genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67326263--67326288	11	2.4	11	100	0	52	19	0	0	80	0.71
67352150--67352324	80	2.2	79	91	1	278	21	22	29	26	1.99
67352150--67352363	40	5.4	40	86	5	249	22	21	28	27	1.99
67360322--67360497	40	4.4	40	83	7	214	21	22	28	27	1.99
67360325--67360497	80	2.2	80	89	0	256	21	21	27	28	1.99
67360322--67360518	40	4.9	40	80	8	179	22	20	27	28	1.99
67362552--67362590	14	2.8	14	96	0	69	17	23	7	51	1.71
67364781--67364822	19	2.2	19	86	0	57	30	7	21	40	1.80
67364790--67364833	19	2.3	19	88	4	61	34	4	25	36	1.76
67366516--67366546	15	2.1	15	100	0	62	29	25	6	38	1.81
67371236--67371298	33	1.9	33	90	0	99	20	34	9	34	1.85
67371337--67371367	14	2.3	14	94	5	55	22	9	6	61	1.50
67377736--67377808	36	2.0	36	94	0	128	28	16	13	41	1.87
67381599--67381653	24	2.3	24	84	9	69	23	20	20	36	1.95
67381824--67381886	20	3.3	19	82	10	76	30	4	23	41	1.75
67386904--67386942	20	1.9	21	85	15	55	51	2	2	43	1.29
67394198--67394309	55	2.0	55	98	0	215	41	11	10	35	1.76
67394222--67394306	26	3.2	26	63	21	66	41	11	10	36	1.76
67399354--67399566	41	5.1	41	70	18	190	47	9	27	15	1.77
67399395--67399526	42	3.2	42	71	18	148	46	11	27	14	1.78
67399336--67399590	83	3.1	83	97	0	465	47	10	27	14	1.77
67399718--67399804	41	2.1	41	97	0	165	35	9	19	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67400980--67401022	15	3.0	14	83	6	59	69	0	27	2	1.00
67403737--67403783	23	2.0	23	84	8	60	48	8	10	31	1.68
67404634--67404673	20	2.0	20	100	0	80	45	10	15	30	1.78
67406985--67407152	40	4.3	38	78	6	124	25	26	21	26	1.99
67407008--67407105	39	2.5	40	83	6	128	25	28	20	25	1.99
67409965--67410032	30	2.3	30	94	0	118	27	23	27	20	1.99
67428856--67428978	45	2.7	45	91	2	194	26	29	22	21	1.99
67428971--67429206	38	6.2	38	82	4	280	32	25	20	21	1.98
67428971--67429206	76	3.1	76	88	1	330	32	25	20	21	1.98
67429942--67430091	6	24.8	6	72	16	114	49	11	16	22	1.78
67429942--67430091	30	5.2	30	75	13	161	49	11	16	22	1.78
67429921--67430000	24	3.3	23	72	16	56	50	13	16	20	1.78
67430209--67430290	27	3.1	27	79	11	89	36	24	23	15	1.94
67430447--67430503	22	2.6	22	80	0	60	31	22	26	19	1.98
67430593--67430675	27	3.1	26	87	5	103	36	20	22	20	1.95
67430893--67431069	27	6.6	27	88	0	246	23	20	20	35	1.96
67431065--67431126	27	2.3	27	91	0	97	30	8	19	41	1.80
67431143--67431548	27	14.6	27	76	6	326	40	9	21	27	1.85
67431143--67431549	54	7.3	54	83	7	377	40	10	21	27	1.85
67431143--67431552	81	4.9	81	79	12	373	40	10	22	27	1.85
67431190--67431371	93	2.0	93	86	6	262	42	9	21	25	1.83
67431283--67431552	27	10.0	27	85	4	339	40	9	22	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67431283--67431552	54	5.0	54	90	0	389	40	9	22	27	1.85
67432640--67432754	45	2.6	46	81	12	150	27	26	17	27	1.98
67436859--67436914	21	2.6	22	85	2	78	14	28	37	19	1.91
67450992--67451029	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
67455369--67455601	39	6.0	39	87	1	299	30	28	21	19	1.97
67460696--67460950	39	6.5	39	86	0	348	30	17	31	20	1.96
67460696--67460950	117	2.2	117	89	0	393	30	17	31	20	1.96
67463313--67463348	18	2.0	18	100	0	72	50	22	5	22	1.70
67467859--67467951	41	2.3	40	87	3	134	47	3	12	36	1.58
67479891--67480357	47	9.9	47	97	0	862	31	8	30	29	1.87
67480476--67480554	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
67485716--67485867	40	3.8	40	87	2	189	26	28	20	24	1.99
67500165--67500407	50	4.8	50	82	3	263	26	17	26	29	1.97
67500169--67500407	101	2.4	100	80	3	264	25	16	27	30	1.97
67503573--67504031	47	9.5	47	88	6	632	29	30	9	31	1.88
67503794--67504006	58	4.1	56	75	20	244	27	30	11	30	1.91
67503851--67504031	96	1.9	94	97	2	344	29	28	8	33	1.87
67503700--67504004	154	2.0	152	94	1	529	28	29	10	31	1.90
