genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18689135--18689265	49	2.7	49	91	0	208	29	27	17	25	1.97
18693310--18693929	48	12.9	47	83	5	751	27	28	17	26	1.98
18693310--18693929	96	6.4	96	94	1	1039	27	28	17	26	1.98
18695486--18695719	49	4.7	49	82	3	270	30	26	16	25	1.97
18695636--18695712	26	3.1	26	63	24	65	33	27	14	24	1.94
18700565--18700721	39	4.0	39	85	5	176	31	29	22	16	1.96
18708628--18708795	46	3.7	46	74	12	164	22	19	27	30	1.98
18716208--18716378	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	28	1.98
18716212--18716383	46	3.7	46	77	13	181	22	20	27	29	1.99
18724744--18724921	40	4.5	40	88	3	236	23	23	28	24	1.99
18731949--18731980	9	3.6	9	95	0	55	15	0	71	12	1.14
18735027--18735298	46	5.8	46	72	8	165	25	18	30	26	1.98
18736649--18736754	48	2.2	48	94	0	185	28	29	18	23	1.98
18741310--18741357	6	8.3	6	84	13	57	52	35	0	12	1.40
18741303--18741357	18	3.2	17	77	17	60	50	34	0	14	1.43
18761909--18761959	22	2.3	23	80	10	61	47	3	0	49	1.20
18762930--18763030	39	2.5	41	79	6	107	31	16	22	28	1.96
18764102--18764175	7	10.4	7	72	8	51	14	0	33	51	1.43
18764128--18764169	15	2.8	15	85	0	57	9	0	35	54	1.33
18764102--18764175	15	5.2	14	71	12	53	14	0	33	51	1.43
18764154--18764204	14	3.7	14	73	2	50	25	0	27	47	1.53
18768575--18768656	13	6.3	13	70	25	66	52	12	0	35	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18768580--18768713	43	2.9	44	77	18	146	50	14	0	35	1.44
18768638--18768756	36	3.1	36	85	8	139	47	18	0	33	1.55
18768701--18768773	9	8.1	9	73	11	60	42	21	2	32	1.67
18768615--18768723	43	2.5	43	89	0	173	48	18	0	33	1.48
18770559--18770584	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
18773880--18773908	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
18774322--18774376	21	2.6	21	83	11	85	30	21	47	0	1.51
18774765--18774845	43	1.9	42	94	2	144	23	25	19	30	1.98
18776902--18776952	26	2.0	26	88	0	75	17	1	17	62	1.42
18777160--18777202	15	2.8	15	80	16	52	37	0	0	62	0.95
18782193--18782270	39	2.1	35	84	13	95	34	10	7	47	1.66
18785171--18785389	49	4.6	49	70	12	157	22	27	19	30	1.98
18790939--18791080	37	3.8	37	90	0	221	24	33	19	23	1.97
18791243--18791428	47	4.0	47	89	0	282	25	28	13	32	1.93
18797654--18797752	42	2.3	42	82	5	119	31	21	19	28	1.97
18797644--18797756	43	2.6	44	80	8	135	30	22	18	28	1.97
18798503--18798563	28	2.2	28	90	0	104	57	13	11	18	1.65
18803829--18804006	27	6.6	26	82	6	178	26	16	28	28	1.97
18803830--18803985	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
18803826--18804006	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	28	1.97
18803911--18804017	27	3.9	27	83	1	79	26	15	28	29	1.96
18812775--18812855	40	2.0	40	97	0	153	38	9	25	25	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18818658--18818821	48	3.4	48	73	3	150	28	18	28	25	1.98
18818650--18818838	96	2.0	95	85	5	254	28	18	28	24	1.98
18837008--18837113	29	3.7	27	75	14	97	28	14	33	24	1.94
18836999--18837111	58	2.0	57	85	5	156	30	13	30	25	1.94
18838350--18838534	48	3.8	48	74	4	156	29	17	26	25	1.98
18838351--18838559	98	2.2	96	85	1	274	28	18	27	25	1.98
18840693--18840918	48	4.6	48	75	7	197	29	19	27	24	1.98
18844163--18844187	13	1.9	13	100	0	50	56	8	0	36	1.29
18855450--18855487	17	2.3	17	90	4	60	18	7	2	71	1.23
18862748--18862805	3	19.3	3	100	0	116	67	0	32	0	0.91
18868155--18868362	67	3.2	64	76	10	197	31	17	28	22	1.96
18871741--18871989	31	7.7	30	63	25	91	20	26	21	32	1.98
18871764--18871823	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
18871674--18872035	98	3.7	98	98	0	681	20	26	21	31	1.98
18871862--18871921	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
18871960--18872019	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
