genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65981339--65981387	25	1.9	26	87	4	73	51	4	6	38	1.46
65981402--65981492	46	2.0	46	89	2	139	48	15	1	35	1.52
65986469--65986676	91	2.3	91	88	2	292	46	3	3	46	1.37
65987300--65987334	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
65987499--65987589	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
65987570--65987638	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
65987570--65987638	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
65988126--65988158	16	2.0	17	88	5	50	36	15	15	33	1.88
65989942--65990052	48	2.3	49	85	1	143	32	9	27	31	1.87
65993557--65993604	24	2.0	24	100	0	96	45	12	16	25	1.82
65997112--65997270	46	3.7	45	83	12	203	27	22	16	34	1.95
65997197--65997299	37	2.8	37	92	0	170	27	22	12	37	1.90
66006228--66006351	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
66006228--66006460	37	5.7	45	86	9	212	26	21	15	36	1.94
66006313--66006489	37	4.8	37	93	0	300	26	21	13	38	1.91
66010942--66010997	22	2.5	22	97	0	103	28	14	23	33	1.94
66018676--66018716	18	2.3	18	87	4	57	65	0	4	29	1.13
66023698--66023740	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
66023982--66024021	21	1.9	21	85	10	55	30	40	20	10	1.85
66027196--66027955	126	6.0	126	93	1	1164	28	19	17	33	1.95
66028410--66028448	16	2.3	17	86	8	53	51	30	0	17	1.46
66032534--66032583	25	2.1	23	85	10	66	24	4	10	62	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66033667--66033752	42	2.0	42	93	0	145	25	27	11	34	1.91
66041853--66041924	33	2.2	33	80	12	85	20	25	1	52	1.54
66044130--66044392	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
66044130--66044392	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
66044324--66044401	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
66054067--66054126	31	1.9	31	93	0	102	33	10	10	46	1.71
66054290--66054336	21	2.1	23	80	11	62	36	4	4	55	1.39
66055463--66055522	22	2.7	22	80	14	79	13	28	20	38	1.90
66057454--66057500	21	2.1	23	84	7	62	25	27	34	12	1.92
66057462--66057510	21	2.3	21	83	13	57	18	24	38	18	1.93
66057583--66057640	22	2.7	21	73	5	62	20	36	27	15	1.93
66059944--66059982	20	2.0	19	85	5	51	41	7	12	38	1.72
66061321--66061357	12	3.2	12	85	14	51	54	8	0	37	1.30
66066028--66066290	47	5.6	46	72	15	164	28	20	28	22	1.98
66065980--66066199	94	2.3	94	81	5	239	27	19	30	22	1.98
66066866--66066910	21	2.0	24	84	16	62	24	11	20	44	1.83
66069882--66070011	47	2.8	44	76	12	118	27	22	29	20	1.99
66069882--66070152	94	2.9	91	81	8	276	29	19	28	22	1.98
66069925--66070165	47	5.1	47	75	12	190	31	19	27	21	1.97
66070091--66070502	70	5.9	70	99	0	815	31	17	25	25	1.97
66070149--66070468	23	13.7	23	67	7	126	31	17	25	25	1.97
66071481--66071541	28	2.2	28	96	0	113	21	22	39	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66077973--66078137	47	3.5	47	81	13	223	27	18	30	23	1.98
66077972--66078146	94	1.9	94	100	0	350	27	19	30	22	1.98
66078106--66078227	50	2.5	49	81	4	140	29	18	29	22	1.97
66101486--66101537	7	7.3	7	79	12	52	73	1	0	25	0.94
66102242--66102279	12	3.2	12	82	14	51	26	28	5	39	1.78
66104499--66104542	21	2.1	21	100	0	88	52	9	15	22	1.71
66105724--66105784	32	1.9	32	96	0	113	42	16	13	27	1.85
66106844--66106992	43	3.5	43	74	11	135	29	17	25	27	1.97
66107553--66108211	23	28.7	23	77	7	581	37	22	5	33	1.79
66107555--66108216	115	5.8	115	85	6	745	37	22	5	33	1.79
66114223--66114446	40	5.6	40	84	6	283	25	26	23	24	2.00
66114223--66114446	83	2.8	80	84	4	290	25	26	23	24	2.00
66114223--66114444	123	1.8	119	88	3	336	25	26	23	24	2.00
66119592--66119662	35	2.0	35	97	0	133	16	5	28	49	1.69
66122576--66122628	21	2.5	21	81	6	54	45	15	0	39	1.46
