genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.300.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99681124--99681180	25	2.3	23	80	14	60	50	5	0	43	1.24
99681133--99681183	25	2.0	24	85	7	66	50	3	0	45	1.20
99682690--99682718	6	4.8	6	100	0	58	65	0	0	34	0.93
99684420--99684474	23	2.3	24	84	3	67	49	0	1	49	1.11
99684950--99684994	7	6.4	7	90	7	65	73	0	0	26	0.84
99688723--99688754	17	1.9	17	93	6	57	43	0	37	18	1.51
99690627--99690681	20	2.8	21	88	5	71	43	18	29	9	1.80
99700399--99700444	18	2.6	18	93	3	76	34	13	23	28	1.92
99705244--99705342	28	3.5	28	88	0	144	26	34	15	24	1.94
99705565--99705595	16	1.9	16	100	0	62	9	25	19	45	1.81
99705854--99705893	21	1.9	21	84	0	53	37	25	7	30	1.83
99728813--99728996	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
99728813--99728993	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
99733375--99733411	17	2.2	17	100	0	74	48	27	0	24	1.51
99734872--99734901	14	2.1	15	93	6	53	56	0	43	0	0.99
99735013--99735045	17	1.9	17	93	0	57	21	12	9	57	1.62
99743238--99743484	42	5.7	42	80	10	230	28	17	25	28	1.97
99748245--99748396	40	3.9	39	81	7	191	25	23	27	24	2.00
99750038--99750116	37	2.1	37	88	0	113	25	31	18	24	1.98
99750235--99750402	47	3.6	47	89	1	248	27	31	8	32	1.87
99750626--99750767	40	3.6	40	79	9	139	26	27	21	24	1.99
99768178--99768335	39	4.0	40	88	6	211	26	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99774045--99774143	48	2.1	48	92	0	162	34	18	10	37	1.84
99791218--99791327	19	5.9	18	68	19	66	50	3	2	43	1.34
99796104--99796129	9	2.9	9	100	0	52	34	0	34	30	1.58
99800829--99800887	29	2.0	31	80	12	70	37	0	16	45	1.48
99802557--99802625	26	2.6	27	83	4	77	24	13	30	31	1.93
99805061--99805109	17	3.1	17	75	19	52	40	0	22	36	1.54
99808309--99808400	48	1.9	48	86	4	132	14	20	15	50	1.78
99819195--99819267	24	3.0	25	84	5	80	38	0	1	60	1.06
99823475--99823751	138	2.0	138	99	0	545	28	15	19	36	1.92
99827958--99827987	7	4.3	7	100	0	60	13	60	0	26	1.34
99829022--99829051	15	2.0	15	93	0	51	30	3	6	60	1.39
99838183--99838261	18	4.3	18	76	12	72	78	1	17	2	0.93
99839170--99839793	44	14.2	44	69	12	277	32	18	21	27	1.97
99839162--99839405	132	1.8	132	90	0	389	31	19	20	27	1.97
99839148--99839436	132	2.2	132	82	7	388	34	18	20	25	1.96
99839387--99839788	132	3.1	132	91	0	626	33	17	22	27	1.96
99839170--99839780	220	2.8	219	81	5	551	33	18	21	27	1.96
99839299--99839780	88	5.5	87	76	7	345	33	17	21	27	1.96
99839768--99840006	44	5.4	44	73	14	188	28	15	26	28	1.96
99839778--99840072	131	2.3	131	90	1	475	27	15	25	30	1.96
99841591--99841676	12	6.8	12	73	20	59	31	5	1	61	1.27
99841899--99841956	18	2.8	21	77	15	59	41	5	0	53	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99843403--99843524	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
99845410--99845467	27	2.3	26	79	8	66	0	41	1	56	1.09
99846073--99846109	7	5.1	7	96	3	65	54	0	0	45	1.00
99846438--99846479	21	2.0	21	90	0	66	33	47	0	19	1.49
99846446--99846486	14	2.9	14	92	0	55	34	46	0	19	1.50
99846474--99846527	22	2.5	22	80	14	67	42	31	1	24	1.65
99846492--99846522	15	2.1	15	93	0	53	41	38	0	19	1.51
99846532--99846577	21	2.2	21	88	0	65	45	28	0	26	1.54
99846676--99846737	22	2.9	20	79	11	52	43	30	3	22	1.69
99846701--99846751	14	3.6	14	75	2	57	47	31	5	15	1.70
99846697--99846737	21	2.0	21	85	0	55	46	31	4	17	1.69
99846729--99846803	21	3.4	21	78	10	62	37	41	4	17	1.68
99846758--99846817	25	2.4	26	81	15	74	36	45	1	16	1.58
99847196--99847345	79	1.9	81	84	2	205	27	20	20	31	1.98
99849427--99849480	22	2.5	22	73	11	56	22	25	20	31	1.98
99850626--99850657	10	3.2	10	95	0	55	50	0	21	28	1.49
99852372--99852469	27	3.7	27	82	8	103	32	17	20	29	1.95
