genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76742450--76742716	98	2.8	97	80	6	269	29	20	27	23	1.99
76743708--76743761	27	2.0	27	92	3	92	22	24	40	12	1.89
76743894--76743933	21	2.0	21	90	5	64	12	35	27	25	1.92
76751340--76751378	15	2.6	14	84	11	51	56	15	17	10	1.66
76772679--76772756	33	2.4	33	82	4	95	35	16	12	34	1.87
76774142--76774203	8	7.6	8	77	10	63	24	3	1	70	1.10
76774147--76774208	26	2.4	27	86	8	92	24	3	1	70	1.10
76775359--76775411	23	2.4	22	87	9	72	84	1	9	3	0.81
76775372--76775408	19	1.9	19	89	10	58	86	2	10	0	0.67
76775370--76775411	16	2.7	15	85	10	57	88	2	9	0	0.61
76778071--76778120	26	2.0	25	84	11	66	44	4	14	38	1.63
76778103--76778177	32	2.5	30	82	10	91	44	2	17	36	1.63
76778133--76778209	32	2.5	31	83	10	86	41	3	16	37	1.67
76778647--76778697	18	2.9	17	77	5	57	33	5	17	43	1.73
76781412--76781496	42	2.0	42	97	0	161	32	15	16	35	1.90
76784037--76784079	16	2.9	15	83	16	54	6	11	0	81	0.87
76787252--76787285	17	1.9	18	88	5	52	70	0	17	11	1.16
76802868--76802917	20	2.5	21	77	6	59	64	0	18	18	1.30
76807484--76807642	43	3.8	41	79	12	153	25	16	25	32	1.97
76807505--76807650	43	3.4	42	79	10	154	23	17	27	30	1.97
76815082--76815245	43	3.8	42	73	12	118	27	15	21	35	1.94
76826837--76827009	45	3.9	45	81	6	174	27	28	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76827002--76827085	38	2.2	38	84	0	105	34	23	22	19	1.96
76827180--76827292	38	3.0	38	87	5	140	30	25	22	22	1.99
76827002--76827389	207	1.9	207	92	1	652	32	22	13	30	1.93
76827562--76827691	42	3.0	42	78	5	143	28	28	18	24	1.98
76834406--76834477	36	2.0	35	94	2	126	25	19	19	34	1.95
76841641--76841730	45	2.0	44	91	2	144	42	10	14	32	1.79
76845239--76845279	11	3.7	11	100	0	82	29	9	19	41	1.83
76868655--76868686	10	3.2	10	95	0	55	18	3	0	78	0.89
76868655--76868686	15	2.1	15	94	0	55	18	3	0	78	0.89
76883760--76884035	48	5.8	48	75	8	240	29	17	28	25	1.97
76883747--76884033	96	3.0	94	82	4	322	28	17	28	25	1.97
76883760--76884032	144	1.9	144	83	3	361	28	17	28	24	1.97
76886258--76886305	18	2.7	18	90	0	69	39	18	14	27	1.90
76889011--76889360	47	7.4	47	91	0	565	33	7	30	28	1.85
76891980--76892037	18	3.4	16	80	19	57	20	1	6	70	1.19
76892172--76892196	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
76899997--76900049	17	3.0	18	84	13	58	60	0	0	39	0.97
76900042--76900196	77	2.0	77	100	0	310	43	6	7	41	1.59
76903675--76903852	40	4.5	40	85	3	209	25	28	23	23	1.99
76908959--76909013	27	2.0	27	85	0	74	38	10	7	43	1.68
76913702--76913768	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92
76913818--76913911	23	4.0	24	83	9	122	29	19	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76914109--76914168	31	1.9	31	93	0	102	36	16	21	25	1.94
76917372--76917609	49	4.8	49	77	7	246	28	27	18	25	1.98
76917389--76917616	100	2.3	98	81	6	262	28	28	18	24	1.98
76917843--76917896	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
76925048--76925117	24	3.2	24	62	29	64	57	0	11	31	1.34
76925048--76925133	42	2.0	42	97	0	163	59	0	11	29	1.33
76926973--76926999	9	3.0	9	100	0	54	22	0	22	55	1.44
76933885--76933957	35	2.1	35	94	0	128	39	12	23	24	1.89
76938244--76938467	40	5.6	40	91	1	308	24	20	28	26	1.99
76938205--76938467	80	3.3	80	85	3	318	23	20	28	26	1.99
76938205--76938467	120	2.2	120	82	4	318	23	20	28	26	1.99
76946941--76947021	26	3.2	26	65	28	73	23	13	28	34	1.93
76946851--76947020	51	3.3	51	82	8	211	25	15	27	31	1.96
76947042--76947374	102	3.3	102	96	0	605	20	20	27	30	1.98
76947274--76947549	75	3.7	75	96	1	491	21	19	28	30	1.97
76949959--76950129	85	2.0	85	97	0	324	36	0	8	55	1.30
76950535--76950581	24	2.0	24	83	8	60	48	0	34	17	1.47
76957801--76957999	50	3.9	50	76	6	166	28	20	27	23	1.99
