Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  18  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5091298--5091501
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20
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26
1.99
5091517--5091626
42
2.6
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1.98
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24
2.0
26
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2.7
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0
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1.9
80
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1
213
47
21
10
19
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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30
2
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1.64
5134914--5135388
34
13.9
34
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13
295
30
2
21
45
1.64
5134927--5135343
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16.8
25
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296
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2
21
44
1.64
5135285--5135366
7
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7
79
10
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28
0
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121
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4
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1
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20
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86
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19
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19
16
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26
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3.0
132
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21
2.2
21
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60
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25
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2.4
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19
0
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0.93
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1.9
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13
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11
1
10
77
1.07
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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G
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Entropy
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11
0
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19
2.5
20
80
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57
42
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18
26
1.85
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2.0
528
100
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20
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2.0
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0
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1.99
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11
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0
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0
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0
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22
3
38
1.72
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5194512--5194543
15
2.1
15
100
0
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18
18
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46
1.84
5194515--5194552
15
2.5
15
91
0
58
15
26
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1.83
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21
1.9
22
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33
0
0
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14
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0
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21
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1.75
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2.0
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0
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100
0
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0
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3.1
134
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5
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29
20
22
27
1.98
5228655--5229342
82
8.4
82
95
0
1099
31
23
20
23
1.98
5230041--5230095
15
3.5
15
83
13
67
16
3
9
70
1.27
5230055--5230093
17
2.3
17
100
0
78
15
5
5
74
1.17
5235649--5235704
12
4.9
11
77
14
51
55
1
5
37
1.33
5235659--5235691
14
2.4
14
94
0
57
57
0
3
39
1.14
5235642--5235704
22
2.8
21
77
13
63
55
1
6
36
1.35
5235766--5235812
17
2.8
17
78
15
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59
6
4
29
1.41
5236825--5236857
12
2.8
12
100
0
66
39
6
18
36
1.75
5241438--5241470
12
2.8
12
100
0
66
39
6
18
36
1.75
5248205--5248234
15
1.9
16
93
6
53
50
0
0
50
1.00
5248619--5248652
17
1.9
18
88
5
52
35
5
8
50
1.58
5251418--5251457
21
2.0
20
85
5
53
52
0
0
47
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5259847--5261045
600
2.0
600
97
0
2272
30
17
23
28
1.97
5271433--5271462
16
1.9
16
93
6
53
63
0
13
23
1.29
5289949--5289997
26
1.9
25
83
4
62
63
4
0
32
1.13
5293391--5293686
147
2.0
148
97
0
567
25
11
15
47
1.79
5294616--5294649
3
11.3
3
100
0
68
32
0
0
67
0.91
5295317--5295453
71
1.9
73
86
3
197
29
16
17
36
1.92
5301026--5301200
89
2.0
89
88
0
260
30
25
21
23
1.99
5301130--5301570
89
5.0
89
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3
516
28
26
22
22
1.99
5301044--5301568
133
3.9
133
78
7
535
28
25
22
23
1.99
5301598--5301843
50
4.9
49
73
5
179
33
20
19
26
1.96
5301600--5301843
100
2.4
100
86
0
344
33
20
18
27
1.96
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44
2.2
44
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3
131
26
18
28
27
1.98
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43
8.3
43
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2
412
28
28
17
25
1.97
5302742--5303098
129
2.8
128
85
4
459
29
28
17
25
1.97
5303172--5303205
16
2.1
16
88
0
50
55
8
0
35
1.31
5307590--5307666
22
3.5
22
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10
77
36
40
0
23
1.55
5308125--5308463
41
8.3
40
83
4
356
30
27
22
19
1.98
5308125--5308462
123
2.7
123
85
3
466
30
27
22
19
1.98
5308576--5308654
40
2.0
40
87
0
113
24
17
20
37
1.93
5310134--5310179
23
2.0
22
84
12
58
23
2
10
63
1.38
5310907--5311046
71
1.9
73
89
2
221
30
15
18
36
1.91
5311193--5311220
14
2.0
14
100
0
56
42
14
7
35
1.73
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5314806--5314867
25
2.3
26
83
8
72
59
1
4
33
1.28
5314888--5314914
3
9.0
3
100
0
54
66
0
0
33
0.92
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44
14.3
44
65
11
223
28
24
18
28
1.98
5316350--5317021
132
5.1
132
90
2
1044
29
24
18
28
1.98
5318966--5319004
16
2.4
16
84
12
53
0
2
15
82
0.79
5322683--5322712
14
2.1
14
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0
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70
0
0
30
0.88
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2.0
26
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3
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1
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1.32
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12.0
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100
0
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0
0
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12
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0
2
35
1.10
5329632--5329665
17
1.9
18
88
5
52
35
5
8
50
1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          321   322