genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78618229--78618412	27	6.8	27	89	0	260	39	7	22	30	1.82
78618408--78618587	27	6.7	26	77	7	157	30	8	20	40	1.83
78618284--78618546	81	3.3	80	79	5	251	34	8	20	35	1.84
78618389--78618541	80	1.9	81	90	1	245	32	9	18	39	1.84
78618409--78618587	54	3.3	53	81	6	200	30	8	20	40	1.83
78630594--78630817	40	5.6	40	88	2	308	24	27	23	24	2.00
78633493--78633517	10	2.5	10	100	0	50	28	12	0	60	1.32
78634743--78635723	46	21.0	46	87	5	1205	23	23	13	39	1.90
78641251--78641279	7	4.3	7	95	4	51	44	0	27	27	1.54
78650631--78650735	46	2.3	46	100	0	210	20	20	29	29	1.98
78653652--78653731	15	5.4	15	79	7	83	11	17	12	58	1.62
78653643--78653730	30	3.0	30	80	11	92	11	17	14	56	1.66
78655218--78655973	46	16.4	46	97	0	1440	19	20	30	29	1.97
78664759--78664915	43	3.7	42	77	6	120	33	26	17	22	1.96
78674014--78674353	48	7.2	48	74	10	166	27	25	18	28	1.98
78677231--78677398	40	4.2	40	84	4	115	25	27	23	23	2.00
78677254--78677398	40	3.6	40	87	4	202	24	26	24	25	2.00
78678587--78678662	38	2.0	38	97	0	143	31	23	14	30	1.94
78688517--78688600	44	1.9	44	92	0	141	20	19	8	52	1.71
78689415--78689476	28	2.2	29	88	2	90	25	14	30	29	1.95
78693905--78694000	29	3.3	29	83	1	131	25	13	30	31	1.94
78699131--78699257	23	5.4	23	79	9	114	25	20	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78701578--78701656	28	2.8	28	80	3	97	26	16	30	26	1.97
78702457--78702539	41	2.0	41	100	0	166	28	8	24	38	1.84
78703579--78703930	27	13.1	26	78	6	80	35	22	7	33	1.84
78703608--78703774	54	3.1	54	86	1	156	30	25	7	37	1.83
78703638--78703818	81	2.2	81	90	0	290	30	22	7	39	1.81
78703638--78703818	54	3.4	54	92	0	281	30	22	7	39	1.81
78703662--78703847	81	2.3	81	86	1	248	32	22	6	38	1.80
78703662--78703882	54	4.1	54	85	1	201	34	23	6	35	1.80
78703811--78703950	27	5.2	26	80	6	145	41	19	8	30	1.81
78703811--78703950	54	2.6	54	85	2	174	41	19	8	30	1.81
78703811--78703992	81	2.3	80	81	6	215	41	19	9	29	1.83
78703863--78703964	27	3.8	26	72	14	82	39	19	9	31	1.84
78703955--78704176	27	8.3	27	82	1	257	37	19	18	23	1.94
78703870--78704193	134	2.4	135	79	6	322	37	18	16	26	1.92
78703953--78704176	80	2.8	81	84	2	299	37	20	19	23	1.94
78704400--78704507	25	4.4	25	84	5	139	30	20	22	26	1.98
78706328--78706718	200	2.0	200	98	0	764	31	13	31	23	1.93
78708628--78708799	85	2.0	85	98	0	335	30	13	28	27	1.94
78709219--78709547	27	12.2	27	84	3	70	35	20	8	35	1.83
78709233--78709407	54	3.2	54	83	3	165	30	20	8	41	1.81
78709263--78709443	81	2.2	81	86	0	254	29	20	7	41	1.81
78709263--78709443	54	3.4	54	88	0	254	29	20	7	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78709263--78709507	54	4.5	54	84	1	186	33	21	7	37	1.81
78709287--78709486	81	2.5	81	82	0	220	32	21	7	39	1.81
78709422--78709563	54	2.6	54	86	3	189	39	22	8	29	1.83
78709422--78709590	27	6.3	27	82	2	162	38	21	10	30	1.86
78709548--78709721	27	6.4	27	85	0	231	35	20	20	24	1.96
78709465--78709695	54	4.3	53	82	5	207	38	20	15	25	1.92
78709548--78709721	81	2.1	81	92	0	285	35	20	20	24	1.96
78709944--78710009	25	2.7	25	92	2	107	24	28	24	22	1.99
78711901--78712226	23	14.2	23	81	6	367	23	19	25	31	1.98
78711912--78712226	69	4.6	69	90	2	481	23	19	25	31	1.98
78716014--78716041	13	2.2	13	100	0	56	39	0	14	46	1.44
78718390--78718601	23	9.2	23	80	4	221	23	19	25	31	1.98
78718360--78718569	69	3.0	69	83	5	255	24	20	22	31	1.98
78726044--78726198	42	3.7	42	83	3	177	28	22	18	30	1.97
78729652--78729774	43	2.9	43	86	0	156	28	16	24	30	1.96
78732292--78732538	40	6.2	40	82	5	272	24	22	27	26	2.00
78740486--78740702	40	5.5	40	84	6	248	24	23	27	24	2.00
