Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  258  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85662378--85662498
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2.0
62
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0
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0
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6
6
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2.0
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0
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0
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0
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40
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25
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1.33
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2
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1.9
16
93
0
53
58
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16
22
1.52
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1
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32
1.30
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143
3.4
143
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1
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19
20
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1.97
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6.8
46
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19
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1.98
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2.2
23
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1.94
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94
1.9
93
84
6
241
30
19
28
22
1.98
85753867--85754147
47
5.8
49
69
15
167
30
19
27
22
1.98
85760751--85760972
67
3.4
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214
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15
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1.95
85766548--85766710
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1.9
16
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0
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1.52
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18
2.1
18
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0
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0
0
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1
0
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85773860--85774118
120
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122
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2
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1
42
1.40
85773896--85774079
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22
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7
1
41
1.41
85780453--85780520
16
4.2
16
92
0
118
27
0
36
35
1.58
85780748--85780888
17
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61
52
0
1
45
1.14
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24
2.1
22
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14
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55
0
2
42
1.11
85780805--85780860
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4.0
15
73
17
57
55
0
0
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24
142
52
1
1
43
1.21
85780815--85780877
26
2.5
25
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10
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58
1
0
39
1.07
85780788--85780965
61
3.0
60
71
20
165
51
2
1
44
1.24
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.2
15
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33
15
0
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1.43
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21
2.0
22
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2
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15
1.12
85795041--85795091
16
3.2
16
73
15
61
41
3
0
54
1.19
85798594--85798633
17
2.4
16
91
4
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67
2
0
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1.04
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82
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2
310
50
15
7
26
1.70
85799965--85800422
159
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156
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14
15
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2.0
181
96
0
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20
11
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113
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0
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16
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2
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17
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1.87
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40
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139
28
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56
1.54
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1.27
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26
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27
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1.26
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1.54
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1
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2
325
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13
17
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1.87
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40
2.0
42
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139
28
7
7
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1.54
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26
2.5
25
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99
49
1
3
46
1.27
85835189--85835269
26
3.1
27
79
15
73
46
2
3
46
1.33
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85835244--85835283
21
1.9
21
84
0
53
37
2
2
57
1.26
85835296--85835348
20
2.7
20
79
5
54
39
13
1
45
1.54
85835638--85835671
12
2.9
12
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52
32
0
0
67
0.91
85835793--85835851
30
2.0
29
90
3
91
54
11
6
27
1.62
85835895--85835938
19
2.2
20
84
8
54
59
4
15
20
1.54
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7
7.3
7
100
0
102
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27
0
29
1.55
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52
4.7
52
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6
297
54
14
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23
1.66
85838071--85838308
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100
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323
54
14
7
23
1.66
85843344--85843407
21
3.0
21
90
4
94
43
9
15
31
1.78
85847956--85848017
23
2.7
23
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7
81
53
3
9
33
1.50
85855126--85855156
6
5.2
6
96
0
53
80
3
0
16
0.83
85865932--85866148
96
2.3
95
84
5
278
34
17
10
38
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85866524--85866686
10
18.0
9
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21
67
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3
1
64
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85866594--85866672
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2.8
27
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79
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2
0
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1.09
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28
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0
92
1
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39
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1.51
85873288--85873322
15
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16
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0
0
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1.00
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0
0
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0
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0
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18
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18
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0
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1.95
85875664--85875706
15
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13
50
27
9
27
34
1.88
85875749--85875788
21
1.9
21
90
10
64
52
20
10
17
1.72
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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21
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26
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25
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25
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0
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1.98
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7
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31
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29
22
1.96
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67
2.8
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8
203
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0
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0
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0
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6
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0
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28
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0
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198
29
17
28
25
1.97
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2.1
12
100
0
50
16
8
16
60
1.58
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1.98
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2.0
25
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40
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309
26
28
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17
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2.0
19
100
0
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0
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2.3
19
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4
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57
11
0
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1.9
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12
2.2
12
100
0
54
51
7
0
40
1.30
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85957494--85957671
27
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27
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3
205
26
15
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29
1.96
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82
1.9
81
88
3
233
26
15
28
29
1.96
85957491--85957671
82
2.2
81
83
2
229
27
15
27
29
1.96
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25
3.6
25
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81
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4
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0
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0
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41
0
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2.3
82
84
7
238
25
27
22
24
2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322