genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.292.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97061066--97061105	19	2.1	19	90	0	62	35	12	12	40	1.81
97068552--97068634	42	2.0	42	88	4	123	36	24	10	28	1.89
97070695--97070758	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
97070973--97071069	47	2.1	47	94	0	167	26	20	22	29	1.99
97070971--97071070	24	4.2	24	89	2	157	26	21	22	31	1.98
97071120--97071186	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
97071120--97071175	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
97078802--97078865	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
97079059--97079224	24	7.0	24	82	7	196	27	20	21	31	1.98
97079059--97079224	71	2.3	71	85	5	219	27	20	21	31	1.98
97079078--97079224	47	3.1	48	85	4	192	27	20	20	31	1.97
97079275--97079313	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
97079276--97079320	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
97083838--97084019	79	2.3	81	83	8	239	24	27	22	25	2.00
97083836--97084018	40	4.6	40	79	8	187	25	27	21	25	1.99
97091949--97092131	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
97091947--97092131	40	4.7	40	85	6	234	25	28	22	24	1.99
97102120--97102144	12	2.1	12	100	0	50	36	16	8	40	1.77
97102428--97102467	18	2.2	18	86	8	55	25	10	27	37	1.88
97109300--97109342	20	2.2	20	95	0	77	41	32	9	16	1.80
97110001--97110101	52	1.9	52	87	0	148	31	28	15	23	1.96
97111056--97111130	20	3.8	19	71	13	62	20	25	9	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97111057--97111135	21	4.0	20	72	9	72	17	27	8	45	1.78
97114686--97114735	25	2.1	24	82	10	59	22	32	28	18	1.97
97120073--97120249	49	3.6	49	81	6	207	27	24	18	29	1.98
97123744--97123876	50	2.6	50	86	2	176	34	28	15	21	1.94
97132225--97132407	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
97132261--97132442	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
97133808--97133922	29	4.0	29	83	6	137	27	28	15	27	1.96
97133799--97133909	58	1.9	57	85	5	152	27	29	16	26	1.97
97133990--97134043	19	2.9	19	88	2	83	16	40	18	24	1.90
97134152--97134202	24	2.1	24	92	0	84	11	23	15	49	1.78
97135286--97135316	16	1.9	16	100	0	62	12	6	25	54	1.62
97136213--97136449	50	4.7	50	80	1	267	30	27	18	24	1.97
97136257--97136341	28	3.2	28	63	19	74	29	29	16	24	1.97
97136213--97136446	101	2.3	99	83	5	283	30	27	18	23	1.98
97136213--97136490	151	1.8	150	83	3	369	32	26	16	24	1.96
97148106--97148172	33	2.0	33	94	0	116	29	20	10	38	1.86
97151942--97151966	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
97157834--97158120	27	10.6	27	83	0	342	39	19	8	32	1.82
97157827--97158120	54	5.4	54	89	0	401	39	19	8	32	1.83
97157834--97158227	81	4.9	81	78	6	323	39	20	8	31	1.83
97157834--97158228	27	14.6	27	75	7	230	39	20	8	31	1.83
97158213--97158389	27	6.6	27	86	1	239	36	20	19	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97158834--97158898	22	3.0	22	78	13	71	20	24	23	32	1.98
97159057--97159158	27	3.8	27	84	5	125	19	21	20	38	1.94
97159295--97159414	6	19.3	6	68	19	68	20	17	15	47	1.83
97159295--97159430	31	4.4	31	83	3	150	19	16	14	48	1.81
97161733--97161790	20	2.9	20	94	0	98	18	13	31	36	1.90
97161950--97162088	50	2.8	50	84	5	178	25	18	28	28	1.98
97167364--97167540	27	6.5	26	81	6	167	25	16	28	28	1.97
97167360--97167519	82	2.0	81	87	3	232	25	16	29	28	1.97
97167364--97167540	82	2.2	81	83	3	212	25	16	28	28	1.97
97175483--97175659	27	6.5	26	80	6	158	25	15	28	29	1.96
97175479--97175638	82	2.0	81	86	3	223	25	16	29	28	1.97
97175483--97175659	82	2.2	81	82	3	203	25	15	28	29	1.96
97191496--97191620	46	2.7	46	81	6	128	24	29	19	27	1.98
97199161--97199204	15	2.9	15	82	0	61	13	15	13	56	1.67
97202207--97202291	40	2.2	40	82	2	100	28	32	22	16	1.95
