genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27189929--27190061	51	2.6	51	84	0	185	42	12	6	39	1.67
27192374--27192520	75	2.0	75	97	0	276	21	29	16	32	1.95
27194069--27194291	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
27194069--27194291	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
27204672--27204712	21	2.0	21	95	0	73	24	14	26	34	1.94
27205348--27205425	19	4.4	19	73	18	62	42	11	6	39	1.67
27205325--27205457	51	2.6	51	84	0	185	42	12	6	39	1.67
27206438--27206463	12	2.2	12	100	0	52	69	7	0	23	1.14
27208712--27208764	15	3.1	15	72	27	52	69	0	1	28	0.99
27218126--27218432	154	2.0	153	97	0	578	28	13	28	29	1.94
27224889--27224969	41	2.0	41	95	0	144	29	7	16	46	1.73
27229064--27229097	14	2.4	14	90	0	59	38	2	0	58	1.13
27233757--27233821	31	2.1	30	83	11	78	41	1	4	52	1.31
27246615--27246757	61	2.3	62	89	4	209	53	0	0	45	1.10
27253450--27253507	4	14.8	4	81	3	55	72	5	5	17	1.22
27260582--27260615	17	2.0	17	88	0	50	29	0	14	55	1.40
27264405--27264564	40	4.0	40	95	1	277	26	27	21	23	1.99
27276161--27276227	4	17.0	4	78	3	73	73	2	4	19	1.14
27278789--27279117	35	9.3	35	77	9	292	38	13	22	25	1.91
27278865--27279113	69	3.6	67	77	11	259	38	13	23	24	1.91
27278864--27279117	106	2.4	104	84	5	316	38	14	23	24	1.92
27283857--27283899	20	2.2	20	83	8	52	44	2	18	34	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27289956--27290031	11	6.8	11	71	21	52	55	2	2	39	1.28
27289924--27290030	19	5.8	18	70	22	62	53	3	2	40	1.33
27289956--27290031	37	2.1	36	83	11	93	55	2	2	39	1.28
27291589--27291629	15	2.8	15	85	3	57	56	9	4	29	1.53
27292931--27293264	48	7.0	48	73	5	221	26	17	30	26	1.97
27292931--27293260	96	3.4	96	82	3	353	26	16	30	26	1.97
27292992--27293252	144	1.8	144	81	3	328	26	16	31	26	1.96
27296633--27296669	19	1.9	19	88	0	56	43	2	16	37	1.62
27297253--27297280	12	2.3	12	100	0	56	39	0	0	60	0.97
27297321--27297349	14	2.0	15	93	6	51	68	6	20	3	1.27
27298129--27298315	78	2.3	80	74	13	175	44	1	18	36	1.57
27298680--27298767	23	3.9	23	85	4	99	18	21	23	36	1.95
27298693--27298781	21	4.0	21	80	8	79	14	21	25	38	1.92
27298693--27298781	44	2.0	43	85	8	117	14	21	25	38	1.92
27303911--27303943	13	2.5	13	95	5	57	15	33	0	51	1.43
27315841--27315877	13	2.8	13	83	0	56	18	5	8	67	1.36
27316250--27316293	14	3.2	14	83	3	54	45	6	31	15	1.73
27321001--27321147	24	6.4	24	67	17	87	21	5	48	23	1.70
27321042--27321148	45	2.4	45	96	0	196	23	5	48	22	1.71
27320998--27321133	69	2.0	69	79	2	148	21	5	47	25	1.72
27322221--27322270	17	2.8	17	78	9	55	52	2	2	44	1.24
27322399--27322442	22	1.9	24	86	9	65	45	2	4	47	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27322684--27322740	26	2.3	25	85	11	82	50	3	10	35	1.54
27322694--27322747	26	2.2	25	90	6	83	51	5	9	33	1.57
27324051--27324126	26	2.9	27	72	16	70	18	30	17	34	1.94
27330930--27330985	20	2.8	20	91	0	94	32	16	28	23	1.96
27337970--27338066	48	2.0	48	97	0	185	21	17	20	40	1.92
27359063--27359209	47	3.1	49	84	5	194	32	10	30	26	1.89
27359328--27359406	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
27361203--27361377	46	3.8	46	76	13	160	30	27	19	22	1.98
27361254--27361397	46	3.1	46	70	19	120	29	27	19	23	1.98
27366142--27366196	24	2.3	23	84	9	67	74	1	20	3	1.06
27367441--27367625	40	4.7	40	82	7	209	24	22	27	25	2.00
27367494--27367648	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
27374444--27374548	40	2.6	41	80	8	126	23	23	27	24	2.00
27381811--27381915	40	2.6	41	84	3	133	21	23	27	26	1.99
27384249--27384303	24	2.3	23	84	9	67	74	1	20	3	1.06
27385548--27385732	40	4.7	40	80	7	191	24	21	27	26	1.99
27385601--27385755	79	2.0	79	81	7	181	25	20	27	27	1.99
