genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14500281--14500338	19	3.0	19	82	2	71	43	8	10	37	1.70
14500895--14501056	48	3.2	48	68	21	132	35	6	4	53	1.47
14500958--14501004	20	2.3	20	77	0	58	40	8	0	51	1.33
14500895--14501097	104	1.9	106	90	4	329	35	7	3	52	1.49
14506861--14506916	27	2.1	27	93	0	94	41	21	25	12	1.88
14508816--14508845	16	1.9	15	93	6	51	20	13	6	60	1.55
14509335--14509364	16	1.9	15	93	6	51	60	6	13	20	1.55
14511169--14511198	16	1.9	15	93	6	51	20	13	6	60	1.55
14511950--14511979	16	1.9	15	93	6	51	60	6	13	20	1.55
14521253--14522178	307	3.0	305	89	2	1426	21	12	16	48	1.79
14522631--14522743	57	2.0	57	80	0	127	30	15	13	39	1.86
14529401--14529439	21	1.9	20	94	5	69	33	10	25	30	1.89
14529594--14529636	13	3.1	13	81	18	59	58	0	0	41	0.98
14529594--14529637	16	2.9	16	90	9	67	59	0	0	40	0.98
14529597--14529654	8	7.4	8	75	13	50	60	0	0	39	0.97
14529600--14529658	16	3.6	16	82	13	68	59	0	0	40	0.97
14529670--14529719	25	2.1	25	85	7	68	42	8	6	44	1.58
14531388--14531421	14	2.6	13	86	13	52	55	0	0	44	0.99
14537821--14537857	16	2.2	17	90	9	58	43	2	0	54	1.14
14539419--14539474	27	2.0	28	86	3	78	28	8	23	39	1.85
14542151--14542206	15	3.6	16	76	7	62	42	5	21	30	1.75
14545116--14545162	24	2.0	24	82	0	58	38	23	6	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14552295--14552862	284	2.0	284	100	0	1136	35	8	18	37	1.82
14566504--14566584	29	2.7	30	80	5	83	48	12	4	34	1.62
14566832--14566859	13	2.2	13	100	0	56	46	17	0	35	1.49
14581424--14581560	59	2.3	58	79	2	157	36	10	28	24	1.89
14581433--14581560	29	4.4	29	73	7	107	36	10	29	23	1.88
14586013--14586056	16	2.8	15	80	10	52	29	0	22	47	1.51
14593059--14593121	20	3.2	20	79	2	74	46	25	15	12	1.82
14596001--14596166	86	1.9	86	97	0	314	37	15	16	30	1.90
14604610--14604645	18	2.0	18	94	0	63	27	22	13	36	1.92
14606951--14607015	21	3.1	21	90	0	103	18	12	33	35	1.88
14607019--14607137	20	5.9	20	89	0	157	7	33	21	37	1.81
14614075--14614141	31	2.2	31	91	0	107	44	2	26	25	1.68
14623607--14623697	46	2.0	46	100	0	182	30	16	13	39	1.87
14634813--14634855	22	2.0	22	85	0	59	34	9	16	39	1.80
14638072--14638112	15	2.7	15	100	0	82	24	46	7	21	1.77
14642248--14642286	19	2.0	21	90	10	64	66	0	0	33	0.92
14655330--14655374	15	2.9	16	86	6	65	33	22	0	44	1.53
14663148--14663189	20	2.1	20	86	8	59	2	21	11	64	1.38
14670807--14670879	23	3.2	23	74	14	78	46	19	12	21	1.82
14672564--14672636	25	3.0	25	85	2	103	16	21	19	42	1.89
14672773--14672822	25	2.0	25	88	7	75	18	22	24	36	1.95
14678162--14678192	13	2.4	13	94	0	53	45	3	22	29	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14679984--14680008	13	1.9	13	100	0	50	0	28	0	72	0.86
14686518--14686671	78	2.0	78	97	0	290	22	21	20	35	1.96
14689517--14689556	20	2.0	20	90	0	62	60	15	0	25	1.35
14692306--14692374	29	2.4	29	85	7	95	26	15	27	30	1.96
14696169--14696198	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
14701105--14701232	64	2.0	64	98	0	247	16	20	16	46	1.84
14708565--14708608	24	2.0	21	86	13	61	40	13	9	36	1.76
14721351--14721461	25	4.5	25	87	3	91	28	21	28	20	1.98
14721372--14721461	25	3.6	25	90	3	128	27	22	31	18	1.97
14721772--14721805	16	2.1	17	88	5	52	32	20	0	47	1.51
14722554--14722589	13	2.8	13	91	8	56	38	8	5	47	1.57
14723033--14723486	224	2.0	226	93	3	774	38	18	9	33	1.83
14725762--14725807	23	2.0	23	95	0	83	39	6	23	30	1.80
14730034--14730099	22	3.1	22	76	12	84	54	4	13	27	1.58
14743822--14743946	41	3.0	41	91	3	198	32	7	18	41	1.78
14754076--14755655	523	3.0	521	85	3	2057	25	13	19	41	1.88
14755412--14756108	359	1.9	358	96	0	1277	27	10	22	38	1.88
14758419--14759062	27	24.0	27	78	8	543	40	18	20	19	1.91
