genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5672008--5672075	30	2.2	30	82	12	86	48	13	1	36	1.51
5672433--5672468	15	2.3	15	90	4	54	58	5	0	36	1.22
5691813--5691866	21	2.7	20	77	5	56	37	14	1	46	1.56
5693966--5694662	159	4.5	159	85	7	846	29	17	9	42	1.82
5693966--5694811	325	2.8	300	79	12	842	30	17	9	42	1.81
5695054--5695103	26	2.0	25	84	4	64	32	8	24	36	1.84
5697532--5697682	37	4.1	36	88	7	214	21	17	9	50	1.75
5699356--5699389	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
5704011--5704303	50	5.8	50	88	0	406	21	30	22	25	1.99
5722274--5722307	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
5722342--5722415	25	2.9	25	86	6	78	25	6	5	62	1.42
5727501--5727566	31	2.1	30	83	5	78	59	6	7	27	1.49
5728564--5729092	159	3.5	153	82	9	622	29	17	8	44	1.78
5728565--5729092	157	3.5	150	82	9	619	29	17	8	44	1.78
5729779--5729808	15	1.9	16	93	6	53	36	0	0	63	0.95
5730188--5730234	12	3.6	12	79	20	58	55	8	0	36	1.31
5730188--5730243	28	2.0	28	89	0	85	57	7	1	33	1.37
5730507--5730545	13	2.7	15	76	15	55	56	0	0	43	0.99
5732268--5732381	37	3.1	36	84	6	138	21	16	13	48	1.80
5733824--5733857	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
5734984--5735013	9	3.3	9	95	0	51	43	10	10	36	1.72
5735400--5735431	4	8.0	4	100	0	64	25	0	0	75	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5739181--5739219	21	1.9	19	90	10	60	23	30	7	38	1.83
5742755--5742806	20	2.5	20	84	6	70	36	1	1	59	1.19
5743398--5743431	16	2.1	17	88	5	52	35	14	2	47	1.60
5748943--5749019	31	2.5	31	89	4	111	29	18	12	38	1.88
5754082--5754178	48	2.0	48	97	0	185	20	24	5	49	1.69
5757163--5757811	150	4.3	154	79	12	620	30	18	9	41	1.82
5757551--5757811	146	1.9	141	84	11	356	32	18	9	39	1.83
5758597--5758645	24	2.1	23	88	7	73	48	12	0	38	1.41
5760928--5761024	48	2.0	48	97	0	185	20	24	5	49	1.69
5764002--5764650	150	4.3	154	79	12	620	30	18	9	41	1.82
5764390--5764650	146	1.9	141	84	11	356	32	18	9	39	1.83
5765436--5765484	24	2.1	23	88	7	73	48	12	0	38	1.41
5766684--5766748	32	2.0	32	100	0	130	50	6	12	30	1.64
5767327--5767459	37	3.6	36	82	6	176	19	18	8	54	1.68
5767327--5767467	74	1.9	74	95	0	255	19	17	7	56	1.65
5769072--5769105	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
5769140--5769213	25	2.9	25	86	6	78	25	6	5	62	1.42
5769800--5769893	36	2.6	36	83	3	118	35	23	9	31	1.87
5769805--5769896	18	5.1	18	80	5	96	34	22	9	32	1.87
5773836--5773866	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
5776632--5776679	19	2.6	19	90	3	80	37	2	12	47	1.53
5776691--5776771	42	1.9	42	89	0	126	30	3	14	50	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5777418--5777448	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
5781502--5781558	18	3.2	18	94	0	96	29	17	26	26	1.97
5782738--5782763	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
5785114--5785162	19	2.4	21	80	13	57	36	8	4	51	1.51
5785114--5785172	21	2.9	21	80	10	59	35	11	3	49	1.56
5787230--5787760	158	3.4	153	81	7	608	30	17	8	44	1.78
5787243--5787763	153	3.4	150	82	5	594	30	17	8	43	1.79
5788115--5788164	26	2.0	25	84	4	64	32	8	24	36	1.84
5790506--5790619	37	3.1	37	87	1	156	21	17	10	50	1.76
5800255--5800405	37	4.1	37	88	0	221	21	17	10	50	1.76
5802129--5802200	29	2.4	29	83	4	90	25	13	15	45	1.83
5803516--5803560	13	3.4	13	84	6	54	2	11	4	82	0.91
5803515--5803566	27	1.9	27	84	0	68	3	11	5	78	1.05
5803992--5804026	3	11.7	3	93	0	61	34	2	0	62	1.10
5803991--5804032	12	3.4	12	90	3	66	30	9	0	59	1.29
5805194--5805238	22	2.0	22	95	0	81	22	40	8	28	1.84
