genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.289.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95994947--95995058	27	4.1	27	84	7	138	14	24	24	37	1.92
95994947--95995058	54	2.1	54	88	3	163	14	24	24	37	1.92
96001795--96001908	27	4.2	26	86	8	147	15	23	23	36	1.94
96001795--96001908	55	2.1	54	88	4	167	15	23	23	36	1.94
96005728--96005869	67	2.1	70	88	5	209	19	27	21	30	1.98
96005837--96005896	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
96008202--96008279	39	2.0	39	92	0	129	21	10	30	37	1.87
96009895--96010163	49	5.6	49	95	2	474	32	6	29	31	1.82
96010282--96010361	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
96016082--96016122	21	2.0	21	85	9	57	68	2	24	4	1.22
96023394--96023484	42	2.2	42	95	0	164	21	36	24	17	1.95
96027242--96027476	27	8.7	27	73	10	178	42	18	8	30	1.81
96027216--96027338	54	2.3	54	80	8	126	39	20	10	29	1.86
96027250--96027474	81	2.8	80	82	5	256	42	18	8	30	1.80
96027242--96027503	27	9.7	27	76	1	157	40	19	9	30	1.83
96027752--96027861	41	2.7	41	82	2	132	22	23	27	26	2.00
96032243--96032375	27	5.0	27	83	5	155	29	12	20	38	1.88
96039226--96039356	43	3.1	41	81	7	147	32	27	17	22	1.97
96040478--96040506	14	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
96040996--96041028	16	1.9	18	88	11	52	33	12	6	48	1.65
96042078--96042120	22	2.0	22	81	9	52	9	23	0	67	1.19
96047866--96047994	39	3.1	39	81	16	177	11	27	24	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96047879--96047976	47	2.1	47	94	0	169	10	29	25	34	1.89
96047926--96048013	39	2.3	39	85	0	113	12	26	23	37	1.90
96055713--96055770	6	9.7	6	77	7	55	3	36	3	56	1.33
96056656--96056697	21	2.0	22	85	4	59	52	2	7	38	1.42
96058792--96058847	22	2.5	22	91	0	85	17	30	21	30	1.96
96061550--96061599	21	2.4	21	100	0	100	42	4	20	34	1.70
96066120--96066300	40	4.6	40	89	2	260	26	23	27	22	1.99
96069022--96069075	26	2.1	25	82	3	63	3	24	1	70	1.13
96069238--96069279	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
96076484--96076543	12	4.4	13	80	18	61	1	23	3	71	1.10
96076484--96076543	30	2.0	30	87	3	86	1	23	3	71	1.10
96076727--96076759	3	11.3	3	93	6	59	69	0	0	30	0.88
96077031--96077233	104	2.0	104	98	0	397	29	22	17	30	1.97
96077959--96078065	42	2.6	42	80	4	110	31	14	21	32	1.93
96079886--96080036	43	3.5	42	81	5	160	25	15	25	32	1.96
96081869--96081935	28	2.4	28	90	5	100	28	11	25	34	1.91
96086769--96086923	28	5.5	28	77	3	141	41	16	22	19	1.90
96086767--96086900	56	2.4	56	86	5	189	39	16	25	18	1.91
96086865--96086941	29	2.7	28	80	6	82	51	16	12	18	1.75
96089725--96089759	19	1.9	17	88	11	52	51	25	0	22	1.48
96103029--96103068	16	2.6	16	88	4	55	72	2	2	22	1.09
96107324--96107370	23	2.0	23	84	8	60	0	23	4	72	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96123012--96123122	27	4.1	27	85	7	138	39	16	15	28	1.89
96123261--96123324	32	2.0	32	81	0	74	29	21	18	29	1.97
96126764--96126987	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
96126906--96127057	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
96131088--96131139	24	2.2	24	86	6	72	25	30	17	26	1.97
96138552--96138624	22	3.2	22	86	7	85	23	30	19	27	1.98
96140518--96140600	43	2.0	42	83	7	105	30	10	25	33	1.90
96141682--96141743	27	2.3	27	94	0	106	17	20	43	17	1.88
96144513--96144687	27	6.3	28	85	5	214	24	21	11	42	1.86
96144554--96144740	27	6.8	27	81	11	103	22	24	11	41	1.87
96144513--96144740	111	2.1	108	81	4	260	23	22	10	42	1.85
96149091--96149161	28	2.5	28	90	0	115	25	35	15	23	1.94
96158476--96158516	20	2.0	20	86	9	57	41	17	2	39	1.62
96158464--96158516	20	2.7	19	81	16	56	37	18	1	41	1.62
96159908--96159964	23	2.5	22	73	15	62	38	19	17	24	1.93
96167507--96167570	32	2.0	32	84	0	83	37	18	23	20	1.94
96169677--96169801	49	2.5	49	83	8	148	23	28	20	27	1.99
