genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88784777--88784902	48	2.6	49	85	2	164	25	30	16	27	1.97
88784876--88785084	46	4.5	46	80	7	210	23	28	19	28	1.98
88784678--88785047	46	7.8	48	75	11	275	25	29	17	28	1.97
88784673--88785084	47	8.7	47	72	14	255	25	28	17	28	1.98
88784682--88785087	94	4.3	96	75	13	342	25	28	17	28	1.98
88800215--88800384	27	6.3	27	88	1	148	29	12	19	38	1.89
88800255--88800676	27	15.7	27	82	2	481	30	9	21	38	1.85
88800993--88801112	28	4.3	28	88	0	168	28	35	15	21	1.93
88824108--88824238	59	2.2	60	91	2	219	49	11	12	26	1.74
88830371--88830404	17	2.0	17	94	0	59	29	14	23	32	1.94
88836552--88836945	47	8.4	47	91	1	628	27	31	8	32	1.87
88840076--88840153	38	2.1	38	100	0	156	38	17	5	38	1.72
88840417--88840495	23	3.5	22	84	6	95	39	17	24	18	1.92
88840432--88840496	23	2.8	24	90	4	98	35	20	27	16	1.94
88846277--88846333	30	1.9	29	89	3	87	56	17	15	10	1.67
88853092--88853125	16	2.1	17	88	5	52	44	23	0	32	1.54
88854511--88854563	23	2.3	23	86	0	70	35	20	20	22	1.96
88855409--88855461	26	2.0	26	100	0	106	35	11	15	37	1.83
88856263--88856392	42	3.1	42	73	13	117	28	26	16	28	1.97
88859747--88859875	51	2.5	51	82	0	177	38	5	13	41	1.68
88866090--88866226	42	3.3	42	77	9	120	27	23	17	31	1.97
88875558--88875618	30	2.0	30	83	0	77	29	22	9	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88878335--88878409	38	1.9	40	86	5	109	22	25	28	24	2.00
88878440--88878650	106	2.0	106	100	0	422	32	7	24	36	1.83
88897638--88897822	40	4.6	40	85	0	253	25	24	25	23	2.00
88905722--88905942	40	5.6	40	82	2	241	25	23	26	24	2.00
88921998--88922069	29	2.5	29	86	4	92	27	31	13	26	1.94
88931832--88931873	13	3.2	13	96	0	75	16	33	33	16	1.92
88931961--88931985	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
88933713--88933848	67	2.0	67	98	0	263	24	15	16	44	1.86
88933818--88934019	102	2.0	102	99	0	395	42	11	21	24	1.87
88934420--88934832	47	8.7	47	95	1	727	31	8	30	29	1.86
88934420--88934832	190	2.2	188	95	0	727	31	8	30	29	1.86
88934951--88935029	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
88936896--88936998	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
88936980--88937053	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
88937443--88937679	40	5.9	40	91	0	348	24	22	27	25	2.00
88937364--88937666	80	3.8	80	85	4	346	25	22	27	24	2.00
88940504--88940649	40	3.7	40	86	7	190	23	23	27	25	2.00
88945109--88945292	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
88945109--88945292	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
88945161--88945325	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
88947970--88948033	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
88948226--88948368	47	3.0	49	84	8	186	26	20	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88948226--88948369	24	6.0	24	86	9	179	26	20	22	29	1.99
88948425--88948481	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
88948421--88948483	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
88948520--88948567	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
88955138--88955165	14	2.0	14	100	0	56	35	7	35	21	1.81
88983802--88983840	19	2.1	19	100	0	78	35	0	15	48	1.45
88987784--88987876	41	2.3	41	96	0	168	22	22	26	27	1.99
88998910--88999008	28	3.5	28	88	1	135	32	25	13	29	1.93
89005021--89005192	46	3.7	45	76	16	181	29	27	20	22	1.98
89005028--89005199	93	1.8	93	92	0	290	27	27	21	23	1.99
89010795--89010948	43	3.6	43	76	6	152	24	15	26	33	1.95
89010795--89010948	44	3.6	43	75	11	145	24	15	26	33	1.95
89013930--89013968	19	2.1	19	85	4	53	51	7	7	33	1.59
89019410--89019559	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
89019434--89019617	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
89021978--89022026	24	2.0	24	92	0	80	10	2	48	38	1.48
