genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59013038--59013125	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
59015517--59015689	46	3.7	46	76	11	183	24	19	25	30	1.98
59015514--59015684	93	1.8	93	91	2	281	23	19	26	29	1.98
59032851--59032893	22	1.9	23	90	4	70	18	53	6	20	1.67
59034998--59035053	28	2.0	28	96	0	103	33	16	7	42	1.75
59038275--59038330	28	2.0	28	96	0	103	33	16	7	42	1.75
59044354--59044569	27	8.0	27	83	0	261	35	19	20	24	1.95
59054270--59054294	12	2.1	12	100	0	50	32	16	44	8	1.76
59058282--59058457	56	3.1	56	99	0	343	45	9	22	22	1.80
59059626--59059769	40	3.6	40	79	12	145	25	23	27	24	2.00
59059678--59059776	39	2.5	39	86	4	110	25	22	28	24	1.99
59059625--59059775	79	1.9	80	81	6	182	25	23	27	23	2.00
59066059--59066203	40	3.6	40	83	4	175	25	23	26	24	2.00
59070761--59070813	6	8.7	6	83	4	70	11	3	1	83	0.87
59073647--59073679	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
59097084--59097271	40	4.7	40	87	2	236	23	28	23	23	1.99
59101534--59101798	40	6.6	40	90	1	397	27	21	28	22	1.99
59104291--59104321	16	2.0	15	93	6	53	51	25	19	3	1.62
59104716--59104825	27	4.1	26	78	10	105	17	24	21	36	1.94
59106390--59106507	55	2.1	55	98	0	227	24	33	24	16	1.96
59107939--59108034	29	3.3	29	89	1	149	29	31	14	25	1.95
59109860--59110077	47	4.6	48	76	11	168	24	28	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59109905--59110077	94	1.8	94	86	2	249	23	28	19	28	1.98
59109905--59110037	46	2.8	48	80	6	164	21	30	18	28	1.97
59120062--59120100	20	1.9	21	89	5	62	12	17	33	35	1.88
59124064--59124227	47	3.5	46	79	12	156	22	29	20	27	1.98
59131740--59131851	43	2.6	43	82	9	131	30	25	16	27	1.97
59132036--59132063	14	2.0	14	100	0	56	50	14	0	35	1.43
59135968--59136474	255	2.0	255	96	0	933	36	20	13	30	1.91
59139593--59139721	46	2.8	46	90	0	195	30	27	20	20	1.98
59141942--59141970	15	1.9	15	100	0	58	48	24	0	27	1.51
59148160--59148200	20	2.0	20	90	0	64	29	14	4	51	1.63
59153929--59154002	26	2.8	27	91	4	123	31	22	8	37	1.84
59153918--59154042	27	4.7	27	78	4	92	34	24	8	33	1.84
59154006--59154200	27	7.2	27	84	3	232	40	22	8	28	1.83
59154219--59154381	27	6.0	27	86	0	218	33	20	21	23	1.97
59154584--59154653	25	2.8	25	89	4	97	28	22	22	25	1.99
59157062--59157321	27	9.6	27	78	5	174	39	21	8	30	1.84
59157152--59157323	27	6.4	27	83	2	202	40	22	8	28	1.82
59158494--59158610	59	2.0	59	91	0	189	44	15	8	31	1.76
59161881--59162023	73	2.0	73	94	0	250	34	16	9	39	1.82
59170593--59170654	30	2.0	31	90	3	99	29	24	6	40	1.80
59182003--59182028	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
59182203--59182262	22	2.6	23	73	7	59	23	16	26	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59190233--59190352	43	2.8	44	76	10	124	33	25	16	24	1.96
59191188--59191217	10	2.8	11	90	10	53	10	10	6	73	1.25
59194393--59194439	20	2.3	21	85	10	71	38	10	19	31	1.86
59194487--59194618	25	5.4	24	89	4	167	28	21	21	28	1.98
59194487--59194618	49	2.7	48	86	6	167	28	21	21	28	1.98
59194827--59194913	38	2.6	31	77	22	111	35	17	25	21	1.95
59197512--59198261	46	16.3	46	96	2	1357	19	19	30	30	1.96
59203483--59203924	219	2.0	218	87	3	638	36	9	19	34	1.84
59214131--59214181	20	2.5	20	93	6	86	39	9	15	35	1.81
59214142--59214179	11	3.6	11	79	13	53	39	10	15	34	1.82
59214131--59214191	20	3.0	20	88	9	72	40	9	14	34	1.79
59214225--59214319	25	3.9	24	87	4	104	25	22	22	30	1.99
59214541--59214604	31	2.1	31	85	5	85	37	18	21	21	1.94
59218362--59218507	48	3.0	47	80	7	159	30	28	19	21	1.98
59218499--59218528	15	2.0	15	100	0	60	33	26	6	33	1.83
59223229--59223257	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
59229387--59229576	27	7.0	27	76	4	148	22	17	16	43	1.88
59229473--59229517	15	3.1	15	87	3	65	8	28	13	48	1.72
