genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20737489--20737680	24	8.0	24	89	6	291	30	20	20	28	1.97
20737873--20737936	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
20744935--20745109	49	3.6	49	76	5	158	26	17	28	27	1.98
20759540--20759588	21	2.3	21	100	0	98	38	20	20	20	1.93
20763483--20763792	48	6.5	48	70	15	194	30	20	26	23	1.98
20763478--20763791	94	3.3	94	78	9	298	30	20	25	22	1.98
20763618--20763794	49	3.6	48	73	8	153	29	20	26	22	1.99
20763564--20763752	98	1.9	97	85	5	256	32	20	25	21	1.97
20763532--20763794	49	5.5	48	73	9	150	29	19	26	23	1.98
20764683--20764764	18	4.6	18	89	0	101	32	26	10	29	1.91
20766007--20766095	27	3.3	27	89	6	135	31	16	15	35	1.91
20766059--20766339	54	5.2	54	84	3	327	33	10	18	37	1.86
20766047--20766339	81	3.6	81	82	3	333	32	10	19	36	1.86
20766047--20766358	27	11.6	27	80	4	283	32	10	20	36	1.87
20766678--20766741	28	2.3	28	83	0	83	28	35	15	20	1.93
20769280--20769503	40	5.6	40	91	1	335	24	22	25	27	2.00
20774742--20774832	27	3.4	27	83	3	85	27	15	18	38	1.91
20774811--20775132	27	12.0	27	76	4	260	32	10	18	37	1.86
20774784--20775132	54	6.5	53	77	7	287	32	10	19	37	1.86
20774784--20775151	27	13.7	26	77	5	254	31	10	19	38	1.86
20775468--20775559	28	3.3	28	89	3	141	30	34	14	20	1.92
20780183--20780251	30	2.3	30	87	0	93	21	33	27	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20781396--20781574	43	4.2	42	75	5	153	35	25	13	24	1.93
20781334--20781582	86	2.9	86	83	2	297	34	25	14	26	1.94
20781430--20781584	43	3.6	42	80	5	186	37	26	12	23	1.91
20782680--20782735	27	2.1	27	86	6	78	35	21	25	17	1.95
20782901--20782958	22	2.6	22	86	0	71	34	22	24	18	1.96
20783046--20783128	27	3.1	26	86	5	103	38	21	20	19	1.93
20783327--20783488	27	6.0	27	86	0	207	24	20	19	35	1.95
20786745--20787288	272	2.0	272	100	0	1088	43	9	16	30	1.80
20788675--20788866	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
20788646--20788865	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
20791540--20791596	24	2.4	24	84	0	78	29	24	12	33	1.92
20791813--20791887	24	3.2	24	75	7	82	30	22	13	33	1.92
20795775--20795926	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
20795775--20795926	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
20797482--20797658	49	3.6	48	79	8	189	27	19	28	24	1.98
20810087--20810150	33	1.9	33	83	0	83	28	17	23	31	1.97
20812402--20812472	34	2.1	34	82	5	83	22	25	21	30	1.98
20816501--20816668	46	3.6	45	74	13	144	29	19	28	23	1.98
20827076--20827136	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
20829690--20829730	16	2.6	16	96	0	73	46	21	0	31	1.52
20830276--20830361	43	2.0	43	84	4	111	25	27	19	26	1.99
20836335--20836677	171	2.0	171	100	0	686	35	8	12	43	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20837607--20837659	24	2.2	25	96	3	99	20	33	0	45	1.52
20844571--20844695	41	2.9	43	77	11	121	30	24	16	28	1.97
20846183--20846223	18	2.2	20	86	8	59	29	14	21	34	1.93
20847057--20847082	5	5.2	5	100	0	52	0	42	0	57	0.98
20849969--20850221	47	5.4	47	91	0	362	31	8	31	29	1.87
20850340--20850419	37	2.2	37	81	4	90	25	17	31	26	1.97
20852731--20852772	19	2.2	19	91	0	66	33	21	16	28	1.95
20852904--20852975	34	2.2	33	82	2	81	26	19	27	26	1.99
20868857--20869122	86	3.1	86	97	0	507	26	25	8	39	1.85
20872460--20872613	40	3.6	43	81	7	170	32	25	16	24	1.96
20874604--20874653	19	2.6	18	78	12	55	40	12	30	18	1.86
20886766--20886797	16	2.0	16	100	0	64	56	0	18	25	1.42
20896520--20896573	25	2.2	25	86	0	72	25	27	22	24	2.00
20896533--20896587	25	2.2	25	83	0	65	27	23	23	25	2.00
20906409--20906434	11	2.4	11	100	0	52	30	15	15	38	1.88
20906779--20906862	24	3.5	24	72	3	78	27	33	14	25	1.94
20910700--20911065	183	2.0	183	100	0	732	31	12	25	31	1.92