99852451--99852798	27	12.9	27	79	7	215	39	18	10	32	1.84
99853057--99853181	41	3.0	41	90	0	205	22	22	28	27	1.99
99855285--99855315	16	2.0	16	93	6	55	80	0	0	19	0.71
99855285--99855315	5	6.0	5	92	7	53	80	0	0	19	0.71
99857614--99857692	39	2.0	39	92	0	131	45	8	21	24	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99858946--99859118	6	28.8	6	76	15	171	50	14	14	20	1.78
99858946--99859108	30	5.4	30	92	1	256	50	14	14	20	1.78
99862523--99862631	6	18.0	6	78	12	116	47	14	17	20	1.82
99862774--99862839	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
99862774--99862847	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
99862798--99862855	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
99864029--99864107	39	2.0	39	92	0	131	45	8	21	24	1.80
99872881--99872911	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
99872878--99872917	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
99873103--99873357	55	4.8	53	80	9	245	21	25	17	36	1.95
99873150--99873350	108	1.8	110	90	4	327	22	25	17	34	1.96
99895181--99895238	21	2.8	21	75	15	57	37	13	17	31	1.89
99895287--99895358	25	2.9	25	95	0	126	27	27	23	20	1.99
99897908--99898032	62	2.0	62	92	0	205	32	20	15	32	1.93
99902566--99902624	30	2.0	29	84	15	77	59	6	13	20	1.57
99903491--99903568	38	2.1	38	92	0	129	16	30	0	52	1.44
99904795--99904841	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
99921208--99921260	14	3.7	14	79	20	65	22	22	11	43	1.85
99921167--99921738	286	2.0	289	97	1	1078	35	14	22	27	1.93
99922643--99922672	8	3.8	8	100	0	60	90	0	0	10	0.47
99924144--99924228	7	12.0	7	76	15	61	77	0	20	2	0.88
99924153--99924210	5	9.8	6	74	22	52	79	0	18	1	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99924162--99924232	16	4.3	16	79	12	65	76	0	21	2	0.92
99925107--99925752	44	14.7	44	70	11	342	32	17	23	27	1.96
99925121--99925371	132	1.9	132	90	1	405	30	17	23	28	1.97
99925107--99925388	132	2.1	132	84	7	401	33	17	23	26	1.96
99925346--99925747	132	3.1	132	90	0	626	32	16	23	27	1.96
99925126--99925607	220	2.2	219	89	1	743	32	17	23	26	1.97
99925727--99925819	44	2.1	44	86	4	125	32	12	27	26	1.93
99925737--99926046	131	2.4	130	88	1	467	30	15	23	30	1.96
99927508--99927593	12	6.8	12	73	20	59	31	5	1	61	1.27
99927816--99927873	18	2.8	21	77	15	59	41	5	0	53	1.23
99929314--99929433	48	2.5	48	84	5	147	26	22	15	35	1.93
99931917--99931986	3	23.0	3	82	8	61	0	42	1	55	1.08
99932918--99932951	7	4.9	7	85	0	50	32	50	0	17	1.47
99932910--99932951	21	2.0	21	90	0	66	33	47	0	19	1.49
99932918--99932956	14	2.8	14	92	0	51	35	43	0	20	1.52
99932964--99932994	15	2.1	15	93	0	53	41	38	0	19	1.51
99933148--99933204	22	2.7	20	81	8	51	45	29	1	22	1.63
99933148--99933223	14	5.3	14	74	3	53	44	30	3	21	1.70
99933201--99933275	21	3.4	21	78	10	62	37	41	4	17	1.68
99933230--99933289	25	2.4	26	81	15	74	36	45	1	16	1.58
99933630--99933780	80	1.9	80	83	6	198	27	20	21	30	1.98
99935190--99935856	334	2.0	334	98	0	1289	28	11	28	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99936263--99936342	41	2.0	40	87	2	115	25	22	30	22	1.99
99936428--99936481	22	2.5	22	73	11	56	22	25	20	31	1.98
99940496--99940802	40	7.7	40	95	0	551	29	20	27	22	1.98
99949294--99949647	40	8.9	40	95	0	591	31	19	26	22	1.98
99952981--99953087	27	4.0	27	82	2	135	29	18	22	28	1.97
99953258--99953387	55	2.4	55	85	6	167	42	19	10	28	1.83
99953072--99953392	27	11.9	26	76	10	168	38	17	9	33	1.83
99953652--99953776	41	3.0	41	89	0	205	22	22	28	27	1.99
99955880--99955910	16	2.0	16	93	6	55	80	0	0	19	0.71
99955880--99955910	5	6.0	5	92	7	53	80	0	0	19	0.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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