78740482--78740702	80	2.8	78	85	6	277	25	22	27	24	2.00
78742478--78742648	43	4.0	43	78	6	168	32	23	15	28	1.96
78746180--78746395	46	4.6	47	76	10	176	27	18	30	23	1.98
78750800--78750895	27	3.6	26	85	4	102	26	15	18	39	1.91
78750787--78750895	27	4.1	26	80	7	78	27	16	17	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78750908--78751159	27	9.3	27	79	7	244	41	17	15	25	1.89
78751524--78751611	34	2.6	33	79	12	99	25	21	25	28	1.99
78755435--78755740	27	11.4	27	79	5	316	33	20	22	23	1.97
78755436--78755727	54	5.4	54	83	2	372	32	21	22	23	1.98
78755436--78755727	81	3.6	81	85	1	372	32	21	22	23	1.98
78761900--78762088	40	4.7	40	96	0	342	29	20	28	21	1.98
78770662--78770893	40	5.8	40	94	0	401	30	20	27	21	1.98
78774293--78774398	48	2.2	48	81	9	128	14	23	1	60	1.44
78776726--78776787	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
78776726--78776788	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
78778577--78778620	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
78778917--78778979	25	2.5	24	87	5	81	74	1	6	17	1.10
78778919--78778980	12	5.0	12	84	11	72	74	1	8	16	1.13
78795768--78795848	40	2.0	40	100	0	162	37	7	13	41	1.73
78801889--78801914	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
78802649--78802681	10	3.4	10	83	8	50	45	0	0	54	0.99
78802645--78802697	25	2.0	27	82	13	67	43	1	0	54	1.11
78807282--78807339	25	2.3	25	82	5	64	62	3	1	32	1.22
78808004--78808038	16	2.2	16	90	5	54	60	5	0	34	1.21
78814884--78814995	50	2.3	49	83	6	129	26	25	17	30	1.97
78814907--78815005	50	2.0	50	89	0	153	27	24	17	31	1.97
78818825--78818883	30	2.0	30	86	0	82	25	25	6	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78835627--78835722	46	2.1	46	96	1	176	23	18	25	32	1.97
78838767--78839144	40	9.5	40	97	1	690	23	23	28	25	1.99
78840844--78840904	31	2.0	30	96	0	104	27	44	9	16	1.79
78846931--78847008	39	2.0	39	97	0	147	25	29	15	29	1.96
78848106--78848156	14	3.5	15	83	2	61	1	21	1	74	1.02
78848112--78848156	14	3.1	14	87	3	63	2	22	2	73	1.05
78848601--78848715	57	2.0	57	96	0	212	29	26	13	30	1.94
78854097--78854138	22	1.9	22	90	0	66	7	11	2	78	1.04
78854096--78854147	22	2.3	22	80	3	59	11	9	3	75	1.18
78854119--78854157	13	3.2	13	85	7	55	15	5	5	74	1.17
78859803--78859861	21	2.9	22	78	16	74	5	22	3	69	1.23
78859803--78859861	20	2.9	20	75	25	61	5	22	3	69	1.23
78859805--78859863	18	3.1	19	75	20	52	5	23	3	67	1.26
78863238--78863280	12	3.6	12	100	0	86	79	6	0	13	0.93
78863322--78863362	17	2.5	17	96	4	75	68	4	9	17	1.35
78881087--78881132	15	2.9	16	83	6	58	78	0	17	4	0.91
78881099--78881142	17	2.7	15	86	6	52	75	2	18	4	1.09
78882385--78883500	132	8.5	132	96	0	1962	30	19	23	25	1.98
78882553--78883407	44	19.4	44	63	12	169	30	19	23	25	1.98
78884883--78885147	40	6.7	40	89	2	347	28	29	19	23	1.98
78887865--78887910	19	2.4	19	88	0	74	19	10	30	39	1.86
78889014--78889083	28	2.5	28	76	6	79	30	24	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78889131--78889225	29	3.3	29	70	14	79	23	25	21	30	1.99
78889184--78889292	29	3.8	29	79	7	116	22	18	20	39	1.92
78889156--78889293	57	2.4	57	84	2	170	23	18	18	39	1.93
78889156--78889293	28	4.9	28	73	15	113	23	18	18	39	1.93
78892136--78892206	27	2.6	27	86	0	97	26	16	15	40	1.89
78912769--78912870	37	2.8	37	95	0	177	27	29	18	24	1.98
78912989--78913245	47	5.5	47	91	0	406	29	30	8	31	1.87
78917055--78917197	40	3.6	40	91	0	232	24	28	22	24	1.99
78917037--78917199	80	2.0	80	85	0	227	25	29	21	23	1.99
78917919--78918055	62	2.2	63	89	4	204	15	18	28	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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