genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9792550--9792733	62	3.0	61	86	8	234	51	8	4	35	1.53
9793088--9793129	18	2.3	18	87	0	57	45	7	26	21	1.77
9793583--9793625	23	2.0	21	86	9	59	32	13	11	41	1.81
9795311--9795419	53	2.0	54	84	5	141	56	6	11	24	1.58
9797236--9797272	16	2.4	16	95	4	67	32	10	13	43	1.79
9800850--9800906	18	3.2	18	94	0	96	29	17	26	26	1.97
9808944--9808969	13	2.0	13	100	0	52	30	7	23	38	1.83
9814408--9814586	60	3.0	59	94	3	313	55	8	3	32	1.47
9817159--9817217	17	3.5	17	79	4	66	59	1	6	32	1.34
9817325--9817370	23	2.1	22	84	8	58	60	0	2	36	1.09
9819766--9819790	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
9826285--9826313	6	5.0	6	91	8	51	86	13	0	0	0.58
9826285--9826322	15	2.5	15	83	16	51	84	15	0	0	0.63
9826285--9826313	11	2.5	12	94	5	51	86	13	0	0	0.58
9828086--9828132	23	2.0	23	95	0	85	31	4	19	44	1.70
9828944--9829014	25	2.9	24	83	12	90	15	30	21	32	1.94
9832269--9832361	40	2.3	40	83	1	116	13	17	29	39	1.88
9836557--9836694	71	1.9	71	98	0	267	55	5	9	30	1.54
9848719--9848756	17	2.2	18	90	4	60	63	2	5	28	1.30
9864842--9864999	69	2.3	69	87	2	219	25	20	24	29	1.99
9864988--9865183	69	2.9	69	85	2	198	20	21	23	33	1.97
9865017--9865286	69	3.9	69	82	2	292	19	21	25	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9865017--9865286	138	2.0	137	83	2	344	19	21	25	33	1.97
9865069--9865331	138	1.9	138	82	1	330	19	20	26	33	1.96
9865305--9865364	30	2.0	30	100	0	120	20	20	33	26	1.97
9865345--9865539	69	2.8	68	82	7	225	18	20	25	35	1.95
9865111--9865548	237	1.8	237	80	1	529	19	20	25	34	1.96
9865880--9865930	14	3.8	14	71	10	52	31	0	9	58	1.30
9865870--9865937	26	2.6	26	85	2	82	32	1	10	55	1.42
9866368--9866830	138	3.4	137	79	4	443	22	19	22	36	1.95
9866368--9866810	69	6.4	68	73	8	281	23	19	21	35	1.96
9878744--9878800	29	1.9	30	85	7	80	43	1	17	36	1.60
9880990--9881043	27	2.0	27	85	7	74	44	22	16	16	1.86
9887286--9887320	16	2.2	16	89	0	52	11	5	5	77	1.12
9905647--9905917	39	6.6	40	81	11	309	29	28	21	21	1.98
9905807--9905831	12	2.1	12	100	0	50	16	36	24	24	1.94
9905731--9905909	90	2.0	90	94	0	313	27	29	21	20	1.98
9908419--9908455	16	2.3	16	90	0	56	37	5	21	35	1.77
9910379--9910452	37	2.0	37	100	0	148	32	27	13	27	1.94
9919518--9919568	25	2.0	25	92	0	84	37	17	5	39	1.74
9924190--9924240	25	2.0	25	92	0	84	37	17	5	39	1.74
9945159--9945185	7	3.9	7	100	0	54	14	14	11	59	1.62
9949659--9949804	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
9949768--9950036	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9949811--9950030	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
9949768--9950036	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
9953162--9953365	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
9953246--9953364	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
9953255--9953345	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
9954618--9954763	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
9954727--9954995	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
9954770--9954989	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
9954727--9954995	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
9961329--9961379	14	3.6	14	77	15	52	41	15	1	41	1.58
9961369--9961407	20	1.9	21	85	15	55	48	28	0	23	1.51
9962866--9962899	16	2.1	17	88	5	52	47	5	2	44	1.42
9963936--9964000	31	2.1	32	85	8	89	58	6	0	35	1.23
9964118--9964174	26	2.2	26	96	3	107	61	0	21	17	1.35
9967758--9967788	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
9970319--9970375	22	2.6	22	77	0	60	43	1	1	52	1.21
