genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29836391--29836423	13	2.5	13	90	9	50	39	3	0	57	1.14
29836391--29836477	26	3.3	26	75	3	77	41	4	9	44	1.57
29836673--29836713	20	2.0	20	100	0	82	46	0	0	53	1.00
29836675--29836719	20	2.2	20	92	0	72	44	2	2	51	1.26
29840454--29840495	17	2.3	18	80	19	52	59	0	35	4	1.19
29845286--29845416	43	3.0	44	79	7	135	32	25	18	23	1.97
29849988--29850059	32	2.2	32	90	0	108	16	27	38	16	1.90
29854136--29854180	19	2.3	20	88	3	65	62	0	0	37	0.96
29854154--29854207	20	2.8	19	81	10	56	64	1	1	31	1.14
29854252--29854303	20	2.7	20	82	11	63	67	0	7	25	1.17
29854454--29854516	19	3.3	18	78	8	72	26	1	1	69	1.06
29854474--29854546	9	8.6	8	75	23	53	27	1	1	69	1.04
29854454--29854514	10	6.3	10	80	12	74	26	1	1	70	1.06
29854760--29854917	83	1.9	83	84	5	212	32	10	14	42	1.80
29854721--29854940	84	2.6	85	77	12	209	37	10	14	38	1.80
29854721--29854940	83	2.6	84	76	13	207	37	10	14	38	1.80
29863060--29863175	30	3.9	30	81	0	133	29	12	18	39	1.87
29863916--29864039	41	3.0	42	76	9	128	33	5	0	60	1.26
29864006--29864050	9	5.0	9	78	10	56	35	4	0	60	1.17
29864006--29864057	18	2.9	18	82	5	61	34	5	0	59	1.21
29875524--29875797	46	6.0	46	87	1	361	41	14	23	20	1.89
29875535--29875792	92	2.8	92	88	2	401	41	15	23	18	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29875534--29875815	138	2.1	137	87	0	402	42	15	22	19	1.89
29879578--29879618	17	2.4	17	91	0	64	29	21	21	26	1.99
29879677--29879740	32	2.0	32	96	0	119	35	21	6	35	1.79
29896588--29896763	47	3.7	47	88	1	237	32	9	31	27	1.88
29908203--29908269	19	3.4	19	83	8	82	35	0	8	55	1.32
29916280--29916452	54	3.1	54	80	11	206	47	6	13	32	1.69
29916297--29916469	58	3.1	57	83	10	230	46	6	13	33	1.68
29925371--29925414	18	2.4	18	88	0	61	27	2	9	61	1.38
29927295--29927484	75	2.5	75	84	2	220	25	22	18	34	1.96
29931168--29931352	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
29931168--29931352	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
29934344--29934409	33	2.0	33	93	0	114	30	24	15	30	1.95
29943519--29943591	38	1.9	38	100	0	146	45	12	8	34	1.72
29946049--29946101	25	2.1	25	89	0	79	33	15	22	28	1.94
29947806--29947887	41	2.0	41	90	0	128	21	19	21	36	1.95
29953470--29953508	17	2.3	17	90	0	60	30	12	5	51	1.62
29966784--29966835	25	2.1	25	96	0	95	38	9	0	51	1.35
29976498--29976529	11	2.8	12	86	13	50	0	25	0	75	0.81
29984159--29984206	21	2.3	20	76	13	53	58	6	2	33	1.35
29986177--29986229	20	2.7	19	78	21	56	60	5	0	33	1.20
29986190--29986234	19	2.5	18	86	10	65	55	4	0	40	1.20
29986208--29986260	27	2.0	28	85	7	74	50	1	1	45	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29991675--29991788	28	4.0	28	74	10	106	28	28	14	28	1.96
29992003--29992041	8	4.9	8	87	0	60	5	23	23	48	1.70
29998940--29998979	21	2.0	21	90	5	64	22	30	35	12	1.91
30000251--30000419	48	3.6	47	80	4	171	24	28	20	26	1.99
30000290--30000416	48	2.7	47	87	4	177	24	27	21	26	1.99
30000290--30000427	46	2.9	47	85	2	179	26	27	20	26	1.99
30002471--30002714	68	3.6	69	78	8	221	27	23	17	31	1.97
30002471--30002714	135	1.8	135	81	3	312	27	23	17	31	1.97
30007465--30007543	27	2.9	28	83	3	81	43	18	16	21	1.88
30007533--30007776	27	9.0	27	80	3	222	27	15	19	38	1.92
30010005--30010043	18	2.2	18	86	9	53	10	20	7	61	1.52
30012408--30012642	40	5.9	40	93	1	375	21	27	23	27	1.99
30012627--30012658	16	2.0	16	100	0	64	37	25	12	25	1.91
30020604--30020791	40	4.7	40	93	0	306	22	26	23	27	2.00
30020571--30020791	80	2.8	80	87	2	313	21	26	23	27	1.99
30022670--30022758	27	3.3	27	85	0	106	40	23	16	19	1.91
30022719--30022784	27	2.5	25	79	20	64	31	13	22	31	1.93
