genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22692602--22692700	52	1.9	52	93	0	171	16	27	32	24	1.96
22695524--22695621	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
22695552--22695634	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
22695524--22695635	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
22698367--22698404	19	2.0	19	85	10	51	23	13	39	23	1.90
22698620--22698711	27	3.4	27	90	0	139	36	19	19	23	1.95
22698847--22698947	27	3.8	26	78	7	96	21	21	19	36	1.95
22699093--22699155	28	2.2	27	81	10	72	30	20	22	26	1.98
22701143--22701185	12	3.6	12	81	12	61	2	20	4	72	1.14
22701125--22701186	24	2.4	27	89	10	94	3	24	3	69	1.18
22708086--22708447	47	7.6	49	89	4	546	28	29	8	33	1.86
22708086--22708447	96	3.8	96	94	0	620	28	29	8	33	1.86
22713224--22713396	46	3.8	45	78	11	181	22	19	27	30	1.98
22713221--22713391	93	1.8	93	89	2	272	22	19	28	29	1.98
22716684--22716797	27	4.2	26	86	4	129	21	22	20	35	1.96
22718331--22718427	6	15.8	6	69	19	58	49	14	16	19	1.79
22718340--22718482	31	4.6	30	83	8	169	52	12	16	18	1.74
22718507--22718615	55	2.0	55	96	0	200	27	42	13	16	1.86
22718674--22718775	27	3.8	26	84	5	114	35	20	24	19	1.96
22718934--22718998	22	3.0	21	73	13	60	35	23	21	20	1.96
22719254--22719284	16	1.9	16	93	0	53	29	19	22	29	1.98
22719425--22719970	27	20.3	27	80	6	489	25	22	18	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22720003--22720349	27	12.8	25	82	6	171	31	9	20	38	1.84
22719958--22720139	81	2.2	81	79	3	206	32	10	19	37	1.86
22720063--22720349	27	10.6	27	85	0	331	31	8	20	39	1.83
22720009--22720349	54	6.3	54	83	2	371	30	9	20	39	1.84
22720009--22720349	81	4.2	81	78	5	339	30	9	20	39	1.84
22722312--22722454	31	4.5	31	81	11	148	53	12	15	18	1.73
22722594--22722692	27	3.7	26	86	5	117	35	21	24	19	1.96
22723333--22723770	27	16.3	27	93	0	599	23	21	21	33	1.98
22723763--22724055	27	10.9	27	78	5	173	32	8	20	37	1.84
22723333--22723778	81	5.5	81	91	2	693	23	21	21	33	1.97
22723383--22724130	81	9.2	80	81	5	275	27	15	21	35	1.94
22723814--22724130	27	11.7	27	81	0	256	30	9	21	38	1.85
22723870--22724130	54	4.8	54	84	1	326	31	9	21	38	1.84
22726351--22726572	46	4.8	46	84	5	295	27	29	21	22	1.99
22726351--22726577	93	2.5	93	87	3	307	26	29	21	22	1.99
22732137--22732266	43	3.0	43	81	11	160	21	17	29	31	1.96
22735258--22735414	43	3.7	43	81	5	167	21	17	28	33	1.96
22743146--22743239	40	2.3	41	85	7	122	28	27	14	28	1.96
22750526--22750660	40	3.3	40	76	15	123	30	24	16	28	1.96
22753728--22753767	18	2.2	18	86	0	53	45	17	27	10	1.80
22764518--22764759	24	10.0	24	91	3	369	30	21	20	28	1.98
22772825--22772863	20	2.0	20	94	0	69	35	15	20	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22772914--22773083	24	7.0	24	87	4	234	30	20	20	28	1.97
22772914--22773063	50	3.0	50	90	2	241	32	20	18	29	1.96
22772914--22773083	74	2.3	72	85	5	234	30	20	20	28	1.97
22779927--22779990	30	2.2	29	94	2	110	34	21	17	26	1.95
22783284--22783315	15	2.1	15	94	0	55	18	28	21	31	1.97
22792587--22792659	34	2.1	34	82	2	83	39	15	9	35	1.80
22799201--22799335	50	2.7	49	85	8	168	25	20	30	22	1.99
22806406--22806564	47	3.4	47	93	0	255	28	31	7	32	1.85
22806481--22806556	22	3.3	22	64	10	62	28	31	10	28	1.90
22810206--22810384	47	3.8	47	81	3	189	25	29	18	26	1.98
22810304--22810432	50	2.6	50	79	8	138	26	31	17	24	1.97
22810355--22810519	46	3.5	46	79	9	149	25	31	15	27	1.95
22813289--22813346	23	2.6	23	86	2	82	41	20	15	22	1.90
22820159--22820253	40	2.4	40	94	0	163	29	28	20	22	1.98
22824637--22825745	49	22.9	49	95	2	1981	34	7	28	30	1.84
22825919--22825997	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
22828592--22828666	27	2.7	27	87	6	98	26	16	30	26	1.96
