genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1672371--1672438	5	13.0	5	77	14	66	17	2	1	77	0.96
1672372--1672438	15	4.6	14	80	17	75	17	2	1	77	0.97
1672388--1672446	28	2.1	28	81	6	66	23	3	0	72	0.99
1674008--1674047	20	2.0	20	90	9	64	20	7	2	70	1.24
1679728--1679777	26	1.9	26	95	0	91	34	20	0	46	1.51
1685288--1685438	69	2.2	69	81	0	167	39	26	19	15	1.91
1685464--1685661	69	2.9	68	84	6	256	37	21	22	18	1.94
1685539--1685786	123	2.0	123	84	1	318	35	21	22	19	1.96
1685470--1685827	192	1.9	192	86	1	520	37	21	22	18	1.95
1685708--1687108	129	10.9	128	85	6	1475	39	20	22	16	1.92
1685708--1687363	258	6.5	255	82	8	1548	38	20	22	17	1.93
1686734--1687112	60	6.0	60	74	12	303	40	19	21	17	1.91
1687176--1687272	48	2.0	48	89	0	149	34	19	23	22	1.97
1687105--1687341	117	2.0	117	84	1	305	35	19	24	21	1.96
1687222--1687573	69	5.1	69	80	5	379	34	21	23	21	1.97
1687036--1687410	186	2.0	185	82	4	450	35	20	23	20	1.96
1687237--1687641	69	5.9	68	79	7	345	34	22	22	20	1.97
1688854--1688882	5	5.8	5	100	0	58	0	0	17	82	0.66
1696478--1696519	21	2.0	21	100	0	84	38	28	9	23	1.86
1704376--1704483	26	4.2	26	92	0	180	37	23	7	32	1.82
1711438--1711571	26	5.2	26	95	0	223	35	23	7	33	1.83
1713634--1713677	21	2.1	21	87	4	63	54	2	2	40	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1717509--1717679	85	2.0	85	95	0	306	33	16	18	31	1.93
1720305--1720406	23	4.3	24	78	14	104	36	2	4	55	1.36
1721737--1721782	24	2.0	23	83	12	58	58	2	10	28	1.43
1722005--1722045	19	2.2	19	86	8	57	63	0	2	34	1.08
1724092--1724155	21	3.2	21	77	14	73	32	1	6	59	1.32
1732727--1732759	16	2.1	16	100	0	66	36	0	24	39	1.56
1737019--1737502	220	2.2	219	90	0	752	32	17	22	28	1.96
1737473--1737706	78	3.0	78	87	2	344	32	17	25	24	1.97
1737646--1737874	45	5.1	45	74	10	207	31	16	26	25	1.96
1738224--1738286	17	3.5	17	83	16	83	39	9	14	36	1.78
1738224--1738286	18	3.5	18	89	8	85	39	9	14	36	1.78
1738215--1738294	35	2.2	37	85	12	114	40	7	16	36	1.77
1738215--1738286	19	3.9	19	83	10	105	38	8	15	37	1.77
1738265--1738309	23	2.0	23	86	4	65	37	6	17	37	1.76
1747221--1747261	20	2.0	20	100	0	82	29	14	9	46	1.77
1748343--1748413	37	1.9	37	88	0	106	50	4	7	38	1.49
1749723--1749760	13	3.1	13	88	7	53	71	0	0	28	0.87
1751548--1751937	54	7.2	54	99	0	753	32	22	27	18	1.97
1751524--1751934	27	15.2	27	79	12	436	32	21	26	18	1.97
1753234--1753593	180	2.0	180	98	0	702	32	20	12	34	1.90
1759220--1759279	27	2.2	27	91	5	95	36	25	23	15	1.93
1769636--1769660	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1774241--1774379	69	2.0	69	98	0	269	16	24	24	34	1.95
1775320--1775352	16	2.1	16	94	0	57	33	18	12	36	1.88
1779554--1779868	162	2.0	156	85	6	427	35	10	11	42	1.74
1781150--1781215	29	2.2	30	81	7	73	34	10	6	48	1.62
1781691--1781728	10	3.8	10	83	13	51	23	7	2	65	1.32
1782763--1782792	14	2.1	14	100	0	60	40	43	6	10	1.64
1790106--1790145	19	2.1	19	95	0	71	27	0	0	72	0.85
1792831--1792876	10	4.5	10	86	5	65	8	13	0	78	0.97
1807458--1807605	79	1.9	79	80	2	172	47	11	8	33	1.69
1808452--1808494	22	2.0	21	82	13	52	32	23	2	41	1.67
1810169--1810200	16	2.0	16	93	0	55	46	0	0	53	1.00
1827095--1827147	21	2.5	21	100	0	106	30	13	15	41	1.85
1829998--1830056	31	1.9	31	89	0	91	45	11	6	35	1.67
1832920--1832944	10	2.5	10	100	0	50	88	0	12	0	0.53
1837440--1837562	21	5.9	21	73	0	102	43	17	21	16	1.87
1837444--1837598	42	3.7	42	84	0	166	45	16	21	16	1.85
1844270--1844351	26	3.2	26	68	16	80	40	3	9	46	1.54