30022761--30022948	27	7.0	27	82	0	196	25	12	18	44	1.84
30022723--30022897	81	2.2	81	83	2	208	28	12	17	41	1.86
30022750--30022905	81	1.9	81	88	0	231	25	12	17	44	1.83
30023270--30023320	18	2.8	19	76	8	61	21	21	17	39	1.93
30030260--30031164	40	22.6	40	97	1	1638	24	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30041687--30041721	15	2.2	16	90	5	54	60	0	17	22	1.37
30041652--30041751	42	2.3	45	86	6	134	52	1	21	26	1.54
30043285--30043384	29	3.5	29	85	6	123	28	27	16	29	1.97
30043296--30043384	29	3.1	29	90	4	128	26	28	16	28	1.97
30047834--30047881	21	2.3	20	85	3	60	45	20	18	14	1.85
30047847--30047890	20	2.1	21	87	4	63	40	20	22	15	1.90
30050069--30050110	18	2.3	19	92	8	70	2	23	0	73	0.94
30050069--30050127	6	10.2	6	70	7	50	5	20	0	74	1.00
30050071--30050148	30	2.6	30	78	10	88	5	21	1	71	1.12
30050154--30050184	15	2.1	15	93	0	53	6	19	3	70	1.22
30053118--30053218	52	1.9	52	97	0	193	35	16	25	21	1.95
30054402--30054521	43	2.8	42	78	2	123	23	22	25	28	1.99
30058245--30058278	7	4.9	7	100	0	68	14	11	14	58	1.63
30058296--30058329	18	1.9	18	88	5	52	58	0	29	11	1.33
30064201--30064300	40	2.5	39	87	6	148	51	13	5	31	1.62
30064384--30064453	23	3.2	23	76	17	78	1	30	0	68	0.98
30068059--30068114	25	2.2	25	87	0	76	32	7	5	55	1.50
30070251--30070318	34	2.0	34	85	0	91	36	20	22	20	1.95
30071649--30071824	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
30071646--30071817	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
30074212--30074319	54	2.0	53	98	1	207	25	24	27	22	1.99
30078721--30078855	68	2.0	68	95	0	243	40	14	22	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30078946--30079055	26	4.2	26	91	4	168	34	6	22	36	1.80
30080331--30080515	92	2.0	92	100	0	370	28	18	24	28	1.98
30080932--30081218	137	2.1	137	98	0	556	25	20	23	30	1.98
30084492--30084692	100	2.0	100	100	0	402	27	11	30	29	1.92
30097337--30097446	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
30098931--30098983	26	2.0	26	85	7	72	37	18	15	28	1.91
30099231--30099804	137	4.2	137	98	0	1094	25	19	23	31	1.98
30101364--30101511	41	3.5	41	66	13	120	30	17	18	33	1.94
30101318--30101513	86	2.3	86	92	0	329	29	20	17	32	1.95
30101526--30101736	97	2.2	97	93	0	359	28	27	15	28	1.96
30101720--30101902	96	1.9	96	87	3	271	29	24	18	27	1.98
30101826--30101953	45	2.9	43	71	12	116	28	26	18	26	1.98
30114211--30114285	29	2.6	28	83	8	89	56	2	5	36	1.36
30114744--30114823	39	2.1	39	97	0	151	57	6	15	21	1.59
30115711--30115822	26	4.3	26	90	4	172	34	6	22	36	1.79
30117306--30117358	26	2.0	25	82	13	63	41	22	9	26	1.84
30120365--30120402	6	6.0	6	88	11	58	81	0	0	18	0.69
30136193--30136314	42	2.9	42	79	7	129	29	14	26	29	1.95
30137773--30137910	40	3.5	40	86	6	192	25	22	25	26	2.00
30145051--30146053	39	25.6	39	97	1	1811	23	27	22	25	2.00
30162918--30162960	18	2.4	18	100	0	86	20	0	11	67	1.22
30163556--30163604	23	2.1	23	100	0	98	42	8	8	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30181425--30181496	6	11.8	6	78	14	76	48	12	18	20	1.80
30181425--30181496	24	3.0	24	84	10	85	48	12	18	20	1.80
30181614--30181687	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
30181638--30181695	27	2.1	27	84	6	73	36	29	20	13	1.91
30181998--30182080	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
30182279--30182474	27	7.3	27	81	2	205	27	18	18	35	1.94
30182279--30182474	54	3.6	54	84	2	241	27	18	18	35	1.94
30182297--30182474	81	2.2	81	86	6	245	26	18	19	35	1.94
30182479--30182914	27	16.2	27	82	5	470	41	9	21	27	1.83
30182479--30182914	81	5.4	81	84	4	531	41	9	21	27	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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