genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16064572--16064788	47	4.6	47	78	10	255	24	17	27	29	1.98
16064619--16064834	93	2.3	93	89	0	324	22	19	28	29	1.98
16064522--16064787	140	1.9	140	92	0	451	23	18	27	29	1.98
16067136--16067202	30	2.3	28	80	10	73	8	16	16	58	1.62
16073910--16073981	34	2.1	34	100	0	144	37	12	0	50	1.41
16073917--16073971	16	3.3	16	73	26	60	36	10	0	52	1.37
16078495--16078547	3	18.3	3	82	7	56	67	0	32	0	0.91
16078495--16078547	17	3.1	17	75	2	52	67	0	32	0	0.91
16079192--16079239	23	2.0	24	84	4	62	29	22	4	43	1.72
16079688--16079743	21	2.7	21	83	5	69	8	12	37	41	1.74
16080519--16080561	22	2.0	22	95	0	77	48	16	20	13	1.80
16082373--16082590	39	5.5	39	88	1	303	29	28	22	19	1.98
16086554--16086706	40	3.9	39	90	5	220	26	23	27	22	2.00
16088828--16088857	15	2.0	15	93	0	51	40	36	6	16	1.75
16089197--16089305	48	2.3	48	96	0	200	47	19	11	22	1.80
16089357--16089510	6	24.7	6	70	15	71	55	13	9	21	1.67
16095707--16095896	38	4.9	38	88	3	238	30	26	22	21	1.99
16103606--16103772	42	3.9	43	75	7	160	32	25	15	26	1.96
16104331--16104462	62	2.1	62	100	0	264	46	18	3	31	1.64
16110141--16110165	12	2.1	12	100	0	50	56	16	8	20	1.65
16115399--16115447	20	2.4	21	86	3	64	24	30	30	14	1.94
16115399--16115455	21	2.8	21	78	7	64	22	26	33	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16116653--16116779	49	2.6	49	82	6	150	25	29	18	25	1.98
16116809--16117011	46	4.4	45	76	13	157	22	27	18	31	1.97
16120855--16121113	137	1.9	139	81	6	321	21	12	11	54	1.70
16121197--16121609	196	2.1	196	99	0	817	39	5	5	49	1.50
16121834--16121875	16	2.6	16	81	7	50	54	0	4	40	1.21
16123509--16123579	35	2.0	35	91	0	115	23	9	23	42	1.84
16124324--16124510	48	3.9	47	83	8	225	25	18	28	26	1.98
16124275--16124510	96	2.4	97	84	2	296	27	18	26	27	1.98
16134099--16134136	19	2.0	20	84	5	51	10	26	10	52	1.68
16134900--16135067	27	6.2	27	83	2	185	38	20	17	23	1.93
16137250--16137276	13	2.1	13	100	0	54	14	14	7	62	1.51
16146204--16146313	55	2.0	55	87	3	159	29	18	24	28	1.98
16156123--16156172	26	1.9	26	87	0	73	14	16	24	46	1.83
16156483--16156554	29	2.5	29	90	4	110	29	26	16	27	1.97
16156639--16156674	19	1.9	19	88	5	56	19	38	16	25	1.92
16156789--16156825	16	2.3	16	95	0	65	5	16	21	56	1.59
16157899--16157930	16	2.0	16	100	0	64	12	6	31	50	1.65
16159854--16159930	24	3.2	24	67	29	72	45	18	11	24	1.82
16164139--16164179	17	2.4	17	91	0	73	53	9	31	4	1.55
16165965--16166284	46	7.0	46	96	0	543	38	14	23	22	1.92
16167961--16168048	43	2.0	43	97	0	167	39	23	9	27	1.85
16168238--16168391	42	3.7	42	86	3	213	29	25	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16175577--16175675	46	2.1	49	84	7	132	35	14	24	26	1.93
16178713--16178810	40	2.5	40	91	5	155	22	28	24	24	1.99
16186093--16186350	40	6.5	40	97	1	466	25	28	23	23	2.00
16199608--16199822	40	5.4	40	93	0	358	29	29	18	22	1.98
16202314--16202425	56	2.0	56	98	0	215	32	27	7	33	1.84
16225808--16225970	46	3.5	44	78	10	150	23	30	19	26	1.98
16228542--16228572	14	2.2	14	100	0	62	45	6	12	35	1.68
16245927--16246047	42	2.9	42	79	4	129	30	24	14	29	1.95
16251685--16251723	19	2.0	19	85	5	51	61	5	2	30	1.31
16251801--16251841	21	1.9	22	85	5	57	39	2	7	51	1.43
16254996--16255186	43	4.5	43	89	2	269	29	28	17	24	1.97
16254987--16255186	85	2.3	85	86	3	276	30	28	17	24	1.97
16255270--16255467	43	4.6	43	85	1	236	30	27	16	25	1.96
16254909--16255439	281	1.9	282	96	0	983	29	23	19	26	1.98
16255918--16255948	15	2.1	15	100	0	62	32	16	12	38	1.86
16256148--16256238	43	2.1	43	83	2	112	43	9	12	34	1.75
16258620--16258706	40	2.2	40	89	4	140	27	16	19	36	1.93
16259313--16259363	22	2.3	22	96	0	93	45	0	15	39	1.47
