genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.291.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  291  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96715278--96715303	13	2.0	13	100	0	52	61	30	0	7	1.24
96723596--96723650	20	2.8	20	81	5	69	16	34	34	14	1.89
96736276--96736353	25	3.2	25	66	23	76	26	10	32	30	1.90
96736275--96736554	47	6.0	47	91	0	425	31	12	30	25	1.93
96736275--96736537	141	1.9	141	95	0	481	31	11	30	26	1.92
96736443--96736518	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
96736717--96736831	37	3.1	37	92	0	185	21	20	32	25	1.98
96748296--96749303	47	21.4	47	96	0	1793	33	8	28	29	1.87
96748374--96748456	27	3.3	27	60	16	68	36	4	25	33	1.77
96749424--96749501	37	2.1	37	85	4	104	24	17	30	26	1.97
96753291--96753470	49	3.8	49	78	5	174	27	26	18	27	1.98
96753447--96753611	46	3.5	46	77	3	134	21	28	20	29	1.98
96761096--96761262	46	3.6	47	76	8	162	23	28	18	29	1.98
96761140--96761262	46	2.7	44	85	7	167	23	28	18	29	1.98
96764825--96764860	19	1.9	19	88	5	56	36	0	0	63	0.94
96765993--96766229	3	77.7	3	68	15	103	29	8	2	59	1.39
96766271--96766455	3	61.7	3	100	0	370	0	32	0	67	0.91
96766594--96766670	40	1.9	41	82	12	97	64	0	0	35	0.93
96766658--96766687	14	2.1	14	93	0	51	76	0	0	23	0.78
96766580--96766696	54	2.2	53	78	9	121	64	0	1	33	1.10
96767023--96767115	46	2.0	46	95	2	170	48	11	6	33	1.65
96768652--96768743	10	9.4	10	73	15	68	66	2	5	26	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96768652--96768744	20	4.8	19	79	14	93	65	2	5	26	1.25
96768652--96768743	21	4.7	20	78	18	88	66	2	5	26	1.25
96768997--96769047	25	2.0	23	85	14	66	27	1	1	68	1.11
96768975--96769107	69	1.9	68	80	10	155	30	2	3	63	1.21
96769083--96769118	16	2.2	16	90	0	54	27	2	0	69	1.02
96769093--96769123	16	1.9	16	93	0	53	22	3	0	74	0.96
96770057--96770082	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
96778036--96778069	17	2.1	17	88	5	52	38	17	5	38	1.74
96782775--96782826	24	2.2	24	89	0	77	30	7	15	46	1.74
96783571--96783623	19	2.8	19	72	8	54	24	3	15	56	1.55
96783708--96783830	43	2.9	42	81	2	156	31	17	24	26	1.97
96792161--96792284	60	2.1	60	86	1	169	36	25	13	24	1.92
96793496--96793542	23	2.0	24	88	12	71	42	29	0	27	1.56
96795580--96795756	49	3.7	47	74	9	160	27	18	29	24	1.98
96807843--96808001	80	2.0	80	94	0	282	44	11	7	36	1.69
96809020--96809054	18	2.0	17	88	5	52	51	5	0	42	1.25
96812167--96812282	41	2.8	41	85	3	144	40	20	20	18	1.92
96812458--96812537	21	3.9	21	71	21	78	28	1	26	43	1.62
96812580--96812678	7	14.1	7	72	8	58	19	1	41	38	1.58
96818350--96818530	40	4.5	40	94	0	290	25	29	23	22	1.99
96821260--96821295	7	5.1	7	93	0	63	16	58	0	25	1.38
96821260--96821303	14	3.1	14	87	6	54	18	54	0	27	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96833706--96833850	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
96835559--96835789	117	2.0	114	96	2	426	29	21	25	23	1.99
96835938--96836213	138	2.0	138	99	0	543	35	24	12	27	1.92
96836309--96836696	40	9.6	40	83	7	464	27	25	19	27	1.99
96836275--96836677	202	2.0	202	97	0	752	28	25	19	27	1.98
96836694--96836940	124	2.0	124	99	0	485	35	24	10	29	1.89
96837011--96837396	193	2.0	194	96	0	720	31	19	14	34	1.92
96847312--96847483	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
96847312--96847481	40	4.3	39	87	5	207	25	21	27	25	1.99
96847339--96847516	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
96848968--96849043	38	2.0	38	94	0	134	34	22	11	31	1.90
96850239--96850349	43	2.6	43	85	4	154	33	24	18	24	1.97
96850243--96850401	43	3.7	43	77	9	146	34	24	16	24	1.95
96850243--96850403	86	1.9	85	83	6	209	34	24	16	24	1.95
96851107--96851135	11	2.7	11	94	5	51	65	17	0	17	1.27