66122653--66122797	71	2.0	71	98	0	281	44	24	2	28	1.65
66124865--66125038	48	3.6	48	80	7	192	30	20	27	21	1.98
66124865--66125038	96	1.8	96	89	2	278	30	20	27	21	1.98
66137418--66137471	18	3.2	16	75	12	54	81	3	7	7	0.97
66138586--66138776	63	3.0	64	86	1	276	28	18	16	36	1.93
66139023--66139126	44	2.4	45	80	3	113	27	24	21	26	1.99
66138890--66139288	177	2.3	177	80	3	401	29	19	23	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66139348--66139446	43	2.3	43	83	3	126	30	14	22	33	1.93
66139152--66139435	147	1.9	147	86	1	408	30	15	25	28	1.96
66139383--66139701	162	2.0	161	88	1	469	28	17	23	29	1.97
66139536--66139867	177	1.9	177	84	2	452	28	16	25	28	1.97
66145230--66145288	8	7.4	8	90	0	73	35	13	0	50	1.42
66145233--66145279	4	11.8	4	86	0	67	29	17	0	53	1.44
66151766--66151813	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
66151984--66152267	43	6.5	43	76	10	236	30	26	18	24	1.98
66152072--66152196	48	2.7	48	82	6	134	26	28	24	21	1.99
66152014--66152267	134	1.9	133	81	4	305	29	27	18	24	1.98
66152275--66152328	20	2.5	21	79	11	56	38	0	3	57	1.17
66155190--66155300	54	2.0	56	92	3	190	13	20	3	62	1.46
66156961--66157040	8	9.9	8	75	15	58	30	0	5	65	1.14
66157005--66157327	156	2.1	156	98	0	621	44	10	10	34	1.73
66157802--66157850	14	3.6	14	83	5	64	53	32	0	14	1.41
66157811--66157849	7	5.7	7	87	6	62	56	28	0	15	1.40
66157811--66157849	13	2.9	13	92	3	60	56	28	0	15	1.40
66157811--66157849	20	1.9	21	89	5	62	56	28	0	15	1.40
66158026--66158071	21	2.2	21	88	0	65	54	26	0	19	1.44
66158236--66158284	22	2.3	22	85	3	64	46	26	0	26	1.53
66158244--66158279	15	2.4	16	82	17	51	47	27	0	25	1.52
66158518--66158610	40	2.4	39	85	3	116	32	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66158985--66159090	39	2.7	39	88	1	149	24	19	24	31	1.98
66159077--66159106	12	2.5	12	94	0	51	46	30	16	6	1.73
66159125--66159248	3	42.0	3	69	13	62	59	1	8	29	1.37
66159254--66159292	15	2.7	14	84	7	51	58	2	10	28	1.44
66160468--66160519	23	2.3	23	93	0	95	15	11	28	44	1.81
66160930--66161119	45	4.2	45	74	6	152	27	20	21	30	1.98
66161038--66161132	45	2.1	45	94	0	163	26	28	16	28	1.97
66161324--66161620	45	6.6	45	71	14	173	27	22	17	32	1.96
66161239--66161542	138	2.2	138	92	0	502	27	20	18	33	1.96
66161473--66161585	43	2.6	44	84	5	140	30	23	18	28	1.98
66163894--66163931	20	1.9	20	84	10	51	0	28	15	55	1.41
66165727--66165769	9	4.4	9	83	16	59	86	0	0	13	0.58
66165730--66165768	5	7.8	5	83	11	53	84	0	0	15	0.62
66165730--66165761	14	2.3	14	94	0	55	84	0	0	15	0.63
66177934--66178013	3	26.7	3	94	5	144	67	0	1	31	0.99
66178138--66178285	3	49.0	3	68	9	77	60	1	9	29	1.37
66178291--66178329	15	2.7	14	88	7	60	61	0	10	28	1.28
66187469--66187519	20	2.7	20	77	19	56	37	23	0	39	1.55
66188273--66188329	29	2.0	29	82	6	71	40	28	5	26	1.77
66190181--66190285	37	2.8	38	85	2	126	20	16	29	34	1.94
66190823--66190907	43	2.0	43	95	0	152	27	4	28	40	1.76
66192561--66192639	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66192758--66193819	49	21.8	49	97	1	1969	30	28	8	32	1.86
66198799--66198834	18	1.9	19	88	5	56	33	27	0	38	1.57
66199289--66200121	276	3.0	276	98	0	1630	34	21	7	36	1.83
66209856--66209903	24	2.0	24	100	0	96	54	4	8	33	1.50
66209861--66209910	24	2.0	24	88	3	73	54	6	10	30	1.58
66230342--66230398	30	2.0	29	86	6	80	45	3	24	26	1.69
66230750--66230865	43	2.7	43	84	5	128	26	17	24	31	1.97
66234404--66234525	43	2.9	42	78	7	131	31	13	23	30	1.94
66236334--66236377	20	2.2	20	84	8	54	65	0	6	27	1.17
66236549--66236579	15	2.1	15	93	0	53	38	0	6	54	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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