16259467--16259592	42	3.0	42	80	9	166	29	14	26	29	1.95
16261794--16261971	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
16261815--16261970	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
16269857--16270034	27	6.6	27	82	3	187	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16269878--16270033	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.96
16296746--16296802	16	3.6	16	75	13	55	50	0	5	43	1.24
16297627--16297693	35	1.9	35	100	0	134	37	17	19	25	1.94
16298689--16298716	12	2.3	12	100	0	56	7	28	42	21	1.79
16301099--16301210	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
16301099--16301210	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
16301955--16302025	24	3.0	24	89	0	106	25	38	1	35	1.65
16304101--16304280	35	5.1	35	78	2	182	41	18	9	30	1.83
16308381--16308530	42	3.6	40	78	8	158	31	16	24	28	1.96
16315731--16315913	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
16315710--16315913	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
16326310--16326423	59	1.9	59	94	5	205	34	21	14	29	1.93
16338372--16338496	47	2.8	45	85	3	144	25	17	28	28	1.98
16341010--16341053	23	1.9	23	100	0	88	40	4	11	43	1.61
16345631--16345802	27	6.4	27	86	0	245	35	19	19	25	1.95
16345631--16345826	54	3.6	54	86	4	252	35	19	19	25	1.95
16345643--16345826	81	2.3	81	85	1	217	35	20	19	24	1.96
16346207--16346272	28	2.4	28	89	0	96	25	22	24	27	2.00
16349823--16349929	54	2.0	54	85	3	144	37	18	17	26	1.93
16349823--16349911	27	3.3	26	82	6	106	39	15	17	26	1.90
16358885--16359006	46	2.6	46	80	5	127	26	22	14	36	1.93
16363231--16363300	21	3.2	21	68	18	61	20	14	27	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16368555--16368689	68	2.0	68	86	1	189	48	5	4	42	1.45
16369447--16369513	35	1.9	35	100	0	134	37	17	19	25	1.94
16373099--16373275	35	5.0	35	77	2	158	40	18	9	31	1.83
16377380--16377532	42	3.6	42	78	6	166	32	16	25	25	1.97
16381673--16381706	16	2.0	18	88	11	54	2	17	20	58	1.51
16383076--16383276	27	7.4	27	89	1	285	36	18	20	23	1.95
16383076--16383276	109	1.8	109	92	0	339	36	18	20	23	1.95
16383413--16383496	27	3.2	26	81	6	80	22	21	20	35	1.96
16417620--16417667	6	8.3	6	84	13	57	12	0	35	52	1.40
16422214--16422327	48	2.4	48	89	0	174	26	17	28	28	1.98
16423495--16423612	40	3.0	39	86	3	148	16	21	29	33	1.95
16423494--16423611	39	3.0	38	85	6	146	16	21	28	33	1.95
16428464--16428701	49	4.8	49	78	5	244	26	16	26	31	1.96
16430248--16430484	48	4.9	48	82	4	291	27	17	28	26	1.98
16430248--16430483	96	2.4	97	89	3	361	27	17	28	26	1.98
16433956--16434126	86	2.0	86	97	0	324	32	11	26	29	1.91
16434614--16434744	49	2.7	49	89	0	199	25	17	27	29	1.98
16436231--16436266	18	2.0	18	100	0	72	33	11	16	38	1.84
16437715--16437809	38	2.5	37	83	8	102	42	11	9	36	1.74
16450760--16450861	50	2.0	50	100	0	204	37	7	15	39	1.77
16452441--16452656	40	5.5	40	85	4	271	23	27	23	25	2.00
16463792--16463872	40	2.0	40	92	0	135	37	35	12	14	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16470944--16471098	39	4.0	39	85	2	188	18	20	29	32	1.96
16473165--16473297	49	2.8	48	82	4	169	23	29	22	24	1.99
16473165--16473343	49	3.7	49	79	6	152	21	28	22	26	1.99
16473407--16473536	46	2.8	45	81	6	147	24	28	16	30	1.97
16477935--16477990	28	2.0	28	96	0	103	37	14	8	39	1.77
16479719--16479797	37	2.1	37	88	0	113	25	32	17	24	1.97
16479995--16480885	47	19.0	47	99	0	1728	29	29	8	31	1.87
16491071--16491144	36	2.1	36	94	0	130	22	27	22	27	2.00
16503335--16503361	13	2.1	13	100	0	54	55	22	0	22	1.44
16506172--16506210	16	2.3	19	79	20	50	61	12	2	23	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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