genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.308.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102265178--102265240	22	2.9	22	97	2	119	20	28	41	9	1.84
102266394--102266561	47	3.6	47	75	13	159	25	31	16	26	1.97
102268754--102268791	8	4.8	8	96	0	67	50	26	0	23	1.50
102269018--102269058	10	3.7	11	87	9	57	73	0	26	0	0.84
102269016--102269058	22	2.0	22	86	9	61	72	0	27	0	0.85
102277121--102277205	43	2.0	43	97	0	161	12	11	24	50	1.74
102277136--102277203	20	3.0	24	63	20	65	14	11	25	48	1.78
102277993--102278020	12	2.3	12	100	0	56	7	25	42	25	1.80
102279047--102279120	28	2.6	28	93	0	121	27	36	14	21	1.93
102279105--102279252	40	3.7	39	77	3	134	31	26	17	24	1.97
102282623--102282718	25	3.8	25	81	4	113	26	19	28	26	1.99
102286008--102286399	99	4.0	99	98	0	757	34	17	15	33	1.91
102286744--102286814	33	2.2	33	94	0	124	28	28	18	25	1.98
102292601--102292625	13	1.9	13	100	0	50	28	48	16	8	1.74
102313273--102313448	40	4.4	40	96	0	316	21	22	27	28	1.99
102321216--102321341	40	3.2	40	84	3	157	23	21	27	27	1.99
102325386--102325492	40	2.7	40	88	2	144	26	15	24	33	1.95
102327567--102327608	22	1.9	22	90	0	66	4	14	14	66	1.40
102328518--102328568	26	2.0	26	96	0	93	25	23	7	43	1.81
102328519--102328574	26	2.2	26	90	0	85	26	25	7	41	1.81
102328808--102328895	41	2.1	41	95	0	158	31	29	11	27	1.91
102330358--102330384	12	2.2	12	100	0	54	7	14	33	44	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102331814--102331989	46	3.8	46	78	12	207	20	20	29	29	1.98
102331811--102331982	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
102334032--102334083	14	3.7	14	92	0	86	38	50	1	9	1.46
102341056--102341143	40	2.2	40	93	0	149	29	19	22	28	1.98
102341112--102341212	40	2.5	40	82	9	134	23	18	28	28	1.98
102342705--102342739	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
102342994--102343051	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
102343030--102343120	19	4.9	19	90	8	152	36	14	10	38	1.81
102343239--102343278	21	2.0	20	85	5	53	12	2	12	72	1.22
102348490--102348619	47	2.7	48	86	4	183	20	20	27	32	1.97
102349958--102350144	38	4.8	38	84	4	198	29	25	22	21	1.99
102349958--102350127	76	2.2	77	85	4	218	30	25	22	21	1.99
102359571--102359744	48	3.6	48	81	8	149	17	18	29	33	1.95
102359612--102359744	48	2.8	49	85	5	182	18	18	29	34	1.94
102366938--102366976	19	2.1	19	100	0	78	53	5	15	25	1.62
102366940--102366987	19	2.5	19	86	6	53	58	4	14	22	1.54
102368237--102368381	72	2.0	73	80	10	163	59	4	8	27	1.47
102368533--102368891	3	118.3	3	66	12	76	63	3	6	25	1.36
102368713--102368815	41	2.5	42	76	9	104	66	3	5	24	1.31
102368777--102368855	28	2.8	28	78	16	74	67	0	7	25	1.17
102369184--102369235	25	2.1	25	89	3	79	13	23	9	53	1.68
102369360--102369387	13	2.2	13	100	0	56	7	0	53	39	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102369793--102370071	91	3.1	91	87	2	409	30	19	15	34	1.93
102370074--102370259	45	4.2	44	78	8	196	25	22	17	33	1.96
102370175--102370289	45	2.6	45	86	8	137	25	26	19	28	1.98
102370189--102370603	178	2.3	177	80	4	433	26	25	17	30	1.97
102370421--102370805	135	2.9	132	80	6	406	25	25	18	30	1.98
102372073--102372115	17	2.5	17	75	14	52	9	4	2	83	0.87
102377172--102377322	51	3.0	51	92	0	257	39	10	21	27	1.87
102378138--102378946	46	17.6	46	82	3	977	42	14	23	19	1.88
102378196--102378271	24	3.2	25	63	21	63	44	17	22	15	1.86
102378128--102378946	92	8.9	92	96	0	1453	42	14	24	19	1.88
102378919--102378983	34	1.9	34	93	6	114	40	21	21	16	1.92
102397850--102397876	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
102403476--102403645	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
102415198--102415263	33	2.0	32	91	2	105	24	25	33	15	1.94
102416700--102416751	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
102420621--102420650	15	2.0	15	100	0	60	40	20	13	26	1.89