59234092--59234403	27	11.7	26	78	6	225	38	20	11	29	1.88
59234100--59234377	54	5.2	53	80	5	292	38	20	11	30	1.87
59234100--59234377	80	3.5	79	85	2	342	38	20	11	30	1.87
59234361--59234610	27	9.3	27	86	0	329	34	18	20	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59234114--59234427	161	2.0	161	85	3	427	38	18	12	30	1.87
59235252--59235303	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
59235342--59235400	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
59237876--59238094	47	4.7	46	76	5	217	21	20	28	29	1.98
59237918--59238086	47	3.6	47	80	4	225	21	20	29	27	1.98
59237869--59238094	93	2.4	93	97	0	425	22	20	28	28	1.99
59241016--59241059	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
59242218--59242349	68	2.0	64	92	5	219	31	5	17	45	1.71
59243519--59243970	46	9.8	46	93	4	759	21	19	28	30	1.98
59246906--59247015	44	2.6	43	73	12	109	26	18	22	32	1.97
59256252--59256375	42	2.9	42	78	9	126	32	28	18	20	1.97
59256216--59256375	43	3.7	43	76	6	144	31	28	17	22	1.97
59257494--59257518	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
59263148--59263290	41	3.3	43	73	9	139	24	15	28	31	1.95
59269225--59269278	23	2.2	25	87	6	76	29	5	9	55	1.54
59270827--59270880	22	2.5	22	81	3	65	14	37	33	14	1.88
59272791--59272837	10	4.8	10	78	21	55	59	17	0	23	1.37
59272791--59272835	19	2.3	20	92	7	83	60	15	0	24	1.36
59273869--59273907	19	2.0	20	95	5	71	46	12	5	35	1.65
59277902--59278209	154	2.0	154	95	0	553	32	14	21	31	1.93
59278861--59278906	24	2.0	23	82	4	56	34	0	43	21	1.53
59278703--59278965	133	2.0	133	96	0	481	27	5	39	26	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59280286--59280720	53	8.2	53	84	4	518	29	16	15	38	1.90
59280286--59280719	27	16.3	27	76	4	398	29	16	15	38	1.90
59280361--59280712	80	4.4	80	76	10	213	28	17	15	38	1.91
59284009--59284311	40	7.6	40	89	2	396	26	27	20	24	1.99
59284243--59284320	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
59292016--59292358	40	8.6	40	90	2	460	27	28	20	23	1.99
59295577--59295694	43	2.8	42	80	6	139	33	27	16	22	1.95
59295577--59295745	42	3.9	45	75	14	133	34	26	16	23	1.95
59299321--59299417	32	3.0	32	96	0	185	38	23	6	31	1.80
59302217--59302374	82	1.9	82	80	5	185	37	22	17	21	1.94
59303352--59303408	16	3.4	16	69	21	53	17	14	12	56	1.68
59303344--59303413	35	2.0	35	97	0	131	17	15	14	52	1.74
59303875--59303900	6	4.3	6	100	0	52	0	0	15	84	0.62
59313739--59313923	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
59313740--59313923	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
59313792--59313956	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
59315895--59315967	29	2.5	29	72	0	83	41	30	6	21	1.79
59319654--59319825	43	4.0	44	74	15	144	25	18	25	31	1.98
59321789--59321827	19	2.1	19	100	0	78	15	10	5	69	1.34
59321998--59322031	4	8.0	4	87	12	50	23	0	0	76	0.79
59321998--59322032	13	2.7	13	100	0	70	22	0	0	77	0.78
59323777--59323823	19	2.5	18	86	10	67	19	23	12	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59328686--59329031	44	7.7	46	69	13	159	29	17	27	25	1.97
59328718--59329272	90	6.2	90	74	7	452	28	17	26	27	1.98
59328730--59329167	134	3.3	132	70	13	372	28	18	26	26	1.98
59328581--59329016	178	2.4	177	88	3	651	28	18	26	26	1.98
59329121--59329217	44	2.2	46	83	7	128	26	15	27	29	1.96
59328718--59329272	268	2.1	268	90	2	857	28	17	26	27	1.98
59328986--59329741	177	4.3	178	84	3	907	27	17	28	26	1.98
59331424--59331462	10	3.5	11	86	10	53	20	2	0	76	0.90
59331520--59331559	3	13.3	3	89	0	53	30	7	0	62	1.23
59332697--59332732	10	3.5	10	85	7	54	16	0	30	52	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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