genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.299.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99365431--99365513	32	2.8	32	75	21	90	57	0	0	42	0.98
99365426--99365526	39	2.4	43	77	9	120	62	0	0	37	0.96
99365630--99365829	67	3.0	67	99	0	391	34	30	0	35	1.58
99370634--99370705	21	3.4	21	78	3	74	31	22	23	22	1.98
99371785--99371849	33	2.0	33	85	11	89	44	4	1	49	1.32
99372076--99372122	25	1.9	24	83	12	60	51	4	0	44	1.21
99375965--99375999	4	8.5	4	93	6	61	0	25	0	74	0.82
99380331--99380410	21	3.8	21	77	12	74	16	26	28	28	1.97
99380465--99380512	21	2.3	21	92	0	78	16	35	29	18	1.93
99383354--99383442	29	3.1	29	90	0	142	21	24	14	39	1.91
99385277--99385381	51	2.1	51	96	0	192	35	20	13	31	1.91
99385469--99385501	11	2.8	12	86	13	50	48	6	0	45	1.27
99386733--99386815	25	3.2	25	64	29	64	25	14	10	49	1.76
99386737--99386827	29	3.3	29	71	22	104	26	15	9	48	1.76
99390837--99390878	18	2.3	18	87	0	57	4	47	4	42	1.45
99396856--99396915	25	2.3	26	77	8	68	30	8	1	60	1.36
99422555--99422600	23	1.9	25	86	8	69	50	8	0	41	1.33
99422726--99422787	33	2.0	33	84	9	85	51	0	1	46	1.10
99422743--99422796	20	2.8	19	81	13	58	53	0	1	44	1.11
99424278--99424335	12	4.9	12	82	13	68	65	1	32	0	1.03
99429574--99429670	39	2.5	39	91	3	151	46	21	5	26	1.72
99429593--99429665	22	3.5	21	70	25	66	47	21	4	26	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99431395--99431467	34	2.1	34	92	5	121	24	24	23	27	2.00
99440314--99440365	26	2.0	26	96	0	95	38	11	9	40	1.74
99450614--99450795	40	4.6	40	90	2	287	27	25	23	23	2.00
99457539--99457565	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
99465732--99465788	29	2.0	29	96	0	105	21	12	17	49	1.79
99466718--99466794	40	1.9	40	84	5	102	16	12	31	38	1.87
99469713--99470077	139	2.6	139	95	0	631	28	27	20	23	1.99
99469713--99470075	46	7.8	46	77	8	351	28	26	20	23	1.99
99472787--99472843	30	1.9	29	89	3	87	56	17	15	10	1.67
99475585--99475706	46	2.7	46	89	0	190	31	27	18	22	1.97
99478777--99479803	95	10.8	95	97	1	1900	22	31	21	25	1.98
99479914--99480286	189	2.0	189	91	2	615	30	24	12	32	1.92
99487430--99487632	48	4.2	48	99	0	397	27	25	17	29	1.98
99504105--99504263	80	2.0	80	91	0	255	23	22	16	37	1.94
99505958--99506023	33	2.0	33	100	0	132	27	21	9	42	1.83
99506358--99506432	26	2.9	26	82	9	91	32	13	9	45	1.75
99506573--99506606	6	5.7	6	85	0	50	17	14	0	67	1.23
99509110--99509177	26	2.5	26	78	4	73	29	19	17	33	1.95
99510400--99510486	43	2.0	43	88	0	129	37	24	16	21	1.93
99510732--99510762	11	2.8	11	95	0	53	35	19	0	45	1.51
99517419--99517510	23	3.9	24	89	2	125	20	19	20	39	1.93
99517419--99517524	47	2.2	49	85	6	137	20	19	23	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99520711--99520822	27	4.1	27	78	7	111	35	22	25	16	1.94
99524414--99524456	16	2.7	15	86	10	59	30	4	0	65	1.13
99524391--99524450	19	3.0	21	73	22	58	30	5	1	63	1.25
99535502--99535640	55	2.5	55	92	0	242	37	19	28	15	1.92
99536190--99536250	30	2.0	30	96	0	113	34	19	14	31	1.92
99536536--99537633	78	14.1	78	94	1	1812	32	18	23	24	1.97
99536681--99536810	37	3.4	37	64	19	95	33	21	24	20	1.97
99537840--99537878	13	3.2	12	82	13	53	82	12	0	5	0.83
99539193--99539248	22	2.7	22	81	8	64	32	0	1	66	1.03
99539197--99539263	29	2.2	29	82	12	82	31	1	1	65	1.10
99539217--99539261	16	2.9	15	87	9	63	31	2	0	66	1.04
99539158--99539366	61	3.6	58	71	10	140	30	6	2	60	1.36
99539320--99539372	17	3.3	17	80	17	60	33	5	0	60	1.20
99539394--99539460	24	3.0	22	83	14	75	37	1	1	59	1.16
99539397--99539475	29	2.9	28	73	24	71	36	1	1	60	1.13
99539401--99539470	31	2.3	31	85	5	88	37	1	1	60	1.15
99539417--99539462	23	2.0	24	91	4	76	34	0	2	63	1.07
