Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  11  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2782493--2782535
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2.8
16
89
3
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30
0
2
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1.03
2782505--2782550
16
2.7
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10
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28
2
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63
1.31
2782993--2783044
23
2.3
22
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3
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34
1
5
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1.33
2783031--2783060
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1.9
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0
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2.8
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1.9
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0
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25
25
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2.6
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3
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2.3
27
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29
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2.1
15
100
0
62
38
6
32
22
1.80
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18
2.3
17
86
8
53
38
5
12
43
1.65
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2872374--2872403
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15
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26
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16
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0
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25
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11
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1.75
2884332--2884404
18
4.1
18
85
0
101
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19
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14
2.5
14
100
0
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45
11
17
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2888451--2888504
11
5.0
11
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4
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18
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5
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29
2.0
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2.0
23
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2.0
151
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2.0
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20
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2.0
153
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17
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24
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21
2.0
21
90
4
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19
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2.1
15
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25
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0
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18
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0
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0
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0
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0
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19
0
0
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2.0
18
100
0
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33
16
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22
1.95
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57
2.0
59
89
3
180
29
27
18
24
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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16
1
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75
1.10
2937320--2937388
26
2.9
23
75
21
70
17
1
7
73
1.12
2937321--2937390
24
2.9
24
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21
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15
2
7
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1.16
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2.1
29
100
0
120
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2.0
21
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21
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19
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1.97
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21
21
1.98
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2.0
45
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0
151
31
25
22
20
1.98
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2.5
12
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53
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0
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0
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16
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6
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1.40
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2.2
26
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8
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1.42
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20
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17
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2
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1.19
2983558--2983639
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2
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53
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2
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1.22
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21
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0
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18
4.1
18
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0
85
29
16
16
37
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3032386--3032440
27
2.0
27
89
0
83
29
18
21
30
1.97
3035041--3035111
31
2.3
32
85
7
101
42
8
8
40
1.66
3037994--3038039
17
2.8
16
80
3
56
17
4
8
69
1.31
3039263--3039370
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2.0
53
100
0
216
33
16
24
25
1.96
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37
2.1
38
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4
153
37
2
15
45
1.59
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12
5.1
12
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11
52
75
1
3
20
1.04
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1.9
30
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73
20
29
29
20
1.98
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18
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0
150
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20
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13
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0
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5
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0
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0
0
24
0.80
3067964--3069638
837
2.0
837
99
0
3305
41
12
14
31
1.83
3069003--3070570
782
2.0
782
99
0
3109
43
11
13
31
1.79
3074512--3074543
16
2.0
16
93
0
55
53
0
3
43
1.16
3082175--3082221
20
2.3
20
100
0
94
17
29
25
27
1.97
3088364--3088394
14
2.1
15
94
5
55
25
25
0
48
1.52
3096865--3096889
13
1.9
13
100
0
50
48
16
0
36
1.46
3104248--3104301
21
2.6
21
81
0
63
29
3
5
61
1.36
3108662--3108719
28
2.1
28
93
0
98
39
3
20
36
1.70
3109894--3109975
26
3.2
26
98
0
155
30
4
26
37
1.77
3122502--3122578
22
3.7
21
75
14
61
42
15
6
35
1.73
3122531--3122609
35
2.2
37
86
13
121
35
16
10
37
1.82
3122552--3122607
17
3.5
15
88
9
60
35
16
10
37
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3122538--3122609
19
3.9
19
89
10
123
36
15
11
37
1.83
3122969--3123162
45
4.3
45
88
1
282
24
27
14
33
1.95
3122971--3123146
89
2.0
89
90
0
280
25
27
14
32
1.95
3123176--3123470
78
3.8
78
92
2
443
25
22
18
32
1.97
3123264--3123863
287
2.1
287
93
0
1031
25
22
19
32
1.97
3123542--3123756
78
2.8
78
90
2
326
25
25
18
30
1.98
3123699--3124288
220
2.7
220
92
1
950
27
20
19
32
1.97
3126473--3127050
290
2.0
287
94
1
1005
26
23
16
34
1.95
3131253--3131284
16
2.0
16
93
0
55
28
15
6
50
1.68
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18
2.1
19
85
4
53
33
20
0
46
1.51
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51
2.4
53
83
2
153
40
20
21
17
1.92
3135903--3135935
6
5.7
6
92
7
59
54
18
15
12
1.71
3135926--3136057
45
2.9
45
98
0
255
40
23
18
16
1.90
3136455--3136504
15
3.2
16
75
13
52
38
22
0
40
1.54
3136770--3136815
6
7.8
6
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13
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34
13
0
52
1.40
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18
2.0
18
88
5
54
68
0
0
31
0.90
3141415--3141457
22
1.9
23
85
4
61
46
13
4
34
1.65
3141449--3141503
18
2.9
19
94
5
103
36
16
10
36
1.84
3141622--3141660
21
1.9
20
84
5
51
10
2
15
71
1.23
3159337--3159378
7
6.3
7
86
8
61
23
0
2
73
0.94
3161914--3161977
21
3.0
21
86
0
92
20
21
9
48
1.77
3165136--3165169
11
3.1
11
91
0
59
64
11
8
14
1.49
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3179233--3179347
27
4.3
26
87
5
149
36
23
23
16
1.94
3179233--3179347
54
2.1
54
88
3
169
36
23
23
16
1.94
3180556--3180657
26
3.9
26
97
0
177
38
25
3
32
1.74
3186500--3186534
18
1.9
18
94
0
61
34
14
14
37
1.86
3191781--3191853
36
2.0
36
100
0
146
30
21
16
31
1.95
3195104--3195128
13
1.9
13
100
0
50
32
16
4
48
1.64
3196079--3196248
86
2.0
84
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2
322
24
24
7
43
1.80
3204126--3204200
18
4.2
18
82
0
96
29
20
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1.90
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36
2.0
36
88
0
106
30
19
11
38
1.87
3209131--3209432
153
2.0
153
85
1
408
37
16
20
24
1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          321   322