5814869--5815144	138	2.0	138	97	0	516	38	19	18	23	1.93
5816925--5817280	48	7.3	48	68	8	207	31	24	21	22	1.98
5816896--5817331	50	8.9	50	68	7	230	32	24	20	22	1.98
5816896--5817373	98	4.9	98	91	0	715	32	24	21	21	1.98
5819651--5819688	17	2.1	18	85	9	51	55	0	0	44	0.99
5823063--5823101	21	1.9	19	90	10	60	23	30	7	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5823715--5823739	12	2.1	12	100	0	50	40	0	24	36	1.55
5834178--5834214	16	2.4	16	90	4	58	59	5	2	32	1.34
5834439--5835287	19	44.3	19	67	23	277	55	12	0	31	1.40
5834477--5834719	8	31.0	8	67	24	92	53	13	0	31	1.44
5834495--5835101	27	22.4	27	72	17	406	56	13	0	30	1.39
5834453--5835262	77	11.0	77	75	18	475	55	12	0	31	1.38
5834495--5834757	104	2.5	105	87	7	394	54	13	0	31	1.42
5834733--5835142	80	5.2	80	88	8	585	57	12	0	30	1.36
5834809--5835249	88	5.1	88	79	15	506	56	11	0	31	1.35
5834708--5835249	168	3.2	168	89	6	738	56	11	0	31	1.35
5834963--5835287	111	3.0	111	87	5	416	55	12	0	32	1.40
5835089--5835165	23	3.5	23	79	13	108	54	7	0	37	1.29
5835195--5835287	40	2.3	42	88	3	136	54	12	1	31	1.45
5835297--5835364	27	2.5	27	100	0	136	17	29	22	30	1.97
5839480--5839518	21	1.9	19	90	10	60	23	30	7	38	1.83
5843957--5844003	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
5855886--5855982	48	2.0	48	97	0	185	20	24	5	49	1.69
5860089--5860137	24	2.0	24	96	0	89	32	16	14	36	1.89
5860233--5860309	40	1.9	39	87	10	111	37	6	16	38	1.75
5867902--5867943	6	7.0	6	86	10	59	2	11	33	52	1.51
5868317--5868358	17	2.4	17	80	19	50	28	0	0	71	0.86
5873343--5873386	22	2.0	22	86	0	61	40	2	0	56	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5882827--5882875	14	3.8	14	74	20	52	71	4	2	22	1.13
5884808--5884837	15	1.9	16	93	6	53	53	6	6	33	1.53
5896889--5896927	19	2.1	19	90	0	60	58	0	10	30	1.31
5897930--5897969	20	2.0	21	85	5	55	47	2	7	42	1.45
5901549--5901602	27	2.0	27	100	0	108	25	0	22	51	1.48
5910576--5910616	21	2.0	21	85	9	57	51	4	2	41	1.36
5916379--5916410	16	1.9	17	93	6	57	18	6	0	75	1.01
5916384--5916423	16	2.5	16	87	0	53	22	2	2	72	1.09
5918054--5918079	6	4.3	6	100	0	52	19	0	0	80	0.71
5918375--5918407	15	2.1	17	88	11	52	57	6	0	36	1.23
5918388--5918425	18	2.0	19	85	10	51	47	5	0	47	1.24
5920041--5920086	23	2.0	23	87	4	67	45	2	6	45	1.41
5923145--5923218	36	2.0	37	97	2	141	22	13	5	58	1.56
5926255--5926921	155	4.4	154	86	6	881	31	10	7	51	1.63
5926255--5926921	308	2.2	304	90	3	1025	31	10	7	51	1.63
5927137--5927204	28	2.4	27	76	9	73	30	1	5	61	1.28
5933689--5933716	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
5936718--5936747	14	2.1	14	100	0	60	26	0	0	73	0.84
5936816--5936860	24	1.9	23	86	4	63	31	8	2	57	1.41
5937118--5937171	21	2.7	19	77	11	56	40	1	0	57	1.09
5937118--5937178	9	6.3	9	76	10	50	42	1	0	55	1.09
5937312--5937355	18	2.5	18	88	3	63	15	4	6	72	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5949414--5949480	30	2.2	30	78	0	71	43	4	13	38	1.64
5950624--5950664	3	13.7	3	94	0	73	31	0	2	65	1.05
5951752--5951843	23	4.0	22	83	6	112	20	19	21	38	1.94
5961113--5961154	21	2.0	21	100	0	84	33	0	4	61	1.17
5961156--5961191	18	2.0	18	94	0	63	19	0	41	38	1.52
5962263--5962292	9	3.4	9	90	9	53	53	0	0	46	1.00
5964371--5964903	72	7.4	72	86	1	656	29	15	19	35	1.92
5964371--5964899	144	3.7	144	86	0	734	29	15	19	35	1.92
5964371--5964899	216	2.4	216	89	1	774	29	15	19	35	1.92
5979527--5979560	14	2.4	14	90	9	52	70	0	0	29	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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