18874710--18874757	12	3.8	12	79	15	60	62	14	0	22	1.32
18874705--18874761	27	2.1	27	100	0	114	57	14	0	28	1.37
18891349--18891494	35	4.2	35	82	0	166	28	19	25	26	1.99
18907253--18907312	31	1.9	31	93	0	102	35	15	15	35	1.88
18907690--18907727	6	6.5	6	81	6	51	0	15	0	84	0.63
18915105--18915141	6	6.5	6	81	12	51	0	16	0	83	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18915105--18915141	17	2.2	17	90	0	56	0	16	0	83	0.64
18916555--18916693	69	2.0	69	94	0	242	35	23	14	27	1.93
18917198--18917376	88	2.0	88	98	0	349	34	16	15	32	1.91
18917917--18917955	17	2.3	17	90	0	60	56	12	7	23	1.62
18926125--18926207	41	2.0	41	100	0	166	30	28	16	24	1.97
18932765--18933027	120	2.2	119	84	3	341	27	28	20	23	1.99
18932765--18932974	40	5.3	40	92	0	314	28	29	20	22	1.98
18932768--18933027	80	3.3	80	87	3	276	27	28	20	23	1.99
18932959--18933036	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
18948525--18948655	65	2.0	65	96	0	244	29	17	27	25	1.98
18950622--18950646	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
18951194--18951372	27	6.6	27	82	7	184	27	15	27	29	1.96
18951196--18951351	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
18951192--18951372	82	2.2	81	81	2	220	27	14	27	29	1.96
18962095--18962133	18	2.1	19	90	4	62	43	17	7	30	1.77
18962497--18962591	11	8.6	11	78	12	70	26	36	0	36	1.57
18962497--18962591	22	4.3	22	86	5	120	26	36	0	36	1.57
18962497--18962578	33	2.5	33	79	0	92	28	35	0	36	1.58
18962600--18962655	24	2.4	23	81	3	67	26	1	8	62	1.35
18966301--18966437	43	3.2	42	79	12	129	27	24	18	28	1.98
18967608--18967659	26	2.0	26	100	0	104	38	3	3	53	1.37
18980897--18981000	40	2.6	40	90	0	163	20	28	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18980765--18981200	236	1.8	236	99	0	854	27	27	16	28	1.97
18983439--18983644	103	2.0	103	100	0	412	37	14	14	33	1.87
19001660--19002063	40	10.1	40	75	8	329	24	22	26	26	2.00
19001656--19002043	80	4.8	80	97	0	713	25	22	26	25	2.00
19004501--19004607	41	2.5	42	80	7	110	32	28	15	23	1.95
19006379--19006525	41	3.6	41	86	1	224	28	28	23	19	1.98
19006379--19006527	81	1.8	81	89	0	235	28	28	22	20	1.99
19012823--19012966	27	5.3	27	93	3	225	31	29	13	25	1.93
19012823--19013045	55	4.3	55	82	14	283	30	28	14	26	1.95
19012924--19013009	43	2.0	43	100	0	172	32	30	13	23	1.93
19012975--19013045	28	2.6	27	95	4	133	26	26	16	29	1.97
19012897--19013037	71	2.0	70	94	4	248	31	29	14	24	1.95
19014775--19014849	22	3.4	22	76	7	80	33	14	16	36	1.89
19014930--19014966	18	2.1	18	89	0	56	35	10	10	43	1.75
19020403--19020582	40	4.5	40	75	10	163	26	27	20	25	1.99
19028433--19028614	40	4.6	40	80	6	183	28	27	20	23	1.99
19028433--19028614	79	2.3	80	78	10	185	28	27	20	23	1.99
19033204--19033317	29	3.9	29	92	0	192	23	16	31	28	1.96
19036399--19036583	40	4.6	40	81	3	228	24	26	23	25	2.00
19044381--19044601	40	5.6	40	77	10	213	25	26	23	24	2.00
19049064--19049131	29	2.3	29	87	0	100	23	16	30	29	1.96
19051561--19051687	39	3.3	39	89	0	209	20	21	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19055264--19055294	10	3.0	10	95	4	53	77	9	3	9	1.10
19057960--19058162	101	2.0	101	91	0	325	32	14	21	32	1.93
19060400--19060475	20	3.8	20	75	0	80	13	25	18	43	1.86
19060356--19060475	60	2.0	60	80	3	134	15	26	17	40	1.89
19064132--19064170	20	2.0	20	90	10	62	51	30	5	12	1.62
19065518--19065654	48	2.9	48	93	1	231	31	15	17	35	1.91
19067916--19067987	34	2.1	34	97	2	137	37	8	22	31	1.84
19071330--19071499	40	4.3	40	82	0	189	25	30	20	23	1.99
19071328--19071499	80	2.2	80	83	1	220	26	30	20	23	1.98
19073738--19073853	54	2.1	55	95	1	207	17	24	28	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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