genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67641361--67641408	24	2.0	24	100	0	96	33	20	25	20	1.97
67641317--67641451	67	2.0	67	85	2	182	26	17	26	29	1.97
67649228--67649348	46	2.6	46	84	7	147	28	21	28	22	1.99
67649371--67649498	49	2.6	49	83	4	152	28	19	27	24	1.98
67652738--67652826	6	14.5	6	71	17	67	48	15	16	19	1.82
67652747--67652840	31	3.0	31	90	0	125	46	14	19	19	1.84
67652783--67652830	25	2.0	24	87	4	69	45	16	18	18	1.85
67652994--67653095	27	3.8	26	87	5	123	36	20	23	19	1.95
67653254--67653318	22	3.0	22	77	8	69	33	21	23	21	1.97
67653738--67654094	27	13.3	27	89	1	493	25	22	19	32	1.97
67695342--67695406	28	2.4	28	94	2	114	27	9	12	50	1.70
67700767--67700809	22	2.0	22	85	0	59	30	18	16	34	1.93
67702353--67702393	22	1.9	21	85	14	57	34	14	7	43	1.73
67715140--67715261	46	2.6	47	84	5	147	27	22	13	36	1.92
67717009--67717074	33	2.0	33	96	0	123	37	9	19	33	1.84
67722325--67722386	31	2.0	32	87	3	90	35	19	24	20	1.96
67723051--67723104	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
67723106--67723300	27	7.2	27	86	0	237	25	18	17	37	1.93
67726727--67726767	21	2.0	21	85	9	57	29	9	21	39	1.86
67726880--67727102	47	4.7	47	93	0	392	24	19	25	30	1.98
67726880--67727102	94	2.4	94	100	0	446	24	19	25	30	1.98
67741176--67741237	31	2.0	31	93	0	106	22	29	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67760596--67760773	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
67760617--67760772	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
67763038--67763105	34	2.0	34	97	0	127	39	20	19	20	1.92
67763980--67764095	58	2.0	58	96	0	214	32	5	24	37	1.77
67765004--67765147	74	1.9	74	95	0	261	31	18	22	28	1.97
67783577--67783639	32	2.0	32	93	0	108	30	19	23	26	1.98
67785570--67785635	33	2.0	34	85	8	91	25	25	21	27	1.99
67804008--67804068	30	2.0	30	87	0	86	29	24	3	42	1.70
67811738--67811789	21	2.4	21	75	12	52	32	11	19	36	1.87
67811902--67812077	47	3.7	47	94	0	316	22	20	27	29	1.98
67815191--67815260	28	2.5	28	88	4	97	25	12	28	32	1.93
67820498--67820544	24	2.0	24	91	0	76	34	29	12	23	1.92
67820508--67820570	24	2.6	24	89	0	90	31	34	14	19	1.91
67823212--67823642	215	2.0	215	92	0	711	31	24	16	27	1.96
67836353--67836399	24	2.0	24	91	0	76	34	29	12	23	1.92
67836363--67836425	24	2.6	24	89	0	90	31	34	14	19	1.91
67849459--67849618	46	3.5	46	74	11	164	23	18	28	30	1.97
67852311--67852363	27	2.0	27	96	0	97	15	15	30	39	1.87
67854419--67854516	27	3.6	27	80	0	106	27	15	26	30	1.96
67870912--67870988	31	2.5	31	84	0	109	15	31	28	24	1.96
67878871--67879010	27	5.2	27	87	2	169	35	22	22	19	1.96
67886717--67886826	27	4.0	28	76	5	100	36	18	23	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67891170--67891199	7	4.3	7	91	0	51	53	26	3	16	1.59
67891553--67891679	50	2.6	51	82	5	145	39	22	16	22	1.92
67894536--67894595	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
67896757--67896805	21	2.2	22	85	7	64	24	28	26	20	1.99
67896758--67896811	21	2.6	19	78	16	54	22	25	27	24	2.00
67897215--67897243	14	2.1	14	100	0	58	27	0	13	58	1.36
67899073--67899250	27	6.6	27	82	3	178	30	27	15	26	1.96
67901726--67901948	80	2.8	80	83	2	277	34	17	17	30	1.93
67901771--67901915	27	5.4	27	69	8	93	35	17	15	31	1.91
67904112--67904256	40	3.6	40	86	4	202	23	26	24	26	2.00
67908359--67908396	20	1.9	20	88	0	58	52	13	2	31	1.54
67910964--67911069	52	2.0	52	98	0	203	29	6	14	50	1.68
67911609--67911658	18	2.8	18	81	0	64	50	16	16	18	1.79
67912001--67912199	79	2.5	80	90	2	303	36	18	16	29	1.92
67915897--67915962	34	2.0	32	90	3	96	28	12	24	33	1.91
67925540--67925833	50	5.8	50	80	5	306	31	26	17	24	1.97
67925551--67925781	101	2.3	100	85	3	304	31	26	17	24	1.97
