genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  249  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82717200--82717316	58	2.0	58	96	0	216	38	6	20	34	1.79
82724560--82724624	22	3.2	22	67	24	61	27	4	13	53	1.59
82724561--82724636	38	2.0	38	92	0	125	26	3	10	59	1.48
82727312--82727349	8	4.9	8	83	6	51	57	0	18	23	1.40
82727312--82727349	15	2.4	16	95	4	69	57	0	18	23	1.40
82732510--82732727	109	2.0	109	99	0	427	38	7	14	39	1.74
82734562--82734737	56	3.1	56	99	0	343	45	9	22	22	1.80
82734562--82734776	112	1.9	111	81	8	258	49	8	21	20	1.74
82740414--82740530	56	2.1	56	98	0	225	44	8	23	23	1.81
82741663--82741847	40	4.7	40	80	7	191	24	22	27	25	2.00
82741716--82741880	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
82744460--82744690	97	2.4	97	82	0	275	35	14	21	29	1.93
82744460--82744690	48	4.8	48	79	1	228	35	14	21	29	1.93
82744726--82744764	17	2.3	17	100	0	78	43	20	12	23	1.86
82757508--82757582	15	5.0	15	80	11	75	10	14	16	58	1.62
82761482--82761600	60	2.0	60	96	0	220	27	12	14	45	1.81
82762125--82762181	6	9.7	6	78	3	53	71	3	5	19	1.19
82789900--82789987	27	3.3	26	79	6	77	40	15	9	34	1.79
82789969--82790004	18	2.0	18	88	0	54	52	19	2	25	1.59
82790001--82790211	27	7.8	27	83	2	226	28	25	7	38	1.83
82790001--82790211	81	2.6	81	84	3	264	28	25	7	38	1.83
82790136--82790412	27	10.2	27	78	8	134	37	20	8	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82790136--82790329	54	3.6	53	80	6	151	36	21	7	34	1.82
82790163--82790357	81	2.4	80	77	8	187	37	20	8	33	1.82
82790190--82790412	54	4.1	53	78	8	191	39	19	8	31	1.82
82790205--82790359	81	1.9	81	83	7	199	40	19	9	31	1.83
82790203--82790420	27	8.0	27	77	9	165	39	18	9	32	1.83
82790460--82790537	27	2.9	27	74	11	79	35	20	20	23	1.96
82791697--82791744	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
82791783--82791839	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
82791781--82791851	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
82791792--82791846	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
82791898--82792041	25	5.9	25	94	2	240	27	20	23	28	1.99
82795863--82795891	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
82807845--82808021	46	3.9	43	72	14	140	24	18	28	29	1.98
82807842--82808013	93	1.8	93	85	4	240	23	18	29	28	1.98
82825424--82826292	438	2.0	432	95	1	1567	37	14	18	29	1.90
82826612--82826650	21	1.9	20	89	5	60	64	10	2	23	1.37
82827684--82827751	34	2.0	34	97	0	127	19	32	33	14	1.92
82827810--82827854	22	2.0	22	82	0	54	28	0	2	68	1.01
82832662--82832785	46	2.6	48	84	3	153	29	18	28	24	1.98
82832710--82832882	49	3.6	49	78	5	154	28	19	27	23	1.98
82845858--82845935	38	2.1	38	95	0	138	16	16	25	41	1.89
82852564--82852653	46	2.0	46	93	0	153	53	11	12	23	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82861497--82861544	20	2.4	20	85	0	60	35	12	25	27	1.92
82877210--82877393	101	1.8	101	88	4	282	28	14	26	30	1.95
82881465--82881564	40	2.5	40	90	3	157	26	15	23	36	1.93
82884955--82885006	10	5.1	10	77	11	52	40	1	1	55	1.22
82884918--82884977	28	2.2	28	82	8	70	45	5	1	48	1.34
82887768--82887925	43	3.7	43	75	6	126	25	20	27	27	1.99
82887762--82887886	42	3.0	40	78	10	108	25	20	26	28	1.99
82887767--82887925	85	1.9	85	81	5	196	25	20	27	27	1.99
82893218--82893365	41	3.6	41	87	3	201	26	16	26	31	1.96
82897149--82897196	25	1.9	25	95	0	87	47	8	6	37	1.59
82898657--82898708	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
82906925--82906949	12	2.1	12	100	0	50	48	0	8	44	1.32
82910427--82910513	27	3.2	27	82	6	113	37	18	18	25	1.93
82921336--82921390	28	2.0	28	88	0	83	25	25	25	23	2.00
82922663--82922766	45	2.3	44	85	1	136	31	15	20	32	1.93
82922689--82922787	44	2.2	45	81	1	110	30	17	18	34	1.94
