genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75524143--75524194	26	2.0	26	100	0	104	42	26	15	15	1.87
75525905--75526061	82	1.9	82	84	6	212	37	21	16	24	1.93
75525883--75526051	41	4.1	41	77	5	171	37	22	16	23	1.94
75526377--75526411	14	2.4	15	95	4	63	42	25	0	31	1.55
75526655--75526695	21	2.0	21	90	9	66	9	0	31	58	1.31
75526910--75526989	7	11.4	7	70	5	54	20	3	32	43	1.69
75526902--75526995	21	4.5	21	81	5	127	21	5	28	44	1.74
75527099--75527260	84	1.9	84	82	5	202	36	12	27	24	1.91
75527183--75527430	122	2.0	123	85	2	338	35	13	25	25	1.93
75530055--75530092	9	4.3	9	83	3	51	44	15	0	39	1.47
75530060--75530250	27	7.2	27	75	13	164	45	23	0	31	1.57
75530060--75530243	9	20.6	9	78	12	148	44	23	0	31	1.58
75532408--75532468	30	2.1	29	90	3	95	29	19	31	18	1.95
75535026--75535051	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
75539249--75539339	38	2.4	38	90	0	137	23	20	24	31	1.98
75541481--75541595	43	2.7	43	90	2	180	23	19	27	29	1.98
75541939--75541967	15	1.9	15	100	0	58	17	13	0	68	1.20
75544196--75544313	43	2.8	42	81	8	150	24	18	26	30	1.98
75547882--75547910	14	2.1	14	100	0	58	27	17	27	27	1.97
75560558--75560589	13	2.5	13	100	0	64	12	31	31	25	1.92
75572781--75572941	38	4.2	38	86	3	207	22	21	24	32	1.98
75572771--75572941	76	2.2	78	84	6	231	22	20	24	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75578726--75578883	43	3.7	42	79	10	160	24	16	27	32	1.96
75580361--75580413	6	8.7	6	80	12	63	49	15	18	16	1.80
75582122--75582243	43	2.9	42	81	7	156	31	23	15	29	1.95
75586393--75586422	15	1.9	16	93	6	53	53	13	10	23	1.69
75595833--75596088	40	6.4	40	88	4	333	25	28	23	23	1.99
75602553--75602620	30	2.3	30	84	5	84	47	5	19	27	1.72
75602882--75602906	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
75605018--75605197	46	3.9	46	89	1	236	40	14	24	21	1.90
75622325--75622395	35	2.0	35	97	0	133	16	29	23	29	1.97
75633821--75634006	41	4.6	41	87	3	243	25	26	23	24	2.00
75656104--75656152	24	2.0	25	88	4	73	20	22	22	34	1.97
75656589--75656621	16	2.0	17	88	5	50	48	0	15	36	1.45
75656577--75656621	15	2.8	17	77	12	51	46	0	15	37	1.46
75660963--75661209	124	2.0	124	99	0	485	37	14	20	27	1.92
75664090--75664612	40	13.1	40	96	0	859	25	22	27	23	2.00
75666661--75666844	40	4.7	40	83	8	218	25	22	27	25	2.00
75666661--75666844	79	2.3	81	83	10	229	25	22	27	25	2.00
75666713--75666877	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
75695299--75695351	21	2.5	21	84	6	72	16	33	33	15	1.90
75710953--75711013	31	2.0	30	83	3	77	29	22	8	39	1.83
75712398--75712470	36	2.0	36	97	0	137	35	21	6	35	1.81
75714600--75714683	40	2.1	40	97	0	159	28	30	9	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75719887--75719999	43	2.6	43	84	6	140	31	25	15	26	1.96
75720492--75720547	28	2.0	29	82	10	71	28	23	3	44	1.70
75737053--75737237	40	4.7	40	79	7	191	24	21	27	25	1.99
75737053--75737237	79	2.3	81	84	7	236	24	21	27	25	1.99
75737054--75737270	79	2.7	79	79	7	183	26	21	27	24	1.99
75740285--75740325	20	2.0	21	85	4	57	43	4	4	46	1.46
75746174--75746383	28	7.4	28	64	15	99	30	35	17	17	1.93
75746151--75746385	57	4.1	57	93	1	364	29	35	17	17	1.93
75746197--75746355	29	5.6	29	76	3	178	29	38	16	15	1.90
75747364--75747423	30	2.0	30	96	0	111	21	23	5	50	1.68
75752208--75752378	93	1.8	93	91	2	281	28	29	21	21	1.98
75752200--75752375	46	3.8	46	76	14	182	28	28	21	21	1.98
75760938--75761099	35	4.6	35	77	3	173	41	17	9	30	1.82
75768992--75769196	27	7.6	27	82	7	200	26	17	27	28	1.97
75770065--75770144	39	2.1	39	95	0	142	21	15	32	31	1.94
75775649--75775699	16	3.2	16	75	10	50	49	23	17	9	1.77
75780849--75781010	35	4.6	35	76	0	153	42	17	9	29	1.82