67503653--67504031	201	1.9	199	94	1	668	29	29	9	31	1.89
67508750--67508809	15	4.0	15	80	0	66	13	18	11	56	1.66
67508750--67508808	30	2.0	30	82	0	73	13	18	11	55	1.68
67509704--67510005	150	2.0	150	99	0	595	39	9	23	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67511123--67511250	28	4.5	28	90	2	184	28	12	26	32	1.93
67511123--67511250	57	2.2	57	90	2	195	28	12	26	32	1.93
67513801--67514815	40	25.4	40	99	0	1985	25	20	27	27	1.99
67514843--67515000	57	2.8	57	85	0	199	22	18	27	30	1.98
67514847--67515000	28	5.4	27	71	9	101	22	19	27	30	1.98
67514875--67514976	29	3.6	29	75	7	91	24	17	28	29	1.97
67514899--67514985	29	3.0	29	73	9	88	24	16	25	34	1.95
67516417--67516518	52	2.0	51	94	1	177	36	16	17	29	1.92
67522870--67522997	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
67522870--67522997	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
67527118--67527363	50	4.9	50	76	5	230	27	17	24	30	1.97
67530403--67531012	310	2.0	310	97	0	1139	29	20	16	33	1.95
67531817--67532078	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
67539607--67539678	29	2.5	29	88	4	101	26	16	31	25	1.96
67539987--67540222	40	5.9	40	79	2	199	25	23	26	24	2.00
67543173--67543612	145	3.0	145	96	0	801	31	23	14	30	1.94
67543569--67543647	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
67546062--67546165	52	2.0	52	90	3	165	16	26	30	25	1.97
67546474--67546529	28	2.0	28	100	0	112	35	10	21	32	1.88
67546661--67546962	40	7.6	40	91	0	469	23	22	29	25	1.99
67547138--67547188	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
67549470--67549513	13	3.4	13	80	0	52	38	0	22	38	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67549422--67549556	61	2.2	61	96	2	247	36	4	25	34	1.76
67549483--67549816	48	7.0	48	88	0	479	35	6	26	31	1.82
67554662--67554722	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
67556164--67556229	29	2.3	30	79	10	75	27	25	12	34	1.91
67559393--67559427	18	2.0	18	88	5	54	28	14	20	37	1.91
67560476--67560537	29	2.1	29	82	11	74	20	33	16	29	1.94
67562008--67562035	8	3.5	8	100	0	56	10	0	32	57	1.33
67564923--67564988	29	2.3	30	79	10	75	28	25	12	33	1.92
67579859--67579915	30	1.9	29	89	3	87	24	17	22	35	1.95
67580003--67580260	129	2.0	129	100	0	516	39	13	18	28	1.88
67580760--67580794	15	2.3	15	95	0	61	40	17	28	14	1.88
67583053--67583114	30	2.1	30	96	0	115	33	3	24	38	1.71
67591128--67591660	268	2.0	268	95	0	958	27	23	19	28	1.98
67592095--67592189	48	2.0	48	93	0	163	33	26	10	29	1.90
67596060--67596237	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
67596081--67596236	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
67606737--67606877	43	3.3	43	92	0	228	10	23	31	34	1.89
67609967--67610082	47	2.5	47	91	0	196	37	11	24	27	1.89
67610061--67610227	54	3.1	54	83	11	209	37	16	23	22	1.94
67613253--67613282	15	2.0	15	93	0	51	26	3	26	43	1.70
67616795--67616916	47	2.6	47	93	0	208	36	14	22	25	1.93
67616902--67617061	55	3.0	54	82	8	209	32	17	26	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67618663--67618885	79	2.8	77	80	10	238	24	27	21	26	1.99
67618663--67618885	39	5.7	40	86	6	253	24	27	21	26	1.99
67619140--67619217	39	2.0	39	97	0	147	19	24	15	41	1.90
67620929--67621580	176	3.7	176	83	4	789	28	23	17	30	1.97
67620929--67621580	351	1.9	351	83	3	866	28	23	17	30	1.97
67621935--67622126	64	3.0	64	93	0	321	37	13	17	31	1.89
67623752--67623814	29	2.2	29	82	2	74	4	15	9	69	1.32
67629222--67629257	18	1.9	19	88	5	56	19	0	0	80	0.71
67629537--67629651	42	2.7	42	81	9	144	26	24	17	32	1.97
67633302--67633394	25	3.7	25	82	0	114	27	24	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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