96173972--96174014	15	2.8	16	78	7	52	41	0	4	53	1.21
96175370--96175499	65	2.0	65	98	0	251	53	21	6	18	1.68
96178943--96179071	64	2.0	64	93	3	224	23	17	12	47	1.81
96181419--96181463	23	2.0	22	82	4	54	42	22	4	31	1.73
96185328--96185422	38	2.5	38	92	0	154	9	9	41	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96186410--96186468	30	2.0	31	83	6	77	33	16	23	25	1.96
96189181--96189490	40	7.8	40	92	0	489	28	28	20	22	1.99
96205999--96206150	29	5.3	29	78	4	132	26	12	32	28	1.92
96212490--96212608	29	4.2	28	68	10	89	28	15	31	24	1.95
96217536--96217736	40	5.0	40	89	2	271	26	27	22	23	2.00
96220710--96220778	34	2.0	34	94	0	120	28	24	8	37	1.85
96233936--96234026	29	3.2	29	78	4	87	28	31	9	29	1.89
96239101--96239125	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
96250081--96250124	18	2.4	18	78	14	54	40	15	13	29	1.86
96251804--96252352	292	1.9	292	100	0	1098	32	16	24	26	1.96
96256294--96256355	31	2.0	31	84	12	83	35	0	1	62	1.05
96256811--96256855	22	2.1	22	83	4	56	48	0	4	46	1.22
96263555--96263630	40	1.9	40	86	5	109	34	19	18	27	1.95
96269935--96270087	79	1.9	79	94	2	272	22	18	24	34	1.96
96272573--96272625	27	2.0	27	85	7	72	28	26	26	18	1.98
96272680--96272796	59	2.0	59	98	0	225	28	13	17	41	1.87
96279265--96279367	28	3.7	28	84	0	134	27	31	15	26	1.96
96283920--96284040	28	4.3	28	81	1	134	23	32	15	28	1.95
96284254--96284285	16	2.0	16	100	0	64	6	12	25	56	1.59
96286729--96286880	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
96286729--96286880	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
96299442--96299619	27	6.6	27	83	3	178	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96299463--96299618	82	1.9	81	86	3	224	28	28	15	26	1.96
96299442--96299618	54	3.3	54	81	6	196	29	28	15	26	1.96
96301101--96301231	65	2.0	65	98	0	253	36	21	10	31	1.88
96311986--96312163	27	6.6	27	83	3	178	29	27	15	27	1.96
96312007--96312162	82	1.9	81	86	3	224	29	27	15	27	1.96
96311986--96312162	54	3.3	54	81	6	196	29	27	15	27	1.96
96315217--96315260	18	2.4	18	88	0	61	13	22	45	18	1.84
96334655--96335528	50	17.5	49	95	1	1367	25	15	29	29	1.96
96340795--96340875	26	3.2	26	63	25	64	24	13	32	29	1.94
96340732--96341667	50	18.7	50	94	2	1571	23	14	32	29	1.94
96345494--96345551	25	2.4	23	78	15	64	15	6	36	41	1.74
96345542--96345599	22	2.6	22	75	2	62	12	1	37	48	1.51
96346400--96346440	12	3.2	13	83	12	50	31	24	2	41	1.68
96352128--96352251	46	2.7	44	86	7	169	22	29	20	28	1.98
96355399--96355486	28	3.1	29	79	10	94	35	21	22	20	1.96
96355592--96355656	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
96363738--96363986	49	5.3	49	72	12	175	24	29	20	26	1.99
96365972--96366149	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
96365973--96366128	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
96365969--96366149	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
96369727--96369884	79	2.0	79	98	0	307	48	23	1	27	1.59
96370219--96370296	40	2.0	40	84	5	104	30	33	15	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96375483--96375667	39	4.7	39	91	0	289	30	26	21	21	1.98
96380214--96380348	43	3.1	44	83	6	184	24	17	29	28	1.97
96380231--96380348	45	2.7	43	84	6	166	26	17	28	27	1.98
96380645--96381120	38	12.5	38	90	0	729	19	21	25	32	1.97
96380645--96381115	114	4.1	114	96	0	843	19	21	25	33	1.97
96381113--96381285	45	3.9	45	83	6	201	23	22	28	25	1.99
96388543--96388589	24	2.0	24	100	0	94	29	40	8	21	1.83
96388545--96388597	24	2.2	24	93	0	88	32	39	9	18	1.83
96389696--96389764	30	2.3	30	89	0	111	23	28	21	26	1.99
96393934--96393973	13	3.1	13	92	0	62	0	27	0	72	0.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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