genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67019325--67019481	28	5.6	28	72	11	117	24	31	17	26	1.97
67025427--67025503	32	2.4	32	93	0	118	29	23	11	35	1.90
67025596--67025695	28	3.6	28	81	0	128	24	29	19	28	1.98
67025561--67025722	56	2.9	56	84	5	195	24	29	17	27	1.98
67028944--67029009	32	2.1	32	85	5	89	33	21	21	24	1.97
67029486--67029625	27	5.3	26	79	10	133	30	11	17	41	1.84
67032623--67032842	40	5.6	39	85	6	259	27	24	27	20	1.99
67032623--67032842	79	2.8	77	80	9	255	27	24	27	20	1.99
67034467--67034560	33	2.8	33	98	0	179	25	39	9	25	1.86
67040235--67040287	27	2.0	27	96	0	97	22	5	30	41	1.77
67040745--67040955	40	5.3	39	90	5	302	27	23	27	21	1.99
67043222--67043346	27	4.6	27	81	0	79	35	23	5	36	1.78
67043215--67043346	54	2.4	54	75	0	129	34	23	5	36	1.78
67043328--67043429	28	3.7	27	82	3	114	42	20	6	30	1.78
67043314--67043447	55	2.4	54	77	3	142	38	20	8	32	1.82
67043424--67043515	27	3.4	27	89	0	130	27	21	8	42	1.82
67043553--67043588	19	1.9	19	88	5	56	36	25	5	33	1.79
67044370--67044456	20	4.3	20	94	2	140	39	9	19	32	1.83
67044369--67044441	11	7.2	11	69	16	59	38	8	19	34	1.81
67044506--67044641	52	2.7	51	93	5	224	28	22	22	26	1.99
67044506--67044641	26	5.3	26	88	3	190	28	22	22	26	1.99
67059350--67059411	27	2.3	27	85	0	79	35	24	8	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67059361--67059435	27	2.8	27	89	0	105	33	22	5	38	1.77
67059377--67059448	27	2.7	27	88	0	99	30	25	4	40	1.74
67059453--67059525	28	2.6	28	91	2	112	41	19	8	31	1.81
67059453--67059785	27	12.3	27	73	5	154	37	20	9	33	1.85
67059453--67059572	55	2.2	55	81	3	134	39	19	10	31	1.84
67059349--67059713	188	1.9	186	81	4	437	35	21	8	34	1.84
67059759--67059794	19	1.9	19	88	5	56	36	25	5	33	1.79
67059839--67059908	27	2.6	27	80	8	72	38	21	18	21	1.93
67060536--67060583	25	1.9	25	86	0	69	33	22	14	29	1.94
67060619--67060705	20	4.3	20	91	2	131	40	11	17	31	1.85
67060755--67060929	26	6.8	26	88	0	246	26	22	22	28	1.99
67060755--67060942	52	3.7	52	92	3	303	27	21	22	27	1.99
67061196--67061274	31	2.5	31	97	0	149	27	18	25	27	1.98
67062523--67062576	28	1.9	28	85	7	74	50	11	1	37	1.49
67065229--67065420	49	3.9	49	80	5	215	25	20	27	26	1.99
67065231--67065418	100	1.9	100	93	0	322	25	20	26	27	1.99
67071987--67072020	17	1.9	18	88	5	52	35	5	20	38	1.77
67072100--67072175	24	3.2	24	85	5	93	31	17	19	31	1.95
67080293--67080348	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
67080282--67080348	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
67080397--67080516	24	5.0	24	84	5	145	28	23	22	25	1.99
67081927--67082117	56	3.4	56	86	2	242	37	24	15	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67085477--67085532	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
67089327--67089364	16	2.4	16	100	0	76	31	15	21	31	1.94
67094257--67094288	16	2.0	16	100	0	64	37	0	25	37	1.56
67094247--67094317	20	3.8	19	83	14	103	33	0	22	43	1.54
67094849--67095356	126	4.0	125	88	4	700	35	17	19	27	1.94
67098845--67098886	18	2.4	18	88	4	59	42	9	26	21	1.83
67111078--67111187	48	2.3	47	86	9	143	48	3	10	38	1.54
67111321--67111384	11	5.9	11	74	3	58	40	1	17	40	1.59
67112075--67112332	136	1.9	136	91	0	426	35	17	17	30	1.92
67127749--67127781	17	1.9	17	88	11	50	36	21	21	21	1.95
67128548--67128598	26	2.0	26	84	0	66	41	3	13	41	1.63
67130473--67130807	39	8.5	39	95	1	573	29	29	22	18	1.97
67139769--67139801	17	1.9	17	100	0	66	30	27	6	36	1.81
67141146--67141192	18	2.7	18	96	3	87	21	8	12	57	1.62
67141868--67142014	43	3.4	43	75	5	136	29	15	23	31	1.95
67143275--67143322	23	2.1	23	100	0	96	39	4	20	35	1.72
67145495--67145546	20	2.6	20	87	0	77	19	30	32	17	1.95
