genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88468210--88468300	44	2.0	46	91	4	150	26	5	30	37	1.79
88468210--88468317	46	2.5	44	84	11	136	28	4	31	35	1.78
88468459--88468497	17	2.5	15	84	15	60	61	0	0	38	0.96
88468464--88468497	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
88468530--88468569	20	2.0	21	85	5	55	60	5	0	35	1.19
88468421--88468616	54	3.4	54	71	17	144	54	3	1	41	1.23
88468659--88468722	32	2.0	32	81	0	74	48	3	0	48	1.17
88470062--88470165	49	2.1	49	87	0	145	50	9	8	30	1.65
88472292--88472325	12	2.8	12	81	0	50	55	20	23	0	1.43
88473392--88473436	22	2.0	22	83	12	56	51	2	8	37	1.46
88474279--88474303	13	1.9	13	100	0	50	32	8	40	20	1.81
88475313--88475366	21	2.5	22	77	22	69	59	1	5	33	1.31
88475540--88475575	14	2.6	14	90	0	54	30	16	5	47	1.70
88481714--88482067	50	7.3	49	80	8	334	28	18	27	25	1.98
88484492--88484529	19	2.0	19	100	0	58	26	0	15	57	1.38
88485151--88485197	23	2.0	23	84	8	60	8	17	8	65	1.44
88485334--88485374	21	2.0	21	85	9	57	17	14	9	58	1.62
88488723--88488748	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
88490607--88490666	21	2.9	21	92	0	102	30	26	10	33	1.89
88499967--88500131	79	2.1	79	98	0	321	29	19	15	36	1.92
88521122--88521171	26	1.9	26	87	0	73	42	20	16	22	1.89
88524702--88524789	44	2.0	44	100	0	176	34	13	18	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88526200--88526287	42	2.1	42	95	0	158	21	30	28	19	1.97
88527752--88527805	26	2.1	25	82	3	63	40	25	12	20	1.88
88530443--88530471	14	2.1	14	100	0	58	27	0	31	41	1.56
88530457--88530901	48	9.3	48	94	0	773	34	6	27	31	1.81
88531032--88531208	37	4.8	37	97	0	327	24	19	31	24	1.98
88533948--88534010	22	2.9	22	80	0	72	42	14	26	15	1.86
88534391--88534456	32	2.1	32	100	0	132	39	24	3	33	1.71
88538801--88538962	38	4.2	38	80	6	175	22	20	24	32	1.98
88538792--88538974	76	2.4	78	83	2	226	21	19	25	33	1.97
88540802--88540838	18	2.1	18	100	0	74	16	21	16	45	1.84
88542775--88542856	34	2.4	34	100	0	164	24	21	8	45	1.80
88545866--88546238	47	7.9	47	89	0	505	32	10	29	27	1.91
88546032--88546154	22	5.3	22	64	27	67	32	13	29	25	1.93
88546126--88546201	22	3.3	22	66	28	59	34	11	28	25	1.91
88546218--88546308	46	2.0	46	86	0	128	35	6	29	28	1.83
88545866--88546293	141	3.0	139	84	3	396	32	10	29	27	1.90
88555355--88555452	40	2.5	40	88	5	137	22	29	23	24	1.99
88556429--88556493	32	2.0	32	100	0	130	15	12	41	30	1.84
88556436--88556505	32	2.2	32	86	0	95	17	15	35	31	1.91
88558282--88558311	15	1.9	16	93	6	53	30	3	13	53	1.56
88561180--88561317	40	3.5	40	89	4	208	26	26	23	23	2.00
88565397--88565586	98	1.9	98	96	0	353	29	18	24	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88566007--88566042	17	2.1	17	100	0	72	36	30	22	11	1.89
88566882--88566909	8	3.5	8	100	0	56	21	28	39	10	1.87
88567145--88567298	67	2.3	67	97	0	290	15	29	23	31	1.95
88569621--88569650	14	2.1	14	93	0	51	20	46	0	33	1.51
88576996--88577029	16	2.1	16	100	0	68	29	17	17	35	1.93
88581796--88581841	23	2.0	24	83	12	60	2	43	0	54	1.12
88583513--88583559	17	2.8	17	80	6	51	12	8	2	76	1.09
88593691--88593720	14	2.1	14	93	0	51	50	13	6	30	1.67
88599904--88600010	33	3.2	33	85	0	142	31	25	18	24	1.98
88600155--88600206	26	2.0	26	88	0	77	46	21	17	15	1.84
88600184--88600284	27	3.8	26	77	10	87	36	20	19	22	1.95
88612176--88612447	48	5.5	48	92	6	402	34	5	27	32	1.80
88612631--88612709	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
88621629--88621766	33	4.2	33	85	0	168	29	27	19	23	1.98
88621924--88622002	27	2.9	27	84	3	97	32	20	24	22	1.97
88625563--88625691	67	1.9	66	80	12	147	34	20	25	19	1.96
88626456--88626585	42	3.1	42	86	5	185	29	26	16	28	1.97