27403298--27403346	10	4.7	10	80	7	53	18	0	2	79	0.83
27403304--27403346	20	2.1	21	91	4	70	16	0	2	81	0.79
27404177--27404242	22	2.8	25	71	15	68	33	7	1	57	1.36
27407776--27408021	49	4.9	50	81	2	271	26	19	25	28	1.98
27407779--27407967	100	1.9	100	87	1	279	24	19	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27416328--27416358	15	2.1	15	100	0	62	48	6	19	25	1.72
27420010--27420095	28	3.0	28	84	3	109	29	27	16	26	1.97
27423008--27423156	40	3.7	40	90	0	244	24	27	22	25	2.00
27432237--27432406	40	4.3	40	85	0	207	24	28	22	24	1.99
27432237--27432383	79	1.9	80	91	1	242	25	27	21	25	1.99
27432235--27432406	80	2.2	79	86	1	236	25	28	22	24	1.99
27432235--27432459	40	5.7	40	82	4	195	24	28	22	24	2.00
27434909--27434963	26	2.1	26	82	0	65	43	16	21	18	1.88
27439316--27439367	26	2.0	27	88	3	79	15	23	34	26	1.94
27448555--27448648	28	3.3	29	89	2	138	23	14	31	29	1.95
27453079--27453131	26	2.0	26	100	0	106	32	11	18	37	1.87
27459316--27459374	27	2.2	27	100	0	118	72	6	3	16	1.20
27465308--27465361	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
27466589--27466692	40	2.6	40	89	1	145	32	28	20	18	1.96
27471308--27471485	27	6.6	27	83	3	187	29	28	15	26	1.96
27471329--27471484	82	1.9	81	88	3	233	28	28	16	26	1.97
27472537--27472642	53	2.0	53	98	0	203	34	18	16	30	1.93
27472560--27472643	27	3.1	27	63	27	70	34	20	14	30	1.92
27472970--27473059	44	2.0	44	100	0	180	30	22	20	27	1.98
27490737--27490776	19	2.1	19	100	0	80	37	5	10	47	1.59
27504357--27504389	16	2.1	16	88	11	50	27	0	12	60	1.32
27508755--27508954	72	2.8	70	92	3	287	32	17	30	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27508789--27508954	72	2.3	72	100	0	332	33	17	30	18	1.94
27512993--27513057	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
27513163--27513252	28	3.2	26	76	10	90	18	23	24	33	1.97
27513163--27513252	27	3.2	28	78	7	103	18	23	24	33	1.97
27513173--27513263	27	3.2	28	79	4	85	20	25	20	32	1.97
27513163--27513277	55	2.1	56	80	8	128	18	23	22	35	1.95
27514213--27514238	6	4.3	6	100	0	52	34	46	19	0	1.50
27520480--27520544	28	2.3	28	86	0	85	32	24	10	32	1.90
27520650--27520739	27	3.2	26	72	13	74	21	22	24	32	1.98
27538555--27538662	33	3.3	33	94	0	180	27	25	22	25	2.00
27538560--27538676	33	3.9	28	84	11	101	25	27	23	23	2.00
27538594--27538685	28	3.1	27	80	10	76	27	23	26	22	2.00
27539053--27539111	27	2.2	27	84	6	75	18	20	27	33	1.96
27539132--27539196	27	2.4	27	84	0	76	35	12	16	35	1.87
27539154--27539421	27	9.9	27	74	8	114	32	8	17	40	1.81
27539411--27539485	27	2.8	27	85	2	98	32	22	14	30	1.94
27543066--27543237	46	3.7	46	74	13	172	28	25	21	24	1.99
27543071--27543241	93	1.8	93	91	0	279	28	26	21	23	1.99
27545654--27545700	15	2.9	16	81	9	51	59	2	27	10	1.42
27545665--27545703	15	2.6	15	91	0	60	64	2	28	5	1.28
27549328--27549363	9	4.0	9	100	0	72	33	11	0	55	1.35
27558156--27558328	46	3.7	46	74	11	174	23	20	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27558153--27558323	93	1.8	93	88	2	263	22	20	26	29	1.98
27565748--27565920	46	3.7	46	77	7	179	23	20	26	28	1.99
27576415--27576640	50	4.5	50	83	8	271	26	18	25	29	1.98
27576415--27576640	101	2.3	100	87	4	314	26	18	25	29	1.98
27588763--27588934	46	3.7	45	76	11	170	22	29	19	28	1.98
27592304--27592350	23	2.0	25	84	16	64	29	2	4	63	1.25
27592304--27592346	7	5.6	7	82	17	50	27	2	2	67	1.15
27601284--27601541	38	6.8	38	79	1	266	15	23	28	33	1.95
27601328--27601541	114	1.9	114	85	1	295	15	23	28	32	1.96
27603229--27603385	57	2.8	57	79	5	167	33	22	14	29	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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