genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.286.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95035268--95035327	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
95042259--95042429	93	1.8	93	92	2	290	28	27	21	23	1.99
95042254--95042426	46	3.7	46	75	14	176	28	26	20	23	1.99
95042849--95042908	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
95045834--95046021	40	4.7	40	92	0	313	21	27	20	30	1.98
95052149--95052180	6	5.7	6	89	10	50	0	12	0	87	0.54
95052149--95052180	17	1.9	17	93	6	57	0	12	0	87	0.54
95052818--95052863	24	1.9	24	95	0	83	26	23	6	43	1.78
95059158--95059195	18	2.1	18	90	0	58	15	15	0	68	1.22
95063879--95063944	23	3.0	23	70	18	61	56	1	0	42	1.08
95066577--95066754	27	6.6	27	82	3	178	29	28	15	26	1.96
95070317--95070374	25	2.3	25	81	0	71	25	25	15	32	1.95
95083338--95083515	27	6.6	27	82	3	151	29	28	15	26	1.96
95083364--95083514	82	1.9	81	88	4	232	29	28	15	27	1.96
95091743--95092391	325	2.0	325	96	0	1208	35	20	12	30	1.91
95096054--95096086	17	2.0	17	88	5	50	48	6	3	42	1.43
95097960--95097997	17	2.2	17	100	0	76	36	23	5	34	1.78
95110090--95110128	14	2.7	15	84	4	53	23	0	10	66	1.22
95112137--95112196	3	20.0	3	77	13	61	68	0	31	0	0.90
95112136--95112186	18	3.1	16	86	13	68	68	0	31	0	0.90
95112140--95112196	16	3.4	17	81	13	73	68	0	31	0	0.90
95112820--95112855	12	2.8	13	87	4	56	75	0	2	22	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95112535--95113600	443	2.4	443	84	9	1333	56	7	7	28	1.54
95112535--95113600	155	7.1	149	84	7	1251	56	7	7	28	1.54
95112534--95113600	298	3.5	296	85	7	1413	56	7	7	28	1.54
95113417--95113455	18	2.1	19	90	4	62	66	0	7	25	1.18
95121002--95121044	17	2.5	17	84	0	59	0	25	0	74	0.82
95121008--95121086	16	4.9	15	74	18	54	1	31	0	67	0.99
95121002--95121057	16	3.3	16	75	20	51	0	30	0	69	0.89
95121164--95121233	27	2.6	27	88	0	113	15	32	31	20	1.94
95121249--95121298	23	2.3	22	83	10	66	6	10	6	78	1.10
95121957--95121999	21	2.1	20	86	4	59	39	0	6	53	1.28
95122464--95122541	39	2.0	39	97	0	147	7	10	44	37	1.67
95123242--95123267	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
95125538--95125603	30	2.2	31	83	8	82	50	15	10	24	1.75
95136018--95136042	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
95136791--95136844	27	2.0	27	88	0	81	24	31	37	7	1.83
95136969--95137008	11	3.7	10	87	12	53	62	0	37	0	0.95
95136969--95137008	16	2.4	16	88	12	55	62	0	37	0	0.95
95137043--95137115	6	12.0	6	80	8	67	73	0	26	0	0.83
95137548--95138138	146	4.1	145	83	10	754	58	7	6	27	1.49
95137698--95138122	134	3.1	133	81	11	539	58	7	5	28	1.47
95137556--95138138	147	4.1	144	83	10	674	58	7	6	27	1.49
95138071--95138140	30	2.4	28	72	11	77	67	4	2	25	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95144529--95144572	17	2.6	17	100	0	88	0	31	0	68	0.90
95145144--95145186	17	2.5	18	81	11	54	25	0	2	72	0.97
95147157--95147181	11	2.3	11	100	0	50	24	12	8	56	1.62
95149104--95149247	54	2.7	54	93	2	236	18	25	22	34	1.96
95149110--95149265	27	5.8	27	82	11	178	19	25	21	33	1.97
95149110--95149265	81	1.9	80	83	8	201	19	25	21	33	1.97
95149239--95149288	21	2.4	21	96	0	91	22	26	20	32	1.98
95152865--95152889	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
95155119--95155170	18	2.7	19	88	5	70	53	3	7	34	1.48
95155228--95155270	20	2.0	23	86	13	65	76	0	9	13	1.01
95155267--95155336	25	2.9	24	71	24	58	68	2	22	5	1.24
95155550--95155596	24	2.0	24	84	16	62	31	2	14	51	1.55
95156938--95156984	19	2.5	20	80	16	55	46	0	29	23	1.52
95170807--95170858	18	2.7	19	88	5	70	53	3	7	34	1.48
95170881--95170929	5	9.8	5	95	0	80	36	0	4	59	1.17
95170996--95171039	20	2.2	20	84	12	54	75	0	25	0	0.81