9970340--9970388	22	2.4	22	83	10	68	40	0	0	59	0.98
9970494--9970571	17	4.7	17	67	12	54	44	1	1	52	1.17
9970538--9970585	17	2.9	16	75	9	51	50	0	2	47	1.12
9972648--9972722	18	4.4	17	71	25	52	57	4	6	32	1.43
9974083--9974132	26	1.9	26	87	0	73	64	2	12	22	1.37
9975981--9976053	38	1.9	38	84	13	98	39	9	15	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9986436--9986474	4	9.8	4	82	0	51	30	2	20	46	1.64
9991421--9991456	3	12.0	3	93	0	63	36	0	63	0	0.94
9999542--9999628	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
9999999--10000056	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
10001334--10001389	5	10.6	5	81	11	67	57	3	0	39	1.16
10001333--10001386	12	4.3	12	80	17	65	55	3	0	40	1.17
10001482--10001522	21	1.9	22	85	5	57	53	4	0	41	1.22
10001692--10001738	19	2.3	22	79	17	57	38	12	4	44	1.62
10003106--10003153	25	1.9	26	87	8	73	50	0	0	50	1.00
10003103--10003160	24	2.4	25	80	13	68	44	1	0	53	1.10
10005042--10005081	14	2.9	14	88	0	62	60	17	0	22	1.37
10007186--10007216	16	1.9	16	100	0	62	83	3	6	6	0.88
10010683--10010837	39	4.1	39	87	4	201	8	42	35	13	1.75
10010814--10010891	9	8.7	9	75	10	70	3	50	28	17	1.64
10010817--10010885	18	3.8	18	77	7	86	2	50	28	17	1.60
10010814--10010896	36	2.3	36	87	2	121	4	50	26	18	1.66
10010814--10010891	27	2.9	26	83	11	79	3	50	28	17	1.64
10012526--10012557	15	2.1	16	88	11	50	50	0	0	50	1.00
10017513--10017537	13	1.9	13	100	0	50	32	32	8	28	1.86
10023137--10023193	21	2.8	20	77	15	55	66	0	0	33	0.92
10029289--10029335	22	2.2	21	88	3	67	65	0	4	29	1.11
10029436--10029468	15	2.1	16	88	5	50	57	6	12	24	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10029889--10029982	49	2.0	49	89	4	147	44	3	6	45	1.45
10037096--10037128	16	2.0	17	88	5	50	33	0	3	63	1.10
10037461--10037504	9	5.2	8	87	12	54	27	0	2	70	0.99
10037440--10037505	8	7.4	9	75	18	59	34	0	1	63	1.04
10038060--10038140	42	1.9	42	100	0	162	29	28	12	29	1.93
10042505--10042550	13	3.5	13	80	11	58	15	8	8	67	1.41
10043860--10043988	31	4.3	30	82	8	147	44	3	20	31	1.69
10043919--10043975	17	3.6	17	67	23	52	43	1	19	35	1.61
10047198--10047278	41	2.0	41	95	0	144	24	20	12	41	1.87
10048056--10048103	24	2.0	24	100	0	96	25	4	29	41	1.74
10052021--10052088	9	7.6	9	85	6	84	42	16	11	29	1.83
10052107--10052170	6	10.2	6	74	15	58	23	1	1	73	1.01
10052172--10052215	13	3.6	13	82	17	58	9	2	47	40	1.48
10053720--10053765	19	2.3	20	92	3	76	26	10	15	47	1.78
10053846--10053885	20	2.0	20	100	0	80	50	0	0	50	1.00
10053841--10053885	20	2.4	18	85	7	54	46	2	0	51	1.13
10058547--10058776	46	5.0	46	96	0	397	22	23	15	38	1.92
10059002--10059036	18	1.9	18	88	0	52	25	11	42	20	1.85
10060491--10060727	118	2.0	118	97	0	447	33	19	1	45	1.61
10073824--10073878	27	2.0	27	83	13	69	47	1	29	21	1.61
10076307--10076339	14	2.4	14	100	0	66	12	30	9	48	1.71
10076349--10076654	154	2.0	154	99	0	603	30	17	8	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10083386--10083484	33	3.0	33	93	0	171	31	41	10	17	1.82
10085661--10085810	49	3.1	49	100	0	300	30	12	18	38	1.88
10095305--10095520	49	4.5	49	77	5	169	27	27	18	26	1.98
10095303--10095520	98	2.3	91	81	6	229	27	27	17	26	1.98
10095497--10095657	46	3.5	46	81	1	151	22	29	19	27	1.98
10095537--10095657	46	2.6	46	85	6	156	22	28	20	28	1.99
10096970--10097005	14	2.5	15	86	4	56	0	30	0	69	0.89
10098262--10098295	15	2.2	15	89	5	50	61	0	0	38	0.96
10099047--10099098	24	2.1	26	85	7	72	40	3	5	50	1.45
10099491--10099520	13	2.3	13	94	0	51	20	0	0	80	0.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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