67146830--67146969	47	3.0	47	84	2	183	22	14	28	34	1.93
67150586--67150637	20	2.8	19	83	13	56	42	0	21	36	1.53
67153445--67153470	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
67155544--67155806	46	5.7	45	70	13	139	25	20	29	24	1.99
67158255--67158293	13	2.9	13	92	3	60	28	0	10	61	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67159894--67159997	47	2.2	47	89	0	172	35	11	26	25	1.90
67159894--67160037	47	3.1	47	83	2	155	34	11	27	26	1.90
67160011--67160110	46	2.1	46	83	3	128	34	8	28	30	1.86
67161768--67161818	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
67163025--67163063	13	2.9	13	92	3	60	28	0	10	61	1.28
67164766--67164843	22	3.4	22	67	27	63	37	11	26	24	1.90
67164813--67164888	22	3.3	22	68	22	66	36	9	27	26	1.87
67164741--67164931	94	2.0	94	84	2	249	35	10	27	25	1.90
67164741--67164888	47	3.1	47	96	0	260	36	10	26	26	1.89
67164905--67164995	46	2.0	46	91	0	146	34	7	30	27	1.85
67168027--67168191	43	3.8	43	72	9	138	29	14	25	30	1.95
67171379--67171513	17	7.7	17	68	21	66	34	1	2	61	1.20
67171444--67171516	20	4.0	18	75	16	62	35	1	2	60	1.20
67171566--67171643	23	3.2	23	72	18	59	30	6	2	60	1.35
67171673--67171720	18	2.6	19	80	12	55	25	2	6	66	1.26
67184186--67184240	20	2.7	21	78	16	78	29	25	21	23	1.99
67209416--67209591	46	3.8	46	78	12	198	30	29	19	20	1.97
67209423--67209594	93	1.8	93	93	0	299	29	29	20	20	1.98
67209465--67209603	47	3.0	46	74	16	135	30	28	18	22	1.97
67227279--67227412	56	2.4	56	86	2	189	29	15	20	33	1.94
67232701--67232730	16	1.9	16	93	6	53	33	23	0	43	1.54
67247907--67248838	94	9.9	94	98	0	1765	39	18	11	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67253985--67254157	46	3.8	44	77	17	149	27	19	30	23	1.98
67253985--67254107	47	2.6	45	84	13	144	27	17	31	23	1.97
67253987--67254157	94	1.8	92	82	9	222	26	19	30	23	1.98
67255064--67255093	12	2.5	12	94	0	51	40	23	33	3	1.71
67259862--67259944	31	2.7	31	92	3	143	27	25	16	30	1.97
67260164--67260233	25	2.8	25	91	4	106	25	22	27	24	2.00
67261139--67262158	27	37.7	27	95	0	955	30	8	21	40	1.82
67261250--67262186	27	34.7	27	97	0	1716	29	8	22	40	1.82
67262180--67262238	27	2.2	27	87	3	84	40	3	20	35	1.69
67262190--67262252	27	2.3	27	86	0	90	41	6	23	28	1.79
67265350--67265415	30	2.3	30	84	5	82	31	15	21	31	1.94
67265848--67265964	46	2.5	46	87	6	157	29	16	31	23	1.96
67274719--67274783	21	3.2	21	68	12	64	21	21	4	52	1.65
67274721--67274801	39	2.1	39	97	0	153	23	24	4	46	1.72
67274742--67274807	18	3.5	18	67	18	53	22	28	4	43	1.73
67285766--67285836	34	2.1	33	86	2	97	30	25	19	23	1.98
67289729--67289855	39	3.3	39	79	7	125	25	28	24	21	1.99
67289769--67289873	39	2.7	39	86	2	131	24	28	23	22	1.99
67297669--67297711	16	2.8	16	82	3	52	51	16	9	23	1.73
67301919--67302127	47	4.5	49	78	11	172	22	28	18	30	1.97
67301928--67302127	46	4.3	46	80	9	158	23	27	19	30	1.98
67302098--67302157	30	2.0	30	96	0	111	20	30	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67310838--67311053	46	4.6	47	77	10	176	22	27	19	30	1.98
67310885--67311056	94	1.8	93	88	3	265	22	29	19	27	1.98
67313653--67313775	30	4.1	30	70	15	94	42	0	17	40	1.49
67313657--67313786	64	2.1	60	84	5	170	40	0	18	40	1.51
67313677--67313794	34	3.6	34	72	15	115	40	0	16	43	1.48
67313847--67314348	126	4.0	125	84	2	620	38	15	18	28	1.91
67318257--67318286	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
67318486--67318674	50	3.8	50	80	4	202	32	27	13	26	1.94
67319748--67319917	56	3.1	55	86	6	254	48	17	6	27	1.71
67323799--67325000	605	2.0	604	90	0	1904	31	17	20	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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