genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60540101--60540171	22	3.2	21	74	7	61	1	26	0	71	0.94
60542095--60542316	93	2.3	96	83	8	269	28	28	18	24	1.98
60542289--60542410	46	2.7	46	87	2	165	25	29	17	27	1.97
60549112--60549162	25	2.0	25	100	0	102	43	11	7	37	1.71
60549119--60549175	25	2.3	24	85	8	71	50	12	5	31	1.62
60549485--60549592	42	2.6	42	78	10	105	33	25	13	27	1.94
60551696--60552032	48	6.9	48	78	7	284	23	29	19	27	1.98
60551696--60552020	50	6.6	50	82	4	283	23	29	19	27	1.98
60551702--60552020	100	3.3	98	82	6	353	23	29	19	27	1.98
60551696--60552081	148	2.6	145	79	8	399	23	29	19	27	1.98
60556665--60556718	17	3.2	17	72	0	63	50	16	5	27	1.68
60556651--60556718	34	2.0	34	97	0	127	48	14	7	29	1.71
60556745--60556769	11	2.3	11	100	0	50	40	16	0	44	1.47
60557878--60557938	23	2.8	21	83	11	61	39	3	1	55	1.26
60565406--60565462	24	2.4	24	76	5	62	59	1	0	38	1.08
60566604--60566666	18	3.4	17	75	14	54	44	12	3	39	1.59
60569911--60569959	25	2.0	25	84	8	64	16	6	4	73	1.19
60569911--60569959	26	2.0	24	84	8	62	16	6	4	73	1.19
60569936--60569995	17	3.5	16	76	19	59	18	5	1	75	1.07
60569932--60570008	10	8.0	9	76	15	57	22	3	1	72	1.08
60570015--60570088	12	6.2	12	71	24	50	36	0	6	56	1.26
60570057--60570088	14	2.4	14	90	10	50	31	0	6	62	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60570192--60570238	24	1.9	25	86	4	69	31	2	0	65	1.04
60570355--60570405	20	2.8	17	78	16	57	54	3	1	39	1.30
60570414--60570438	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
60572759--60572858	30	3.3	30	87	0	137	26	27	20	27	1.99
60575530--60575614	42	2.0	42	90	4	136	23	35	25	15	1.94
60585571--60585618	20	2.4	21	82	10	64	37	25	27	10	1.88
60585582--60585678	20	4.8	20	75	13	83	40	19	25	14	1.90
60585582--60585686	40	2.6	41	77	10	126	39	19	26	15	1.91
60599775--60599887	40	2.8	40	97	0	208	23	21	29	26	1.99
60599873--60600052	90	2.0	90	96	0	333	25	17	25	32	1.97
60599972--60600196	112	2.0	112	97	0	423	26	17	20	35	1.95
60609340--60609462	57	2.2	56	86	4	167	52	4	0	43	1.20
60609848--60609934	44	2.0	43	88	2	129	31	26	11	31	1.91
60615247--60615356	31	3.4	31	68	18	96	50	5	30	14	1.65
60615209--60615364	68	2.2	70	92	4	253	48	3	33	13	1.60
60616964--60617027	31	2.1	31	93	0	110	35	7	23	32	1.84
60630422--60630485	30	2.2	30	91	2	103	34	14	23	28	1.93
60631410--60631493	26	3.2	26	93	0	141	32	4	25	38	1.77
60633346--60633411	32	2.0	34	82	8	82	27	18	25	28	1.98
60635232--60635268	18	2.1	18	89	0	56	56	0	37	5	1.22
60635973--60636010	13	2.8	13	92	4	58	28	0	0	71	0.87
60635978--60636010	7	4.9	7	92	7	59	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60637756--60637805	16	3.0	16	82	5	55	62	2	0	36	1.07
60640848--60641090	122	2.0	122	99	0	477	37	11	6	45	1.66
60641271--60641481	106	2.0	106	99	0	413	40	14	18	26	1.89
60653094--60653269	71	2.5	70	85	1	228	28	13	22	34	1.93
60653280--60653789	161	3.2	158	79	7	471	27	16	21	34	1.95
60653606--60653743	73	1.9	73	92	0	231	31	17	22	28	1.96
60657324--60657374	25	2.0	25	84	0	66	49	13	29	7	1.70
60658247--60658334	42	2.1	42	91	4	142	13	30	28	27	1.94
60658385--60658569	42	4.4	42	88	0	235	17	35	21	25	1.95
60658371--60658556	84	2.2	84	88	0	264	19	34	21	23	1.96
60660834--60660867	15	2.3	15	89	0	50	52	5	23	17	1.66
60661167--60661301	59	2.3	59	94	2	234	42	4	6	46	1.50
60665522--60665575	20	2.7	20	97	0	99	48	20	12	18	1.81
60667738--60667911	98	1.8	97	83	6	239	25	17	27	29	1.98
60667782--60667912	49	2.7	49	80	11	160	27	18	26	27	1.98
60669952--60670050	23	4.3	23	82	5	112	29	18	24	28	1.98
60669952--60670110	45	3.4	46	72	14	121	31	18	22	27	1.97