95170999--95171028	16	1.9	15	93	6	51	73	0	26	0	0.84
95171250--95171296	24	2.0	24	84	16	62	34	0	14	51	1.43
95171461--95171594	37	3.4	40	72	14	116	26	13	25	35	1.93
95172941--95172966	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
95176851--95176906	24	2.3	24	78	0	58	46	25	14	14	1.82
95179398--95179431	17	2.0	17	94	0	59	55	5	20	17	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95180185--95180316	66	2.0	66	96	0	246	34	3	21	40	1.71
95181251--95181361	47	2.4	47	87	0	150	20	18	29	31	1.96
95191276--95191314	19	2.1	19	85	4	53	23	17	5	53	1.63
95199909--95199956	23	2.1	23	92	0	78	66	2	4	27	1.21
95200865--95200994	18	6.9	19	73	11	90	65	1	3	30	1.17
95200902--95200945	9	5.0	9	86	2	63	77	0	2	20	0.88
95200852--95201003	56	2.7	54	81	7	146	67	1	3	27	1.17
95200852--95200973	27	4.5	27	70	13	74	68	1	2	27	1.12
95200865--95200983	9	12.7	9	68	14	53	66	1	2	29	1.14
95201028--95201084	19	2.9	20	73	5	62	63	1	8	26	1.34
95202105--95202138	3	11.3	3	93	0	59	35	0	0	64	0.94
95205908--95205951	21	2.1	21	95	0	79	29	20	9	40	1.83
95206237--95206285	21	2.3	21	96	0	89	28	4	36	30	1.76
95208461--95208561	48	2.1	48	92	0	166	30	5	12	50	1.64
95208928--95209002	33	2.3	33	85	0	105	30	5	45	18	1.72
95211452--95211522	16	4.4	16	67	12	56	66	12	0	21	1.25
95212675--95212723	23	2.1	23	88	0	71	12	16	20	51	1.76
95212922--95213158	43	5.5	43	83	4	307	25	18	30	25	1.98
95212923--95213159	87	2.7	86	87	3	325	25	18	29	25	1.98
95212894--95213161	130	2.1	130	87	2	378	26	17	30	25	1.98
95213276--95213361	31	2.7	31	87	3	109	60	20	5	12	1.53
95213576--95213656	31	2.5	31	88	4	108	62	20	4	11	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95213222--95213806	295	2.0	295	98	0	1134	47	16	9	26	1.77
95213895--95213937	21	2.0	21	86	0	59	4	37	16	41	1.69
95219440--95219561	9	13.7	9	71	13	74	36	0	16	45	1.53
95219444--95219556	34	3.4	34	74	16	103	37	0	15	46	1.51
95223231--95223523	40	7.3	39	65	18	111	24	18	21	35	1.96
95223205--95223580	120	3.1	120	96	0	664	23	18	21	36	1.95
95235981--95236006	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
95238611--95238903	99	3.0	99	96	0	532	25	15	27	30	1.96
95238619--95238904	49	5.8	49	82	1	356	25	15	27	31	1.96
95241201--95241229	13	2.1	14	93	6	51	44	3	0	51	1.18
95241186--95241282	39	2.8	33	76	19	101	41	4	4	50	1.40
95245733--95245776	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
95245793--95245848	19	3.2	19	70	14	57	48	1	0	50	1.11
95245799--95245846	15	2.9	15	77	17	51	54	2	0	43	1.12
95246005--95246042	13	2.7	14	88	12	60	36	13	7	42	1.73
95246005--95246045	14	3.0	13	92	7	64	36	14	9	39	1.79
95249182--95249213	3	10.7	3	93	0	55	37	0	62	0	0.95
95251597--95251636	18	2.2	18	86	0	53	42	5	2	50	1.37
95252336--95252400	32	2.0	32	96	0	121	40	12	20	27	1.88
95252473--95252511	21	1.9	20	85	15	53	76	0	0	23	0.78
95252473--95252520	22	2.2	22	85	10	64	75	0	0	25	0.81
95256513--95256720	41	5.2	40	81	3	150	25	25	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95256535--95256720	41	4.6	41	85	4	234	24	24	25	25	2.00
95256565--95256718	81	1.9	82	87	4	231	25	24	25	25	2.00
95260100--95260141	8	5.6	8	83	16	63	59	0	0	40	0.97
95260107--95260138	13	2.5	13	89	0	55	59	0	0	40	0.97
95260100--95260141	21	2.0	21	95	0	75	59	0	0	40	0.97
95261025--95261113	44	2.0	44	86	4	126	20	19	23	37	1.94
95264160--95264231	34	2.1	34	92	2	119	29	6	13	50	1.68
95267742--95267785	8	5.9	8	84	10	58	59	0	0	40	0.98
95267740--95267785	16	3.1	16	84	15	71	58	0	0	41	0.98
95267749--95267780	13	2.5	13	94	0	55	59	0	0	40	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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