99539424--99539507	31	2.6	33	81	9	84	35	2	3	58	1.28
99545681--99545748	10	6.7	10	75	20	61	63	0	4	32	1.14
99545689--99545769	15	5.2	16	73	20	59	62	2	3	30	1.25
99545888--99545980	17	5.4	18	72	16	56	59	1	3	36	1.21
99545581--99545951	203	1.8	199	80	13	447	56	2	5	36	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99552375--99552457	40	2.1	40	93	0	139	9	33	9	46	1.69
99559928--99560150	40	5.6	40	83	6	213	24	20	27	27	1.99
99559928--99560152	80	2.8	79	82	7	242	24	20	28	27	1.99
99560003--99560185	79	2.3	80	81	1	217	25	20	27	26	1.99
99559928--99560185	119	2.2	120	80	4	281	25	20	27	26	1.99
99563347--99563414	10	6.7	10	71	20	52	61	1	4	32	1.24
99568746--99568822	25	3.1	25	88	1	102	32	25	18	23	1.97
99573128--99573186	31	1.9	31	92	0	100	59	16	8	15	1.60
99573914--99573942	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
99578993--99579124	9	14.7	9	86	0	174	31	2	22	43	1.66
99579394--99579459	29	2.3	29	86	5	89	56	0	0	43	0.99
99580152--99580356	67	3.1	67	99	0	401	23	16	20	39	1.92
99581819--99581874	27	2.0	28	86	3	78	25	17	39	17	1.92
99581931--99581962	13	2.5	13	94	0	55	43	0	31	25	1.55
99582597--99582690	26	3.6	26	88	2	136	43	4	6	45	1.49
99582726--99582790	30	2.2	30	86	5	87	32	40	1	26	1.65
99583044--99583082	15	2.6	15	91	0	69	41	41	0	17	1.50
99589187--99589217	15	2.1	15	100	0	62	25	0	0	74	0.82
99589747--99589782	17	2.1	17	94	0	63	58	8	11	22	1.59
99591312--99591363	26	2.0	26	96	0	95	48	9	11	30	1.72
99599608--99599752	65	2.2	65	86	2	202	33	23	20	22	1.97
99603324--99603355	16	2.0	16	93	0	55	65	6	0	28	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99617691--99618203	206	2.5	206	87	1	742	28	21	18	31	1.97
99619098--99619138	18	2.4	17	80	8	55	4	14	2	78	1.03
99622441--99622498	29	2.0	29	93	0	98	20	27	6	44	1.77
99630315--99630383	28	2.5	27	82	13	79	60	0	7	31	1.24
99630362--99630545	86	2.1	86	80	5	194	57	1	7	33	1.34
99630686--99630821	68	2.0	68	92	2	229	32	22	17	27	1.97
99634120--99634199	35	2.3	35	84	6	99	33	2	30	33	1.71
99634469--99634509	14	2.9	14	79	13	57	75	7	2	14	1.12
99635878--99635935	4	15.0	4	80	7	66	20	5	0	74	1.01
99635878--99635935	27	2.1	27	83	0	71	20	5	0	74	1.01
99635964--99636003	19	2.2	19	86	4	55	22	5	7	65	1.38
99636129--99636179	26	2.0	26	88	7	77	41	1	1	54	1.22
99637905--99637960	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
99639317--99639359	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
99639803--99639925	55	2.2	56	88	2	176	26	12	28	33	1.92
99639803--99639925	28	4.4	28	90	2	176	26	12	28	33	1.92
99639828--99639939	28	4.0	27	90	3	116	28	11	25	33	1.91
99639803--99639939	55	2.4	56	84	6	161	27	11	26	34	1.91
99647950--99648159	28	7.5	28	98	0	386	25	11	28	34	1.91
99647925--99648159	84	2.8	84	93	1	391	25	11	28	34	1.91
99647925--99648159	56	4.2	56	94	1	382	25	11	28	34	1.91
99655579--99655619	16	2.4	18	76	16	50	46	7	9	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99656088--99656241	28	5.5	28	95	0	256	25	12	29	33	1.92
99656063--99656241	56	3.2	56	90	1	261	25	12	29	33	1.92
99659957--99660048	27	3.4	27	87	0	130	26	22	9	41	1.85
99660080--99660208	27	4.7	27	75	11	91	40	20	8	31	1.82
99660226--99660299	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
99661107--99661176	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
99661106--99661189	25	3.4	24	83	8	98	29	22	22	25	1.99
99661431--99661485	29	1.9	28	88	3	83	21	23	27	27	1.99
99661423--99661516	33	2.9	33	72	18	90	24	21	25	28	1.99
99673411--99673490	21	3.8	21	66	3	61	22	25	32	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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