102425988--102426025	20	1.9	20	84	10	51	31	5	7	55	1.51
102428688--102428851	42	3.9	41	79	9	170	29	15	23	31	1.95
102432648--102432797	42	3.6	42	78	3	167	29	16	26	28	1.97
102434932--102435026	48	2.0	48	83	4	120	33	17	25	23	1.96
102455616--102455773	46	3.4	47	82	8	175	29	19	27	22	1.98
102455670--102455887	46	4.6	47	74	12	169	29	20	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102461774--102461866	28	3.3	28	93	3	152	34	26	7	31	1.84
102461972--102462033	27	2.2	29	82	5	74	19	25	24	30	1.98
102461990--102462044	29	1.9	28	85	3	74	23	23	20	32	1.98
102462497--102462535	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
102469646--102469738	28	3.3	28	90	3	143	34	27	7	30	1.85
102469844--102469904	28	2.2	27	85	2	77	14	24	26	34	1.94
102470368--102470406	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
102473903--102473929	13	2.1	13	100	0	54	14	40	7	37	1.74
102479958--102480117	42	3.8	42	84	4	205	29	15	26	29	1.96
102482379--102482431	27	2.0	27	96	0	97	39	20	16	22	1.92
102482637--102482677	19	2.3	18	87	8	57	24	41	24	9	1.85
102490402--102490449	20	2.4	19	70	10	51	35	14	27	22	1.93
102491315--102491367	22	2.4	22	96	0	97	15	35	28	20	1.93
102493118--102493156	15	2.6	15	88	8	53	10	10	20	58	1.59
102498560--102500012	509	2.9	509	97	0	2804	42	10	11	35	1.76
102500142--102500170	15	1.9	15	100	0	58	48	20	6	24	1.74
102504416--102504447	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
102505288--102505332	14	3.2	14	80	0	54	48	24	0	26	1.51
102505490--102505625	40	3.4	40	90	1	209	22	21	22	33	1.97
102509634--102509794	35	4.6	35	79	1	153	30	8	16	44	1.77
102513784--102513831	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
102513945--102514039	23	4.1	23	90	5	156	27	20	21	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102514254--102514317	31	2.1	31	87	0	92	39	14	23	23	1.91
102517624--102517694	36	2.0	36	91	0	115	28	15	25	30	1.96
102519511--102519579	27	2.6	27	85	0	102	42	20	10	27	1.84
102519562--102519938	27	14.0	27	75	8	205	39	17	9	32	1.82
102520065--102520109	20	2.2	20	84	7	56	22	6	31	40	1.80
102520194--102520359	41	4.0	41	82	6	210	22	21	28	27	1.99
102520200--102520360	82	2.0	82	91	0	259	22	21	28	27	1.99
102522334--102522384	23	2.4	22	81	12	61	17	5	25	50	1.68
102522553--102522590	15	2.5	15	100	0	76	21	15	34	28	1.94
102524696--102524858	40	4.1	40	82	7	181	23	28	23	23	1.99
102525426--102525465	21	1.9	21	85	10	55	37	17	5	40	1.72
102526868--102526945	27	2.9	27	82	0	102	35	16	19	28	1.93
102526930--102527003	26	2.8	27	85	4	96	37	20	10	31	1.87
102526938--102527303	27	13.6	27	78	4	220	40	19	9	30	1.84
102529734--102529892	35	4.5	35	76	3	167	30	8	17	43	1.79
102531302--102531333	16	2.0	16	100	0	64	31	6	18	43	1.75
102533319--102533658	27	12.6	27	99	0	671	29	15	25	29	1.95
102551426--102551579	28	5.5	28	94	0	229	31	28	12	26	1.93
102551426--102551604	56	3.2	56	87	1	252	32	28	12	26	1.93
102556206--102556469	40	6.7	40	87	5	342	25	21	26	26	1.99
102556206--102556502	119	2.5	118	80	9	320	26	20	26	25	1.99
102562803--102562933	66	2.0	66	98	0	253	26	27	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102567867--102568119	137	1.8	137	97	0	479	24	27	17	31	1.97
102573024--102573117	25	3.6	25	83	11	109	24	13	17	44	1.85
102573024--102573153	27	5.0	27	80	10	128	24	13	17	43	1.86
102573024--102573153	53	2.5	53	83	7	158	24	13	17	43	1.86
102589122--102589158	18	2.1	18	100	0	74	43	40	16	0	1.48
102591630--102591696	18	3.8	17	75	15	64	2	20	1	74	1.03
102591628--102591695	14	5.1	13	75	22	61	4	19	1	75	1.06
102599817--102599944	40	3.2	40	93	2	215	20	22	27	29	1.98
102605588--102605662	22	3.3	22	67	17	62	28	30	9	32	1.88
102605560--102606606	49	21.7	48	90	5	1285	31	30	5	33	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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