75782505--75782664	27	6.0	27	84	3	180	27	20	17	35	1.95
75782505--75782664	54	3.0	53	86	4	214	27	20	17	35	1.95
75782493--75782675	81	2.3	81	84	5	246	28	19	17	34	1.94
75808799--75808975	40	4.4	40	78	4	180	28	27	20	23	1.99
75814842--75814973	27	4.9	27	75	2	131	35	17	15	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75817408--75817532	28	4.5	28	89	3	173	25	14	28	31	1.95
75826527--75826604	24	3.2	24	90	0	111	21	25	15	37	1.93
75826646--75826699	24	2.3	24	80	3	65	18	24	20	37	1.94
75829627--75829677	27	2.0	26	84	7	68	21	19	17	41	1.91
75834018--75834045	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
75842836--75843110	69	4.0	69	99	0	532	44	18	9	28	1.80
75846653--75846790	40	3.5	40	88	3	181	23	27	23	26	2.00
75846686--75846794	40	2.7	40	91	5	184	23	27	22	25	2.00
75856095--75856282	40	4.7	40	95	0	331	30	20	27	21	1.98
75858616--75858743	40	3.2	39	90	3	177	25	27	22	25	2.00
75864522--75864697	46	3.8	46	79	12	207	19	20	30	29	1.97
75864521--75864690	93	1.8	93	94	0	304	20	20	30	28	1.98
75866313--75866375	33	1.9	33	100	0	126	30	6	12	50	1.65
75868289--75868323	15	2.3	15	100	0	70	11	34	0	54	1.37
75880302--75880380	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
75880499--75880589	47	1.9	47	79	0	101	25	32	9	31	1.89
75880554--75880624	35	2.0	35	97	0	133	32	26	5	35	1.80
75880514--75880767	82	2.9	83	82	11	303	28	30	8	31	1.87
75880589--75880790	47	4.3	47	95	2	359	30	28	7	33	1.86
75880591--75880790	96	2.1	94	95	1	355	30	28	8	33	1.86
75880756--75880825	35	2.0	35	94	0	122	28	28	11	31	1.92
75880499--75880827	178	1.9	174	83	8	423	28	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75882208--75882232	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
75887060--75887092	17	1.9	17	93	0	57	42	0	12	45	1.41
75889382--75889556	46	3.7	46	81	8	169	31	19	26	22	1.98
75889387--75889743	49	7.6	49	74	12	187	28	20	27	23	1.99
75892985--75893043	28	2.1	28	90	0	91	23	11	30	33	1.91
75895612--75895775	82	2.0	82	96	0	301	24	22	10	42	1.86
75895835--75895895	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
75895967--75896122	81	1.9	81	96	0	285	29	20	7	42	1.80
75910684--75910722	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
75910880--75910975	30	3.2	30	86	0	147	18	5	47	28	1.70
75914444--75914571	46	2.8	46	93	0	211	28	28	21	20	1.98
75917504--75917568	30	2.2	31	83	5	80	38	1	10	49	1.47
75917501--75917569	29	2.3	30	76	11	70	39	1	10	49	1.46
75925953--75926199	49	5.0	49	82	3	289	29	25	19	25	1.98
75929776--75929814	3	13.0	3	88	0	60	2	2	30	64	1.21
75937531--75937639	44	2.5	44	83	4	121	17	16	31	34	1.92
75937562--75937647	44	2.0	44	88	0	127	17	18	32	31	1.94
75941967--75942142	46	3.8	45	77	10	171	19	19	31	28	1.97
75953721--75953959	121	2.0	121	98	0	460	29	23	16	30	1.96
75953902--75954119	40	5.5	40	79	11	191	24	26	21	27	1.99
75953935--75954119	40	4.7	40	82	7	198	24	26	22	26	2.00
75953916--75954119	79	2.6	80	87	4	288	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75956022--75956450	40	10.7	40	99	0	840	19	29	20	30	1.97
75964819--75964967	40	3.7	40	95	0	262	20	28	20	29	1.98
75973336--75973684	40	8.7	40	95	0	617	21	28	20	30	1.98
75982053--75983041	40	24.7	40	99	0	1942	24	27	20	27	1.99
75985832--75986073	50	4.8	50	83	1	306	21	30	22	25	1.99
75986700--75986935	50	4.7	50	87	0	328	20	31	21	26	1.98
75990450--75990580	32	4.1	32	82	0	163	37	19	21	21	1.95
75990453--75990578	64	2.0	64	88	0	189	36	19	22	22	1.95
75990772--75990835	24	2.7	23	83	11	67	42	18	12	26	1.86
75990772--75990847	25	3.0	26	86	7	95	38	21	15	25	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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