genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.296.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98354636--98354696	29	2.1	28	93	3	104	26	13	31	29	1.93
98354648--98354729	29	2.8	29	87	3	103	24	15	31	28	1.96
98354658--98354753	29	3.4	29	83	8	92	25	15	34	25	1.95
98362548--98362603	29	1.9	29	96	0	103	42	19	1	35	1.62
98364348--98364514	48	3.5	48	84	1	217	29	23	19	28	1.98
98364491--98364537	23	2.0	23	87	0	67	27	25	17	29	1.97
98364580--98364701	37	3.3	37	92	0	190	25	24	19	30	1.98
98369773--98369854	43	1.9	43	90	5	130	24	13	18	43	1.85
98369773--98369882	43	2.6	43	82	2	114	23	16	15	44	1.86
98371836--98371969	48	2.8	47	87	4	171	26	25	22	26	2.00
98375497--98375548	27	1.9	27	92	0	86	25	13	28	32	1.93
98384562--98384629	34	2.0	34	97	0	127	27	2	22	47	1.66
98398527--98398609	39	2.1	39	100	0	166	27	19	7	45	1.76
98411879--98412097	110	2.0	110	98	0	420	25	12	21	41	1.88
98416416--98416458	21	2.0	21	86	0	59	6	27	0	65	1.18
98416453--98416500	24	2.0	23	84	11	62	2	41	0	56	1.11
98421676--98421773	45	2.2	44	87	5	144	35	23	14	26	1.93
98422472--98422671	100	2.0	100	100	0	400	42	17	17	24	1.89
98423429--98423486	30	1.9	30	96	0	107	48	6	22	22	1.74
98432969--98433153	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
98432950--98433153	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
98440941--98441125	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98440908--98441125	40	5.5	40	81	8	241	24	27	22	25	2.00
98442337--98442639	152	2.0	151	98	1	581	28	20	13	38	1.90
98444256--98444281	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
98444762--98444939	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
98444763--98444918	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
98444759--98444939	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
98458196--98458242	12	3.8	13	83	8	62	53	0	4	42	1.20
98458196--98458244	25	2.0	25	92	8	82	51	0	8	40	1.32
98459561--98459604	22	2.0	22	86	4	63	36	11	6	45	1.67
98463147--98463178	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
98465869--98465943	32	2.3	32	88	0	105	33	16	21	29	1.95
98465882--98465950	32	2.2	32	83	0	84	40	13	21	24	1.89
98466198--98466236	20	2.0	20	85	5	53	30	2	2	64	1.21
98466242--98466267	10	2.6	10	100	0	52	23	0	0	76	0.78
98475942--98476793	37	23.0	37	100	0	1704	48	8	5	37	1.56
98485225--98485283	25	2.4	24	77	5	64	35	5	16	42	1.71
98488315--98488432	59	2.0	58	88	1	173	20	20	19	39	1.92
98489909--98489999	26	3.6	25	81	12	100	17	27	20	34	1.95
98490051--98490122	25	2.8	26	72	4	67	25	20	19	34	1.96
98495053--98495109	28	2.0	28	96	0	105	43	7	26	22	1.78
98497422--98497475	26	2.1	26	96	0	99	24	29	14	31	1.95
98511217--98511250	6	5.8	6	96	3	61	52	0	35	11	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98512535--98512559	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
98515440--98515522	24	3.6	23	79	14	73	72	1	7	19	1.15
98515440--98515527	18	4.2	20	74	14	63	72	1	6	19	1.13
98515441--98515532	38	2.3	43	78	16	108	72	1	6	19	1.12
98519808--98519984	9	19.6	9	84	1	210	41	1	15	41	1.57
98519808--98520136	18	17.9	18	73	10	222	38	1	16	43	1.57
98519809--98520136	27	12.3	27	75	9	206	38	1	16	43	1.57
98520014--98520136	9	13.9	9	70	11	76	34	0	19	45	1.56
98519917--98520072	43	3.5	44	79	11	151	36	0	15	47	1.50
98519940--98520135	61	3.2	61	80	10	204	35	1	17	45	1.56
98523812--98523950	48	2.9	48	81	4	181	26	21	28	23	1.99
98526060--98526134	21	3.5	20	67	13	53	36	38	0	25	1.56
98526146--98526190	14	3.1	14	87	3	63	48	31	0	20	1.49
98527456--98527517	30	2.1	30	87	0	88	24	8	9	58	1.57
98541961--98542000	21	1.9	21	89	0	62	35	5	20	40	1.74
98553955--98554096	51	2.8	50	82	8	162	28	27	16	27	1.97
