10	153	26	15	29	28	1.96
87543754--87543904	54	2.8	54	84	7	189	26	16	29	27	1.97
87543754--87543909	82	1.9	81	84	6	208	26	16	30	27	1.96
87543750--87543930	82	2.2	81	80	4	204	26	16	29	28	1.96
87544953--87545033	40	2.0	40	95	0	144	28	18	32	20	1.97
87551088--87551330	121	2.0	121	96	0	450	19	31	24	24	1.98
87553180--87553811	326	1.9	326	97	0	1194	15	36	23	24	1.94
87553712--87554020	154	2.0	153	92	3	514	13	35	31	19	1.90
87555830--87556044	107	2.0	108	89	2	335	26	33	27	12	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87557638--87558522	43	20.6	44	83	6	886	17	33	32	16	1.93
87557638--87558480	85	9.8	86	83	6	966	17	33	32	16	1.92
87559057--87559142	43	2.0	43	95	0	154	13	34	34	16	1.88
87564390--87564504	58	2.0	58	94	0	203	21	39	15	23	1.92
87564861--87564892	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
87571196--87571373	43	4.2	42	80	8	180	19	38	26	15	1.91
87571196--87571373	85	2.1	86	84	5	227	19	38	26	15	1.91
87571255--87572901	297	5.5	298	85	3	2036	17	32	34	14	1.91
87571255--87572902	43	38.7	43	89	3	1978	17	32	34	14	1.91
87573657--87573767	58	1.9	58	90	0	177	26	18	22	33	1.96
87573812--87573865	24	2.2	24	80	0	63	18	27	38	14	1.90
87574819--87574884	21	3.0	22	86	4	80	30	4	30	34	1.78
87578787--87578840	17	3.2	17	81	0	63	7	12	3	75	1.14
87581829--87581953	62	2.0	62	96	0	232	30	23	19	27	1.98
87582741--87582860	63	1.9	63	87	3	179	13	44	21	20	1.86
87585658--87586188	266	2.0	266	98	0	1035	25	25	18	29	1.98
87588170--87589065	85	10.5	84	83	4	743	17	34	31	16	1.92
87588236--87589065	43	19.5	42	78	9	421	17	33	32	16	1.92
87588229--87589065	170	4.9	170	83	4	908	17	33	32	16	1.92
87589777--87589897	58	2.1	59	90	1	190	23	17	24	33	1.96
87596350--87596381	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
87598322--87598618	148	2.0	148	98	0	576	28	23	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87604387--87605675	43	30.2	43	75	8	407	18	33	30	17	1.94
87604407--87605685	128	10.0	127	77	7	1070	18	33	30	17	1.94
87604412--87605688	171	7.5	170	78	5	1234	18	33	30	17	1.94
87604535--87605682	427	2.7	424	82	4	1310	18	33	30	17	1.94
87604407--87605688	85	15.0	85	78	7	1059	18	33	30	17	1.94
87605699--87605764	24	2.8	24	90	0	105	22	36	34	6	1.79
87605693--87605771	24	3.3	23	82	12	97	24	35	35	5	1.77
87611168--87611345	43	4.2	42	77	7	153	19	39	26	14	1.90
87611168--87611345	85	2.1	86	82	3	216	19	39	26	14	1.90
87621029--87621536	43	12.0	43	73	8	281	18	32	32	15	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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