89029027--89029100	31	2.4	32	95	0	107	18	35	32	13	1.90
89029029--89029081	18	3.2	18	65	25	53	16	33	35	13	1.88
89030437--89030474	20	1.9	20	88	0	58	36	21	31	10	1.87
89031956--89032012	29	2.0	29	96	0	105	40	15	26	17	1.90
89032033--89032103	30	2.4	30	85	0	88	38	7	25	29	1.82
89032093--89032147	29	1.9	28	88	3	83	34	14	30	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89035981--89036006	13	2.0	13	100	0	52	38	0	38	23	1.55
89036247--89036367	45	2.7	45	79	5	127	42	10	24	22	1.85
89037334--89037445	27	4.1	27	80	10	122	37	23	23	16	1.93
89037334--89037445	54	2.1	54	84	3	145	37	23	23	16	1.93
89040450--89040492	20	2.2	20	91	0	68	20	44	2	32	1.65
89045197--89045308	27	4.2	26	81	10	109	35	21	25	17	1.95
89045193--89045298	54	2.0	54	88	3	160	34	19	26	18	1.95
89049036--89050000	39	24.6	39	96	1	1706	25	28	20	25	1.99
89062078--89062118	19	2.2	18	87	12	57	31	0	2	65	1.05
89064159--89064298	72	2.0	71	88	1	208	31	21	12	35	1.90
89068029--89068058	11	2.7	11	100	0	60	66	0	23	10	1.21
89071000--89071088	30	3.1	29	81	10	119	30	26	13	29	1.94
89080573--89080747	52	3.5	49	81	4	156	28	30	15	25	1.96
89080573--89080762	49	3.8	50	81	4	168	27	29	15	26	1.96
89080795--89080892	28	3.6	28	76	13	98	25	23	16	34	1.95
89080805--89080882	24	3.0	24	76	14	77	21	24	16	37	1.94
89083297--89083416	44	2.8	43	80	6	127	22	16	24	36	1.94
89084093--89084141	23	2.2	22	88	3	71	22	0	20	57	1.41
89087755--89087861	23	4.7	23	78	12	107	23	23	19	33	1.97
89087755--89087867	45	2.5	45	85	2	156	23	23	19	34	1.96
89093295--89093566	47	5.7	47	72	12	216	22	29	20	28	1.98
89100953--89101267	47	6.7	48	73	14	239	24	30	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89100949--89101214	96	2.9	93	80	8	283	25	30	18	26	1.98
89101100--89101266	46	3.6	45	77	9	133	23	30	19	26	1.98
89116351--89116502	27	5.6	27	95	1	250	29	28	14	26	1.95
89118649--89118761	51	2.2	51	87	0	163	31	28	15	23	1.96
89121803--89121847	15	2.9	16	87	12	76	57	13	15	13	1.65
89127512--89127635	29	4.3	29	87	1	169	24	12	31	31	1.93
89135374--89135461	23	3.8	23	84	11	110	22	21	20	35	1.96
89135374--89135461	22	3.9	22	81	14	99	22	21	20	35	1.96
89135359--89135469	45	2.3	46	81	7	134	25	21	18	34	1.96
89135359--89135490	45	2.8	45	80	7	122	24	20	19	35	1.96
89138441--89138497	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
89154625--89154921	47	6.7	47	74	13	288	29	14	22	32	1.94
89154720--89154966	38	6.0	38	73	15	197	29	13	23	32	1.93
89154668--89154959	85	3.4	85	91	0	485	29	14	23	32	1.94
89162053--89162147	41	2.3	41	87	7	131	37	24	20	17	1.93
89171787--89171879	45	2.1	45	95	0	168	47	26	2	23	1.63
89171798--89171867	21	3.2	21	70	18	70	47	24	2	25	1.66
89176111--89176158	25	1.9	25	91	0	78	31	25	18	25	1.98
89176197--89176253	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
89176195--89176257	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
89176312--89176431	23	5.1	23	91	4	195	28	18	21	31	1.97
89176312--89176432	47	2.6	47	95	0	215	28	18	21	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89184208--89184255	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
89184294--89184350	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
89184292--89184354	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
89184408--89184574	24	7.0	24	83	8	216	29	19	21	28	1.98
89184409--89184553	47	3.1	47	88	3	220	30	19	20	29	1.97
89184770--89184830	31	2.0	31	90	0	95	32	18	24	24	1.97
89185568--89185598	15	2.1	15	100	0	62	64	0	25	9	1.24
89187843--89187909	20	3.3	20	97	0	125	35	8	20	34	1.84
89187845--89187901	9	5.9	9	76	15	60	35	5	22	36	1.77
89187843--89187923	40	2.0	39	86	9	110	35	9	19	34	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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