98554000--98554131	51	2.6	51	81	4	149	31	25	18	25	1.98
98556691--98556764	27	2.6	28	78	6	78	21	39	16	22	1.92
98560042--98560072	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
98567177--98567432	55	4.8	54	80	11	255	35	16	25	22	1.95
98567186--98567385	108	1.8	110	88	4	307	34	16	25	23	1.95
98567629--98567659	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98569072--98569120	18	2.7	18	87	0	71	42	14	24	18	1.87
98569452--98569675	27	8.4	27	86	3	249	40	20	16	23	1.91
98571823--98572918	47	23.4	47	97	0	1993	30	8	31	29	1.87
98573037--98573115	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
98575961--98576210	27	9.4	27	84	5	242	40	20	15	24	1.91
98575966--98576171	54	3.8	54	87	3	274	39	19	16	25	1.91
98575990--98576210	107	2.1	108	86	5	306	40	19	15	24	1.90
98575990--98576210	54	4.1	54	85	4	286	40	19	15	24	1.90
98575990--98576210	80	2.8	80	84	4	250	40	19	15	24	1.90
98577277--98577602	81	4.0	81	99	0	634	41	8	29	20	1.82
98582665--98583666	336	3.0	335	88	2	1454	28	25	12	34	1.91
98590736--98590897	77	2.1	78	88	1	236	24	21	28	25	1.99
98590736--98590897	39	4.2	39	87	1	218	24	21	28	25	1.99
98594815--98594843	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
98595286--98595341	21	2.7	21	100	0	112	37	14	42	5	1.68
98595717--98595960	43	5.7	44	71	8	162	29	17	24	28	1.97
98595717--98595959	86	2.8	86	79	1	227	29	17	24	28	1.97
98595814--98596086	43	6.4	42	75	11	162	27	16	26	30	1.96
98595725--98596065	129	2.6	130	81	7	365	30	16	24	28	1.97
98595835--98596082	86	2.9	86	77	9	211	29	16	25	28	1.97
98596731--98597004	28	9.1	28	65	13	116	60	2	3	32	1.29
98596734--98597037	58	5.1	56	65	24	192	61	2	3	31	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98596700--98597105	9	43.8	9	66	10	147	62	2	4	30	1.29
98596709--98597104	121	3.3	121	97	0	738	62	2	4	30	1.30
98596815--98596988	37	4.4	37	66	20	93	62	4	3	29	1.30
98597007--98597092	28	3.1	27	73	6	64	66	2	4	26	1.23
98597699--98597907	88	2.4	90	79	12	227	37	18	9	34	1.82
98598122--98598182	9	6.3	9	72	12	50	63	1	1	32	1.13
98598110--98598189	30	2.7	29	86	9	99	62	1	3	32	1.21
98598111--98598180	10	6.8	11	73	16	53	64	1	2	31	1.17
98598436--98598595	56	2.9	56	97	0	295	23	4	3	68	1.24
98598566--98598612	22	2.2	21	84	3	58	36	0	2	61	1.08
98599807--98599906	49	2.0	50	86	1	139	41	20	9	30	1.83
98610422--98610456	16	2.1	17	94	5	63	45	0	5	48	1.26
98611537--98611628	26	3.5	26	69	18	73	58	6	4	30	1.43
98612651--98612694	23	1.9	23	95	0	79	36	27	6	29	1.83
98626111--98626209	51	2.0	50	83	2	126	31	26	17	25	1.97
98626224--98626337	43	2.7	41	83	4	156	31	28	17	21	1.96
98628705--98628758	26	2.1	26	100	0	108	40	0	16	42	1.48
98631153--98631209	25	2.3	25	81	0	69	24	26	28	21	1.99
98640926--98641541	69	9.1	69	75	6	441	38	19	22	19	1.93
98640923--98641170	128	1.9	127	83	0	316	39	21	21	17	1.92
98641070--98641532	207	2.2	207	79	2	491	38	19	23	18	1.93
98641522--98641560	21	2.0	20	85	10	53	46	23	12	17	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98648616--98648674	31	1.9	31	86	6	84	35	22	22	20	1.96
98648871--98648904	14	2.3	15	90	5	52	50	20	2	26	1.63
98650012--98650349	26	12.3	29	71	14	153	29	25	14	30	1.95
98649996--98650349	55	6.5	55	78	4	329	29	24	15	30	1.96
98649996--98650345	110	3.2	109	79	6	402	28	24	16	30	1.96
98650760--98650907	75	2.0	76	89	1	226	34	25	9	31	1.88
98651613--98651687	35	2.1	35	97	0	141	37	24	16	22	1.93
98653642--98653671	15	2.0	15	100	0	60	33	20	13	33	1.91
98654420--98654459	19	2.2	18	86	13	55	27	2	0	70	1.01
98654543--98654576	17	2.0	17	100	0	68	41	23	5	29	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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