genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3820439--3820499	9	6.4	9	75	16	52	55	1	0	42	1.09
3821858--3821922	31	2.1	31	85	0	85	32	3	9	55	1.47
3826409--3826467	27	2.2	27	96	3	111	30	18	13	37	1.90
3830800--3830864	31	2.1	31	82	5	78	40	1	6	52	1.36
3832972--3833039	20	3.2	21	71	12	59	33	4	1	60	1.26
3833728--3833773	24	1.9	24	90	0	74	10	43	19	26	1.84
3834213--3834754	220	2.4	216	90	7	824	31	1	15	52	1.50
3834239--3834754	107	4.7	107	91	6	786	31	1	15	52	1.50
3834812--3834843	15	2.1	16	94	5	57	37	0	6	56	1.25
3835441--3835632	96	2.0	96	96	0	357	20	25	27	26	1.99
3838924--3838986	27	2.3	27	80	0	72	26	23	25	23	2.00
3839993--3840026	17	1.9	18	88	5	52	58	0	0	41	0.98
3840034--3840058	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
3840001--3840125	29	4.1	29	72	19	76	52	0	0	46	1.06
3840051--3840131	16	5.0	16	70	18	53	51	0	0	48	1.00
3840073--3840138	25	2.6	25	83	9	80	53	0	0	46	1.00
3840065--3840138	25	3.0	24	80	7	78	51	0	0	48	1.00
3841271--3841316	23	2.0	23	82	0	56	21	8	23	45	1.80
3845188--3845212	6	4.2	6	100	0	50	52	0	32	16	1.44
3855744--3855774	15	2.1	15	93	0	53	29	22	19	29	1.98
3856357--3856432	25	3.3	22	73	18	73	31	1	1	65	1.09
3857305--3857330	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3862486--3862524	10	3.8	10	86	3	51	20	10	2	66	1.33
3862964--3862991	14	2.0	14	100	0	56	50	14	14	21	1.78
3863974--3864011	18	2.1	18	90	0	58	42	44	2	10	1.52
3863988--3864012	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
3864037--3864076	6	6.3	6	83	11	53	77	2	0	20	0.88
3865267--3865293	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
3871811--3871846	18	1.9	18	88	5	54	63	2	0	33	1.08
3882345--3882386	12	3.9	11	78	15	52	59	0	0	40	0.97
3895472--3895579	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
3895465--3895579	30	3.8	30	95	0	194	45	6	22	25	1.77
3900166--3900273	15	7.2	15	69	12	87	43	7	23	25	1.79
3900159--3900273	30	3.8	30	97	0	203	44	6	23	25	1.78
3914390--3914422	17	2.1	17	88	11	52	9	18	0	72	1.10
3915196--3915227	15	2.1	16	94	5	57	28	0	3	68	1.04
3919655--3919695	19	2.2	19	90	0	64	56	9	0	34	1.32
3924343--3924459	42	2.9	40	85	7	155	23	21	24	29	1.99
3924715--3925237	44	11.9	44	77	5	457	30	26	16	26	1.97
3924715--3925149	132	3.3	132	89	2	608	30	26	16	26	1.97
3924728--3925253	132	4.0	132	86	4	580	29	26	16	26	1.97
3924845--3925239	176	2.2	176	92	0	664	30	26	15	27	1.96
3925274--3925537	86	3.1	86	88	0	384	26	23	23	26	2.00
3935260--3935313	3	18.0	3	77	7	56	37	3	0	59	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3935252--3935313	9	6.4	9	78	12	61	38	3	0	58	1.15
3935263--3935313	18	2.8	18	88	5	77	37	3	0	58	1.16
3935252--3935321	18	3.8	18	75	16	72	40	2	0	57	1.14
3935442--3935525	24	3.7	23	73	19	77	32	3	3	60	1.31
3935400--3935526	12	10.7	12	67	23	65	32	2	4	60	1.30
3935498--3935537	21	1.9	21	85	10	55	27	5	2	65	1.27
3935699--3935770	25	2.8	26	76	4	83	36	8	6	48	1.60
3935698--3935792	26	3.8	26	76	12	85	34	6	6	52	1.52
3935747--3935807	20	2.9	21	80	9	79	34	4	4	55	1.43
3935763--3935840	23	3.5	22	75	15	70	35	1	5	57	1.29
3935768--3935890	26	4.7	26	71	16	76	35	1	5	56	1.33
3935863--3935905	21	2.0	22	90	4	70	37	0	4	58	1.19
3938779--3938810	15	2.1	16	94	5	57	28	0	3	68	1.04
3944590--3944641	21	2.5	21	93	0	86	30	36	9	23	1.87
3945061--3945105	22	2.0	22	83	8	56	31	2	6	60	1.35
3945879--3945936	25	2.3	23	81	16	71	22	1	5	70	1.16
3949675--3949711	18	2.1	18	89	0	56	37	5	10	45	1.62