96855346--96855503	48	3.3	47	73	7	156	32	27	13	25	1.94
96855346--96855507	24	6.8	24	70	8	114	32	27	13	26	1.94
96862793--96862857	24	2.7	26	83	11	84	32	29	15	23	1.95
96864316--96864460	40	3.7	40	81	10	172	24	27	23	24	2.00
96877707--96877932	50	4.6	49	83	2	281	28	26	19	25	1.98
96877756--96877935	99	1.8	100	90	1	290	28	26	20	25	1.99
96880808--96880938	27	4.9	27	73	12	90	35	24	6	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96880808--96880938	54	2.4	53	75	12	124	35	24	6	32	1.82
96880923--96881171	27	9.2	27	87	0	318	35	18	19	25	1.95
96881370--96881451	28	3.0	28	92	5	141	19	23	21	35	1.96
96881369--96881484	27	4.3	26	88	5	142	20	21	21	36	1.96
96881646--96881731	6	14.2	6	74	11	77	18	16	13	51	1.77
96887064--96887136	36	2.0	36	91	0	119	36	24	21	16	1.94
96894486--96894529	16	2.7	16	92	3	70	52	20	18	9	1.72
96894755--96894854	29	3.5	28	83	1	119	26	16	31	27	1.96
96900806--96900843	14	2.9	13	85	11	51	63	10	7	18	1.50
96902483--96902603	44	2.9	41	76	10	118	36	23	16	23	1.94
96904760--96904794	12	2.8	12	95	4	61	14	2	5	77	1.07
96909414--96909530	43	2.7	43	79	8	123	26	18	24	29	1.98
96912371--96912444	27	2.7	27	97	0	139	40	22	17	18	1.91
96916060--96916166	26	4.2	26	93	2	189	36	25	6	31	1.81
96916060--96916166	51	2.1	52	94	1	189	36	25	6	31	1.81
96916531--96916651	43	2.8	43	84	1	145	28	15	24	30	1.96
96920165--96920286	45	2.7	44	86	10	167	27	22	30	20	1.98
96927243--96927511	46	5.7	45	73	11	159	26	20	30	23	1.98
96931636--96931721	43	1.9	44	84	15	115	29	27	17	25	1.97
96946251--96946300	25	2.0	25	100	0	100	40	8	16	36	1.77
96946706--96946753	23	2.1	23	100	0	96	31	4	20	43	1.71
96955730--96955863	54	2.5	54	73	0	133	26	18	18	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96955730--96955863	27	5.0	27	77	0	97	26	18	18	36	1.94
96956203--96956250	18	2.7	18	80	0	60	22	20	14	41	1.89
96965365--96965495	47	2.7	47	81	8	149	26	19	28	25	1.98
96967468--96967551	41	2.0	41	97	0	159	33	17	4	44	1.70
96969494--96969562	24	2.9	25	81	10	74	46	20	17	15	1.84
96971278--96971400	43	2.9	42	81	8	151	27	15	26	30	1.96
96979902--96980125	47	4.8	46	75	10	190	25	29	18	26	1.98
96981869--96982089	48	4.7	47	76	12	204	27	18	28	24	1.98
96988398--96988502	53	2.0	50	89	5	156	33	14	22	29	1.94
96993491--96993518	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
96993746--96993853	25	4.4	25	87	5	132	27	22	21	28	1.99
96993901--96993967	20	3.3	20	91	4	109	35	19	8	35	1.83
96993886--96993965	40	2.0	39	83	13	101	37	18	8	35	1.82
96993901--96993958	11	5.6	11	78	15	70	36	18	8	36	1.82
96993909--96993965	9	5.8	10	80	15	66	38	21	5	35	1.76
97001565--97001592	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
97001820--97001927	25	4.4	25	86	5	132	27	21	22	28	1.99
97001975--97002030	11	5.5	11	71	16	57	33	21	10	33	1.88
97001975--97002041	20	3.3	20	93	4	109	34	20	10	34	1.87
97001992--97002047	9	5.7	10	76	16	55	35	19	8	35	1.83
97002077--97002124	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
97008390--97008424	13	2.7	13	100	0	70	0	37	34	28	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97008995--97009123	62	2.1	62	98	0	249	20	24	13	41	1.88
97008995--97009094	35	3.1	35	60	26	83	22	23	13	42	1.88
97014569--97015089	48	10.9	48	93	0	889	35	5	28	30	1.81
97015230--97015327	37	2.6	37	96	0	178	24	21	30	23	1.99
97025648--97025697	22	2.3	22	93	6	84	20	30	30	20	1.97
97031778--97031859	24	3.5	24	80	5	87	39	21	23	15	1.92
97033730--97034556	412	2.0	409	96	0	1530	30	20	13	35	1.91
97045848--97045887	21	1.9	21	84	0	53	50	5	7	37	1.53
97053659--97053832	45	3.9	45	79	1	161	39	14	21	24	1.90
97058559--97058612	20	2.7	20	94	0	90	18	33	31	16	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322