60686958--60687005	23	2.1	23	84	0	60	31	2	2	64	1.16
60687083--60687130	24	2.0	24	84	8	62	31	6	4	58	1.42
60687313--60687391	35	2.3	35	95	0	140	26	10	3	59	1.47
60698804--60699543	18	42.3	18	88	5	768	37	11	14	37	1.82
60698820--60699543	35	20.7	35	100	0	1448	37	11	14	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60705008--60705055	14	3.5	14	80	8	55	83	0	14	2	0.74
60704996--60705058	22	3.0	22	88	9	87	82	0	14	3	0.79
60705935--60706114	44	4.1	44	75	11	179	30	16	25	28	1.97
60706103--60706580	119	4.0	119	93	0	778	32	19	19	28	1.96
60706507--60706662	83	1.9	83	89	2	242	30	22	21	26	1.99
60706385--60706782	202	2.0	202	89	1	618	30	21	20	27	1.98
60706587--60707139	119	4.6	119	93	0	883	32	18	19	28	1.96
60706266--60706901	321	2.0	321	92	0	1058	31	20	19	28	1.97
60706147--60707020	440	2.0	440	92	1	1450	32	19	19	28	1.96
60706106--60707210	559	2.0	558	94	0	1960	32	19	19	28	1.96
60707063--60707486	83	5.1	83	95	0	740	32	20	20	27	1.97
60707063--60707499	167	2.6	167	94	0	741	32	20	19	27	1.97
60707877--60708596	35	20.5	35	99	0	1431	37	11	14	37	1.82
60715113--60715160	24	2.0	24	84	8	62	31	6	4	58	1.42
60715333--60715410	34	2.3	34	95	2	138	26	8	3	60	1.44
60718527--60718656	47	2.8	46	75	15	142	26	19	30	23	1.98
60719883--60720001	55	2.2	56	80	6	127	24	26	22	26	2.00
60720893--60721061	47	3.6	47	73	11	139	22	28	21	27	1.99
60720937--60721109	47	3.7	48	71	18	139	21	30	20	27	1.98
60722792--60722862	29	2.4	29	81	4	99	26	29	14	29	1.95
60722970--60723036	29	2.3	29	82	5	82	28	28	13	29	1.94
60723144--60723216	29	2.5	30	84	13	107	28	28	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60722796--60723185	174	2.2	174	99	0	762	30	24	14	31	1.94
60724907--60724964	30	1.9	30	92	0	98	25	25	15	32	1.95
60728937--60729014	7	10.9	7	86	5	84	44	34	1	19	1.59
60728939--60729014	29	2.7	29	80	8	93	44	34	1	19	1.59
60733306--60733450	40	3.6	40	82	4	175	24	25	24	26	2.00
60733586--60733707	61	2.0	61	100	0	244	39	19	8	32	1.81
60742653--60742837	40	4.7	40	77	11	184	25	27	22	24	2.00
60745054--60745111	30	1.9	30	92	0	98	25	25	15	32	1.95
60748093--60748143	16	3.2	16	77	0	57	47	3	17	31	1.66
60748277--60748334	28	2.1	27	80	3	62	32	0	6	60	1.23
60748315--60748469	57	2.7	58	82	9	174	53	2	0	43	1.19
60751869--60752054	92	2.0	93	79	10	200	46	2	4	45	1.38
60757640--60757889	40	6.3	40	90	3	292	24	21	28	26	1.99
60757587--60757889	80	3.8	79	84	3	342	25	21	27	26	1.99
60757587--60757889	120	2.5	119	83	3	358	25	21	27	26	1.99
60762199--60762231	15	2.1	16	88	5	50	45	6	9	39	1.61
60769991--60770043	18	3.0	18	77	2	54	13	3	7	75	1.15
60772614--60772679	27	2.5	26	75	7	69	42	31	9	16	1.80
60780261--60780298	19	2.0	19	100	0	76	26	21	26	26	1.99
60792292--60792327	18	2.0	18	100	0	72	33	16	33	16	1.92
60795591--60795617	13	2.1	13	100	0	54	7	14	18	59	1.58
60804260--60804448	39	4.8	39	79	7	163	28	29	22	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60804277--60804415	39	3.5	39	85	4	165	29	27	23	20	1.98
60807958--60808017	30	2.0	30	87	6	86	40	6	25	28	1.80
60818473--60818649	57	3.1	56	78	5	185	46	9	15	28	1.76
60820299--60820340	20	2.1	20	95	0	75	35	19	14	30	1.91
60835646--60835690	9	5.0	9	100	0	90	44	11	11	33	1.75
60837913--60838016	26	4.0	26	91	0	172	31	7	25	35	1.84
60841632--60841662	12	2.6	12	100	0	62	38	12	0	48	1.42
60848824--60848997	48	3.6	50	81	6	173	25	31	16	27	1.97
60848817--60849184	46	7.8	45	74	15	186	25	29	17	27	1.97
60848815--60849184	47	7.9	47	75	14	254	25	29	17	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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