97202362--97202470	47	2.3	46	87	7	150	27	29	10	33	1.89
97204955--97204995	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
97205454--97205516	22	2.8	23	80	7	76	28	23	25	22	1.99
97205660--97205782	41	3.0	41	89	2	176	28	30	21	19	1.98
97206003--97206345	54	6.3	54	75	6	255	30	8	19	41	1.81
97206008--97206372	81	4.5	81	74	8	258	30	8	19	41	1.81
97206110--97206371	108	2.4	106	81	5	310	29	8	21	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97206000--97206414	27	15.4	27	75	6	142	30	8	19	40	1.82
97206365--97206422	26	2.2	27	87	6	84	34	10	15	39	1.81
97206408--97206515	27	4.0	27	80	4	137	29	17	16	36	1.92
97206404--97206511	54	2.0	54	90	0	171	29	18	16	35	1.93
97221083--97221130	6	8.3	6	79	6	55	16	4	0	79	0.89
97221083--97221130	18	2.8	17	87	6	62	16	4	0	79	0.89
97221124--97221181	25	2.3	26	85	11	77	22	12	1	63	1.37
97228004--97228068	12	5.4	12	69	7	51	18	40	3	38	1.66
97228002--97228068	24	2.8	25	84	6	102	19	38	4	37	1.72
97229577--97229754	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
97229598--97229753	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
97246361--97246466	24	4.4	24	86	1	140	18	36	5	38	1.75
97247684--97247741	30	1.9	30	92	0	98	29	12	27	31	1.92
97250081--97250105	13	1.9	13	100	0	50	8	0	16	76	1.02
97254617--97254703	27	3.2	27	85	0	111	34	14	19	31	1.92
97255140--97255202	27	2.4	26	75	15	74	20	20	17	41	1.91
97255319--97255388	25	2.8	25	84	6	97	24	18	12	44	1.85
97255319--97255407	6	14.5	6	73	9	63	22	17	12	47	1.81
97257396--97257494	27	3.7	25	70	15	74	36	23	9	31	1.86
97257485--97257619	27	5.0	27	85	0	171	34	20	20	24	1.96
97258179--97258303	6	20.3	6	70	16	78	19	19	12	48	1.80
97258185--97258246	25	2.5	25	91	0	97	19	20	14	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97258201--97258294	37	2.5	37	94	0	161	19	20	12	47	1.81
97263852--97264071	46	4.7	47	76	8	175	27	20	28	23	1.99
97263946--97264163	46	4.6	47	75	12	139	27	16	30	25	1.97
97264039--97264168	48	2.7	48	79	2	134	29	14	31	24	1.95
97266659--97266699	21	2.0	21	95	0	73	39	17	24	19	1.92
97273753--97273831	31	2.5	31	97	0	149	26	25	18	29	1.98
97273859--97273946	42	2.1	42	89	0	131	37	19	12	30	1.89
97274091--97274189	26	3.8	26	86	4	146	25	22	23	29	1.99
97274091--97274200	27	4.2	27	87	2	145	27	21	21	29	1.99
97274091--97274200	53	2.1	52	89	5	177	27	21	21	29	1.99
97276473--97276640	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
97276508--97276693	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
97276510--97276693	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
97278713--97278934	39	5.7	40	85	9	248	25	27	22	25	2.00
97281362--97281438	27	2.9	27	77	11	77	22	20	19	37	1.94
97281456--97281665	27	7.7	27	79	4	152	31	10	19	38	1.85
97298713--97298784	37	1.9	37	83	5	92	31	6	5	55	1.50
97303250--97303448	59	3.3	58	72	14	206	41	0	3	54	1.21
97303370--97303504	18	8.0	17	70	19	95	40	0	2	56	1.17
97303228--97303470	120	2.0	120	97	0	459	42	1	4	51	1.28
97303385--97303443	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
97303398--97303453	15	4.0	15	73	17	57	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97303249--97303489	41	5.9	41	69	23	136	41	0	3	54	1.23
97303667--97303721	21	2.6	21	91	0	92	27	32	9	30	1.88
97304940--97304974	15	2.3	15	90	0	52	0	11	8	80	0.92
97305050--97305082	17	2.0	17	88	5	50	6	9	18	66	1.40
97305655--97305734	42	1.9	42	82	5	99	23	26	33	16	1.95
97307202--97307232	12	2.6	12	94	0	53	29	16	29	25	1.96
97307504--97307539	17	2.1	18	89	5	56	50	0	19	30	1.48
97307656--97307693	15	2.4	16	83	16	53	50	0	5	44	1.24
97307636--97307703	29	2.4	28	76	16	68	50	0	4	45	1.22
97309128--97309174	23	2.0	22	84	8	58	12	8	38	40	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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