22829256--22829371	27	4.3	27	86	2	144	36	10	23	30	1.88
22829427--22829625	53	3.7	53	80	0	191	43	11	19	25	1.84
22829471--22829562	27	3.5	26	82	4	112	44	11	19	23	1.84
22831297--22831404	54	2.0	53	92	1	180	20	16	26	35	1.94
22834387--22834514	27	4.7	27	89	3	161	42	24	9	24	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22834442--22834835	27	14.6	27	85	1	450	36	18	19	25	1.94
22834442--22834852	54	7.6	54	88	1	549	36	18	19	26	1.95
22835188--22835239	22	2.4	22	80	0	59	23	25	21	30	1.99
22835396--22835531	27	5.0	28	75	11	115	18	22	21	37	1.94
22835396--22835529	55	2.5	53	80	4	133	18	23	20	38	1.94
22835649--22835754	6	17.3	6	74	14	83	19	16	14	50	1.79
22835643--22835745	43	2.4	43	83	0	134	21	17	12	48	1.80
22847109--22847259	43	3.5	42	77	9	171	31	23	15	30	1.95
22848728--22848794	35	1.9	35	84	0	89	34	17	17	29	1.94
22851485--22851602	40	3.0	40	87	3	150	22	29	15	33	1.94
22851586--22851623	19	2.0	19	100	0	76	26	21	15	36	1.93
22869572--22869958	100	3.9	100	90	2	476	27	26	19	26	1.99
22869572--22869958	150	2.6	149	91	1	603	27	26	19	26	1.99
22884197--22884260	30	2.2	29	91	2	101	35	21	17	25	1.95
22890269--22890321	27	2.0	27	96	0	97	32	18	15	33	1.92
22892594--22892659	29	2.3	29	89	5	98	27	30	13	28	1.94
22892481--22892808	174	1.9	174	95	0	593	30	24	14	29	1.95
22892761--22892839	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
22895902--22895961	28	2.2	26	80	11	75	26	25	11	36	1.90
22895916--22895983	28	2.4	28	92	0	109	27	25	14	32	1.95
22897944--22898041	22	4.5	22	72	10	67	44	18	19	17	1.87
22898180--22898243	22	2.9	22	76	0	74	35	20	23	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22898606--22898692	27	3.2	26	91	3	129	31	12	19	36	1.89
22901431--22901498	22	3.1	22	75	12	68	42	14	25	17	1.87
22901592--22901646	22	2.5	22	78	0	74	36	21	21	20	1.95
22902000--22902076	27	2.9	27	94	0	127	31	11	16	40	1.85
22902029--22902107	26	3.0	26	85	5	88	29	8	21	40	1.83
22902605--22902658	27	2.0	27	100	0	108	14	33	18	33	1.92
22904784--22904831	13	3.7	13	82	0	60	37	20	2	39	1.65
22917594--22917648	26	2.1	26	100	0	110	30	7	29	32	1.84
22920768--22920939	67	2.7	64	76	6	175	29	16	29	24	1.97
22926290--22926763	47	10.1	47	79	10	427	31	10	30	27	1.91
22926319--22926842	280	1.9	280	98	0	1012	30	10	30	27	1.91
22926971--22927851	37	23.8	37	99	0	1699	24	18	32	24	1.97
22930399--22930437	21	1.9	20	89	5	60	43	0	25	30	1.55
22932394--22932432	19	2.1	18	85	9	51	35	12	5	46	1.65
22937963--22938219	47	5.4	47	89	3	365	33	9	30	26	1.88
22938070--22938191	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
22941686--22941745	27	2.2	27	82	5	68	28	11	23	36	1.90
22943248--22943603	46	7.7	46	76	11	307	29	26	19	24	1.98
22943248--22943612	138	2.6	138	90	3	556	29	26	19	24	1.98
22952851--22953058	104	2.0	104	96	0	380	32	31	11	25	1.90
22955012--22955064	26	2.0	26	82	7	63	20	15	20	43	1.88
22964157--22964262	24	4.4	24	86	1	122	20	37	3	37	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22964169--22964262	12	7.8	12	67	9	57	23	37	2	37	1.67
22968607--22968716	38	2.8	39	78	5	98	38	9	9	43	1.68
22968682--22968764	38	2.1	38	82	4	94	31	10	12	45	1.76
22969903--22969959	27	2.0	27	86	13	78	64	3	10	21	1.39
22974255--22974392	48	2.9	47	83	6	161	36	25	20	18	1.95
22974968--22974999	16	2.0	16	93	0	55	9	25	40	25	1.85
22976129--22976280	42	3.6	43	77	10	152	30	25	13	30	1.94
22986460--22986673	40	5.4	40	83	6	242	25	27	22	23	2.00
22987821--22987854	18	1.9	17	94	5	59	82	0	0	17	0.67
22987821--22987850	13	2.2	14	94	5	53	80	0	0	20	0.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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