genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29208576--29208758	79	2.3	79	81	10	212	25	28	21	24	1.99
29208555--29208758	40	5.1	40	79	8	220	25	28	21	24	1.99
29214678--29214800	44	2.8	44	76	10	137	25	17	27	30	1.97
29216027--29216175	42	3.5	43	75	10	128	30	21	22	26	1.99
29216966--29217089	64	1.9	65	80	8	146	28	20	28	22	1.99
29225740--29225779	15	2.7	15	88	0	53	20	15	10	55	1.68
29226366--29226410	21	2.1	21	100	0	90	28	8	13	48	1.72
29230161--29230791	315	2.0	315	98	0	1217	26	19	28	25	1.99
29233102--29233155	25	2.2	25	96	0	99	37	14	25	22	1.93
29233553--29233577	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
29234687--29234813	44	3.0	43	76	14	145	25	17	27	29	1.97
29242222--29242320	52	1.9	51	83	6	128	57	2	5	35	1.32
29242868--29242906	20	2.0	19	85	5	51	38	10	7	43	1.67
29243165--29243193	10	2.9	10	100	0	58	41	0	6	51	1.28
29251870--29251894	13	1.9	13	100	0	50	40	8	4	48	1.51
29252087--29252200	42	2.7	42	80	0	120	42	17	23	16	1.89
29253579--29253701	61	2.0	61	98	0	237	28	17	18	35	1.93
29256674--29256748	27	2.8	27	83	0	87	21	16	21	41	1.90
29258926--29259245	46	6.7	47	73	14	178	25	30	17	26	1.98
29260084--29260389	27	11.6	27	87	4	394	20	13	22	43	1.86
29260267--29260338	22	3.0	22	84	10	81	15	16	22	45	1.84
29265800--29265895	31	3.0	31	83	8	129	40	10	19	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29265800--29265885	34	2.7	32	89	7	129	40	11	18	29	1.86
29266676--29266769	46	2.0	46	91	0	152	32	7	26	32	1.84
29276104--29276173	35	2.0	35	91	5	115	32	5	22	38	1.78
29278072--29278161	44	2.0	44	89	8	139	26	15	33	24	1.95
29278116--29278297	49	3.7	50	74	8	160	25	19	29	25	1.98
29279139--29279245	34	3.1	34	93	0	178	34	28	14	21	1.93
29308408--29308538	38	3.2	38	72	17	118	30	22	17	29	1.97
29308453--29308575	48	2.6	47	85	3	167	30	21	17	30	1.96
29309342--29309589	84	3.0	84	100	0	496	38	20	18	22	1.94
29314329--29314456	48	2.7	48	83	1	150	32	25	13	28	1.93
29318851--29318887	19	1.9	19	94	0	65	32	21	24	21	1.98
29331392--29331495	29	3.7	29	80	2	86	29	14	26	28	1.95
29331404--29331506	29	3.6	29	84	1	127	27	16	28	28	1.97
29334418--29334443	7	3.7	7	100	0	52	0	11	46	42	1.40
29335638--29335681	16	2.8	16	86	3	54	47	22	18	11	1.80
29335647--29335681	8	4.4	8	88	0	52	45	20	20	14	1.85
29335905--29336003	29	3.4	29	84	6	121	25	14	31	29	1.94
29339802--29339877	32	2.4	32	81	0	89	26	17	27	28	1.97
29353944--29354093	42	3.5	42	81	3	185	30	17	24	27	1.97
29353934--29354093	85	1.9	84	83	8	209	30	16	25	27	1.97
29368609--29368713	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
29373312--29373343	7	4.4	7	92	7	55	40	43	0	15	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29373315--29373343	15	1.9	15	100	0	58	44	41	0	13	1.44
29381706--29382069	40	9.1	40	95	0	602	30	19	27	22	1.98
29387717--29387805	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
29387717--29387796	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
29387728--29387805	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
29390354--29390515	46	3.5	45	75	14	168	29	28	19	22	1.98
29394627--29394716	41	2.1	42	82	11	105	25	13	31	30	1.94
29406859--29407152	145	2.0	146	96	2	538	21	30	17	29	1.96
29413686--29413803	61	1.9	61	94	0	209	33	29	11	24	1.91
29416990--29417035	21	2.2	21	96	0	83	15	30	36	17	1.91
29419864--29419923	31	2.0	29	90	6	93	23	25	16	35	1.95
29434979--29435246	94	2.9	91	77	7	265	25	28	20	26	1.99
29435633--29435690	30	1.9	30	89	0	89	31	24	10	34	1.89
29438310--29438422	57	2.0	56	98	1	217	23	26	21	29	1.99
29441621--29441739	55	2.2	54	80	8	134	24	26	25	23	2.00
