Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  3  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
582078--582223
31
4.7
31
89
3
222
27
19
27
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1.99
582241--582454
47
4.7
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211
28
15
27
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1.96
582245--582498
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29
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2.4
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0
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599223--599262
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2.3
18
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0
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0
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0
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2
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2.9
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13
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618642--618780
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4.7
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12
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2.5
24
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2.8
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13
54
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2
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20
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19
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60
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2
0
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0
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28
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2.0
19
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2.1
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20
2.7
20
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1.40
651806--651850
3
15.7
3
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17
51
28
2
0
68
1.01
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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11
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2
0
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2.4
21
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6
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34
2
8
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1.41
655399--655443
3
15.7
3
78
17
51
28
2
0
68
1.01
655399--655437
11
3.5
11
92
0
69
28
2
0
69
1.02
657593--657742
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6.4
23
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142
14
26
24
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662527--662647
43
2.8
43
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131
28
25
19
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1.98
662527--662686
85
1.9
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191
28
25
19
26
1.99
664576--664872
86
3.5
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1
292
33
22
16
27
1.96
664440--664872
172
2.5
170
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426
32
21
16
29
1.95
664539--664923
172
2.2
173
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404
32
22
16
28
1.96
669481--669708
79
2.9
78
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2
332
32
14
21
31
1.93
671465--671511
19
2.5
19
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0
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20
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19
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56
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0
15
11
1.09
671472--671525
21
2.7
20
75
21
58
72
0
14
12
1.13
673476--673518
22
1.9
23
85
4
61
16
9
6
67
1.40
674910--674979
31
2.2
32
75
12
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25
4
1
68
1.16
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100
0
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33
0
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2.4
27
77
15
66
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7
11
26
1.61
688987--689034
26
1.9
24
87
8
69
64
6
0
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1.18
689005--689063
21
2.8
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78
12
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6
1
22
1.21
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4.0
15
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10
52
70
0
1
27
0.97
693215--693341
42
3.0
42
82
6
152
29
25
14
29
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
695817--695935
46
2.6
46
86
1
148
47
11
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18
1.80
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31
2.0
31
96
0
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27
18
26
1.98
696461--696589
50
2.5
51
88
2
188
24
21
16
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1.93
697328--697480
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2.0
77
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0
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30
18
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21
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2
0
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1.06
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14
2.6
14
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16
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5
13
10
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2.0
18
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54
0
0
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2.3
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0
50
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0
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2.0
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6
79
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3
3
39
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2.0
61
82
0
151
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15
4
38
1.68
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23
2.0
23
82
0
56
26
2
10
60
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2.2
20
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8
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38
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0
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17
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4
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32
3
0
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1.09
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2.0
21
86
9
59
40
14
7
38
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19
2.0
19
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753074--753131
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2.0
29
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0
98
36
20
24
18
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
755349--755378
15
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16
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0
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0
0
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32
0
20
46
1.54
756628--756675
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1.9
25
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27
0
18
54
1.44
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2.9
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87
4
257
29
0
22
47
1.56
756808--757011
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59
91
0
318
52
7
4
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1.9
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0
0
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160
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20
21
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1.97
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14
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0
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14
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20
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30
1
0
68
0.99
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1
0
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18
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18
100
0
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10
10
40
1.75
773575--773652
33
2.4
33
79
12
88
24
26
19
29
1.98
777214--777273
30
2.0
30
96
0
111
30
28
16
25
1.97
781701--781744
22
2.0
23
90
4
72
75
9
4
11
1.19
782247--782410
73
2.3
73
90
1
258
13
32
3
50
1.59
785366--785432
33
2.0
33
97
0
125
25
11
22
40
1.88
785450--785535
43
2.0
43
95
0
154
30
10
29
30
1.90
785460--785815
178
2.0
178
100
0
712
35
6
15
42
1.74
786121--786153
17
1.9
17
100
0
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36
0
0
63
0.95
786144--786178
16
2.2
16
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0
52
54
0
0
42
1.00
786419--786489
16
4.4
16
90
0
106
32
22
5
39
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
787251--787277
8
3.4
8
100
0
54
40
0
0
59
0.98
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18
2.2
19
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9
55
28
2
2
66
1.18
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11
3.4
11
88
7
56
0
0
13
86
0.58
787984--788019
16
2.2
16
95
0
63
0
0
13
86
0.58
788257--788292
15
2.4
15
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0
54
63
2
0
33
1.08
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10
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9
65
16
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61
2
4
31
1.31
797781--797878
19
5.2
19
69
11
58
65
2
5
27
1.25
797781--797861
29
2.9
29
81
7
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64
2
3
29
1.24
797804--797907
29
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28
75
12
104
59
2
5
31
1.36
797751--797908
38
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39
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17
113
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3
4
30
1.31
797893--797950
19
2.8
21
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20
59
63
3
8
24
1.38
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2.5
246
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4
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32
15
17
34
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805165--805776
239
2.6
239
96
0
1107
35
21
15
28
1.93
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35
4.7
35
75
9
159
33
23
11
32
1.90
806745--806870
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2.0
64
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0
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21
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32
1.92
812984--813017
17
1.9
18
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5
61
55
5
11
26
1.58
815514--815559
10
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10
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10
60
69
2
6
21
1.22
817041--817104
18
3.4
18
73
12
65
35
25
25
14
1.93
817507--817547
21
1.9
22
85
5
57
36
14
4
43
1.67
818314--818348
16
2.1
18
89
10
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37
14
2
45
1.59
820362--820470
5
21.6
5
71
15
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74
1
3
20
1.07
820362--820439
27
2.8
28
82
9
97
74
1
2
21
1.01
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
823450--823483
17
1.9
18
94
5
61
55
5
11
26
1.58
824197--824246
10
5.0
10
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13
68
70
2
8
20
1.23
825844--825875
11
2.8
12
86
13
50
34
0
0
65
0.93
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21
2.6
20
88
11
72
75
5
9
9
1.20
827453--827518
17
3.9
17
76
20
59
56
0
4
39
1.20
827449--827523
17
4.6
16
73
20
57
57
1
4
37
1.26
828495--828588
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4.1
23
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0
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47
4
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22
1.69
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23
4.1
23
85
0
134
47
4
25
22
1.69
833721--833755
18
1.9
18
94
0
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45
5
8
40
1.58
833779--833868
30
2.9
30
80
8
83
56
7
8
26
1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322