20912589--20912671	24	3.4	24	86	6	105	20	25	19	34	1.96
20912983--20913224	120	2.0	121	94	0	423	26	19	25	28	1.99
20914452--20914500	24	2.0	24	100	0	98	36	16	16	30	1.91
20914841--20914897	30	2.0	28	89	6	87	36	22	12	28	1.90
20919477--20920346	98	8.9	98	98	0	1674	31	24	6	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20920317--20920510	47	4.1	47	88	0	271	27	28	10	32	1.90
20920410--20920481	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
20927500--20928332	50	16.7	50	98	0	1598	29	31	16	22	1.95
20933413--20933445	11	2.8	12	86	13	50	27	0	6	66	1.15
20939680--20939754	38	1.9	42	84	13	106	21	10	1	66	1.29
20952339--20952379	14	2.9	15	75	10	50	29	2	7	60	1.36
20953786--20953969	40	4.6	40	78	10	198	25	27	22	25	2.00
20953786--20953970	79	2.3	82	82	7	220	25	27	22	24	2.00
20962595--20962634	19	2.1	19	90	9	55	67	15	0	17	1.23
20962868--20962950	34	2.4	34	87	0	112	21	27	22	27	1.99
20967696--20967752	28	2.0	28	100	0	114	28	17	10	43	1.82
20976477--20976515	13	3.1	13	88	3	53	48	10	0	41	1.37
20979481--20979510	14	2.1	15	93	6	53	76	0	3	20	0.92
20985121--20985323	47	4.3	47	92	1	316	32	8	30	28	1.88
20987900--20987960	10	6.0	10	80	3	68	11	24	21	42	1.86
20987888--20987960	20	3.6	20	77	3	65	12	26	20	41	1.87
20990045--20990091	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
20991565--20991641	13	5.5	13	75	14	64	76	3	6	12	1.12
20991620--20991694	29	2.6	29	78	12	82	70	6	13	9	1.32
20992601--20992632	15	2.1	16	94	5	57	71	0	21	6	1.07
20992715--20992748	18	1.9	18	88	5	52	52	2	35	8	1.47
20994014--20994067	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20994014--20994087	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
20994014--20994078	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
21007180--21007404	40	5.7	39	87	3	281	24	28	23	22	1.99
21007180--21007404	79	2.8	78	83	4	281	24	28	23	22	1.99
21010090--21010185	40	2.4	41	83	11	119	31	15	26	27	1.96
21011415--21011477	27	2.4	26	76	10	65	25	7	14	52	1.68
21018745--21019009	80	3.3	80	87	4	358	25	21	26	26	1.99
21018746--21019042	80	3.7	79	84	7	327	26	20	26	26	1.99
21018798--21019042	120	2.1	118	83	6	298	26	20	26	26	1.99
21018745--21019009	40	6.7	40	84	6	324	25	21	26	26	1.99
21026789--21027051	39	6.7	40	88	6	335	25	22	27	24	2.00
21033841--21033954	39	2.9	39	86	2	149	25	18	27	28	1.98
21035936--21036043	44	2.5	42	82	11	114	28	30	20	20	1.97
21041776--21041953	40	4.5	40	88	4	229	22	23	28	25	1.99
21046094--21046236	42	3.4	42	87	0	205	30	24	20	24	1.99
21053189--21053262	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
21055560--21055587	14	2.0	14	100	0	56	21	7	7	64	1.43
21056364--21056442	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
21056561--21057067	47	10.7	47	96	0	906	29	30	8	31	1.87
21062479--21062708	47	4.9	47	72	14	147	29	18	28	23	1.98
21070141--21070340	46	4.3	46	76	13	162	28	18	28	25	1.98
21077319--21077352	17	1.9	17	88	5	50	14	44	29	11	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21081742--21081942	40	5.1	40	80	7	230	26	27	20	24	1.99
21081760--21081942	79	2.3	81	82	8	223	26	27	21	24	1.99
21089837--21090038	40	5.1	40	83	7	259	25	28	21	23	1.99
21089833--21090038	79	2.6	79	83	8	249	26	28	21	24	1.99
21097021--21097205	79	2.3	81	83	9	229	24	22	27	25	2.00
21097022--21097205	40	4.6	39	81	11	189	25	22	27	25	2.00
21097022--21097238	79	2.7	79	80	9	194	26	22	27	24	2.00
21110628--21110678	26	1.9	27	84	4	68	15	5	19	58	1.57
21120290--21120373	43	2.0	43	87	0	123	34	26	16	22	1.95
21121545--21121589	23	2.0	22	82	4	54	26	15	2	55	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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