82931577--82931621	22	2.0	22	100	0	90	37	13	22	26	1.91
82933458--82933488	13	2.5	13	94	5	55	29	0	16	54	1.42
82935244--82935304	32	1.9	31	89	0	86	37	9	24	26	1.86
82936974--82937035	27	2.3	28	78	13	67	35	17	17	29	1.93
82938106--82938135	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
82945124--82945159	19	1.9	19	88	5	56	19	11	8	61	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82945376--82945486	40	2.8	40	88	0	159	20	22	30	26	1.98
82945650--82945704	25	2.2	25	90	6	85	27	12	32	27	1.93
82946961--82947174	107	2.0	107	99	0	419	42	11	9	35	1.74
82947911--82948061	27	5.6	27	81	4	169	27	15	28	29	1.96
82947912--82948061	82	1.8	81	88	4	230	26	15	28	29	1.96
82947911--82948061	55	2.8	53	81	4	167	27	15	28	29	1.96
82953517--82953919	200	2.0	200	99	0	788	30	15	25	28	1.96
82956140--82956317	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
82956141--82956296	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
82956137--82956317	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
82961890--82961923	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
82961873--82961932	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
82962861--82962913	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
82967908--82967962	15	3.8	15	85	2	69	1	21	1	74	1.01
82969980--82970013	11	3.2	11	87	8	52	0	11	0	88	0.52
82969980--82970012	10	3.2	10	95	4	57	0	12	0	87	0.53
82970006--82970040	17	2.1	17	88	0	52	28	5	5	60	1.43
82973620--82973666	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
82974072--82974119	20	2.4	20	77	16	55	29	12	35	22	1.91
82979391--82979448	12	4.8	12	81	8	73	15	8	0	75	1.02
82979391--82979446	13	4.5	13	82	13	73	14	7	0	78	0.95
82979383--82979435	23	2.4	22	84	6	79	9	9	0	81	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82979584--82979621	19	2.1	18	90	5	58	18	21	13	47	1.82
82982161--82982282	47	2.6	45	79	8	140	22	26	19	31	1.98
82986881--82987349	49	9.6	49	99	0	920	31	30	16	20	1.95
82994606--82994687	32	2.5	31	75	7	74	29	4	2	63	1.28
82996279--82996337	6	9.7	6	78	10	66	15	5	1	77	1.01
82996272--82996337	24	2.7	25	81	6	73	15	6	1	77	1.04
82998149--82998207	30	2.0	30	86	0	82	23	37	27	11	1.90
83000687--83000936	136	1.8	137	85	6	355	38	13	8	39	1.75
83001535--83001577	18	2.4	18	80	7	52	46	2	0	51	1.13
83001710--83001776	29	2.2	29	84	5	80	50	10	16	22	1.75
83011134--83011199	22	3.0	23	82	8	93	40	18	24	16	1.90
83013064--83013119	28	2.0	28	100	0	112	39	17	10	32	1.84
83013808--83013872	20	3.2	20	68	8	51	30	24	23	21	1.99
83013818--83013882	20	3.2	20	73	0	58	32	27	23	16	1.96
83022263--83022334	21	3.3	20	71	16	63	51	1	5	41	1.34
83022425--83022474	26	2.0	26	84	7	68	56	2	4	38	1.30
83023628--83023682	16	3.4	16	85	5	76	38	7	25	29	1.83
83023664--83023756	44	2.1	44	88	11	136	32	4	26	36	1.76
83031874--83031918	18	2.5	19	85	7	58	31	2	0	66	1.04
83031884--83031934	10	5.1	10	77	15	52	35	0	0	64	0.94
83032345--83032380	18	2.0	18	89	10	56	61	0	0	38	0.96
83033140--83033181	22	1.9	22	90	0	66	19	7	9	64	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83033847--83033880	17	2.0	17	100	0	68	23	0	11	64	1.26
83033993--83034025	17	1.9	17	93	0	57	27	0	18	54	1.44
83034699--83034773	37	2.0	38	84	7	100	38	40	5	16	1.71
83034953--83035001	22	2.2	22	85	3	62	12	2	28	57	1.46
83034944--83035021	23	3.3	24	78	10	81	8	1	28	61	1.34
83035350--83035395	3	15.7	3	78	13	51	28	2	0	69	1.00
83037101--83037186	3	29.3	3	73	19	60	29	3	1	66	1.16
83037101--83037190	18	4.7	18	77	13	83	30	3	1	65	1.16
83037392--83037448	17	3.1	19	78	14	66	31	0	7	61	1.23
83037530--83037559	12	2.5	12	94	0	51	46	6	0	46	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322