67928245--67928369	22	5.4	23	88	5	173	27	20	16	36	1.94
67929701--67929738	14	2.5	16	87	8	53	42	2	21	34	1.67
67930045--67930236	50	3.8	50	81	4	208	27	17	26	28	1.98
67933226--67933281	15	3.7	15	79	15	71	10	14	12	62	1.55
67935174--67935262	44	2.0	44	100	0	178	32	13	26	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67935473--67935659	50	3.8	49	82	7	207	25	19	27	26	1.99
67939578--67939650	34	2.2	32	78	9	76	46	6	1	45	1.38
67939599--67939653	20	2.7	19	81	13	56	45	7	1	45	1.41
67940292--67940316	13	1.9	13	100	0	50	52	24	0	24	1.48
67941855--67941959	54	1.9	54	82	3	131	21	18	25	34	1.96
67945251--67945292	22	1.9	22	95	0	75	26	23	23	26	2.00
67946554--67946868	47	6.6	47	90	3	477	28	30	8	32	1.87
67946554--67946868	96	3.3	96	93	0	526	28	30	8	32	1.87
67947840--67947895	28	2.0	28	86	6	78	21	30	7	41	1.80
67951266--67951327	28	2.3	27	91	5	99	37	27	8	27	1.85
67951431--67951543	27	4.2	26	84	7	136	16	22	23	38	1.93
67952378--67952441	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
67952635--67952751	23	5.0	24	87	7	152	29	20	22	28	1.98
67952801--67952847	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
67952884--67952931	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
67967358--67967408	24	2.1	24	96	0	93	35	9	27	27	1.88
67967941--67967996	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
67968667--67968864	54	3.7	54	93	1	335	18	25	22	33	1.97
67968670--67968864	27	7.2	27	81	13	233	18	25	22	33	1.97
67969179--67969211	16	2.1	16	100	0	66	24	39	24	12	1.89
67972784--67972846	28	2.2	29	88	8	103	60	12	0	26	1.33
67972910--67972969	30	2.0	30	90	0	93	58	13	1	26	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67976451--67976709	23	11.3	23	79	6	233	32	3	22	41	1.72
67976449--67976762	69	4.5	68	73	11	226	30	5	23	40	1.76
67976451--67976677	91	2.5	91	80	8	273	32	3	22	41	1.71
67976478--67976686	114	1.8	114	81	6	262	32	3	22	42	1.70
67976453--67976754	23	13.1	24	76	12	129	30	4	23	41	1.75
67977186--67977232	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
67977948--67978001	18	2.9	18	74	15	56	42	14	0	42	1.46
67980451--67980482	13	2.4	14	94	5	57	37	0	9	53	1.34
67980895--67980944	21	2.4	21	79	0	55	30	20	46	4	1.69
67981172--67981241	31	2.3	31	82	0	86	17	5	18	58	1.58
67981882--67981949	12	5.6	12	71	22	61	67	5	1	25	1.21
67981863--67981949	39	2.2	39	82	10	106	66	5	1	26	1.21
67982555--67982595	5	8.0	5	91	2	64	75	2	21	0	0.92
67986715--67986761	23	2.0	23	87	0	67	42	14	23	19	1.88
67986867--67986928	32	1.9	32	96	0	115	46	6	24	22	1.75
67990381--67990561	49	3.7	49	75	8	147	27	17	29	25	1.98
67994453--67994575	29	4.3	29	78	2	133	31	29	12	26	1.92
67995603--67995633	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
67998241--67998363	29	4.3	28	81	8	158	30	29	15	25	1.96
68004099--68004342	127	1.9	128	88	1	373	37	3	38	21	1.70
68020922--68021150	48	5.0	48	82	13	331	33	6	28	31	1.83
68021010--68021090	35	2.3	35	93	4	135	30	6	29	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68020962--68021138	83	2.1	83	93	2	300	33	6	28	31	1.83
68024587--68024781	55	3.6	53	80	6	196	22	25	17	34	1.95
68028292--68028372	40	2.0	40	97	0	153	49	17	7	25	1.72
68032145--68032343	55	3.7	54	80	10	205	22	24	17	35	1.95
68038438--68038644	53	3.9	52	78	6	202	27	25	14	32	1.94
68042878--68043042	40	4.1	40	82	7	185	23	27	23	26	2.00
68056823--68057012	53	3.6	52	77	11	190	25	22	16	35	1.95
68062246--68062342	6	15.8	6	72	16	74	47	15	17	19	1.83
68062230--68062354	31	4.1	31	83	3	146	48	16	16	19	1.82
68062534--68062624	6	14.8	6	73	17	71	46	15	18	19	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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