29442499--29442860	47	7.7	48	73	13	193	22	29	20	27	1.98
29442502--29442852	94	3.7	93	77	8	320	23	29	20	26	1.98
29445891--29445944	21	2.6	21	87	0	72	38	18	18	24	1.93
29447223--29447253	8	3.9	8	100	0	62	90	9	0	0	0.46
29452745--29452891	75	2.0	75	90	0	231	10	45	8	35	1.69
29453431--29453457	9	3.0	9	100	0	54	22	0	44	33	1.53
29453752--29453790	20	2.1	18	85	9	51	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29453772--29453821	26	2.0	26	88	4	75	48	2	0	50	1.12
29453756--29453976	95	2.3	98	81	9	276	45	2	0	51	1.20
29453935--29453982	16	2.9	16	73	14	53	45	0	0	54	0.99
29453932--29454012	34	2.4	34	81	8	85	44	0	0	55	0.99
29454001--29454037	16	2.3	17	86	13	60	62	0	0	37	0.96
29454842--29454878	15	2.5	15	95	0	65	29	13	0	56	1.37
29455468--29455514	20	2.2	22	92	7	80	46	2	0	51	1.13
29455494--29455520	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
29455574--29455625	22	2.2	24	83	10	63	51	0	1	46	1.12
29455574--29455624	25	2.0	24	82	14	59	52	0	1	45	1.12
29456549--29456593	23	2.0	22	83	12	56	37	0	6	55	1.26
29462058--29462090	14	2.4	14	94	0	57	24	9	15	51	1.72
29462651--29462702	26	2.0	26	85	7	70	44	7	13	34	1.72
29463091--29463165	34	2.2	35	86	13	104	45	0	5	49	1.25
29463196--29463245	26	2.0	26	88	4	75	52	6	0	42	1.26
29463476--29463510	16	2.2	16	89	0	52	42	2	25	28	1.69
29464136--29464225	27	3.2	27	73	17	83	38	11	5	44	1.63
29464819--29464869	25	2.0	25	92	0	84	37	17	5	39	1.74
29469484--29469534	25	2.0	25	92	0	84	37	17	5	39	1.74
29470619--29470715	30	3.2	30	85	2	131	32	29	6	30	1.82
29471023--29471262	133	1.8	129	89	5	374	57	14	11	15	1.64
29471025--29471291	133	2.1	130	85	5	362	56	14	12	16	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29472070--29472117	16	3.0	16	81	6	53	37	4	27	31	1.76
29472369--29472401	17	1.9	17	100	0	66	63	0	0	36	0.95
29472791--29472817	14	1.9	14	100	0	54	74	7	3	14	1.18
29473190--29473249	28	2.1	30	81	12	72	46	1	1	50	1.21
29475689--29475720	3	10.7	3	93	0	55	68	0	28	3	1.04
29480974--29481068	19	5.0	19	89	7	149	38	10	14	35	1.81
29480961--29481038	36	2.2	35	82	15	97	37	12	14	35	1.84
29480990--29481027	17	2.5	15	80	19	51	39	10	15	34	1.82
29480976--29481068	36	2.5	37	89	8	143	38	10	15	35	1.82
29482814--29482861	24	2.0	24	100	0	96	41	8	4	45	1.53
29483208--29483236	13	2.1	14	93	6	51	24	10	6	58	1.55
29488872--29489263	209	1.9	213	90	4	643	27	11	15	45	1.79
29488904--29489334	209	2.1	206	81	9	480	28	12	16	43	1.83
29498677--29498724	11	4.1	11	77	15	51	25	4	2	68	1.18
29500612--29500641	9	3.3	9	95	0	51	50	0	23	26	1.50
29502295--29502332	19	2.0	19	85	10	51	13	13	21	52	1.73
29522159--29522196	19	2.0	19	85	10	51	13	13	21	52	1.73
29532839--29532971	66	2.0	66	100	0	266	31	15	26	27	1.95
29538683--29538718	19	1.9	19	88	5	56	44	11	0	44	1.39
29539014--29539074	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
29542979--29543008	11	2.7	11	100	0	60	80	13	0	6	0.91
29545657--29545880	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29545657--29545880	83	2.8	80	88	4	317	25	26	23	24	2.00
29554424--29554526	37	2.9	34	80	8	116	33	7	16	42	1.77
29554571--29554629	9	6.4	9	82	3	64	23	3	18	54	1.59
29560306--29560568	85	3.1	85	99	0	517	26	26	8	38	1.85
29564247--29564338	42	2.2	41	81	9	105	31	25	18	25	1.98
29565921--29565954	11	2.9	12	86	8	52	55	8	32	2	1.45
29570877--29571282	140	2.9	138	91	1	634	44	4	8	41	1.56
29570877--29571299	138	3.1	137	89	2	630	44	4	8	42	1.55
29574643--29574732	27	3.3	27	84	6	103	40	15	11	33	1.83
29574667--29574732	27	2.4	27	92	0	105	39	16	10	33	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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