88628908--88629009	29	3.6	29	85	1	125	27	30	16	25	1.97
88628899--88629007	58	1.9	57	84	1	146	27	30	15	26	1.96
88631031--88631295	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
88630998--88631295	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
88631227--88631304	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88639146--88639461	49	6.6	49	94	2	509	30	29	6	32	1.84
88645569--88645668	29	3.5	29	84	4	123	28	30	16	26	1.96
88645895--88645933	16	2.4	16	91	0	60	7	20	23	48	1.75
88650104--88650256	37	4.1	37	88	0	225	26	32	18	22	1.97
88650103--88650256	74	2.1	74	97	0	299	27	31	18	22	1.97
88650375--88650721	47	7.4	47	96	0	613	29	30	8	31	1.87
88650426--88650503	25	3.2	25	64	10	72	33	28	5	33	1.79
88653908--88654117	40	5.3	40	87	1	296	26	26	19	27	1.99
88655611--88655702	46	2.0	46	86	0	130	25	31	8	34	1.86
88661360--88661391	6	5.3	6	100	0	64	18	15	0	65	1.27
88661357--88661398	18	2.4	17	88	11	66	16	14	0	69	1.20
88662225--88662458	118	2.0	117	97	0	441	35	24	12	27	1.92
88662931--88663008	38	2.1	38	92	0	129	20	28	10	41	1.85
88662766--88663132	203	1.8	203	99	0	725	27	21	14	35	1.93
88664651--88664675	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
88667062--88667110	24	2.0	24	100	0	98	34	8	28	28	1.86
88670218--88670338	47	2.6	47	96	2	217	32	29	15	22	1.95
88672637--88672770	53	2.5	53	81	2	151	36	20	23	20	1.95
88674986--88675163	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
88675007--88675162	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
88683052--88683229	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
88683073--88683228	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88693993--88694124	47	2.8	48	83	5	178	34	27	18	20	1.96
88695080--88695147	32	2.1	32	97	0	127	23	19	26	30	1.98
88696247--88696459	46	4.6	46	89	2	302	19	23	15	42	1.88
88696247--88696468	93	2.4	92	89	2	320	19	23	14	41	1.89
88703243--88703307	32	2.0	33	96	3	123	40	12	12	35	1.80
88709467--88709513	24	1.9	25	83	12	62	29	2	14	53	1.53
88711341--88711375	17	2.0	17	88	5	52	20	5	2	71	1.19
88711700--88711749	25	2.0	25	96	3	93	64	8	8	20	1.46
88712690--88712792	28	3.7	28	77	8	102	26	31	15	27	1.96
88713017--88713059	16	2.7	16	77	0	50	11	16	16	55	1.68
88717255--88717367	28	4.0	28	81	4	113	26	29	15	28	1.96
88717257--88717367	56	2.0	57	83	5	145	26	29	16	27	1.97
88717587--88717624	16	2.4	16	95	0	67	13	21	13	52	1.73
88721007--88721085	18	4.4	18	74	6	61	40	13	13	31	1.85
88724015--88724146	48	2.7	49	82	2	149	30	21	25	21	1.99
88724067--88724187	48	2.5	48	79	2	127	29	20	22	27	1.98
88727356--88727396	20	2.2	19	86	8	57	75	2	0	21	0.92
88727732--88727782	10	5.1	10	79	9	59	41	0	0	58	0.98
88727850--88727890	19	2.2	19	86	4	57	26	4	0	68	1.10
88727898--88727962	15	4.0	16	78	13	62	29	0	3	67	1.05
88727886--88727933	8	5.6	8	87	5	60	31	2	0	66	1.03
88729059--88729139	41	2.0	40	85	9	110	46	2	0	50	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88729460--88729522	31	2.0	31	96	0	117	41	6	12	39	1.69
88747276--88747358	40	2.1	40	88	0	121	40	8	18	32	1.80
88751225--88751335	47	2.4	47	83	6	145	35	22	16	26	1.95
88759342--88759522	40	4.5	39	78	7	159	24	25	24	25	2.00
88770003--88770159	63	2.4	63	80	11	174	32	17	26	23	1.96
88775305--88775341	19	2.0	19	94	5	67	35	10	5	48	1.61
88777763--88777795	13	2.5	13	95	0	57	27	39	18	15	1.90
88781529--88781568	21	2.0	21	85	5	55	20	27	40	12	1.88
88783173--88783343	46	3.7	44	78	12	150	20	29	21	29	1.98
88783148--88783348	46	4.3	46	73	16	148	20	29	20	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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