76958248--76958286	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
76964041--76964153	56	2.0	56	92	0	190	36	24	12	26	1.91
76965359--76965408	20	2.4	21	74	16	50	16	4	22	58	1.55
76968224--76968369	40	3.7	40	83	7	181	24	22	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76968224--76968402	80	2.2	80	83	6	213	25	21	26	25	2.00
76970491--76970658	41	4.1	40	84	5	194	18	29	17	35	1.94
76970517--76970620	20	5.0	22	67	21	80	17	30	17	34	1.93
76970527--76970632	21	5.1	21	68	13	76	17	33	16	32	1.93
76973274--76973445	87	2.0	86	95	2	310	37	4	21	36	1.74
76973552--76973729	27	6.6	26	80	6	169	26	15	28	29	1.96
76973549--76973729	82	2.2	81	81	2	211	27	16	27	29	1.97
76981568--76981745	27	6.6	26	82	6	178	26	16	28	28	1.97
76981569--76981724	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
76981565--76981745	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	28	1.97
76981650--76981756	27	3.9	27	83	1	79	26	15	28	29	1.96
76983148--76983894	132	5.7	132	95	0	1251	30	26	16	27	1.96
76984752--76984778	10	2.7	10	100	0	54	0	0	7	92	0.38
77000175--77000239	23	2.9	22	88	6	87	13	6	41	38	1.70
77002671--77002708	6	6.5	6	93	6	69	84	15	0	0	0.63
77002671--77002708	17	2.2	17	95	4	67	84	15	0	0	0.63
77010664--77010704	20	2.0	20	100	0	82	29	29	14	26	1.95
77018608--77018665	26	2.2	26	90	0	89	17	18	22	41	1.90
77018748--77018861	25	4.6	25	72	3	97	20	26	19	34	1.96
77020811--77021192	191	2.0	191	100	0	764	32	6	19	40	1.77
77021374--77021430	18	3.3	18	68	22	59	28	17	10	43	1.82
77028095--77028130	17	2.1	17	94	0	63	27	19	11	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77031742--77031791	24	2.1	24	100	0	100	40	18	16	26	1.90
77032100--77032137	20	1.9	20	84	10	51	42	15	10	31	1.81
77034443--77034470	11	2.5	11	100	0	56	28	28	0	42	1.56
77036144--77036171	11	2.5	11	100	0	56	28	28	0	42	1.56
77047202--77047351	76	2.0	76	94	0	264	22	10	24	42	1.84
77051176--77051656	241	2.0	241	100	0	962	30	14	20	34	1.93
77053286--77053349	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
77053293--77053349	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
77068119--77068160	23	1.9	21	90	9	66	52	14	9	23	1.71
77073149--77073211	30	2.1	30	100	0	126	57	6	3	33	1.40
77075755--77075808	2	28.0	2	81	7	67	50	3	0	46	1.19
77075780--77075820	20	2.2	20	86	8	59	63	0	0	36	0.95
77077843--77077936	26	3.6	26	79	2	89	58	8	5	27	1.49
77077957--77078006	26	1.9	26	84	8	66	54	0	8	38	1.30
77091616--77091731	41	2.8	40	72	5	115	29	16	20	33	1.95
77091730--77091880	41	3.8	40	82	5	162	23	19	23	33	1.97
77091636--77091839	112	1.8	113	83	1	275	27	18	21	32	1.96
77092993--77093061	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
77092993--77093061	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
77093042--77093132	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
77093297--77093333	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
77093375--77093560	59	3.1	58	69	19	157	51	3	2	42	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77093277--77093566	120	2.4	120	89	3	456	49	4	2	43	1.35
77114777--77114869	44	2.1	46	86	8	129	36	24	4	34	1.75
77114851--77114904	16	3.4	16	86	0	81	29	29	3	37	1.75
77117015--77117317	40	7.7	40	89	5	390	25	22	27	25	2.00
77117015--77117317	78	3.8	81	87	7	403	25	22	27	25	2.00
77128879--77128923	15	2.8	17	77	12	51	48	0	17	33	1.48
77129203--77129228	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
77133836--77133999	42	3.9	42	80	4	195	29	14	25	30	1.95
77139708--77139858	42	3.6	42	80	3	169	33	13	21	32	1.92
77146145--77146183	17	2.2	18	90	4	62	41	0	2	56	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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