14759433--14759509	28	2.8	28	87	0	109	22	25	25	25	2.00
14775858--14775891	17	2.0	17	100	0	68	35	17	23	23	1.95
14778385--14778458	24	3.2	24	64	21	68	54	4	4	37	1.39
14778372--14778462	44	2.1	44	95	0	164	53	3	5	37	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14787060--14787134	27	2.8	28	89	4	109	36	14	22	26	1.93
14787770--14787819	17	2.9	17	93	0	91	44	6	26	24	1.76
14787966--14788004	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
14790136--14790325	41	4.6	41	92	2	301	28	18	27	24	1.98
14790136--14790325	81	2.3	82	91	1	310	28	18	27	24	1.98
14797107--14797215	41	2.6	41	94	1	182	26	20	29	23	1.99
14801834--14801941	15	7.2	15	69	12	87	43	7	23	25	1.79
14801827--14801941	30	3.8	30	97	0	203	44	6	23	25	1.78
14806527--14806634	15	7.2	15	69	12	87	43	7	23	25	1.79
14806520--14806634	30	3.8	30	97	0	203	44	6	23	25	1.78
14810076--14810241	83	2.0	83	98	0	323	39	11	24	24	1.88
14810542--14810797	130	2.0	130	94	0	449	32	12	24	30	1.93
14811379--14811428	17	2.9	17	84	0	73	46	4	26	24	1.70
14816793--14816834	21	2.0	21	85	0	57	21	9	0	69	1.17
14823927--14823981	10	5.3	10	82	8	56	58	9	1	30	1.40
14831961--14832388	216	2.0	216	92	1	707	33	14	18	34	1.91
14832360--14832403	20	2.2	20	92	8	72	45	11	11	31	1.76
14835941--14836094	75	2.0	76	87	1	220	33	25	19	21	1.97
14836256--14836324	36	1.9	35	88	2	102	39	20	1	39	1.61
14836339--14836416	41	1.9	41	91	0	129	50	6	12	30	1.66
14836667--14837064	199	2.0	198	91	1	645	32	25	12	29	1.92
14844491--14844530	16	2.4	16	88	12	55	5	15	7	72	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14847215--14847239	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
14852714--14852744	16	1.9	16	100	0	62	70	6	9	12	1.31
14858534--14858669	40	3.4	39	75	5	130	36	20	19	23	1.95
14858709--14859022	41	7.7	41	87	1	405	20	21	27	30	1.98
14859760--14859833	14	5.4	14	72	8	53	17	2	39	40	1.64
14860088--14860128	21	2.0	20	85	4	55	19	0	41	39	1.52
14860120--14860153	14	2.4	14	95	0	59	23	0	47	29	1.52
14861124--14861149	9	2.9	9	100	0	52	34	11	30	23	1.90
14863599--14863851	43	5.9	43	81	3	278	22	16	31	28	1.96
14868563--14868659	27	3.6	27	77	10	108	21	16	24	37	1.94
14868560--14868689	54	2.4	54	85	0	170	22	16	26	34	1.95
14868615--14868686	27	2.7	27	82	0	81	23	16	29	30	1.96
14868773--14868862	27	3.3	27	76	6	92	23	15	27	33	1.95
14868603--14868945	171	2.0	171	96	0	632	21	17	25	36	1.95
14886123--14886197	22	3.3	22	85	9	98	45	0	5	49	1.25
14886117--14886175	22	2.7	21	92	2	82	42	0	8	49	1.33
14886469--14886521	21	2.5	21	87	0	79	30	33	9	26	1.88
14897000--14897068	34	2.0	34	100	0	138	44	17	8	28	1.78
14901354--14901406	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
14903735--14903794	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
14903744--14903777	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
14911521--14911587	19	3.5	19	67	15	57	31	20	4	43	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14911568--14911634	33	2.0	33	100	0	134	43	23	2	29	1.69
14925444--14925497	14	4.0	14	73	7	58	64	1	0	33	1.04
14925446--14925489	22	2.0	23	86	4	63	65	2	0	31	1.05
14925935--14925983	20	2.5	20	89	0	71	55	8	6	30	1.54
14927065--14927132	35	1.9	36	87	3	102	45	13	11	29	1.79
14933634--14933760	46	2.8	46	84	3	159	18	20	14	46	1.84
14942708--14942817	45	2.4	45	89	3	168	23	18	18	40	1.91
14945272--14945443	49	3.6	49	85	4	244	34	8	29	28	1.86
14945272--14945443	47	3.6	48	85	4	231	34	8	29	28	1.86
14948280--14948337	19	3.4	17	81	13	66	12	1	6	79	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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