1845820--1845853	17	2.1	16	88	5	50	82	0	11	5	0.83
1848709--1848753	21	2.2	20	84	4	54	6	8	2	82	0.93
1848803--1848837	17	1.9	19	88	11	56	20	2	11	65	1.37
1850768--1850850	31	2.7	31	90	3	114	33	4	10	50	1.58
1852374--1852413	18	2.2	18	100	0	80	25	12	12	50	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1862146--1862367	30	7.4	30	80	4	182	39	12	23	24	1.90
1862121--1862367	30	8.3	31	79	5	181	38	12	23	24	1.90
1862352--1862427	30	2.5	30	77	8	82	43	11	18	26	1.84
1867862--1867934	21	3.5	20	78	17	69	23	2	4	69	1.18
1867861--1867910	20	2.5	19	82	17	66	26	2	2	70	1.09
1869879--1869943	33	2.0	33	93	0	112	16	9	15	58	1.62
1873273--1873332	21	2.8	21	80	7	59	66	3	1	28	1.17
1873264--1873384	56	2.3	50	80	14	129	62	3	2	31	1.24
1886162--1886210	24	2.0	24	88	0	71	24	30	20	24	1.98
1886857--1886888	6	5.3	6	92	0	55	50	12	0	37	1.41
1886852--1886890	12	3.2	12	88	0	60	48	10	2	38	1.51
1890559--1890786	10	24.0	9	65	18	54	57	4	3	34	1.35
1890685--1890742	29	1.9	30	86	13	84	58	8	0	32	1.28
1890890--1890925	14	2.5	15	90	4	56	30	0	0	69	0.89
1891326--1891516	10	19.4	10	67	13	58	31	2	4	61	1.30
1891323--1891382	30	2.0	30	87	3	86	28	0	6	65	1.18
1891419--1891508	9	9.8	9	70	20	53	33	2	3	61	1.25
1891454--1891517	19	3.4	19	68	14	51	31	3	1	64	1.19
1892124--1892158	16	2.2	16	89	0	52	62	2	5	28	1.32
1894604--1894647	21	2.2	21	84	8	56	45	18	25	11	1.82
1894620--1894755	42	3.2	42	80	8	134	44	17	22	15	1.86
1894616--1894698	21	4.0	21	72	9	71	43	20	22	13	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1894639--1894710	21	3.4	21	73	7	74	45	18	22	13	1.84
1894615--1894736	21	5.8	21	70	8	70	42	19	24	13	1.87
1900279--1900316	20	1.9	20	100	0	76	28	5	39	26	1.78
1903805--1903860	24	2.3	23	82	11	60	25	1	3	69	1.14
1905444--1905481	19	2.0	20	84	5	51	47	0	2	50	1.15
1905439--1905487	25	2.0	25	84	15	66	51	0	2	46	1.12
1906018--1906071	19	2.9	18	77	20	58	31	0	1	66	1.02
1906020--1906074	18	3.0	18	81	2	65	32	0	1	65	1.03
1911240--1911291	24	2.2	24	89	0	77	53	7	3	34	1.48
1912404--1912438	15	2.3	15	90	0	61	65	17	0	17	1.27
1913497--1913529	9	3.9	9	88	11	52	33	0	0	66	0.92
1913498--1913544	14	3.1	15	80	17	53	27	2	0	70	0.99
1913634--1913691	4	15.0	4	85	7	75	24	5	0	70	1.07
1916055--1916094	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
1916040--1916106	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
1916034--1916110	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
1917010--1917066	29	1.9	30	86	10	82	50	1	5	42	1.35
1924127--1924216	43	2.1	41	76	15	92	63	6	0	30	1.20
1928739--1928776	16	2.4	16	86	0	58	55	5	0	39	1.23
1932631--1932671	3	13.7	3	94	0	73	31	0	2	65	1.05
1935173--1935202	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
1938406--1938470	20	3.3	20	70	12	71	43	7	7	41	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1938404--1938492	39	2.3	39	96	1	162	41	6	10	41	1.65
1938426--1938484	19	3.1	19	67	13	57	38	6	11	42	1.68
1944841--1945168	161	2.0	161	99	0	647	26	14	27	31	1.95
1948611--1948660	6	8.2	6	86	4	73	46	16	20	18	1.85
1948935--1949021	40	2.2	40	87	4	122	40	21	8	29	1.82
1950547--1950571	11	2.3	11	100	0	50	32	24	20	24	1.98
1951098--1951147	6	8.2	6	86	4	73	46	16	20	18	1.85
1951422--1951508	40	2.2	40	87	4	122	40	21	8	29	1.82
1953034--1953058	11	2.3	11	100	0	50	32	24	20	24	1.98
1954152--1954257	13	7.7	13	67	13	52	4	21	3	69	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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