3949884--3949931	19	2.5	20	86	6	64	62	8	0	29	1.24
3954465--3954766	153	2.0	153	85	1	408	24	20	16	37	1.93
3959729--3959803	18	4.2	18	82	0	96	37	13	20	29	1.90
3959728--3959798	36	2.0	36	88	0	106	38	11	19	30	1.87
3967749--3968090	86	4.0	86	99	0	670	43	7	24	24	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3969041--3969065	13	1.9	13	100	0	50	48	4	16	32	1.64
3969001--3969292	81	3.6	81	100	0	584	41	13	9	35	1.77
3969122--3969146	13	1.9	13	100	0	50	48	4	16	32	1.64
3969203--3969227	13	1.9	13	100	0	50	48	4	16	32	1.64
3970360--3970647	153	1.9	153	81	1	353	26	21	15	36	1.93
3972478--3972550	36	2.0	36	100	0	146	31	16	21	30	1.95
3977797--3977831	18	1.9	18	94	0	61	37	14	14	34	1.86
3983674--3983783	26	4.2	26	95	0	175	33	5	23	37	1.78
3985225--3985300	26	2.8	26	88	4	98	34	21	13	31	1.91
3985403--3985523	27	4.4	27	89	1	170	19	24	22	33	1.97
3985403--3985542	54	2.6	55	87	2	185	19	24	21	35	1.96
3985604--3985643	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
3999598--3999631	11	3.1	11	91	0	59	14	8	11	64	1.49
4002790--4002853	21	3.0	21	86	0	92	48	9	21	20	1.77
4005396--4005437	7	6.3	7	86	8	61	73	2	0	23	0.94
4005396--4005447	27	1.9	27	84	7	70	75	3	0	21	0.97
4007854--4007912	27	2.2	27	84	0	82	42	1	15	40	1.57
4012462--4012760	153	2.0	153	79	4	334	24	20	18	36	1.95
4023271--4023325	18	2.9	19	94	5	103	36	10	16	36	1.84
4023271--4023348	18	3.8	22	86	10	80	35	8	16	38	1.80
4023317--4023359	22	1.9	23	85	4	61	34	4	13	46	1.65
4023615--4023649	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4027971--4028016	6	7.8	6	81	11	51	52	0	13	34	1.40
4028729--4028856	45	2.8	45	96	0	238	17	18	23	40	1.91
4029265--4029303	18	2.1	19	85	4	53	46	0	20	33	1.51
4033452--4033483	16	2.0	16	93	0	55	50	6	15	28	1.68
4035917--4035960	22	2.0	22	95	0	79	38	13	38	9	1.77
4040494--4040787	78	3.8	78	90	1	455	30	18	25	25	1.98
4040558--4040689	41	3.3	41	63	12	112	30	18	27	23	1.98
4040859--4041231	78	4.8	78	91	1	577	32	19	23	25	1.98
4040353--4041143	365	2.2	365	91	3	1290	32	18	23	25	1.97
4041171--4041438	45	5.9	45	78	6	283	31	15	26	25	1.96
4041245--4041436	89	2.1	89	88	0	285	33	15	27	23	1.95
4041640--4041689	20	2.4	22	76	6	59	68	20	4	8	1.32
4041800--4041855	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
4041798--4041876	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
4041798--4041869	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
4041798--4041895	17	5.0	22	77	17	69	36	9	15	38	1.79
4053968--4054075	26	4.2	26	96	0	189	37	26	5	29	1.79
4055250--4055307	28	2.1	28	93	0	98	36	20	3	39	1.70
4059668--4059727	21	2.9	21	76	0	66	61	5	3	30	1.33
4059729--4059786	27	2.1	28	84	9	75	44	1	13	39	1.54
4060465--4060546	25	3.3	25	73	23	75	57	3	8	30	1.46
4067080--4067104	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4075575--4075605	14	2.1	15	94	5	55	48	0	25	25	1.52
4078245--4078529	153	1.9	153	83	0	372	23	21	17	36	1.94
4080371--4080420	23	2.2	23	81	0	55	26	20	4	50	1.66
4080855--4080901	20	2.3	20	100	0	94	27	25	29	17	1.97
4088537--4088568	16	2.0	16	93	0	55	43	3	0	53	1.16
4092774--4092798	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
4095969--4096020	13	4.0	13	79	0	59	30	5	25	38	1.79
4099601--4099729	18	7.2	18	84	0	150	29	20	14	34	1.93
4107386--4107443	30	1.9	30	82	6	73	20	29	29	20	1.98
4113033--4113092	12	5.1	12	76	9	52	20	3	1	75	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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