Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  104  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
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73
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13
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0
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0
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Indices
Period
Size
Copy
Number
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Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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0
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60
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205
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233
26
15
28
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1.96
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2.2
81
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2
229
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1.96
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24
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1
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2.3
19
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2.3
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28
17
8
44
1.79
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17.8
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21
28
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1.8
83
83
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200
30
18
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1.97
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20
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12
298
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17
20
28
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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1.42
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28
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1.41
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1.9
102
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5
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25
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31
1.98
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12
2.1
12
100
0
50
48
8
0
44
1.32
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
34030285--34030318
17
2.0
17
88
0
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38
5
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44
1.65
34031117--34031195
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2.5
31
100
0
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26
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27
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195
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20
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2.0
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93
26
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23
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1.76
34032750--34032852
27
3.9
27
85
1
136
41
8
19
30
1.81
34032724--34032879
54
2.9
54
79
0
152
37
8
19
33
1.84
34034223--34034250
13
2.2
13
100
0
56
46
0
7
46
1.30
34034541--34034579
17
2.3
17
86
8
53
23
2
5
69
1.21
34038893--34039057
48
3.5
48
76
6
174
24
25
18
30
1.98
34038906--34039106
94
2.1
93
82
7
246
23
25
18
32
1.97
34043740--34044111
126
3.0
124
86
3
494
28
16
16
38
1.90
34044170--34044293
35
3.8
30
73
14
86
40
18
1
39
1.60
34045243--34045366
35
3.8
30
73
14
86
40
18
1
39
1.60
34050372--34050413
17
2.5
17
96
0
75
30
0
28
40
1.57
34052303--34053069
138
5.7
137
76
7
552
30
24
17
27
1.97
34052726--34052938
70
3.1
68
64
13
155
29
25
18
26
1.98
34052393--34052872
262
1.8
262
84
1
658
30
25
16
27
1.97
34052328--34053060
400
1.8
400
80
2
891
30
24
17
27
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
34053220--34053345
17
7.4
16
72
13
83
35
13
14
36
1.85
34059566--34059609
16
2.8
15
80
10
52
59
0
0
40
0.98
34063764--34063856
46
2.0
46
95
0
168
21
8
9
60
1.55
34063764--34063836
25
3.1
25
63
15
64
20
10
10
57
1.63
34064900--34064950
19
2.9
17
80
11
57
39
19
5
35
1.76
34070012--34070056
23
2.0
23
91
4
74
46
17
4
31
1.68
34070009--34070066
22
2.6
22
86
7
82
43
18
3
34
1.68
34070022--34070079
19
2.8
20
84
10
64
39
17
6
36
1.76
34085980--34086035
8
7.2
8
86
8
80
33
0
1
64
1.04
34085986--34086035
15
3.3
15
94
2
82
30
0
2
68
1.01
34085980--34086035
23
2.4
23
91
5
87
33
0
1
64
1.04
34086442--34086484
21
2.0
21
86
8
61
44
32
2
20
1.65
34086525--34086584
14
4.2
15
79
8
63
23
0
23
53
1.46
34086525--34086564
15
2.7
15
88
3
55
27
0
20
52
1.46
34086538--34086635
36
2.7
35
79
3
88
24
2
24
48
1.61
34086610--34086822
66
3.4
66
63
19
182
23
2
28
45
1.67
34087288--34087520
40
5.9
41
73
8
185
34
24
17
24
1.96
34087304--34087495
77
2.4
80
85
3
255
33
24
18
23
1.96
34087525--34087622
41
2.4
42
85
3
135
19
17
23
39
1.92
34091234--34091263
14
2.1
14
93
0
51
43
10
0
46
1.37
34091410--34091447
20
1.9
20
88
0
58
57
10
2
28
1.45
34097910--34098049
70
2.0
70
98
0
271
44
8
15
32
1.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
34100894--34101063
41
4.2
40
73
18
152
27
27
22
22
1.99
34108550--34108609
18
3.2
18
81
13
68
60
0
3
36
1.14
34108551--34108615
22
3.3
20
81
12
64
60
0
4
35
1.18
34110567--34111136
176
3.2
176
88
1
881
27
18
19
34
1.95
34110567--34111215
176
3.6
176
85
5
810
27
18
20
33
1.96
34121999--34122174
46
3.8
46
80
12
225
21
21
28
28
1.98
34121996--34122166
93
1.8
93
96
0
315
21
21
29
28
1.98
34133377--34133450
5
15.6
5
72
16
59
58
0
4
37
1.17
34133353--34133464
30
3.4
30
78
17
109
58
0
4
35
1.24
34133388--34133450
19
3.3
19
78
8
56
57
0
4
38
1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322